指挥部中，众人看着主屏幕，屏幕显示着在总部外部的初号机，并且初号机拿着步枪指着拍到初号机的摄像头。
日向：真嗣你冷静点，如果不那么做的话你已经死了。
真嗣：这是两码事，被再惹我生气了，初号机的活动时间大约还有180秒左右，就是另外三台EVA都来阻止我，我依然可以毁掉总部一半以上！
青叶：依他现在的情绪真的会动手吧。
指挥室的人不断的向真嗣解释，但真嗣完全没有理会他们。情绪反倒更加愤怒。
真嗣：老爸那家伙居然想利用我的手杀害冬二！我无法原谅他！
碇司令对此也没有理会，下令将LCL的氧气浓度调至最高，没有时间陪小孩子玩。
真嗣因为LCL中的氧气浓度过高导致氧气中毒昏迷了过去，在昏迷前真嗣还是动手了，虽然只开了几枪，但还是有几发打到总部的，随后完全昏迷过去。
第二天早上，美里与赤木都带着伤来到松本，三号机的残骸零零散散的分布在那一块区域，一整条街都是鲜红的。
真嗣和冬二在医院接受着治疗，而明日香与绫波一直在他俩病房外等候。绫波问真嗣怎么样了，明日香说他只是氧中毒，现在可能在做着梦吧。
绫波：梦？
绫波疑惑的问到，明日香表示“你没做过梦吗？”
绫波没有回答，病房里，冬二醒来，看见了熟悉的天花板，断定这里是妹妹所住的院。冬二看向旁边，看见真嗣正坐在他旁边的病床上，然后再次昏迷。
再次醒来时发现洞木坐在他的旁边。
冬二：嗯？原来是班长啊。
冬二再次看向旁边的病床，发现真嗣不在了，寻问真嗣去哪了，洞木说真嗣在昨天就出院了。然后问洞木为什么会来看望他，洞木脸红着说因为以班长的身份来看望他的，也就是说这是班长的义务。
冬二：抱歉呐，麻烦你跑一趟。
洞木：这点小事没什么啦。
冬二：那个，能帮我一个忙吗，告诉我妹妹我没事。
洞木：嗯。
NERV那边，真嗣被扣上三个手铐带到审讯室，其他人站在一旁，一个传话的进来了，他将碇司令的话一一对真嗣说明。
1，违背命令
2，独占决战兵器EVA
3，发出恐吓
一切都属于犯罪行为，因以上三点，初号机驾驶员碇真嗣，被迫离职。
龙套：除此之外还有什么想说的吗？
真嗣：有。
龙套：说吧。
真嗣：麻烦把手铐解开。
龙套帮真嗣解开了手铐，真嗣也将自己口袋中的ID卡放到了桌子上后往外走了。当真嗣走到门口时突然停了下来。
龙套：怎么？这么快就想回来了？
真嗣：不，我只是想在最后送一件礼物给她。
龙套：随你的便，话我也传完了，送完赶紧走。
说完龙套就先离开了审讯室，众人看着站在门口的真嗣，有点舍不得。真嗣向后转身，走到了明日香面前，明日香很懵。
明日香：她，指的是我？
真嗣：对。
明日香：那你想送我什么？
真嗣：很重要的东西，毕竟我要离开NERV了，不送的话以后就没机会送了。
众人一脸懵，真嗣到底想送明日香什么东西？真嗣说准备要送了，然后深吸一口气，两只手放到了明日香的肩上，用着温柔的眼神看着明日香，明日香被看得不好意思的脸红起来。
真嗣缓缓靠近，趁明日香不注意，居然，亲了上去！旁边的人都惊到了，明日香也被吓到了。而阿诺斯在一旁吃醋。
真嗣缓缓推开明日香，对着她微笑。明日香脸更红了，突然被亲一下，又被那样温柔的眼神和微笑对着，是个女孩子都会脸红。
真嗣：这就是我要送的，抱歉，好像吓到你了，现在，我所有的事情都结束了，我也可以走了。
明日香：......（脸红）
随后真嗣向外走去，潇洒的留下了一个挥手再见的背影。说道“各位，以后有缘再见了”
又过了一天，真嗣整理着行李，美里告诉真嗣因为他曾是EVA驾驶员，即使离职还是会有诸多不便，真嗣没有在意，继续整理着行李。
明日香则躲在一旁看着。
真嗣：美里小姐，其实我知道的，第四波驾驶员选拔的候选人都是班上的人，而冬二的特殊体质是因为他喜欢运动，现在的体质早已超过这个年龄段的绝大多数人，一切都是安排好的。
美里：......
真嗣：还有，进入总部的密码和我房间的密码请随便找个人处理掉吧。我，已经不是EVA驾驶员了。
说完带着行李走出门外，明日香想追上去但被美里阻止了。
楼下，真嗣把行李打包好后骑上了摩托向远处开去。
正中午，大街上可以说是空无一人，真嗣独自一人行驶在大街上，突然，使徒来袭，广播发出紧急避难通知。真嗣开着车直接往回返，突然意识到自己已经不是EVA驾驶员了，随后开着车往避难所方向驶去。
NERV那边也展开了攻击，但是力天使过于强大，仅一击就击溃了防卫线和地下18层特殊防卫装甲。EVA也已经来不及到地面迎击了，美里派明日香驾驶二号机到达地下都市内部准备阻击，零号机因为上次战斗的原因所以左臂还没有修复，现无法战斗。
碇司令：让丽驾驶初号机去，傀儡模式做为备用。
美里：是。
丽坐上了初号机，神经开始连接，突然发出警报，初号机拒绝连接，丽已经无法驾驶初号机了。神经脉冲逆流，初号机也拒绝了傀儡模式。
碇司令：启动中止，让丽驾驶零号机前去应战，初号机用傀儡模式准备再次启动。
美里：但是零号机还没有修复好。
丽：没关系，我可以，就算我死了还会有替代品。
力天使再次发起进攻，而站在远处的真嗣只好眼睁睁的看着这些事情的发生，无能为力。NERV的防卫装甲现在只能撑下力天使一击了。力天使继续进攻，装甲全数破坏。
明日香：来了啊，就算真嗣不在我也是可以战斗的，我相信我自己。
力天使从烟雾中走出，一露头明日香就开始进攻，不断的用步枪向它扫去。力天使缓缓下降，着陆，明日香直到把步枪子弹扫完都没能伤害到力天使一下，明日香不服，换成了两把步枪，不断的向力天使输出，可还是没能伤害到一分一毫。
明日香：为什么，立场不是中和了吗，为什么就是打不到它！
明日香把所有的子弹都打完了，轮到力天使的回合了，力天使的手部是有许多规则的切面，可以折叠。力天使将手部伸展开来，向二号机射去，二号机的双手被切断，血液大量喷出。
美里下令切断驾驶员之间的连接，力天使反手一下把二号机的头砍了下来。二号机的头颅飞出，落到了真嗣所在的地下避难所，墙被砸穿。真嗣望着自己面前二号机的头颅，感受到了绝望。
二号机严重损伤，已无法战斗，初号机不断的拒绝着傀儡模式的启动。
普通市民在前往下一个避难点时，真嗣遇到了加持。
加持：这不是真嗣吗。
真嗣：加持先生，你在这里做什么啊。
加持：这是我要说的吧。
真嗣：我已经不是EVA驾驶员了，现在这里的一切都可以说与我无关。
加持：这样啊，反正我的工作也被曝光了，没事干才来这里浇水的。
真嗣：在这种时候？
加持：正是因为这种时候才来啊，如果一定会死的话我更想死在这里。
真嗣：死？
加持：嗯，如果说这个使徒与地底下的亚当接触的话人类将会灭亡，也就是第三次冲击。想要阻止的话就只能用跟使徒拥有同等力量的EVA了。
真嗣：.......
这时，零号机出现了，丽没有带步枪，手里拿着一个N2核炸弹冲向力天使。
绫波：at立场，全开。
碇司令：丽！
零号机突破了力天使的at立场，当炸弹与核心接触前的一瞬间，力天使将核心封闭（力天使已经进化出可以保护核心的皮肤）一道强光闪过，炸弹爆炸，零号机被炸的只剩下残骸，身体零件四处飞散，还有一个插入栓内的操纵杆掉落在真嗣的脚边。真嗣捡起操纵杆，感受到了前所未有的绝望。
加持：真嗣，我只能在这里浇水，但是有一件事不是只有你才能做到，而是你一定能做到的。没有人会强迫你，自己决定，想想自己现在该做什么。总之，别让自己后悔。
真嗣下定决心，放下了行李，坐上了车向总部驶去，力天使发动进攻，直接击中第三基部，最后一层防卫装甲融化，主垂直沟完全裸露在外，初号机任在拒绝傀儡模式的启动。
真嗣：请让我驾驶！请让我驾驶这台初号机前去应战！我愿意将我的命，赌在这次的战斗之中！
碇司令：你凭什么这么说。
真嗣：你忘了吗，我可是，EVANGELION初号机的驾驶员！碇真嗣！
碇司令：算了，那你来驾驶吧。出击。
真嗣：哼（邪笑），Got it（明白）
力天使侵入主垂直沟，目的地为中央教条区，会与作战指挥部相遇，当人员要撤离时，力天使穿墙而出，准备向人进攻时，初号机从另一面墙中钻出，迎面给了力天使一拳。
美里见状，看向初号机的眼部，不是红光，初号机没有启动傀儡模式，是真嗣在驾驶。
真嗣奋力战斗，力天使打倒在地，正想给一拳时，力天使发射死光（指使徒攻击时眼部发出的闪光）将初号机的左手切断。
真嗣：呵~啊~！
真嗣忍着疼痛将力天使推到发射台上，一脚踹在脸上固定起来。
真嗣：美里小姐！
美里：五号发射台发射！
高速的上升的发射台让力天使被固定着的脸产生摩擦出的火花。
到达地下都市外部，由于初号机和力天使没有固定在发射台上，没有缓冲，一同飞出。空中，真嗣用刚刚固定着力天使的那只脚顺势一脚踹倒。
力天使落倒在地，初号机也落下，初号机坐在力天使上，用仅剩的一只手不断的敲打着力天使的核心。
皮肤保护着核心，真嗣把攻击部位转向脸部，真嗣的表情逐渐扭曲，拉扯着力天使的脸时，初号机的能源用完了，初号机停止了攻击。
力天使抓住初号机把其扔向一旁的NERV总部。
真嗣：动啊！动啊！动啊！在不动的话就要完了！快动啊！
力天使将初号机胸部装甲破坏，裸露在外的是初号机的核心。力天使敲击着初号机的核心。
真嗣：动啊！动啊！动啊！动啊！快动啊！在不动的话大家都会死的！我已经不想再看到生命消失在我眼前了！只要能动，要我怎样都可以，哪怕要我死。只要能动，要怎样我都愿意！
真嗣感觉到了心跳声，初号机再次启动。接住了力天使的攻击，一拉，初号机用头撞了力天使的头。初号机张开了嘴，一脚踢开力天使，随便将力天使的手给扯了下来。
伊吹：初号机，再启动！？
初号机将扯下来的手接到了自己的断臂上，断臂再次生长出来。
赤木：怎么会？
伊吹：怎么可能，初号机的同步率达到了400%，不，还在上升！
赤木：难道，她觉醒了？
初号机张开了嘴发出震耳欲聋的咆哮，力天使发起进攻，初号机手一挥力天使的手部再次被切断，at立场也被击穿，血液喷溅到立场上。
初号机开始发出低吼，弯下了腰，双手也放到地上，如同野兽一般用四肢行走，慢慢的靠近躺在地上的力天使。
爬到力天使旁边后，直接将力天使的双眼掏了出来。初号机抓着力天使的脸，眼睛眯了眯，嘴开始张开，呼出一口气，直接啃向力天使。开始享受“美食”
美里：初号机在，吃使徒！？
赤木：难道初号机是想通过吃使徒获得S2机关吗？
此时的力天使已经被吃的残缺不全了，初号机的嘴沾满了力天使的血。食用完力天使后，初号机站了起来观望四周，随后身体各个部位的肌肉突然膨胀，撑破了身体上的装甲。
赤木：拘束器。
日向：拘束器？
赤木：对，那并不是装甲，而是为了压制EVA原本力量的拘束器，现在它用着自己的力量挣脱了束缚，它已经是我们无法阻止的EVA了。
初号机向上不断的发出咆哮。巧一行人在一旁看着。
加持：没想到，这种情况居然下还能觉醒。
巧：是啊，他居然愿意拿自己的生命和自己内心中的决心代替了初号机内残缺的灵魂并让其觉醒，不错。虽然和我们计划的不一样，但是SEELE也不会对此保持沉默吧。看来这次的觉醒还是在你的计划之中啊，碇司令。
司令室内，碇司令和冬月看着在咆哮的初号机。
冬月：开始了啊
碇司令：嗯，计划中的一切才刚刚开始。
第六章第四集-完
预告：虽然初号机的觉醒拯救了人们，但其中的代价便是真嗣与初号机物理性融合在了一起，初号机内的真嗣见到了自己被封存的记忆，那一段记忆到底是什么？
第七章第一集-不再是人
