在这种情况下，王安石奋起进行斗争，他以“三不足”（天命不足畏，人言不足恤，祖宗不足法）的大无畏精神，在神宗面前据理驳斥了韩琦、文彦博、司马光等人反对新法的种种论点，甚至上章要求辞去宰相职务，以迫使神宗将新法进行到底。神宗明白赵宋王朝必须走变法之路，否则将会陷入不可救药的境地。要变法，就只能依靠以王安石为首的变法派。为此，他一方面接受王安石的推荐，任用吕惠卿、曾布、章惇、邓绾、李定、吕嘉问等一批拥护新法的官员去主持变法事务，继续推行新法。另一方面，先后撤换了吕诲、范纯仁、吕公着、程颢、刘挚、杨绘等从中作梗的台谏官，贬黜了不少肆意挠法作奸的下级官员。对王安石本人，则总是好言抚慰，显得言听计从，致使另一位宰相曾公亮有“上与安石如一人，此乃天也”之叹。
但是，宋神宗实际上并未完全采纳王安石的意见，他对变法派的支持有一定限度，对保守派的打击也很不得力，特别是对保守派中的元老重臣根本就不想去触动他们，相反地却是一味姑息迁就，予以重用，以报答他们对父亲和自己两朝的“定策功”。甚至将积极反对新法的冯京（富弼婿），由御史中丞擢为枢密副使，进而除为参知政事。这样，从中央到地方就为反对派树立了一面“赤帜”，他们连篇累牍地反对新法的奏议，颇有声势，从而造成变法派不香、保守派不臭的政治局面。时值荒年，大批饥民流离失所，保守派又将责任推到宰相王安石的头上。王安石感到要继续推进变法，困难重重，遂于煕宁七年（1074）四月辞去相位，出判江宁府。
王安石罢相后，神宗以韩绛为相、吕惠卿为参知政事，继续推行新法。
吕惠卿为了把持朝政，一面在神宗面前攻击王安石，以不使他重返政府，一面为标新立异，又改变王安石的变法主张，从而引起人们对新法的更大不满。在韩绛的建议下，煕宁八年二月，神宗重又起用王安石为相。王安石复相后，要求重用遭到吕惠卿排斥的吕嘉问等人，与吕惠卿、章惇等人的矛盾也日益深化，吕、章两人因此先后被解职出知陈州、湖州。变法派内部的分裂，严重地削弱了变法派自身的力量。此时，神宗对王安石提出的建议，已不像过去那样听从，致使王安石叹道：“只从得五分时也得。”煕宁九年六月，新法的积极支持者、爱子王雱病死，悲痛万分的王安石终于心灰意懒，走向消极，当年十月再次辞去相位，出判江宁府。次年六月，又辞去判江宁府，闲居江宁（江苏南京）。十年后，于元佑元年（1086）四月去世。
王安石第二次罢相后，新法在神宗的坚持下，虽然还在执行中，但力度已大不如前。元丰八年（1085）三月，神宗病死，高太后立神宗不满十岁的儿子、延安郡王赵煦为帝，是为哲宗。她自己垂帘听政，完全操纵了朝廷大权。
为了“复祖宗法度”，她召保守派领袖司马光上台执政，陆续废除新法。至此，“煕宁变法”彻底失败。
“煕宁变法”所以遭到失败，除了上面所说的各种原因，特别是由于神宗的过早逝世，使变法失去了皇权的支持，从而遭到致命的打击以外，还与变法人才不足，部分新法尚不够完善，吏治腐败，或贯彻不力，或完全走样，广大农民不仅无益反而有害，因而不可能得到他们的支持有关。
二、反对派对王安石的肆意攻击
有宋一代政治，从神宗朝起到南宋灭亡为止，受理学家及其先驱程颢、程颐等人的影响甚大。从积极方面来说，他们在一定时期里对学术文化的发展和传播曾经起到了有益的推动作用，一些身体力行孔孟仁政思想和具有忠君爱国思想的士大夫，在莅官行政和保卫国家的斗争中，也有出色的表现。但是，多数理学家及其先驱们崇尚清谈、好高骛远的作风，严重地扰乱了两宋政治，他们的派性和门户之见，更是造成一系列党争的罪魁祸首，一些历史事实也因为他们的片面记载而被搞得面目全非。他们肆意污蔑中伤不同政见之人，完全忘记了自己口口声声所宣扬的“正心诚意”之说。“煕宁变法”时期一些理学先驱对王安石的污蔑和攻击，可谓开了一个恶劣的先例，对后来造成了极坏的影响。因此，人们在对两宋政治史的论述和研究中，不能不对由理学史臣所撰形形色色的宋代史籍，包括笔记小说之类，作一番认真的考辨和梳理，否则将会堕入他们所设计的谎言之中，使历史受到歪曲！这里仅以二程的忠实信徒邵伯温所撰之《邵氏闻见录》一书所载的两则记事为例，以见一斑。其一谓：眉山苏明允先生，嘉佑初游京师。时王荆公名始盛，党与倾一时，欧阳文忠公亦善之。先生，文忠客也，文忠劝先生见荆公，荆公亦愿交于先生。先生曰：“吾知其人矣，是不近人情者，鲜不为天下患。”作《辨奸》一篇，为荆公发也。其文曰：“事有必至，理有固然，惟天下之静者，乃能见微而知着，月晕而风，础润而雨，人人知之。事之推移，势之相因，其疏阔而难知，变化而不可测者，孰与天地阴阳之事！而贤者有不知其故，何也？好恶乱其中，而利害夺其外也。昔者山涛见王衍曰：‘误天下苍生者必此人也。’……今有人口诵孔、老之言，身履夷、齐之行，收召好名之士，不得志之人，相与造作语言，私立名字，以为颜渊、孟轲复出，而阴贼险狠，与人异趣，是王衍、卢杞合而为一人也，其祸可胜言哉！
夫面垢不忘洗，衣垢不忘澣，此人之至情也。今也不然，衣夷狄之衣，食犬彘之食，囚首丧面而谈诗书，此岂其情也哉？凡事之不近人情者，鲜不为大奸慝，竖刁、易牙、开方是也。以盖世之名而济未形之恶，虽有愿治之主、好贤之相，犹当举而用之，则其为天下之患，必然而无疑者，非特二子之比也……”后十余年，荆公始得位，为奸无一不如先生言。按苏洵死于治平三年（1066）四月任霸州文安县主簿任上，时王安石官不过知制诰、尚书工部郎中，且为守母丧，已闲居金陵（江苏南京）三年。苏、王两人于至和、嘉佑间（1056-1063）在汴京虽有谋面的可能，但时间短暂，相互间了解不会很深，也无个人成见，其子苏轼与王安石还曾经是关系不错的朋友。可是苏洵在《辨奸论》中却像一个预言家那样，预言王安石今后必然大用，大用后必然是一个误国的大奸臣，成为“天下之患”。为了证明苏洵确实写过《辨奸论》，人们还可以在苏洵的《嘉佑集》卷九中，看到《辨奸论》一文，张方平的《乐全集》卷三九《文安先生墓表》和苏轼的《东坡文集》卷七三《谢张太保撰先人墓碣书》两文，也都详细地提及到苏洵作《辨奸论》一事，后来此文有关内容又被元代史臣收入《宋史·王安石传》。这些文章言辞之凿凿，且互为佐证，使人们对邵伯温之言绝无可疑。但是，清代学者李绂首先对《辨奸论》提出了质疑，稍后，另一学者蔡上翔论证了《辨奸论》中的许多破绽，认为并不可信。着名宋史专家邓广铭先生在上述两人的基础上，对《辨奸论》作了更为详细的考证，以为《辨奸论》实系邵伯温所伪撰，《文安先生墓表》、《谢张太保撰先人墓碣书》两文也都是邵伯温一伙伪撰后，分别塞进张、苏两人文集中去。这些理学家用心之卑劣，作伪手段之高明，真可以颠倒历史。
其二谓：荆公置条例司，初用程颢伯淳为属。伯淳贤士，一日盛暑，荆公与伯淳对语，雱者囚首跣足，手携妇人冠以出，问荆公曰：“所言何事？”荆公曰：“以新法数为人沮，与程君议。”雱箕踞以坐，大言曰：“枭韩琦、富弼之头于市，则新法行矣！”荆公遽曰：“儿误矣！”伯淳正色曰：“方与参政论国事，子弟不可预，姑退。”雱不乐，去。伯淳自此与荆公不合。按制置三司条例司设于煕宁二年（1069）二月，当年八月，程颢以着作佐郎擢为太子中允、权监察御史里行。翌年五月，因政见不同，被罢为京西路同提点刑狱。王雱于治平中（1064-1067）举进士后，一直在南方做官，直至煕宁四年八月，方由旌德县尉除太子中允、崇政殿说书，随即调至汴京供职。以上可见，程颢在京师任职期间，根本未经盛暑，哪有“一日盛暑”之事？在程颢出任谏官的这段时间里，王雱都在地方做官，两人并无见面的机会，何来程颢批评王雱之语？且既然议政，王安石当在政事堂接见程颢，王雱怎能“囚首跣足，手携妇人冠以出”？何况，王雱当时已有二十五岁，道德文章也盛传一时，怎会做出如此愚蠢的举动？这些无中生有的捏造，看来又是出于邵伯温之手无疑。郭沫若先生说：“这些卑鄙无耻的人，不但骂人家父亲，还要伤害其第二代，诬说他为疯子，可见这些道学先生们的道德何在！”可是，这种矛盾百出的记载，后来居然被朱熹收录于《宋名臣言行录》、《二程外书》等书中，也被元代理学史臣记载于《宋史·王安石附子雱传》里，看来派性和偏见已完全蒙住了这些人的眼睛，使他们失去了最基本的判断能力。
三、王安石与司马光斗争的性质与原因
王安石与司马光两人的个人品质都不错，私谊也可以，而且都具有儒家的“仁政”思想。他们一个主张改革，一个反对改革，目的都是为了维护整个封建国家的利益，而并非为了个人或狭隘集团的私利，这与后来元佑诸臣及章惇、曾布、蔡京等人的结党营私、互相攻讦有着很大的不同。
在整个变法期间，王安石与司马光两人的斗争尽管十分激烈，但都没有要将对方置于死地的想法和做法。在王安石当政时，司马光对变法采取不合作的态度，他拒绝接受神宗授予他的官职，并不断发表反对言论。对此，王安石仍按神宗意图，让司马光在洛阳居住，提供一切便利条件，使其专心编撰《资治通鉴》。司马光在洛阳一住就是十五年，直到神宗去世才出来做官。这中间，王安石对司马光在洛阳的活动并未加以干涉，更无迫害的举动。同样，司马光上台执政后，也没有趁机将王安石一棍子打死。元佑元年（1086）四月，王安石一死，司马光对另一位宰相吕公着说：“介甫文章节义过人处甚多，但性不晓事而喜逐非，致忠直疏远，谗佞辐辏，败坏百度，以至于此。今方矫其失，革其弊，不幸介甫谢世，反复之徒必诋毁百端。光意以谓朝廷特宜优加厚礼，以振起浮薄之风。”在这里，司马光除对王安石的变法和用人提出批评外，对他的道德、文章作了充分肯定，后来又赠官“太傅”。
由此可见，王安石与司马光之间的斗争，只是政见的不同，并无个人私利搀杂于其间，可称得上是一场君子之争。不仅王安石与司马光的关系是如此，王安石与苏轼的关系也是这样。在王安石生前，王、苏两人政见虽有不同，但交往还是比较密切。当安石退居江宁时，苏轼还前往半山园拜访。安石死后，苏轼曾对友人说：“吾侪新法之初，辄守偏见，至有同异之论。虽此心耿耿，归于忧国，而所言差谬，少有中理者……回视向之所执，益觉疏矣。”应该说道出了实情，表现了可贵的自我批评精神。
既然如此，为什么王安石与司马光在变法问题上会出现如此尖锐的对立呢？我们认为原因大致有以下几个方面。
首先，也是最主要的，在于两人对挽救社会危机、改变积贫积弱局面应采取的政策不同所致。对此，王安石也承认。他在《答司马谏议书》中说：“窃以为与君实游处相好之日久，而议事每不合，所操之术多异故也。虽欲强聒，终必不蒙见察。”如对理财，王安石主张开源，认为国家财政困难是“理财未得其道”，只要人尽其才，地尽其力，社会财富就能大量增加。王安石有一句名言，这就是：“因天下之力以生天下之财，取天下之财以供天下之费。自古治世未尝以不足为天下之公患也，患在治财无其道耳。”因此，他将增加国家财政收入作为这次变法的主体。在对待“三冗”的问题上，王安石不仅不切实加以解决，而且还增加吏禄，并设置宫观官以处置反对派。司马光则主张节流，他以为天地所生，财货百物，止有此数。不在民，则在官。
他在仁宗嘉佑七年（1062）五月知谏院时上疏说：“夫天地之产有常而人类日繁，耕者寖寡而游手日众，嗜欲无极而风俗日奢，欲财力之无屈，得乎哉？”他与王安石在辩论理财问题时说：“善理财者，不过头会箕敛尔。”王安石解释道：“不然，善理财者，不加赋而国用足。”司马光驳斥道：“天下安有此理？
天地所生财货百物，不在民，则在官，彼设法夺民，其害乃甚于加赋。此盖桑羊欺武帝之言，太史公书之以见其不明耳。”
