托马斯·阿奎那自5岁开始，经过了10年的隐修院教育和7年的那不勒斯苦读，在一场风波过后又奔赴巴黎大学。在巴黎大学里，他从学子到教授，风风雨雨将近14个春秋。现在，他离开巴黎返回意大利，要在教士与学者们之间奔波9个年头。这9年，是他走出校门、体察社会、广泛交往、探求知识的9年，也是他思想成熟、开始收获的9年。
1.教廷神学顾问
托马斯·阿奎那离开巴黎返回意大利后，任教廷的神学顾问，在教廷书院里讲授神学。
当时的教廷还没有固定在梵蒂冈，而是按照教皇各自的实际情况，不断改变地点。1259年托马斯刚到意大利时，任教皇的是亚历山大四世，住在阿那尼。1261年新任教皇乌尔班四世在奥维叶托加冕。随着教皇的更替，教廷于1265年设在罗马，1267年设在维台博。这样托马斯·阿奎那在重返意大利的9年当中，跟随教皇遍游了上述诸城，同时，又频繁地觐见教皇，往来于学者、外交官和传教士之中。
教会当局之所以十分重视教廷书院，并热衷于聘请神学顾问，更值得一提的是他们为什么选择了多米尼克修会的托马斯·阿奎那？这主要是因为：首先，当时“新思潮”的洪流漫卷西欧的思想理论界，基督教教义受到严重的挑战。这种情况下，教会当局既不会放弃传统的神学，也不会公开接受作为教会异端的新思潮。教会对柏拉图主义和亚里士多德主义孰是孰非、孰优孰劣，还处在心中无数的状态。但是，从教会不再重提过去宣布的亚里士多德的禁令来看，他们对“新思潮”的态度由对立开始向温和的方向转化，并渴望深入学习神学理论，以充实自己，挽救教会危机。其次，就当时最大的两大修会多米尼克修会和法兰西斯修会来看，多米尼克修会提倡会士参与社会活动，热衷于学术研究活动和大学讲学活动，有一批著名的教授，有广博的学识和广泛的社会影响。从教皇任命他们主持宗教裁判上也可以看出，多米尼克修会相对势力要大些，地位要高些。再次，当时教会对亚里士多德主义的传播有三种立场：一是全盘吸收，无条件采纳；二是排斥；三是主张吸收改造。托马斯·阿奎那是第三种立场，他反对无条件吸收，也反对无条件排斥，主张在服务于信仰的条件下的改造与吸收，保留、利用其符合教义的部分，修改、摒除不符合教义的部分。
托马斯.阿奎那的这种态度和思想，对于当时的教会来说，不只是能够接受，而且是迫切需要的。托马斯的方法是调和包括奥古斯丁主义的经院哲学的各派观点，从没有与奥古斯丁的传统神学直接抗衡，也没有公开反驳过任何一个权威人物的观点。他常用的方法是对一个论题或概念的意义作出仔细的区分，然后指出论敌的观点在某一次要意义上是正确的，而在更重要的意义上则是错误的。这样，他把表面上看来相互对立的观点解释为从不同角度或不同层次来看待同一对象的结果，即说成是同一认识的不同方面。他即使在反驳奥古斯丁主义者的观点时，也可以使用奥古斯丁的语言来表达自己的意思。由此可见，托马斯·阿奎那的这种调和，又不是一种无原则地把各种观点、学说、倾向搀和在一起的折衷主义。他调和各派思想的基本原则，用他自己的话说，就是“恩典并不摧毁自然，它只是成全自然”。
托马斯·阿奎那在意大利教廷书院讲学，不像在巴黎大学那样固定，常常是改变地点，而且在每个地点逗留的时间都比较短，其讲授方法还是像在巴黎大学那样采用讨论会的形式。他的《论上帝的能力》一书，就是在这里主持专题讨论的汇集。整个集子包括10个主题，其中前6个问题是关于上帝的能力和创造，后4个问题讨论上帝的位格。每个问题又分成若干讲，如第3个问题就是由19讲组成的，当时至少讨论了19次。从这本集子的内容看，论题很清楚，而内容却一般，这主要是与教廷书院学生的水平有关。正如最近的一位学者评论的：“《论上帝的能力》中的这些问题尽管比《论真理》中的那些问题表达了更为成熟的思想，但它们却不那么生动和吸引人。无疑作者考虑到了在世界一流大学的听众与一个低等的地方研究院中的听众之间的差别。”
1261年至1263年间，托马斯·阿奎那在教皇乌尔班四世所在的奥维叶托讲学。据传说，乌尔班四世曾请托马斯为基督教的节日写祈祷诗和赞美诗。尽管托马斯毫无激情的、死板的性格与诗的韵味大相径庭，他还是把一种高度经院化的神学专门术语与简洁生动表达的、学者化的圣经隐喻和宗教热情奇异地结合了起来。其中一节的大意是：
视觉、触觉、味觉尚且会使你受骗
哪有应予信任的真实听觉可言
上帝之子告诉我的
我就看作是真的
没有什么真理
除非是真理自己的语言
这些赞美诗后来在罗马教士中一直很流行。
在任教皇神学顾问的日子里，托马斯·阿奎那不懂希腊文，但乌尔班四世的广泛兴趣使他不能不去熟悉希腊神学家的著作和希腊教会会议的条例。这一努力在他应乌尔班四世之邀而撰写的《斥希腊人的错误》中得到了很好的体现。他采用多种途径，多方面引用古希腊权威们的著作，他当时为乌尔班四世所作并在教皇死后又花了几年时间才完成的对福音书的连续评注，就是由这类引文交织而成的。这部以《金链》为题的评注，被后来的教父们视为几乎完善的大纲。
在奥维叶托期间，托马斯·阿奎那有幸与阔别多年的老师大阿尔伯特又相逢了。大阿尔伯特深知教皇乌尔班四世对哲学、特别是“新思潮”备感兴趣，于是率弟子专门来向教皇述说亚里士多德哲学真谛及如何为教会所用的问题，同时也反映作为教皇神学顾问的托马斯，在以往巴黎大学教学中在这方面研究的初步成就。这时，正巧一位希腊著名的翻译家曼培克的威廉也来到奥维叶托。托马斯·阿奎那抓住良机，请这位当时一流的拉丁文翻译家忠实地把亚里士多德的主要著作，由原著的希腊文译成拉丁文。由于曼培克的威廉的精心翻译，托马斯获得了可靠的、真实的材料，从而纠正了以往阿拉伯学者们对亚里士多德著作的误译。于是他感到更真实了，信心更足了，他可以放心地去引用、论证、注释和阐发亚里士多德的思想，使其能更有效地为基督教会服务了。
托马斯·阿奎那忠实履行自己作为教皇神学顾问和教廷书院教学的职责，得到了教会的称赞和信任，他同教职人员的关系也更密切了，以致成了教皇神学理论的代言人、教廷决策的发布者和宗教审判的裁判者。通过广泛接触社会各界和遍游意大利诸多的城镇，特别是在这里又一次得到大阿尔伯特老师的指教和领悟了亚里士多德著作的真实译本，他的思想已经成熟了，形成了今后一贯的神学哲学观：“神学来源于信仰之光，哲学来自于自然理性之光，哲学和神学是两门不同的科学。但是，哲学真理不能与信仰真理相对立。所谓‘双重真理’，只是达到同一真理的两条不同的知识途径或者两个不同的环节，真理只有一个，那就是上帝。哲学与神学有着共同的对象，如上帝、创世、天使、拯救等，但哲学靠理性认识它们，神学靠天启认识它们。既不能将哲学消融在神学之中，也不能使哲学与神学彻底分离。以信仰为基础的神学和以理性为基础的哲学，永远都不会发生矛盾。信仰可以帮助理性开阔视野，补充和完善哲学真理；理性则可以维护、解释和证明信仰。不过二者不是等值的，神学高于哲学，哲学服务于神学。有一部分神圣对象是哲学靠自然理性可以认识的，如上帝存在及其属性等，有一部分神圣对象则是哲学靠自然理性不能认识的，如三位一体、肉身化、赎罪论等信条，只能靠信仰和权威来把握。关于前者的学问是自然神学，被视为哲学的一部分；关于后者的学问是教理神学。”
托马斯·阿奎那在意大利来往于教皇与学者之中的9年，与巴黎大学相比，自由得多了，时间也比较宽松，他已经有条件、也有能力进行研究和写作了。他对亚里士多德大量著作作了注释与考证，以及他那第一部成功的代表作《反异教徒大全》都是在这个时期完成的。
2.注释与考证
托马斯·阿奎那考证和注释经典著作，主题无不是阐述基督教教义，论证基督教神学的。他的注释工作同其他写作一样是惊人的，尤其是如痴如迷地注释亚里多士德的著作，凡是译成了拉丁文的亚里士多德著作，他几乎都逐句逐行地进行了评注。有一次，他在乌尔班四世教廷得到了一本由法兰芒多米尼克修会会员曼培克的威廉出色地重新译出的亚里士多德的《灵魂论》，他立即进行注释考证，并在自己的著作中使用了这个版本。几年来他所注释的亚里士多德著作主要有：《物理学》、《形而上学》、《解释篇》、《后分析篇》、《天论》、《世界论》、《生灭论》、《灵魂论》、《论感觉和感觉对象》、《论记忆》、《尼各马可伦理学》、《政治学》、《气象学》等。其中，《形而上学》最为著名，迄今为亚里士多德哲学的研究者们所援引。
托马斯·阿奎那从原始资料着手，查阅亚里士多德著作和有关论著，通过综合的、仔细的分析和思索，想方设法作出符合基督教信仰的解释，作出大量有利于基督教观点的解释。托马斯不仅坚信亚里士多德的观点，认为亚里士多德是他的理论权威，亚里士多德学说更符合真理，可以使信仰认识到自己的理由，而且对亚里士多德本人也十分尊重，他从不具体指出亚里士多德的名字，而只是敬称为“那位哲学家”。
一时间，托马斯·阿奎那的注释似乎成了亚里士多德哲学的正宗，人们竟习惯于依此追根究底，纠正他人。因此，托马斯被看作是对教会作出巨大贡献的创新者、思想家和理论家。在他那里，亚里士多德的理论形式中被注入了基督教思想的内容，亚里士多德的学说被基督教化了。的确，托马斯利用亚里士多德学说建立起来的哲学理论，使中世纪经院哲学焕然一新，出现了一个繁荣的时期。
也有人认为，托马斯·阿奎那的神学哲学并无新意，只不过是对亚里士多德理论的照搬而已，这是不符合事实的。托马斯在注释和考证中所阐述的思想，并不是无条件地照搬亚里士多德的理论，而是坚定地站在基督教的立场上，有目的地进行取舍，把真正合理、有用的东西，经过加工改造转化为自己的，并为自己所用。
可以说，托马斯·阿奎那的思想同亚里士多德的思想有着血缘关系。就其观点而言，他们两人有许多是直接的同一，有托马斯·阿奎那的发挥、改造和创新，当然也有曲解或歪曲。所有这些，很难一一列举。但是，他们两人思想体系和基本范畴的联系与区别，我们可以进行如下的比较和分析。
首先，有些是直接利用亚里士多德的。
从本体论方面看，他们都反对灵魂独立、灵魂：在先的唯心主义宇宙观，也反对灵魂、肉体是两个独立实体的二元论。认为，灵魂本身不是一个完全独立的实体，它只是肉体的形式，灵魂和肉体组合才成为一个完整的实体。在这个前提下，他们强调物质是个体化的因素。托马斯·阿奎那勇于冲撞基督教的传统理论，对上述观点十分强调，并反复论证了12次之多。
从认识方面看，他们都反对先验论。托马斯·阿奎那不仅赞同亚里士多德关于人的知识基于自然和感觉经验的论点，而且同亚里士多德一样，论述了人的心灵是一块白板，可以接纳外来的印象，并通过理智抽象，形成概念，建立判断，认识真理。
从政治观点方面看，他接受了亚里士多德的观点，认为君主政体、贵族政体和民主政体都是正义的政体，而君主制是最好的政体，它符合于统一的原则。
其次，有些是托马斯·阿奎那对亚里士多德思想的加工和改造。
就形而上学来说，亚里士多德哲学所探讨的是世界是什么，是怎样形成现在这样的，即讨论世界存在自身。而托马斯·阿奎那的哲学所探讨的是世界怎样存在，是追溯世界存在的起源。因此，他们两个各自的哲学体系就存在本质上的区别了。具体说：
第一，关于理性认识，亚里士多德十分重视理性认识在认识中的作用，指出，感觉经验虽然是“我们对个别事物的最重要认识”，但它不能告诉我们事情的原因，只有通过理性认识活动，才能认识事物的普遍性和本质。托马斯·阿奎那在赞同和引用这一观点的同时，又提出，理性认识同感觉经验一样，都有局限性，理性认识的局限性必须用信仰知识来补充，认为，信仰是超理性的，但不是反理性的。理性认识与信仰虽然各自属于不同的系统，但它们并不冲突，而是相辅相成的。这样他就改造了亚里士多德的观点，把理性和信仰调和在一起了。
第二，关于现实与潜能的原理。亚里士多德经过一系列的论证，指出：“现实之于潜能，犹如正在进行建筑的东西之于能够建筑的东西。”即是说，砖瓦在未建造房屋之前只是一种潜在的东西（相对于房屋），当砖瓦建造成房屋以后，这种潜在的东西就成了现实的东西。这种现实又是高一层事物的潜能，以此类推，但这个系列不能是无限的，而是有个开头和结尾。这样，就推导出了“不动的第一推动者”。托马斯·阿奎那抓住并改造了其中的唯心主义方面，把亚里士多德的多个第一推动者改造成一个，并直接归结为上帝。
