教学上。清统一台湾之初，教师极缺，清朝政府多从福建调派教师入台，其中也有不少闽北籍教师。据南平台办罗小平《续闽北与台湾文化习俗》书中《清代入台的闽北教职》的统计，从康熙四十三年到清末，闽北籍入台的教职有69人，其中邵武府16人，建宁、延平二府各23人，另有7人地籍不明。陆登选，欧宁（今福建建瓯）人，举人出身，他在康熙四十三年（1704年）任台湾县学教谕，是闽北入台执教的第一人。他在教学中，始终把传播程朱理学作为教学的一项重要内容。他拒绝教授奇邪文体，每天召集学子只学习程朱理学，讲学深入浅出，阐明程朱理学奥义，以及先正作文关键。他的教学内容和教学方法在台湾得到肯定和推广。清朝人王礼、陈文达在《台湾县志.艺文志》中说：“今台属四庠（指台湾、凤山、诸罗、彰化四县学）之士，绝去奇邪文体，一归于正者，夫子（陆登选）力也”、“夫子（陆登选）秉铎台邑，四稔于兹矣！风厉有方，台之人士学崇经书、行遵先民，自我夫子（陆登选）始。”清宣宗道光十五年（1835），福建顺昌岁贡游全迪赴台任淡水厅学训导（署），教以程朱理学。入台闽籍教职都是一代名儒，他们有的出身举人，有的出身副榜，至少也是贡生，学问渊博，对程朱理学造诣极深。因此，他们的教学，促使了程朱理学在台湾的迅速而广泛地传播。
藏书上。朱子学从元代开始成为官学，系科举考试的重要内容，清朝康熙皇帝力主表彰程朱，崇尚朱子学，并以“御纂”的名义下令著名理学家熊锡履、李光地主持纂修《朱子大全》、《性理精义》，作为学校的必读教材，以灌输朱子学思想。乾隆皇帝也借编纂《四库全书》的机会，全力剪除危及封建统治思想基础的“异端”学说，以保证朱子学的独尊地位。因此，台湾官办的府学、县学自然要重视收藏程朱理学著作。于是，台湾府、厅、县儒学藏书除了有《十三经注疏》、《史记》外，还有正谊堂本的44种程朱理学著作：《周濂溪集》、《二程文集》、《张横渠集》、《游豸山先生集》、《杨龟山集》、《罗豫章集》、《李延平集》、《真西山集》、《熊勿轩集》、《朱子语类》、《濂洛关闽书》等；台湾县学的藏书，除了有《十三经注疏》、《圣渝广训》、《御制训饬士子文》等儒家必备的典籍外，还有《小学纂注》、《近思录集解》、《大学衍义辑要》、《大学衍义补辑要》、《小学实义》、《豫章学约》、《人臣敬思录》、《鳌峰书院条规》等。台湾府、厅、县学的这些藏书的来源，主要的渠道有：一是从福建调运和入台官员携带大批闽版程朱理学著作到台湾。如建阳禀贡袁宏仁，雍正十二年（1734年）任台湾府学训导时，就捐书600余本，“多置书籍存学宫，以教士子”。道光六年（1826年），福建巡抚孙尔准赴台巡视时，从福州鳌峰书院的藏书中调拨45种166部理学要籍入台。二是台湾官府机构从福建购买图书。台北府试院的“台湾通志局”，有古今参考图书万余卷；唐景崧道署藏书处号称“万卷堂”；还有府、厅、县学和书院藏书，都有不少从福建购买来的，特别是从闽北建阳麻沙、书坊图书之府那里购买来的，据学者考证，台湾有善本书籍16万册，其中就有不少是建阳刻本。三是台湾学者自己撰著出版许多学术著作，以供府学、县学、书院教学藏书之需。如张星微著有《春秋四书管窥》、《先儒精义会通》，卢安椿著有《学庸讲义》等。
康熙六十年（1721年），“治台宗匠”蓝鼎元跟随堂兄南澳镇总兵蓝廷珍入台，对台湾社会、教育进行考察，著论说“台湾地数千里，其民数百万……民逸居而无教”，提出“化导整肃……设义学，兴教化，奖孝弟，力田亩”的主张。蓝鼎元任台湾道后，又提出“信赏罚，惩讼师，除草窃，治客民，禁恶俗，儆吏胥，革规例，崇节俭，正婚嫁，兴学校，修武备，严守御，教树畜，宽租赋，行垦田，复官庄，恤澎民，抚土番，招生番”的19条治台方略。于是，孔子“有教无类”的思想在台湾教育中得到全面贯彻，县学、义学、社学、蒙塾在台湾得到迅猛发展，台湾理学教育进入了崭新时期。台湾知府蒋毓英在蓝鼎元之前率先捐俸建起了3所义学，接着诸罗、凤山等县群起效仿。到蓝鼎元治台时，义学、社学发展迅猛，乾隆初年全台已有土番社学47所。乾隆年间，澎湖通判胡建伟以振兴文教为己任，在他的倡导下，“澎岛十三澳内，每社皆有蒙塾，书声相闻……虽贫民亦送其子弟入塾”。社学、义学仿照大陆教育制度，以《小学》、《四书》为教材，每个社学聘设掌教主讲正副各一人，掌教主讲都是由有声望的贤士硕儒来担任。通过社学、义学、蒙塾的教育传播，使台湾社会形成了“父老日夕所闻无非仁义之音，子弟终岁所习尽是圣贤之语”的良好社会风气。朱子理学在台湾社会得到普及宣传，并得到社会最基层民众的普遍接受。
理学除了在府县学、社学、义学传播外，还通过书院来传播。台湾书院创始于施琅统一台湾之后。康熙二十二年（1683年），施琅在台湾府治旁大天后宫内创办起第一所以书院为名、义学为实的书院——西定坊书院，其后又由郡守、台令、道宪等在府治及其近郊建起镇北坊、弥陀室、竹溪等8所同样性质的书院。康熙四十三年，台湾知府卫台揆在府治把东安坊义学改建为崇文书院，于是台湾第一所真正的书院诞生了。康熙四十九年，凤山知县宋永清建起台湾第二所真正的书院——屏山书院。康熙五十九年，巡道梁文瑄创办台湾规模最大的海东书院。到雍正时，又建起南社、正音等6所书院。乾隆朝时，清政府又屡次下令各地都要建立书院，“盖书院之制所以导进人才，广学校所不及”。因此，乾隆时期台湾书院数量大增，有白沙、南湖、凤阁、五峰、文石、明志、奎壁、龙门、新明志书院。到光绪十九年（1893年）止，台湾各地书院达53所。治台官员不仅极力创办书院，而且亲自担任书院山长，主持书院教学工作，如蒋镛等。更多的是聘请福建等地的理学名师赴台任书院山长，执教课读，如陈淑均、曾光斗、施琼芳、何云龙、林寿祺等。他们在台湾各书院里教授学生，倡导尊孔崇朱，仿《白鹿洞书院学规》制定书院学规，把程朱理学作为规范性文件规定下来，要求学生以学规为训，广泛阅读研习程朱理学著作，明人伦之理，行忠义之事，不图功名利禄，成为国家有用之才。治台官员为了满足书院教学、研究和藏书的需要，从福建购进大量的经书、理学著作。如鹿港文开书院在1824年就从福建购进各类经书和理学著作2万余部，50余万册；1826年，福建巡抚孙尔准从福州鳌峰书院的藏书中调拨45种166部理学要籍赠给台湾仰山书院，其中有游酢的《二程语录》等。海东书院、学海书院、登瀛书院藏书也是汗牛充栋。书院教育，都尊崇程朱理学，要求学子“以宋名儒为范”，因而《二程语录》、《朱子大全》、《四书集注》等成为学子必修的课程，学子要以朱熹为精神偶像，发扬游酢、杨时“程门立雪”精神，尊重承接儒家道统、学统，延续尊师重教的德统，保持和发扬道南学派的传统学风，培养了大批富有成就的台湾学者，如魏宏、邱逢甲、江春源、许南英、郑鹏云、蔡廷兰等。于是，朱子学、游酢理学在台湾得到更加全面、更加迅速而广泛地传播，被社会各界人士纷纷接受，成为全台共尊的社会思想。
