上午10：30
实验室内，四位驾驶员进行着同步率的测试。日向发现美里最近好像很累，赤木问是不是关于最近一直都没有出现过的加持，美里脸红着说赤木多管闲事。
测试的数据出来了，真嗣的同步率最高，被美里夸奖了一番，阿诺斯却摆出一副不屑的表情在一旁待着。
更衣间内，明日香在一旁坐着，为同步率一直没有高过真嗣而发愁。
明日香：啊！为什么同步率就是高不上去啊，连真嗣都没超过还怎么做世界第一的驾驶员啊！
丽在旁边解释道“正是因为这样才能让你进步。”明日香有点疑惑，丽解释道“只有和比自己强强敌作战才能让自己爆发出内在的潜能。”明日香想了想，的确如此，只有不断的努力才能实现梦想。
晚上，回到家后，真嗣在床上躺着，一副很累的样子。明日香推开了门告诉真嗣明天她的爸妈要和今天下午一样去陪他们，真嗣果断拒绝，明日香问真嗣为什么，然后真嗣描述了今天下午所发生的事情。
下午1：20，真嗣陪着香爸去了拳击馆，香爸想出钱让真嗣学拳击，而真嗣拒绝了，说不能让香爸破费，而这时，这家拳击馆的这位脾气不好的教练误以为真嗣看不起这家店，想和真嗣打一场，被迫下真嗣也只好打了。教练说不用手下留情，有多狠就打多狠，最后真嗣不小心出手太重把教练打的鼻青脸肿，连忙道歉。然后被踢出了馆。
被踢出馆的二人也只好回家了，但回家的路上遇到了刚刚做完美容的香妈，然后真嗣被香妈带走了。
香妈带着真嗣进了美容院里，真嗣有被迫接受了香妈安排的美容一条龙服务，两小时后，全部服务都结束了，而真嗣的皮肤被美容的如同新生儿一般光滑有弹性。
刚美容完，香妈有带着真嗣去了商场，买了许多衣服，但买衣服的过程就没这么好运了。
一进商场，香妈就挑了好几套衣服给真嗣试穿，真嗣试这试那的，整得跟个换装游戏一样，疯狂的试衣。衣服的颜色又千奇百怪，一套衣服上的颜色有蓝，红，绿，粉，橙，紫，黑，等等各种颜色，如同用许多废布拼接在一起。
买好衣服后有被带去学东西，什么舞蹈啊，瑜伽啊，健身房啊，统统来一遍，真嗣最后不堪重负的“倒下”了。
所以，真嗣才选择了拒绝，明日香也了解了真嗣的难处，毕竟是个人都会“不堪重负”的“倒下”。
第二天，真嗣原本得去陪明日香爸妈，但是使徒突然出现了，使徒浮在空中，呈一个球体。
美里紧急赶回了NERV，经检测，图样为橙色，没有at立场反应，MAGI对此保留意见。而这时碇司令却偏偏不在。
四人驾驶着各自的EVA前往与使徒作战，四人埋伏在使徒的四个方向，原计划本是谨慎接近，观察反应，如果可以的话就先过去一人，其他人先掩护的。但是阿诺斯却起哄说让真嗣去，因为他是第一名，目前四人中综合战斗实力最强，同步率最高，所以让真嗣去最为合适。
虽然真嗣明知道这是阿诺斯想让自己去当炮灰，但真嗣想打阿诺斯的脸，便答应了。四人到位后，真嗣使用手枪近距离的向使徒开了几枪，但是明明打中了却没有造成伤害。突然，系统检测到使徒的位置位于初号机的正下方，脚下的地面变黑，初号机瞬间陷下了去，完全无法动弹。但奇怪的是看到使徒明明是在空中，而位置却在初号机下方。
剩下三人奉命去营救初号机，零号机向使徒开了一枪，使徒再次消失，二号机的脚下检测出使徒，还好二号机及时躲开才没有陷入进去。
当明日香反应过来时，城市的地面都变成了一下片黑，无奈下只好撤退在想办法救真嗣和初号机。
过了许久，晚钟已敲响，使徒依然没有反应，连着初号机的脐带电缆的前头也早已消失不见。而且初号机的内部电源已经不多，只要真嗣不乱操作EVA的话生命维持系统可以运行16个小时。
而驾驶员们依然在待命着，那一坨黑的影子直径超过600m后就一动不动的。在待命地点那，阿诺斯的一举一动都没有因为真嗣陷入那影子里而感到担忧，反倒是一脸无所谓的样子。
另一边，真嗣一直待在初号机里，生命维持系统也已经运行12个小时，真嗣再次打开链接，影子里的内部空间依然是白茫茫的一片，发射出去的雷达和声纳都没有反射回来，空间实在过于庞大。真嗣也没有慌张，安心的躺着，仿佛在等待着总会来的死亡。
经过研究，影子是使徒的本体。直径680m，厚度3nm，而在这极薄的空间内由at立场支撑着。内部被称为狄拉克之海的虚数空间，猜测与别的宇宙相连。而那个球体只需要本体的虚数回路关闭就会消失，而这使徒几乎不可能打败。
而目前唯一的方法就是将剩下的992个N2核地雷全部扔到中心位置，并配合时机用三台EVA的at立场干扰使徒虚数回路的千分之一秒的那个瞬间，将使徒形成的狄拉克之海一起破坏掉。
但是他们没有考虑这对EVA机体和驾驶员的危害，甚至会杀死驾驶员。但赤木对此表示要以回收初号机为最优秀，无法都那么看重初号机，赤木说一切都在给美里的资料里了，说完便走了。
美里对其开始怀疑，其中一定还有什么秘密。
这时，在初号机里的真嗣蜷缩成一团，周围一直有声音环绕着“你害怕，你孤独，你欺骗自己！”一直在真嗣耳边响着。真嗣发出了低声的惨叫。
耳边的声音一直在围绕着他。原来使徒想了解人心，并开始于真嗣对话。
使徒：你就这点能耐吗？碇真嗣。
真嗣：你到底想怎样！
使徒：我只是告诉你你现在的强大都是虚伪的！
真嗣：不是的，不是的！
使徒：你为了掩饰自己的害怕，所有摆出一副强者的样子，这只不过是在欺骗自己罢了！
真嗣：不是的，不是的！
使徒：别不是了！你好好想想，以前你是为了什么才要变强的。
真嗣开始回忆起过去，小时候父亲的抛弃，母亲的离去，周围人对他的远离，这些都在刺激着真嗣的内心。
使徒：看吧，这就是埋藏在你内心深处的害怕。不仅如此你还害怕失败，害怕因为失败而导致认为自己没用。不想要孤独，不想要被抛弃，不想要失败，不想要直面这内心深处！
真嗣：别说了，别说了！
使徒：你一直在欺骗自己，认为只要把所有事做好就不会孤独，不被抛弃。没用的！这些都只是你认为而已，现实可是比这要残忍千百万倍呐。
使徒：直面自己的内心吧，越深处越好，我也能更好的了解你们人类啊，哈哈哈！
真嗣发出惨叫。此时，在远处，巧一行人看着天空上的球体，黑衣女问巧“你即是恶党，为什么有要帮助他们？”巧说“为了赎罪，虽然立场不同，但是帮助他们就像以前帮助你一样”（以后巧的声音都会是上一集末尾提到的声音）
黑衣女沉默了，巧又说“而且我也不想让这个地球所有人再次体验到二冲那时的灾难了”
巧右手紧握拐杖，拐杖棍子部分变成了锋利的刀，隔着很远的距离对着空中的球体砍了一个十字，拐杖再次变回原样。巧闭上了眼睛，快速的睁开眼睛，双眼再次呈现出一蓝一红的样子。狄拉克之海里的初号机再次启动，手从十字的交界处穿出，使徒大量出血，后又将其对着十字裂痕撕开。地面也开始颤抖。撕裂的过程中初号机张开了嘴，开始咆哮。
猛的一扯，使徒被击倒了，球体也炸了，大量的出血呈现场景如同血雨一般洒落在这大地上，矗立在大地上的初号机也被这血雨染红。
这同时也证明了初号机并不简单，不单单只是以第一使徒亚当的外貌所复制出来的东西。
初号机的无能源的启动也不是第一次了，这让在场的所有人都纷纷开始怀疑EVA到底是什么了。
弹射出插入栓后，众人将昏迷的真嗣救出，巧一行人也默不出声的离开。
几天后，真嗣醒了，真嗣醒后一看，趴在病床边的是明日香，真嗣露出了微笑。真嗣刚想悄悄的下床离开，但是明日香突然醒了。醒后发现真嗣醒了立刻把所有人叫了过来，人都到齐了，众人围在真嗣床边，看看真嗣还有没有问题，最后断定没有问题，众人都很开心。
赤木问真嗣还记得前几天和使徒对战的是吗，而真嗣却对此完全不知，像是失忆了一样，完全想不起来。
此时，站在门外的巧听到他们的话后悄悄离开了，只留下一个背影。
第六章第二集-完
预告：美国建造的EVA三号机的启动实验在日本进行，这也意味着要必须选出一位新的适合者，傀儡系统的完成，第四位适合者的出现又有怎样的事情发生呢？
第六章第三集-第四位适合者
