会议室里，碇司令和几个SEELE的成员讨论着初号机获得S2机关的问题。EVA不可能天生就拥有S2机关，seele的成员们也没想到初号机会以这种方式让自己获得S2机关。
由于初号机拥有了S2机关，与seele原本的计划相差太远，想要矫正过来并不容易。有人认为把NERV交给碇源堂是一个错误，但是没有碇源堂seele的计划就无法进行。
白（桌子发光的颜色）：碇，你到底在想什么啊。
碇真嗣困在初号机里的第1天
上次跟力天使的战斗后，二号机和零号机都严重受损，恢复需要很长一段时间。NER内部建造也一样，几乎每个楼层都有损伤，但是好在MAGI系统和各个电脑数据都能移植，但是现在这里的NERV总部已经没有任何可用的了，下令废弃也只是时间的问题。无奈，全体成员只好移动到备用的第2指挥部了。就算没有MAGI也要使用。
但第2指挥部也不是跟另一个指挥部一样，缺点还是有很多的。例如椅子比之前的要小，系统反应器十分缓慢。即使构造和之前的一模一样，但也只是表面。不过现在这种情况下能用就已经非常不错了。但初号机还能不能用就不知道了。
另一边，seele还在讨论着初号机的问题，而且还有其他EVA的问题。二号机，零号机，两台机体无法使用，四号机的驾驶员应为其他原因在使徒来袭的那天提前回国，地下都市被毁灭了一半以上，中央教条也裸露在外，损失无法估计。为此将会付出不知对少财力和物力。
事情发展成这样是在意料之外，加持问碇司令要怎样想seele交代。
冬月：初号机本就不受我们控制，这次是意外事故。
碇司令：对此，初号机决定暂时冻结。
加持：很好的解释，但是您儿子被困在里面没问题吗？
另一边，众人为救出真嗣不断的努力着，但初号机不接受插入栓弹出的信号，强制弹出也以失败告终。最后也只是联通了插入栓内部的影像，转接到主屏幕后全部人都惊了。
插入栓内部只有一套作战服，而且还是坐在上面的姿势，像有人在穿着，但却看不到人。这便是同步率超过400%的真面目，所有真嗣是被初号机给吞噬了。美里询问EVA到底是什么，而赤木的回答只有一句“我只能说这是人类创造的”
美里：人类创造的？它不是当时在南极找到的那个东西的复制品吗？少唬我了！
赤木：它和复制品不一样，它体内被灌输了人的意志。
美里：也就是说因为有人的意志才导致真嗣现在这样吗。
赤木：倒不如说是EVA的意志。
美里：什么嘛！那不是你制造的吗！你得负责到底啊！
第2天
丽从病床上醒来，但是身上没有一点伤痕，明日香得知后也前去看望。但是过了一会后，明日香感觉不对，丽比以前要冷漠许多，虽然以前也没有跟丽有太多的相处，但也不会像跟陌生人说话一样的冷漠。
第3天
经过NERV上层领导的讨论后制定了《营救真嗣计划》。
插入栓内部仍有真嗣的生命迹象，根据计算，真嗣的身体失去了维持肉体的能力，但是却能以量子形式维持外表，但是无法用肉眼观测，简单来说就是身体隐形了，无法正常的看见。
而插入栓内的LCL发生了化学变化，酷似地球原始海洋，也就是生命之源。构成真嗣的物质全部都保存在插入栓内，可以说类似灵魂的东西也在里面。
计划用现代科技实体化，并让其精神安定下来，而且还有MAGI的支持，理论上是可以做到的。
第4天
在一个空白的空间内，真嗣醒了过来，望了望四周，除了一片空白外，一个人都没有。真嗣开始四处走动，再怎么走都是一片空白。真嗣开始怀疑起来。
真嗣：我，这是，死了？
这时，原本空白的四周，开始有了画面，是真嗣这一生经历过的画面，有快乐的，愤怒的，顽强的，等等。有在来这里之前的，也有来到这里之后的。
真嗣：这是？走马灯？
（走马灯在日本传统中，指人死后看到自己生前的一切记忆，而记忆出现的方式是不断闪烁着）
真嗣：我该不会真的死了吧？
突然，有一个陌生的画面闪过，是EVA！但是真嗣是来NERV后才知道EVA的，而那时是在来NERV之前的，这让真嗣百思不得其解。
第29天
真嗣再次在那空间里醒来。
真嗣：嗯~（伸懒腰），好了，继续看看这走马灯吧，说不定还有点线索能出去呢。
真嗣看着自己以前的回忆，刚开始没有什么，随后的回忆让真嗣大吃一惊。
过去，真嗣来的第三新东京市前，曾经自己所读的学校发生过恐怖分子的袭击。整个学校都在大火之中，真嗣在教室里昏倒在地，睁开眼睛时，隐约的看见两个人。虽然两个人遮住了脸，但还是可以分清楚是一男一女。真嗣不禁想起巧和黑衣女。
那两人将所有的恐怖分子都杀了后，把他们的身体扔到大火中烧毁。身上的衣服都沾满了鲜血。
真嗣隐约的听见他们的对话中，确定了两人的确是他俩，他们慢慢的露出了脸。脸部露出后真嗣一看，露出惊讶的表情。
巧的头发虽是白色，脸上有疤痕，但样貌却和真嗣一模一样，而黑衣女的样貌也跟明日香一模一样。在他们的模糊的谈论中听到黑衣女叫蓝格雷。
这时，巧发现躺在地上的真嗣没有完全昏倒，便走到面前蹲下。
巧：原来你醒着啊，哦，真是的，胸口居然被那群恐怖分子弄了个这么大的疤，没关系，我已经都帮你杀掉了。
蓝格雷：好了，在不快点的话消防员就要来了。
巧：知道了啦，虽然不知道你能不能驾驶EVA，但出于保险，还是把你的记忆封存起来好了，随便让我给你能够100%启动EVA的力量吧。
巧将一只手放到真嗣胸口上，瞬间，胸口上的伤完全愈合，只剩下疤痕，真嗣也再次晕倒。
第30天
现初号机内部的LCL温度维持在36.1，氧气密度没有问题，各项装置无异常。
另一边，赤木和伊吹在实验室内不断工作着，营救计划也到了收尾工作。但在短短的一个月了就能将营救计划编辑好，也不太可能。伊吹问到。
赤木说这个计划是早在十几年前就编辑好的了，也就说明在EVA的开发过程也发生过类似的事情。赤木对此也不了解，因为那时还没有在NERV工作，知道这是她妈妈留下的数据。但在最后那次营救计划是失败了的。
第31天
真嗣醒来，但是周围发生了改变，原先空白的空间变成了黑暗的空间。一种阴森感扑面而来，真嗣向前看去，和空白的空间一样，没有尽头。真嗣坐下来了。
真嗣：诶？今天没有走马灯了吗？真是的啊，在这黑暗的空间了什么都做不了，好无聊啊！
外面，《营救真嗣计划》正式开始了。
发出第1信号，初号机暂无拒绝信号，接着发出第2第3信号，精神状态无异常。
本以为一切都会平安顺利，突然，真嗣的自我境界脉变形，计划无法实施。
赤木：快，尝试全方位照射所有频域。
伊吹：不行，发出信号都被困在几何空间里了。
美里：什么意思？
赤木：也就是说，我们，失败了。
系统发出警报，计划失败，中止干涉，许多漏洞出现，警报不停的响着。
最后插入栓被强制拉出，LCL的自我防御系统分解，内部气压不断上升，插入栓舱门被打开。
LCL不断流下，可真嗣却没有出来，只留下了一滩LCL，美里跪在地上，不断拍打着地上的LCL，大喊着“把真嗣，把真嗣还回来！”
众人以为一切都没办法挽回时，初号机的核心射出一道光，击中旁边的墙壁后形成了一面墙。而这面墙跟巧的一模一样，都是时空壁。
真嗣从里面走了出来，一脸迷惑的看着跪在地上的美里，在场的所有人都被惊到了。
美里上前抱着真嗣痛哭。嘴里说道“太好了，真嗣，回来了”
顿时，所有人都开心极了，虽然不知道真嗣怎么出来的，但只要真嗣还活着就好了。
夜晚，真嗣一个人在床上躺着，摸了摸胸口上的疤。
真嗣：原来我的一切都是拜他所赐啊，如果没有他，我大概就是个无法驾驶EVA的普通人吧。
这时门开了，明日香进来了。
明日香：真嗣，你在吗？
真嗣从床上做起。
真嗣：明日香，有事吗？
明日香：不，我也只是，担心你。
真嗣：怎么会，我可是强的一批。
明日香：你没事就好。
真嗣：对了，绫波怎么样了？
明日香：她也没事，现在已经好多了。
真嗣：这样啊，那我也放心了，所有人都没事，这是幸运呐~（伸懒腰）
明日香：也不早了，我不打扰你休息了。
明日香回了房间，真嗣回想起在分离初号机前那之前的事。
真嗣望着四周，一片漆黑，以为自己出不去了，但是突然想起巧一句话
“我即是你，你，即是我”
真嗣：难道我和他是同一个人？也就是说，我应该也有时空壁的吧？反正在这也没事，试试看。
真嗣用尽一切办法，都没发召唤时空壁，躺在地上，嘴里喃喃碎语的说道“难道没有这道伤疤我就是个废物吗？不行，我不能这么放弃，被困在这鬼地方这么久，外面一定有人在等我，我一定要出去！我！要出去！”
真嗣站了起来，用尽全力召唤时空壁，瞳孔有一瞬变成红色。最后，时空壁成功被召唤出来，此时在真嗣眼前那熟悉又不熟悉的时空壁，便是自己突破人类极限所召唤出来的。
几天后，真嗣在检测身体结果出来时很奇怪，据对比，真嗣从初号机内出来后和之前的身体数据相比，前者的数据比后者要高上许多，简直可以说是超越了人类的身体。并且这种身体还和at立场产生共鸣，加强了at立场的防御能力。
实验室内，空旷的模拟战斗场地上，真嗣开启EVA装甲站在中间，模拟出的敌人从使徒变成了人类。模拟体向真嗣开枪，装甲的at立场比原先的立场能力要强上许多。
战斗结束，数据也一一出来，真嗣的身体数据已经高达不需要EVA装甲也能有完全超越人类的体质，当赤木寻问真嗣为什么会变成这样时，真嗣选择沉默，只回答了一句“不知道”
真嗣离开实验室，一人在更衣室内坐着，看着一旁镜子里的自己，注视着自己那时不时变红的眼睛。
第七章第一集-完
预告：下集，真嗣他们和巧一行人发生冲突，双方再次展开战斗。
第七章第二集-对决
