埃及的伊斯兰化并不是一个偶然事件，阿拉伯人刚开始对外扩张的时候，就早已垂涎埃及的战略地理位置以及富饶的土地。
早在阿拉伯人刚开始对外扩张的时候，埃及就已经划入他们的扩张对象。这主要是因为：其地理位置很有战略意义，和叙利亚、希贾兹相邻；土地富饶，一直都是君士坦丁堡的谷物来源地；而其首都亚历山大港，也是拜占庭的海军基地和北非走廊其他地区的门户。
阿拉伯名将阿慕尔希望在战场上打败与他争雄的另一名将哈立德，于是在蒙昧时代时，他多次去埃及旅行，已经很熟悉埃及的城市和道路。阿慕尔利用哈里发欧麦尔一世去耶路撒冷访问的时候，请求大举进攻埃及，欧麦尔当时只是随意表示了同意。
可是，当欧麦尔回到麦地那后，与奥斯曼等人商议此事的时候，他们都认为这太冒险。于是，欧麦尔立即派使者去阻止阿慕尔的前进。
相传，在阿慕尔快要进入埃及境内时，欧麦尔派的使者赶上了他，他猜测信里的内容肯定不是什么好事，他想起欧麦尔对他说过，如果在已经进入埃及境内时接到撤回的命令，那么就继续前进。于是阿慕尔把信收起来，直到进入埃及境内时，才把信拆开来看。
当时的阿慕尔45岁，精明强悍，足智多谋，且好战。他因为对约旦河左岸的巴勒斯坦的征服，以及帮助知己穆阿维叶当上哈里发而获得了“伊斯兰教时代阿拉伯四位天才的政治家之一”的称号。
阿慕尔率4000骑兵，进攻埃及，他所选择的道路是古代的国际性大道，古代重要的文明中心之间的联系，靠的就是这条道路。
阿拉伯军队于640年1月中旬，开始进攻的首个设防城市是埃及东部的门户——斐尔马仪。这座城市抵抗了一个多月后陷落了，所有堡垒都被夷为了平地。自波斯人616年侵占了此城市后，这些堡垒就再也没有修复过。随后，开罗东北的比勒贝斯以及其他城市相继陷落。直至阿拉伯军队被横跨在尼罗河中罗德洲上的巴比伦堡，阻挡住了前进的步伐。
此时，担任亚历山大港的主教和总督的居鲁士与总司令奥古斯塔里斯·西奥多拉斯，率大军赶到巴比伦堡来支援。阿慕尔在巴比伦堡外驻扎，一边等待时机，一边等待援军。由左拜尔·伊本·奥瓦木率领的援军很快就到了。
此时，阿拉伯军队的人数约1万，拜占庭军队的人数约2万，还有5000左右的堡垒守军，然而拜占庭的军队却被打败了。
西奥多拉斯逃往了亚历山大港，而居鲁士却被困在了巴比伦堡内。阿拉伯人因为不懂工程学，且没有攻城的机械，巴比伦堡久攻不下。居鲁士企图收买攻城的将士，但是却没有成功。
居鲁士要求阿拉伯派代表团前来谈判求和，于是阿拉伯人派了一个以黑人欧拜德·伊本·萨米特为团长的代表团。代表团反复说明任由居鲁士选择的三个条件：伊斯兰教、贡税和宝剑。居鲁士选择了交纳贡税。
居鲁士到了亚历山大港后，立马派人把求和的条件告之拜占庭皇帝希拉克略。希拉克略却不同意这些条款，并以卖国罪把居鲁士放逐了。
阿拉伯军队在此期间，并没有停止对巴比伦堡的围攻。7个月后，左拜尔率军把一段城壕填平，利用长梯爬上城墙，保卫城堡的拜占庭军队被打败，巴比伦堡于641年4月被攻克。
巴比伦堡被攻下后，阿慕尔开始了更猛烈的攻势。除君士坦丁堡以外，还有世界上最美丽且牢固的亚历山大港还没被攻破。
亚历山大港曾称军队人数达到5万多人，还有很多以此港口为基地的拜占庭海军。无论从数量上还是从装备上说，这对于阿拉伯人来说是很不利的，因为他们既没有船和围城的机械，也没有补充人力的直接来源。
阿慕尔于是只留下一支分遣队，继续攻城，自己则打回了巴比伦堡，并且进行了数次掠夺性的远征。
641年2月，在希拉克略去世后，君士坦斯二世（641—668年）继位。居鲁士再次受到重用，回到亚历山大港，和阿拉伯人缔结和约。他想脱离君士坦丁堡的宗主关系，帮助阿拉伯人管理自己的国家。
641年11月8日，居鲁士在巴比伦堡和阿慕尔签订了“亚历山大港条约”，居鲁士接受了每个成年人缴纳两个第纳尔的人丁税和以实物缴纳土地税的条件，而且还承诺拜占庭的军队不会再重返埃及，或是企图收复失地。
642年9月，拜占庭的军队从亚历山大港撤退了。此条约得到了年幼的君士坦斯的批准，阿拉伯人就这样得到了拜占庭帝国最富饶的一个省区。
巴比伦堡外的营地被阿慕尔按照欧麦尔的政策，变成了他们新的都城，称做弗斯塔德。阿慕尔于641—642年期间，在此建了一座比较简单的清真寺，这也是在埃及的首座清真寺，至今它还是叫阿慕尔清真寺，但已是经过了多次重建与扩建的。而弗斯塔德的埃及首府地位直至969年才被法帖梅王朝建立的开罗所替代，弗斯塔德也改名叫古米斯尔（或称旧开罗）。
阿慕尔因为要开辟通往阿拉伯圣地的直达水路，于是决定疏通被称作“信士们的长官的运河”的古代法老运河。这条古运河曾经被图拉真疏通过，但因为又有很长时间没有修整过了，便又被沙土堵塞了。
疏通工作进行了几个月之后，在欧麦尔去世之前，就已经有20艘满载埃及物产的船只到达了阿拉伯港口。这条运河在法帖梅王朝的哈里发哈基木时期，被称作“哈基米运河”，之后又改称很多名字，有部分名字一直到19世纪末还存在。
新的统治者所采用的都是拜占庭的行政机构和财政系统，并按照中央集权制的政策做了稍许修改。埃及成为开发尼罗河流域肥沃土地的直接财政收入来源。
欧麦尔去世前意识到阿慕尔无法确保埃及的税收，于是派阿卜杜拉·伊本·赛耳德管理上埃及。之后，阿慕尔被新上任的哈里发奥斯曼召回了麦地那。645年，阿卜杜拉被任命管理全部埃及。
645年底，不接受阿拉伯统治的亚历山大港人求助于拜占庭皇帝。于是，君士坦斯派亚美尼亚人马努埃尔率领300艘兵船，前去收复亚历山大港。1000名阿拉伯卫戍部队被消灭，拜占庭收复了亚历山大港，并把它作为收复埃及的军事基地。
阿慕尔也因此被立即复职。他在尼丘与拜占庭军队展开了一场激战，拜占庭军队惨败。阿慕尔又于646年初重新控制了亚历山大港。牢固的城墙被全部拆除，从此这座埃及古都，被永远保留在了穆斯林手里。
