耶稣在带领门徒过逾越节时亲自设定了圣餐，他掰饼，说“这是我的身体”，然后又举起杯，说“这杯是用我的血所立的新约”。后来的教会将圣餐确立为圣礼，前面提及的《教会被掳于巴比伦》已经详细论述了罗马教会和路德对于圣餐的不同理解。其他改教家基本认可路德的这些观点，与他一样反对罗马教会所宣称的在圣餐中发生的两个奇迹：变质和献祭，主张用母语举行弥撒，平信徒同领饼和杯，领受者都在属灵的意义上领受了基督的身体和宝血。但是路德宣称基督存在于饼和酒之中，与饼和酒一起存在，并且在饼和酒之下存在，即基督真实地临在于饼和酒中，对此，他们并不赞同。当路德隐居瓦特堡时，其同事卡尔斯塔特在维滕堡进行了宗教仪式的改革，他把饼和杯一起分给平信徒，因为他认为饼和杯只是象征基督的身体和宝血，而不是像教廷所宣称的那样，当神父念祝圣祷文时，饼和酒的外在性质虽然还在，但其实质已经变成了基督的身体和宝血。路德后来制止了卡尔斯塔特激进的圣礼改革。在他看来，在念祝圣祷文时，基督的身体和宝血确实临在于饼和杯中，认为它们象征或代表基督的身体和宝血的观点没有《圣经》根据，是错误的。
但是事情并没有结束。卡尔斯塔特被驱逐之后四处流浪，沿途宣讲他的观点，并写了一系列文章与路德论争崇拜仪式，特别是祝圣祷文。虽然瑞士的宗教改革家如茨温利并未受到卡尔斯塔特的影响，但是他们也不认为基督真实临在于圣餐之中，相反，主张饼和酒只具有象征意义，领受圣餐是为了见证我们对基督为我们而死的信心和忠诚，纪念他为我们所做的一切，并且在他已经完成的工作中获得平安。
路德保持了一贯好战和攻击性强的风格，他批评瑞士的改教家是“假弟兄”和撒旦的工具，而后者也不甘示弱，拒不接受这个可怕的封号，这样，他们以及各自的支持者纷纷加入了论争。路德指责茨温理是理性主义者，完全从理性的角度审视上帝的话语，《圣经》明确说“这是我的身体”，而茨温理却为了合乎理性偏要将它解释为“这象征我的身体”，同时，他还指责茨温理过于主观，完全从寓意上解经，没有强调基督的身体是上帝应许给我们的礼物，忽视了圣餐所需的信心，只将它看作是纪念，但是除非认为耶稣的身体必须临在于圣餐之中，否则，就削弱了基督的身体和宝血在救赎中的的核心地位。但是茨温理反过来指责路德过于神秘，完全忽视理性和反思《圣经》中的话语，强调基督的身体和宝血在救恩中的重要作用是没有问题的，但是《圣经》说基督已经升天了，坐在上帝的右边，他不可能还临在于圣餐之中，如果路德非要坚持这一点，他就否定了基督升天的教义和《圣经》的论述。
但是论争的规模和影响不断扩大不是支持宗教改革的政治家和诸侯们所愿意看到的景象，分歧和论争妨碍团结，他们担心改教阵营一旦分裂就会势单力薄，难挡支持罗马教廷的皇帝和诸侯的进攻。黑森侯爵腓力一世急于解决改教阵营内部的不合，遂邀请路德派、瑞士的改教家以及在圣餐论争中处于中间立场的斯特拉斯堡的改教家在马堡举行会议，讨论圣餐等一系列问题，消除分歧，结成精诚团结、一致对外的联盟。
1529年10月2日，因为分歧，分散各地的著名改教家得以聚首，进行对话。与会的改教家包括维滕堡的路德和梅兰希顿、瑞士的茨温利、巴塞尔的埃克兰巴狄乌斯（Oekolampadius）以及斯特拉斯堡的布塞。这是一场激烈的恶战，尽管会议的组织者强调应该温和地陈述各自的立场，但是有时不免陷入剑拔弩张的局面，譬如路德一上场就抨击对手，说他们所持的观点是异端邪说，这令茨温利等人愤怒，他们表示抗议；同样，当路德批评茨温利的论证很蹩脚时，后者回击说它的观点很有力，足够折断路德的脖子，而路德则借机嘲讽茨温利在瑞士进行的激进改革：“不要夸夸其谈，脖子在这里没那么容易被折断，记住你是在黑森而不是瑞士。”
双方都引经据典，申辩自己的立场，将问题引向了肉体与灵魂的关系。路德在辩论一开始就用笔在桌子上写下耶稣的话“这是我的身体”，并且不断引用在他看来是铁证的这句话，说它已经明确说明基督的身体临在于饼中。埃克兰巴狄乌斯则说《圣经》中包含着许多比喻，耶稣的这句话和他的其他话如“我是葡萄树”一样都只不过是比喻。但是路德坚称他并不否定很多经文是比喻，但问题是他们要证明耶稣的这句话也是比喻。茨温利等人利用《约翰福音》六章63节的话“叫人活着的乃是灵，肉体是无益的”来解释祝圣祷文，说人的灵魂靠属灵的粮食而不是物质性的粮食存活，上帝是灵，直接在人的灵魂中做工，基督的身体无需临在于圣餐中。路德攻击茨温利引用的经文只是比喻，说的是人的污秽的有罪之身对于获得救赎是毫无用处的，并不能由此说不是基督的肉身而是不可见的圣灵临在于圣餐之中。但是茨温利则针锋相对地说路德所引的经文也只是比喻，只是说在灵性意义上吃基督的身体。他还指出，基督复活升天，坐在全能父的右边，他的身体不可能临在于饼和杯中。路德嘲笑这纯粹是几何学的证明，试图证明耶稣的身体在同一时间不能在两个地方显示，这种观点轻看了基督的能力，基督是神，他能轻易地做他想做的事情，他可以同时出现在多个地方。在路德看来，基督复活升天后，他的人性和神性开始互相沟通，他的无处不在的神性也存在于他的人性之中，这样，他的身体当然就可以同时出现在任何地方。但是茨温理指出路德的解释非常神秘，难以理解，他说人性的特点就是有限性，局限于时空之中，路德这样描述的基督的人性其实已经不是真正的人性，人所能具有的身体不可能是无处不在的身体，既然如此，他必然否定有关基督升天及其人性的教义。
要指出的是，在圣餐论争背后潜藏着路德和茨温利等人对理性与信仰的关系以及解经方法的不同认识。茨温利等人偏重理性，认为基督的身体不需要也不能临在于圣餐中，否则他的人性及其升天的教义就不能成立，所以，为了不违反理性的要求，应该将耶稣的那句话作为比喻，进行寓意解释。但是路德反对用理性来理解上帝的作为，认为在圣餐中发生的转变是人不知道也不应该知道的，应该从字面意义上解释经文，基督的身体是重要的，它必须临在于圣餐中。试图运用逻辑假设理解圣餐是路德猛烈批判的荣耀神学和经院哲学的主张，在他看来，他们同样可以按照这种做法反对基督教的其他重要教义。
总之，马堡会议开了三天，大家争论非常激烈，眼看就要无功而返。在这种情况下，会议召集人不得不参与进来，强烈要求会议达成共识，结成联盟。路德受委托起草了十五条声明，提交给会议代表审议。令他惊奇的是，与会代表除了对涉及圣餐的第十五条持有异议之外，都认可其余条款，并承诺在持异议之处不公开攻击对方。这样，一个联盟形成了，尽管它只是暂时的，内部矛盾重重。它避免了改教阵营的内耗，这样他们就有精力和时间推行改革，并应对罗马教会。但是马堡会谈最终未能就圣餐问题达成共识导致了日耳曼与瑞士的改教阵营（路德宗与改革宗）的永久分离。
分裂对于支持改教的诸侯而言是一场可怕的瘟疫，事实上，他们并没有放弃将改教诸派统一起来的梦想。在瑞士的茨温利和埃克兰巴狄乌斯去世之后，腓力一世力图使维滕堡和斯特拉斯堡的神学家达成统一。1536年5月，布塞、卡皮托（Wolfgang Capito）等斯特拉斯堡的神学家与路德在维滕堡举行和谈。在路德面前，布塞等人承认不认同茨温利的象征说，并且宣称领受圣餐之人都领受了基督的身体和宝血，无论他们相信与否，尽管相信者和不信者都是不配的，但是不信的领受者将招致审判。于是，路德认可了他们的信仰告白，说他们现在统一了，是主内弟兄。他们还签署了《维滕堡和约》，确立了都认可的思想基础，并允许彼此在此基础上拥有各自的侧重点。
