第三，托马斯·阿奎那把亚里士多德哲学中极为重要的范畴“目的”，广泛运用到他的学说的许多方面，承袭了亚里士多德关于宇宙万物特别是人，无不以完善其本性为目的。但是，他又认为，亚里士多德缺乏对上帝的认识，因而揭示了至善，无法指明最终目的。他断言，万事万物在完善自己的本性时，无不体现上帝的至善，上帝才是最终目的。
第四，关于世界的永恒性，亚里士多德提出世界是永恒的，是无始无终的。托马斯同意这个观点，并且认为，这在理性上是无法驳倒的。同时，托马斯·阿奎那也按照《圣经》上关于“世界从无中创造”的训诫，认为哲学家们没有足够的证据反驳这一训诫，因而世界也是有始有终的，世界绝非永恒的。
第五，关于幸福，托马斯·阿奎那同样赞同亚里士多德关于人人向往幸福的命题，但是他又说，这种幸福论只是揭示了一个不重要的方面，是不完整的。认为，亚里士多德只是揭示了现世的幸福，而没有揭示来世的真正的幸福。只有上帝那里的幸福才是真正的永恒的幸福。
如此等等。
由此可见，托马斯·阿奎那的哲学体系，最为系统地接受和利用了亚里士多德的学说，而且进行了卓越而成功的加工和创造。他在保持上帝启示的信仰知识前提下，在绝对信仰的原则中注入了自然哲学和理性思维，调和了人类理性和信仰之间的矛盾，创立了自己独特的哲学体系。托马斯·阿奎那的哲学体系是新型的哲学体系，也是典型的宗教哲学，既有亚里士多德哲学的理论形式，又有基督教思想的基本内核，是基督教思想发展史上的一个重要的转折点。这种面目一新的经院哲学为挽救当时基督教的信仰危机发挥了极其重要的作用。
3.第一部代表作
托马斯·阿奎那在意大利逗留期间所著的《反异教徒大全》，是他的第一部代表作。这部著作除开头的54章是在巴黎大学写作之外，其余都是在意大利完成的。
《反异教徒大全》，英译名为《论天主教信仰的真理》。原稿是作者在羊皮纸上写的，现存于梵蒂冈图书馆。、在原稿中，没有具体书名，后来的不少手抄本和印刷本曾有过不少标题。如《驳异教徒专论》、《论公教信仰真理驳异教大全》、《论公教信仰驳异教大全》、《真理大全》等。现今通常用《反异教徒大全》作为书名。该书虽然是讨论神学问题，但是为了劝说无信仰的异教徒，它避开超理性和信仰，主要从哲学和人的理性的角度去阐述问题，因此，人们也称这部书是“哲学大全”，是托马斯·阿奎那的哲学代表作。
这部著作，根据当时基督教的处境，针对不信奉基督教的异教哲学家，强调自然和超自然、理性和信仰的和谐，企图说服教外人二匕信奉基督教。托马斯·阿奎那特别是针对那些接近亚里士多德哲学后主张自然主义世界观的阿威罗伊等哲学家及其追随者，认为这些人尤为严重地威胁着基督教的正统思想和理论，所以，必须驳斥当时流行的阿威罗伊学说，以免使基督教思想受到侵害。正如他自己声明的那样：
“基于对上帝的虔诚，抱着对智者职责的信念，我尽管力不从心，还决定撰写这本书。其宗旨是，竭尽全力弘扬公教信仰所宣布的真理，驳斥与之相反的谬论。
对于各种错误一进行驳斥是有困难的……因为如穆罕默德的信徒和农村的乡下人不像我们相信圣经的权威……所以必须借助人们都信赖的自然理性。
我们将提出一些理性所探究到的真理，并利用这些真理去排除错误；我们还将指出，如何使理性所证明的这些真理同基督教的信仰互相协调一致。”
《反异教徒大全》分为卷和章，全书共4卷，463章，约40万字。
第1卷共102章。其中开头9章是导论：申明了本书的写作目的和采用的方法，阐明理性可以认识基督教揭示的真理，哲学家的论著也可以证实信仰真理。而后是论证上帝的存在、上帝的完满性、上帝的自我意识、上帝的意志和幸福。在这里，托马斯·阿奎那认为：
（1）信仰的真理与理性的真理不会发生矛盾。自然理性并不要我们认识世界而否认基督教信仰，基督教信仰不仅承认理性权威，而且是建立在理性基础上的。信仰不排斥理性，相反，由于上帝的绝对权威会提高理性的认识，保证理性知识的真实性和可靠性。因此说，信仰所揭示的真理与理性所揭示的真理，是一个真理的两个方面，或者说是同一个真理。只是它们的求证方法不同而已。在这一卷里，托马斯·阿奎那围绕信仰的真理与理性的真理相互协调的论题进行了多方面的阐述。“我所谓的两种真理，并不是就上帝本身而言的，因为上帝是惟一而单一的真理，而是就我们的认识而言的，因为我们是从不同的方面去认识上帝的真理的。”“我们从哲学家和圣人们的著作中举一些证据和证明，借以证实真理，批驳反对者。其次，按照由浅入深的步骤，阐明超越理性的第二种真理，解答反对者提出的理由，并尽可能地应用上帝给予的论点和证明去宣讲信仰真理。”
“所以我们的意图是运用合理的方法，探究人类理智所能研究的有关的上帝的第一真理……”
（2）“上帝存在”是需要证明的。有人曾认为，“上帝存在”是自明而无须证明的，因为“上帝存在”从“上帝”一词的定义中就能推出来，任何知道“上帝”一词意义的人，都会懂得有一个确实的上帝。鲍纳文多拉就是这样主张的，他认为，仅仅从上帝的概念或上帝这个名词的定义，就可以立即得出“上帝存在”的结论。只要人不受私心杂念所蒙蔽，基于坚定的信仰，通过内心沉思，便可以直接瞻仰上帝。托马斯·阿奎那坚决反对关于“上帝存在”是一个自明真理的论断，并且分析说，之所以有人相信“上帝存在”是自明的，一方面是由于人们自童年时期，就习惯于听人谈论上帝，养成了这种把上帝“看作是自然的和自明的”信念。另一方面，是由于人们“分不清本身是绝对自明的和在我们看来是自明的这两种区别。上帝的确是绝对自明的，因为上帝之所以为上帝，乃是上帝自己存在的。可是，在我们的思想中就无法理解上帝之所以为上帝，因而对我们来说是不知道的。正如整体就其自身来说大于部分，是绝对自明的，可是对不懂整体是什么的人来说，必然是不知道的。于是出现这种情况，对某些极其明显的事，我们的理智如《形而上学》第2卷上说的，好比蝙蝠的眼睛之对于太阳”。于是，托马斯·阿奎那提供了两个来自亚里士多德《物理学》的冗长、费解的证明。他从具体的事物和现象出发，采用亚里士多德的类比方法，对“上帝存在”进行推理证明。首先，运用亚里士多德关于运动的理论，从主动和被动的关系中，排除无穷的追溯，推论出“必然存在着一个独立的、绝对的、不动的第一发动者。它就是上帝”。其次，把现实的世界万物看作是结果或效果，把万物的生成看作原因，由此推论出“必须肯定存在着一个有效原因，它就是上帝”。最后，他指出：“在哲学家（指亚里士多德）的言论中，，我们还可以概括出另一条路线，因为在《形而上学》第2卷上，：哲学家曾证明过，凡是最真实的，也就是最高的存在。《形而上学》第4卷上还证明过，从比较中可以看到最真的，我们从一个比另一个更假中，可以看到这两个东西，有一个必定比较真。从接近真的程度来说，有一个是绝对而最高的真。由此可以结论，存在着一个最高的存在者。它就是我们说的上帝。”
（3）上帝是尽善尽美的。在托马斯·阿奎那看来，上帝的本性或本质是永恒、无限、不变、现实、美善的，对此，托马斯·阿奎那在这一卷中作了多种推论：一是从存在等级推论，认为存在等级的高低，取决于能力的大小，“上帝具备一切能力，什么都不缺，所以上帝是尽善尽美的”。二是从现实与潜能推论，认为，凡是不完善的事物，都是未成为现实而处于潜能状态的，凡是完善的事物，都是现实的，“至于一无潜能的，则是纯现实，它必然是最完善的。上帝是纯现实，所以它最完善”。三是从运动推论。认为发动者是运动的原因，运动是发动者的效果，因为任何运动都是由发动者推动的，所以效果不如原因。在因果联系中，最后必然会推到第一个原因。第一原因即上帝。“上帝与万物相比，上帝具有一切优点，反之则不然。所以上帝是最完善的。”四是从事物的优劣推论，认为事物的标准都有最佳、较次、最次，“万物的标准非上帝莫属，因为上帝是自己存在的，事物所能有的任何美善，他都具有。若有缺失，便不是事物的共同标准了”。五是从宇宙起源推论，上帝是宇宙万物的起源，宇宙万物的存在依赖于上帝这个最高而首要的存在。“万物相似于上帝，不是上帝相似于万物”，“上帝是尽善尽美的，万物却不然。因此，万物只具有上帝的某些美善”。总之，“万物受益于上帝而相似于上帝”。
上帝是第一的真理，上帝是第一发动者，上帝是尽善尽美的……由此可见，“上帝存在”在托马斯·阿奎那的思想中占据极其重要的位置。在他看来，“上帝存在”是神学问题的核心，是他的形而上学本体论哲学体系的主要命题，也是他这部代表作的基础。他特别指出：“在有关上帝的研究中，首先要证明上帝的存在，它是全书不可或缺的基础，无此基础，一切有关上帝的研究势必失去意义。”
第2卷共10l章，托马斯·阿奎那申明他不会违背《圣经》上教导的上帝创世说，他在这一卷里长篇阐述了精神实体以及灵魂和肉体结合的问题，论证了上帝的能力和创造、上帝是万物的原引等问题。
（1）上帝从无创造出世界。
这一卷所涉及的主要不是上帝本身的属性，而是上帝与世界的关系。托马斯·阿奎那详尽阐述了上帝从无创造出世界这个命题。不过，这个命题不是托马斯·阿奎那提出来的，而是以往犹太教和基督教对《创世纪》的思考，是与亚里士多德的宇宙永恒说相对立的命题。一个是“创世说”，认为世界在时间上曾有一个开端；一个是“永恒说”，认为世界是无始无终的。托马斯·阿奎那既是基督教的忠实信徒，又是亚里士多德学说的真正理解者，因而他既不能否定“创世说”，又不能否定“永恒说”，但如果把两种相互矛盾的说教统一起来，似乎是不可能的。然而，托马斯·阿奎那在这一卷里所思考的就是这个似乎“不可能”的问题。他力图不违背基督教教义，也不违背亚里士多德的学说，十分谨慎地用了8章（第31一38章）的篇幅进行论证，他时时处处运用亚里士多德的学说，巧妙地实践了这项工作。
托马斯·阿奎那竭尽其理智能力，首先从词义上对“上帝从无创造：出世界”作了解释，认为，“无”就是“不用什么东西”或“不借助什么东西”。并不像人们制造东西需要原始材料那样，“无”本身不是一种预先存在的原始材料。“所谓创造，严格起来，既不是变动，也不是变化”，“创造是霎时间的”，“创造不需要任何原始材料”。正因为创造不需要一个先后的过程，不需要借助什么东西，所以就应该把“上帝从无创造世界”具体表述为“上帝创造万物，使其存在，并未应用任何预先存在的东西如物质”。
为了论证“上帝从无创造世界”这个命题，托马斯·阿奎那运用亚里士多德的4个理论进行了反证：第一，亚里士多德《物理学》第3卷第1章上说：“任何变动或变化，都是就潜能中的生存现实这种情况而言的。”即是说，任何现实的东西都是由潜能转变而来的，之所以能够转变，是因为在转变之际存在着某种能变为现实的潜在因素或原始质料。可见，“在上帝的活动中，不存在现实活动的什么潜在的原始质料。所以，上帝的活动既不是变动，也不是变化”。第二，现实事物的存在状态有量变和质变之分，无论是量变那种缓慢的不显著的变化，还是质变那种如生如灭、新陈代谢等根本性变化，都需要前提或物质条件。然而，“创造没有这种情况，它既无什么前提，也无潜在物质。所以创造不是变动，也不是变化”。第三，亚里士多德在《物理学》第3卷第1章中说，事物在变动之后同变动之前相比，肯定是不一样的，可是上帝创造的事物实体，不像事物那样前后有变化，否则它就同事物一样有前提了。所以，“创造不是变化”。第四，就不断变动的事物来说，在变化过程中还没有形成，只有在运动变化的时间结束、静止开始时才形成，就是说，事物的形成意味着变化随即结束，“创造不可能有这种情况，因为创造如果同变动或变化一样有所过程，必然有什么东西比它先存在。这就违反创造的意义”。创造决不意味着某些早已存在的材料的变化。所以，“创造不是变动，也不是变化”。
根据以上反证，托马斯·阿奎那又指出：“由此还可以证明，创造不需要时间”，“创造是刹时间的。一旦创造，事物即出现，犹如一旦发光，即明亮。”
