蓝色的天空上，美国的运输机运输着三号机，但是奇怪的是当他们穿过一片云层时云层内有闪烁着电光。
另一边，收到消息的美里跟真嗣说三号机会在松代进行启动实验，所有会在外面呆上一阵子。加持也会来代替美里看着他俩。
可是，当真嗣问美里三号机驾驶员是谁时美里却默不出声。门铃响了，真嗣一开门，原来是剑齐。剑齐直接冲进房内，并求美里让他来当EVANGELION三号机的驾驶员。但最后被拒绝了。
在前往松代的路上，赤木问美里真嗣知道驾驶员的事了吗。
美里：谁知道啊，真嗣可精得很，说不定已经调查到了呢。
赤木：也是，就连我的防护代码他几乎都能破解，不简单呐。
在学校，明日香回到了教室，这时她一脸难受的表情坐回了自己的位置。真嗣见状寻问发生了什么。
明日香：谁知道啊，反正最近头疼，又感觉很烦，胸口疼疼的，时不时还会有感到恶心，还想呕吐。
听完后真嗣表示震惊，众人一脸懵逼，明日香问真嗣是我现在，真嗣却说教室人多，不好说。
明日香：别卖关子了，我现在很烦。
真嗣：你刚刚所说的整合在一起的话，很明显。你来亲戚了。
明日香：......
真嗣：也不是什么大事，大多数都是这个年龄来的。
剑齐：你为何如此了解？
真嗣：额......无可奉告。
下午，真嗣和明日香正走在回家的路上，到了路口，真嗣往别的方向走去，明日香也跟去，寻问要去哪。真嗣说去摩托车店，明日香有点懵。
明日香：两个月前你跟我爸妈说的不是15吗？怎么会有机动车驾照？（日本16周岁就能考机动车驾驶证）
真嗣：其实两个月前我的确是15，只不过是周岁，那次见完你爸妈后的几天就我满16周岁了。这两个月也把驾照考了，所以今天想去买台车。
两人到了车店，真嗣一眼相中一台紫色的摩托，没有犹豫直接买下了这台摩托。
店长夸真嗣会买，一眼相中了镇店摩托，并且外送了两头盔。真嗣把钱给了店长，坐上了心仪的摩托驰向远方。
回家路上，真嗣跟明日香讨论起了冬二，因为最近冬二好像有心事，最近他经常一个人躲在某处，不想与人交谈。
晚上，加持在洗澡，明日香看着电视，真嗣看着书，十分安静的房间多么的正常，而这时，真嗣一句话打破了这一安静。
真嗣：那个，明日香，你知道三号机的驾驶员是谁吗？
明日香：没听说，你知道吗？
真嗣：嗯......不知道。
加持洗完了澡出来，看到这一安详的场景，有一种父亲的感觉。如同“母亲出门在外，兄妹俩跟着父亲暂时生活在一起”一般。
深夜，明日香回房睡了，真嗣和加持隔着一段距离睡在一起，但是，两人都还没有入睡。
真嗣：加持先生，你睡着了吗？
加持：还没。
真嗣：那个，我想问一下，你最近都去哪了？而且有很长一段时间没见到你了。
加持：哦？我还以为你会问关于你父亲的事呢。
真嗣：......
加持：最近我是出去办事了，上头交给的秘密任务。
真嗣：秘密任务？
加持：嗯，而且还不能说，因为这可能会影响到人类生死存亡。
真嗣：这么严重。
加持：所以说还是不要问的好，以免被其他人听到。
真嗣：嗯。
过了几天......
三号机距离实验开始还有300分钟，目前系统一切正常。临时系统控制室内，看了一下三号机的各个数据和系统数据，一切正常，现在只要实验正常结束之后就可以投入实战中了，并且三号机也会配备到日本NERV中。即使把四号机还给了欧洲NERV，日本NERV也独占四台EVA，完全可以毁灭世界。
学校里，今天冬二没有到校，洞木十分担心，明日香也安慰说他不会有事的。楼顶上，剑齐问真嗣三号机是谁来驾驶，剑齐认为是冬二，因为今天就冬二没有到校。一旁真嗣露出了惊讶的表情，还好剑齐没看到。然后真嗣说不可能，因为冬二他没理由去驾驶那赌命的玩意。
时间到了，三号机驾驶员到位，插入栓插入到EVA里面了，EVA随之启动。
Brain circuit connection is normal（脑回路连接正常）（软件自翻译，若有错误请见谅）
三号机成功启动，但是三号机眼睛部分却发出了红光，系统也出现错误，实验中止，切断回路。
可却没有反应，机体内也出现了高能量反应，系统检测，图样为蓝色，确认为使徒。
随着一声巨响，发生了爆炸。NEVR收到消息后立刻派出救援队前去救援。MAGI检测到发生地点有不明移动物体，图样为蓝色，全员进入一级战斗戒备。地面部队准备迎击，初号机，二号机，零号机，均已到达待命地点。
黄昏之时，三台EVA在待命地点等候着敌人的到来，MAGI连接了三台EVA，将图像投影到主屏幕上了。
没过多久，敌人出现了。映入大家眼中的不是以前那样的使徒，而是EVA三号机。MAGI连接三号机，发出弹出插入栓的信号，但被强制拒绝，驾驶员也还有呼吸和心跳。碇司令决定将evangelion三号机舍去，重新定为第13使徒，要求对其发动攻击。
指令发送给各EVA驾驶员后，纷纷开始行动，三号机缓缓向前移动。
真嗣：果然，三号机的驾驶员是他。
明日香：三号机驾驶员倒是是谁啊，真，啊！
通话断开了，在二号机的待命地点那，只剩下倒在地上的二号机了，明日香弹出插入栓成功逃脱。而三号机任在移动，向着零号机附近前进。
碇司令：丽，先避免近战，然它到达初号机的待命点后你们两个前后夹击击毙它。
丽：是。
三号机经过了零号机的待命地，走着走着，突然猛的向后一跳，直接将零号机摁倒在地，三号机手部流下了侵蚀液体，侵蚀了零号机的左手，这种情况下只好将左手与机体的连接断开。
解决了零号机和二号机的三号机向初号机方向移动，还有两公里便于初号机相遇，碇司令下令要真嗣将三号机解决。
真嗣：但是，上面坐着的，不是冬二吗？
三号机不断的向初号机方向前进，但真嗣迟迟未动手，三号机向初号机发起进攻，初号机用枪格挡。三号机背后又长出一双手臂，四只手瞬间延长，两只掐着初号机的脖子，另外两只压着初号机的两只手。被使徒侵蚀的三号机力量过于强大，初号机被压的无法反抗。
维持生命系统出现了异常，真嗣也有生命危险了，冬月命令将同步率降低到60%，碇司令却制止了。
碇司令：真嗣，为什么不战斗。
真嗣：但，那上面的，不是，冬，二吗。杀人我，可，做不到。
碇司令：没关系，现在它是使徒，是敌人。
真嗣：可是，上面还有人呐。
真嗣在怎么解释碇司令都没有理会他，下令把驾驶员和初号机之间的连接切断，并将模式调为新研发的傀儡模式。即便傀儡模式还有许多的不足但依然下令启动。
随着连接的切断，傀儡模式启动了，真嗣面前的显示板出现了一串英文-Puppet mode Start.（傀儡模式，启动）
初号机的神经与傀儡模式完全连接，虽然有着32.8%的感情成分无法显示，但依然下令开始进攻。
进攻开始的瞬间，初号机的眼睛发出了红光，傀儡模式完全启动了。初号机挣脱了三号机的束缚，也开始掐三号机的颈部了，由于傀儡模式下的初号机没有痛觉，瞬间将战局逆转了回来。一段时间后，初号机将三号机的脖子掐断了，三号机发出了嚎叫，四只手也停了下来。
但是傀儡模式设定为要将敌人完全清除，所有即使三号机死了傀儡模式也不会停下攻击。初号机将三号机狠狠的摔倒在地，一拳把三号机整个头给打碎了，血液四处喷涌，然后初号机不断的撕扯着三号机的外甲，将其分尸。流出的血液染红了一整条河，喷射出动血液也染红了周围的房屋。大街，红绿灯，也是如此。
真嗣不断的请求父亲住手，碇司令对真嗣的请求保持沉默。
初号机将三号机撕扯成渣，插入栓也被初号机一捏所破坏掉，真嗣却只能眼睁睁的看着这些事情的发生，无能为力。
使徒被完全击毙，傀儡模式也停下了攻击。
随后救援部队将幸存者救出，美里得知此事后安慰真嗣，虽然人可以说不是真嗣杀的，但真嗣双手沾满了鲜血是无法改变的了。美里想要告诉真嗣第四位适格者时，真嗣告诉美里自己早已知道了，当救援队把三号机插入栓中的驾驶员时，驾驶员的确是冬二，但是三号机驾驶员在实验完成之前属于高级机密，而且数据输入进去后才只有一天不到，破解密码也要许久，真嗣又是从何而知的，他也没有告诉美里。
另一边，天空上的那一感染了三号机的那个云层突然爆炸，烟雾中隐现出装备着飞行装置的四号机。
阿诺斯：Report，No.13AngelHave been eliminated，Return now。（报告，第13使徒已消灭，现在返航）
总部：Received（收到）
说完阿诺斯向远处飞去......
第六章第三集-完
预告：由于不遵守命令被迫放弃EVA的真嗣离开了城市，但是最强使徒-力天使的突然来袭酿成了另一个惨剧。
第六章第四集-赌命的战斗
