正如前述，路德很早就接触到了人文主义者，他们为早年处于艰难求索之中的他寻找真道提供了掌握古典语言和解经技能所必需的工具书以及《圣经》等经典著作，他在维滕堡大学任教时还与那里的人文主义者，譬如希腊文教授梅兰希顿过从甚密。对很多事情，路德与人文主义者有共同的或相似的主张，譬如，他们都批判腐败的罗马教会及其推崇的经院哲学，都要求回到古代的经典，推崇《圣经》以及早期教会的教父的著作。正是因为有这些共同之处，所以他们可以在一段时期相互支持，一起批判僵化腐败的现有教会体制，譬如，路德用拉丁文写作的《九十五条论纲》正是因为人文主义者高效率地翻译成德文并在各地传发，才造成了轰动效应。在莱比锡论战之后，人文主义者给予了路德及其改革很多支持。一些人文主义者，譬如梅兰希顿、布塞以及后来的加尔文（John Calvin）受宗教改革的感召，最终加入到改教阵营中，并发挥了领导人的作用。路德本人对人文主义者也颇有好感。当时的人文主义者都以他们的名字的拉丁文或希腊文自称，路德亦未能免俗。大约从1517年起，宣扬基督徒的自由的他在签名时将其家族的姓Luder改为Eleutherius（来源于希腊词，意思是“被解放的人”或者“自由人”）。虽然他后来放弃了这一做法，但是也没有重新用Luder，而是将其改成了Luther。后世沿用了路德的这个新的拼写方式。
但是人文主义和宗教改革毕竟是两个不同的思潮，它们尽管在上述方面有共同之处，然而如果仔细观察，这些共同之处已经蕴含着根本性的差异：尽管他们都反对罗马教会的腐朽堕落，但是人文主义者往往得到了教会高层乃至教皇本人的青睐，获得了他们的资助，但是宗教改革者却往往不被他们接纳，与教廷尖锐对立；尽管他们都反对经院哲学，然而人文主义者只是反对它的繁琐分析和抽象论证，他们寻求简明清晰的神学，并不反对经院哲学背后潜藏着的依靠善工得救的基本理论前提，还试图通过改善人的德性来救世，而路德则坚决反对这一点，要求回到恩典和信仰本身；尽管他们推崇《圣经》，然而人文主义者并不像路德那样将它视作唯一的、最高的经典，只承认它的权威性，在他们看来，它在地位上并不比其他古代的经典之作高多少；他们对待早期教父的态度也有明显的不同，譬如，伊拉斯谟尽管批判哲罗姆翻译的拉丁文《圣经》，指出其有很多错误，然而他非常推崇这位主张神人合作说的教父，而路德尽管尊重哲罗姆，但是对他的兴趣却远远比不上对强调上帝的恩典的奥古斯丁的兴趣。人文主义者倡导理性、节制和温和，讨厌改教家推崇信仰以及他们的不宽容、独断和语言暴力，也不满宗教改革轻视和破坏宗教艺术以及世俗的学术研究所导致的文化衰落，担心过分抬高信仰会导致蒙昧和道德废弛。上述差异和不同最终都可以归结到他们之间的一个更根本的差异，即对人的价值、尊严和人的自由意志的不同认识上，这种差异在宗教改革的领袖路德与当时最著名的人文主义者伊拉斯谟之间的论争上最鲜明地体现出来。
起初，两人关系相当不错。对于路德的《九十五条论纲》，伊拉斯谟表示赞同，他说：“我听说每一个善良的人都会同意路德……路德的论文，我想除了少数靠炼狱生活的人之外，没有人不赞成。”他拒绝教廷的要求，没有公开批判路德。当罗马教廷将路德当做异端，要传唤他去罗马受审时，明白去罗马意味着什么的伊拉斯谟反对这种随意扣异端帽子的做法，说即使路德犯了错，他得到的应该是纠正，而不是死亡。当教皇派遣特使到德意志督促惩戒路德时，选侯腓特烈向伊拉斯谟咨询，而后者认为不应该禁止路德的宗教主张，路德没有错误，如果有，那只是他攻击了戴着皇冠的教皇和舔着大肚子的神职人员，于是选侯坚定了维护路德的决心。伊拉斯谟在得知了教皇的《逐路德出教》的谕令之后说它残酷无情，与教皇的温和性格不符。在路德受传唤到沃尔姆斯帝国会议这件事情上，伊拉斯谟要求选侯支持路德，并保护他的人身安全。路德也对伊拉斯谟表现出了尊敬和好感，一度称呼他是时代的指路明灯，并向人宣称他只不过将伊拉斯谟的观点更清晰、更直接地表达出来。在致信给伊拉斯谟时，路德也谦虚地自称是“你在基督内的小弟兄”。
但是即使如此，二人私底下仍然表达了对彼此的不认同和抵制。1516年10月19日，路德致信斯帕拉丁，说青年人的精神领袖伊拉斯谟没有读懂《罗马书》第五章中的原罪，没有理解奥古斯丁对佩拉纠的批判以及他的《论灵性意义和字面意义》。1517年初，路德说他对伊拉斯谟的尊敬与日减少。在焚烧了教皇的谕令之后，他并不指望伊拉斯谟会支持他，因为在他看来，伊拉斯谟还相信靠礼貌和恩德来实现改革。同样，伊拉斯谟在1519年5月的信中说，他没有空闲阅读路德的著作，不过据他对路德思想的了解，他不赞同路德将教皇，而不是误用了他的权力的部下作为攻击的对象，宣称谩骂和暴乱解决不了，根深蒂固的旧制度和恶习非一朝一夕之功所能改变，要求路德冷静地、慢慢地解决，不要将矛盾升级，直接挑战教皇的权威。教廷人士指责伊拉斯谟，说路德孵出了他所产的蛋，但是伊拉斯谟回应说他下的蛋是颗母鸡蛋，但是路德孵出的是只斗鸡。这说出了他们两人思想的关联和差异。伊拉斯谟提出了改革宗教的主张，但是他采取了温和的立场，只要求对百姓进行必要的启蒙和开化，使他们信仰虔诚、道德高尚，反对进行大张旗鼓的宗教改革。但是路德坚决主张依据他的新发现和十字架神学对教会体制和神学进行系统的、彻底的改革。
不过，两人都保持了克制，并没有公开攻击对方。路德的主张赢得了广泛的支持，伊拉斯谟的很多支持者都投到了路德的怀抱。伊拉斯谟和路德在社会影响力上发生了此消彼长的变化。1523年，发生了一件激化二人的关系，最终导致他们关系破裂、分道扬镳的事件。曾经是伊拉斯谟的信徒而现在成为路德的信徒的胡腾拜访了伊拉斯谟，尖锐地批判他是教皇的食客，不敢主张变革。这使得伊拉斯谟认为有必要澄清自己的观点，突出他与路德的差异，拉开他们之间的距离。他在亨利八世的大法官莫尔（Thomas More）的提议下围绕自由这个主题向路德发起了挑战。1524年9月，他发表了《论自由意志》一书，批判路德的观点。
在该书开头，伊拉斯谟声称他在自由意志这类事情上持怀疑论立场，并宣称这种立场符合神圣不可侵犯的《圣经》和教规。他大量引用《圣经》中的经文说明《圣经》的论述并不清晰，没有给出结论性的回答。在他看来，人的意志似乎拥有一定的自由，对这个问题似乎没有肯定的论述。路德在海德堡论辩时说，自由意志在人类的始祖亚当堕落之后就只是一个虚幻空洞的名称，它只具有被动去做善事的能力，却总具有主动去做坏事的能力。针对此，伊拉斯谟指出这必然导致精神上的懒惰，废弛道德和善工，毁灭人的尊严和价值。在他看来，虽然人的自由意志因为人犯罪而受到了破坏，但是并没有被罪恶消灭，只不过非常软弱无力，以至于在接受上帝的恩典之前，人倾向于邪恶，而不是良善。不过凭借上帝的恩典，人的自由意志能够在灵魂的救赎上发挥一定的作用，人可以与上帝合作完成救赎。
路德对伊拉斯谟书中的观点感到震惊，不过这倒不是因为他认为其内容深刻犀利，而是因为他觉得该书作者极其无知，其内容糟糕透顶，完全不像出自伊拉斯谟这样的大学者之手。尽管他认为回复这样的作品真是困难，不过，在拖延了很长时间之后，他还是做出回复，在1525年12月出版了其题名与伊拉斯谟的书名针锋相对的《论被缚的意志》。在该书中，路德不仅逐条反驳伊拉斯谟的观点，而且还回应了伊拉斯谟对他引用的每条经文所作的解释。
路德首先赞扬和感谢伊拉斯谟，说他关注自由意志，而不是教皇权威、炼狱、赎罪券的本质之类的不相干的问题，是唯一一个抓住了事情本身和问题之关键的人。不过，他说他并不赞同伊拉斯谟的观点。针对伊拉斯谟的开场白说《圣经》没有对自由意志这样关乎救恩的重要问题给出最终答案，路德提出了猛烈的批判，说这种说法亵渎上帝，是撒旦的作为。
其次，对于人的自由意志，路德区分了两个层次。他说，“在人之下”的事情上，人有自由选择的权力，在这一点上，他并不反对伊拉斯谟。但是他强调，“在人之上”的事情上，即人与上帝的关系和人的罪的赦免问题上，人没有丝毫的自由和作为，只能信靠上帝，凭借他的恩典而获得救赎。路德与奥古斯丁一样认为，人在堕落之前有不犯罪的自由，但是在堕落之后就没有了自由意志，他的意志被罪和魔鬼捆绑和奴役，此时，他的意志如同驮着重物的马，它如何行动完全听凭它的骑手的意志：如果上帝骑上它，它就以上帝的旨意为它自己的意志并遵此行事；如果魔鬼骑它，它就完全顺服魔鬼。但是谁骑它也不是它能选择的，这依赖上帝的恩典，上帝愿意拯救它，使它摆脱罪的捆绑，那么，上帝就会骑上它，这样，撒旦就没法控制它。
由上可见，路德和伊拉斯谟在自由意志和人如何得救的问题上分别主张神恩独做说和神人合作说。正像伊拉斯谟一贯持调和立场一样，他不赞同神恩独做说，认为那完全否定了人的自由，导致人甚至都无法选择是接受还是放弃上帝的恩典，人完全成了上帝实现其旨意的工具和手段，只不过是个傀儡或木偶而已。但是路德认为哪怕承认人在救赎上有一丁点自由，那么人就会自作主张，将自己抬高到能与上帝讨价还价的地位，而这种僭越必然招致上帝的愤怒和惩罚。在这里，路德实质上说出了他当年反对购买赎罪券的理论根源，他在这里不过是继续贯彻着他的因信称义的发现和十字架神学，他不愿意在自由意志这个问题上妥协，重新陷入早年困扰他的精神折磨当中。
路德的尖锐批评令伊拉斯谟深受打击，他两次撰文进行还击，系统阐发自己的宗教改革的思想。但是这些著作影响都不大，而路德本人则忙于自己已经卓有成效的改革大业，不再理会他。此时，支持宗教改革的人将伊拉斯谟看作懦夫，说他领他们到悬崖上，鼓励他们往下跳，自己却仓皇逃走，而罗马教廷的支持者也对他不满，认为他反击路德的观点太温和，并且出现得也太晚了，于事无补。反对激进的宗教改革而倡导和平地、渐进地改革宗教的伊拉斯谟最终成了两边都不讨好的人。时代需要斗士，而他却是绅士，他的观点更适合于理性的时代，出现在一个困境不通过大刀阔斧的改革就不足以打破的时代，多少有些不合时宜。经过这次论战，很多人文主义者对路德领导的宗教改革充满了担忧和失望，疏远了它，由此，宗教改革与人文主义这两个曾经交叉在一起的运动分道扬镳。
