希拉克略一世的主要功绩在于实行了军区制。对缓和边疆局势，重整国力，促进政治经济改革都起了重要作用。
希拉克略一世的主要功绩在于实行了军区制。
军区制是把国家划分为几个军区，最高长官设为将军，负责管理一切事务。属于各个军区的士兵平时作为在国家提供的土地上耕作的农民，并且土地允许自由买卖，没有战事时务农，有战事时参军，实际上相当于屯田兵。由于平时的生活有了保证，战时动员统帅也比较容易。
如果家中没有成年男子可以当兵，就需要交纳一定的财物。这就使兵员在补给上有了保证。国家只负责军区将军的薪金问题，不承担其他费用。每个军区有兵员多少，装备什么样的武器，训练到什么程度都有明确的规定。小亚细亚地区由于战乱和瘟疫，人口下降，良田荒芜，希拉克略一世便从其他地区迁移一部分民众，使小亚细亚得到恢复，军力国力都大大提高。
在战争中，希拉克略已经尝到了军区制的甜头。战后，希拉克略仍然感受到来自帝国东西南北各个方向的外族的压力，便决定在全国推行军区制。军区制原来已在北非和意大利实行，希拉克略将其移植到东方各省，先后建立了亚美尼亚、奥普西金、基维莱奥冬、阿纳多利亚和色雷斯5个军区，他的后继者们继续完善并推广军区制的范围，使之终于成为拜占廷帝国一项基本制度。
各大军区的简单情况：
亚美尼亚军区：辖境包括从幼发拉底河上游和黑海西南岸至小亚西亚中部卡帕多利亚，下设17个防区，兵员不足10000。
奥普西金军区：位于亚美尼亚军区以西，自阿里斯河中下游至博斯普鲁斯海峡和达达尼尔海峡地区，兵员约6000。
基维莱奥冬军区：辖小亚西亚沿海地区，负责沿海要塞和海军基地，兵员约3000。
阿纳多利亚军区：位于亚美尼亚军区西南至爱琴海沿岸地区，设立34座要塞，兵员约15000。
色雷斯军区：辖区位于君士坦丁堡西侧。
拜占庭又把军区制称为塞姆制，按军区、师、团、营等军队序列管理帝国各级行政区域。鉴于军区建立的时间不同，人数不同，因而编制上也不一样。一般而言，军区由2—4个师组成。师由5—7个团组成。团的人数编制因兵种不同而异，骑兵部队人数在50—100左右，步兵人数在200—400之间。于是确立了崭新的拜占庭军事等级编制。
塞姆制实质上是种军政兼容、兵农一体的制度，它的推行势必导致了拜占庭社会经济的再结构化：其中最重要的是为解决军费问题而推行的“以田代饷”，把弃耕土地变成军役土地。由此将全国成年公民按照军队模式重新组织，屯田边疆，平时务农为主，战时以军事为主，这就给军队提供了广泛而稳定的兵源。而且除高级将领外的各级官兵都自筹武器、装备、给养，不赖国库，更大大减轻了中央的财政压力。
由于深感军区制的好处，希拉克略以后此举继续施行，为加强控制，原有军区被划分作许多小军区。10世纪为25个，11世纪增加到38个。拜占庭帝国成了名副其实、扼守亚欧大陆交界的庞大要塞。
希拉克略王朝后经历了伊苏里亚王朝，阿莫利王朝，达到了拜占庭的黄金时代马其顿王朝（867—1056年），对拜占庭帝国而说，一步一步地走向了强盛，这几个王朝都没有改变希拉克略王朝的军区制，而是加强了。至8世纪中期，拜占庭帝国的绝大部分疆域纳入军区制管理下，巴尔干建立希腊军区，至此形成了六大军区。不久，为辖治爱琴海上大小岛屿又建立海上军区。
军区制带来了拜占庭帝国的繁荣，但也埋下了毁灭拜占庭帝国的隐患。马其顿王朝以后军区势力逐渐强大，逐渐不满中央的管辖，使王朝更加动乱。应该说希拉克略王朝以后的政局动荡就暴露出军区制的弊端，只不过还没有引起足够的重视。
二、屯田制
希拉克略改革的另一个重要方面是建立军役和封建义务合一的军事屯田制。为解决财政不足的危机，希拉克略将战乱时期没收的大贵族的土地和田产分封给服军役的官兵，作为军饷。份地可以世袭，也可以转让，但转让份地则必须将军役义务一起转让给继承人。他们战时作战，平时耕地，向政府交纳赋税，免除徭役。希拉克略的继承者们继续巩固军事屯田制。此举解决了当时面临的财政危机的同时，促进了小农经济，被认为是拜占廷帝国由奴隶社会向封建社会转变的关键。
