在这关键时刻，有一位没有在史书上留下姓名的大臣给建文帝提了一个建议，说是什么燕王兵败，很快就要北撤了，南京城这么重要的地方，不能没有人防守。能够提出这么愚蠢或者阴险的建议，这个大臣要么就是天生蠢材要么就是朱棣的奸细。建文帝傻乎乎地竟然采纳了，把徐辉祖和他率领的军队调回南京。真不知道建文帝是怎么想的。既然燕军败了，南京城还用得着重兵防守吗？看来建文帝的同情心再次泛滥了。他听说朱棣已经败得很惨，而且要北还了（这当然是谣言或谎言），便不想再为难他的叔叔。他大概幻想燕王会感激得痛哭流涕，乖乖退回北平，然后上表自责，前来负荆请罪吧。这其实还是我们在前面说过的毛病——仁弱而好名。
朱棣从来都是得势不让人，他可不会这样文绉绉地让来让去。燕军抓住这难得的时机，截断了南军的粮道。驻守在灵璧的总兵何福不得不选择突围，军中约定突围信号是三声炮响。次日，燕军进攻，恰好信号也是三声炮响。南军以为是自己的撤退信号，乱哄哄地抢着出门。
一个是进攻，一个是逃跑，两军相遇，败的自然是逃跑的一方。灵璧一场混战下来，南军损失惨重，军中文臣宦官一百五十余人，将领三十七人被俘，其中包括平安。
这是建文帝与朱棣之间的最后一次大战，从此，南军再也没有形成有力的抵抗，已经没有人能阻挡朱棣前进的脚步了。朱棣离南京城里的皇帝宝座只有几步之遥了。这几步朱棣走得潇洒豪迈，意气风发。
随后，朱棣率军突破淮河防线，渡过淮水，攻下扬州、高邮（今高邮）、通州（今江苏南通）、泰州（今江苏泰州）等要地，准备强渡长江。这时，朱棣之子朱高煦引番骑赶到，燕军军势大振。
失败就在眼前。建文帝慌了，问计于方孝孺，方孝孺又不是神仙，能起死回生，他提议派人前去谈判，“许以割地”，以拖延时间，等待援兵。这条计策明摆着不行，只配去骗三岁小孩。
朱棣怎么会看不破这样的小把戏呢？他不会给建文帝留下时间等救兵的。
六月初三，燕军自瓜洲渡江，镇江守将降城，朱棣率军直趋金陵。建文帝这时逃跑还来得及，俗话说留得青山在，不怕没柴烧。但是方孝孺坚决不同意出逃，非要建文帝固守南京等待援兵。如果守不住怎么办？方孝孺认为很简单：殉国好了。（“孝孺力请守京城以待援兵，即事不济，当死社稷。”）十三日燕军进抵金陵金川门，守卫金川门的李景隆和谷王朱橞开门迎降。南京的二十万守卫大军不战而降。建文帝生死不明。七月一日，燕王朱棣“大祀天地于南郊，以即位诏天下”，改明年为永乐元年，是为明成祖。
历时四年之久的靖难之役以燕王朱棣的胜利而告终。
6.屠夫当道
这场政变中，建文帝输了。输了的人自然不会有好下场。仿照“一将功成万骨枯”这句话，我们也可以说朱棣是“一王登基万家破”。没有好下场的还有建文帝的臣子们，当然只是其中的部分臣子。他们的死无比惨烈，令人心悸，令人激愤。
燕王进京后，宫中起火，建文帝下落不明，从此成为一大悬案。有人说建文帝死于自焚，谷应泰的《明史纪事本末》中说建文帝落发为僧，由地道逃出，云游天下，后于正统五年入居宫中，寿年而终。出于对失败者和弱者的同情，人们在心底不愿相信建文帝已经自焚而死，建文帝出逃为僧的故事便世代流传下来。
建文帝的三个弟弟都被废为庶人，皆不得善终。建文帝的幼子朱文圭，搜出后被囚入密室，直到明英宗天顺年间才被释放。那时他已经五十七岁了，连牛马都分辨不清！
方孝孺是当时名重天下的大儒，虽然有些书呆子气，为建文帝出的主意也不怎么高明，但人品和学问都是顶尖的。早在朱棣北平起兵的时候，道衍就请求朱棣对方孝孺网开一面，手下留情。道衍知道朱棣这个人杀人不眨眼，视人命如草芥，用了“天下读书人的种子”这种说法来打动朱棣：“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”希望能够保全方孝孺。
朱棣的反应高深莫测，深得中国式当权者处理事务的三味，“成祖颔之”。朱棣这是明确表示答应道衍和尚了吗？不见得。“颔之”的意思可以解释为“我同意了”，也可以解释为“我知道了”。以朱棣如此性格，怎么会受人约束？所以，“颔之”解释为“我知道了”的可能性要远远大于“我同意了”。这样既给自己留有余地，又顾全了道衍的面子。真不愧是朱棣啊。
至于方孝孺的命运，还是牢牢掌握在朱棣这个现实命运的掌握者手中。道衍的求情，虽然没有成为方孝孺的护身符，却也使朱棣对方孝孺网开一面。以朱棣睚眦必报的性格来讲，如果不是道衍的求情，以方孝孺的表现，朱棣会毫不吝惜自己手中的屠刀，像对待齐泰和黄子澄等人一样，直接杀掉，哪里会跟他去废话？城破之日，多数官员夹道迎接燕王，而方孝孺却与众不同，披麻戴孝地跑到宫门外大哭。朱棣大怒，却没有就此杀了方孝孺，只是命人把他关进锦衣卫大狱。后来，朱棣想要找人起草继位诏书，所有人都推荐方孝孺。于是朱棣便将方孝孺从大牢中放了出来。
方孝孺与朱棣的这次会晤千古闻名，《明史》和其他的史书都详细地记录了当权者和一个文人的对话。这其中有当权者的卑鄙无耻和暴虐残忍，也有文人的大义凛然和铮铮铁骨。所有这些都透过史书的文字扑面而来，令人悚然动容。
方孝孺见了朱棣仍是放声恸哭。朱棣难得地降低姿态，走下坐榻，对他说：“先生不必过于哀伤，我这也是效法周公辅佐成王啊。”这种只能骗傻子的谎言既是给自己的一个台阶，也是给方孝孺的一个台阶。如果方孝孺识时务，肯折节下拜，就坡下驴，必然能宾主两欢，皆大欢喜。
偏偏方孝孺不领情，立刻反唇相讥：“你说的成王在哪呢？”朱棣回答：“他已经自焚而死了。”
方孝孺非要打破砂锅问到底：“干嘛不立成王之子？”朱棣只好接着编下去：“国家大事应该由年长的人操持。”
方孝孺抓住了朱棣的痛脚，不肯放过他，继续穷追猛打，非要在这场辩论赛中将朱棣批驳得体无完肤，方解心头之恨：“那为什么不立成王之弟？”朱棣不耐烦了，不想再在这个话题上继续纠缠下去，给了方孝孺最后一个暗示：“这是我们的家事，先生你就不必操心了！”接着命左右奉上纸笔，对方孝孺说：“布告天下的诏书，只有劳动先生的大驾了。”
方孝孺投笔于地，哭骂道：“不过一死而已，诏书我是不会给你写的！”
朱棣给了他最后一次机会：“想死也不是那么容易的。你一个人死也就罢了，难道你就不顾念你的九族吗？”方孝孺大义凛然说道：“祸灭十族，又奈我何！”
方孝孺实在是太低估朱棣的“勇气”了，这拼的讨价还价是吓不倒朱棣这种掌握着无限权力的当权者的，文人的骨气只会让这些当权者自惭形秽，因此更加疯狂。
朱棣暴怒，令人用刀把方孝孺的嘴从嘴角一直割到耳朵，再次关到大牢中。
为了打击方孝孺，朱棣下令把方孝孺的朋友、门生一一捉来，每捉来一人就押到方孝孺面前杀掉，方孝孺却连看都不看一眼。行刑之日，朱棣先杀他的亲人，每杀一个问一次。方孝孺始终不屈。
方孝孺的两个女儿长得聪明伶俐，都还未成年，随母亲住在浙江宁海老家。在被押往南京的路上，她们惟恐父亲看到自己被杀难过，便挽着手，一起跳入秦淮河。
方孝孺在聚宝门外被凌迟处死。临刑前，方孝孺口占绝命诗一首：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发奋兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？呜呼哀哉兮庶不我尤！”
吟毕，慷慨就义，时年四十六岁。
为了不让方孝孺“失望”，朱棣在杀完方孝孺的九族之后，又把他的学生廖镛、林嘉猷等人及其家属抓来，作为一族杀掉。这种“天才”的创造在历史上尚属首次。
最后结局：方孝孺一案被杀者总计八百七十三人，被牵连入狱和充军流放的人不可胜计。
辩论，朱棣怎么都不是方孝孺的对手，但是朱棣手中还有其他的法宝，还有最后的绝招，那就是他手中的刀，朱棣拥有毁灭方孝孺肉体的权力。他可以选择让方孝孺怎么死，什么时候死以及多少人陪着方孝孺一起死。这是典型的“秀才遇到兵，有理说不清”。这也是千百年来文人的悲哀。
方孝孺死后，朱棣又先后召大理寺卿胡润和监察御史高翔草拟诏书。二人皆披麻戴孝而至，朱棣以族诛相威胁，二人拒不从命，都被朱棣残忍杀害。
铁铉是朱棣的大对头，在济南曾设计擒杀朱棣，朱棣险些命丧其手。朱棣自然不会放过这个险些坏了自己性命的人。铁铉被押到殿上，背对着朱棣，坐在大殿之中只是谩骂。朱棣命他转身，“终不可”。朱棣大怒，命人割去他的耳朵、鼻子，在火上烤熟，塞进铁铉的嘴里。狞笑着问他：“味道如何？”铁铉厉声回答：“忠臣孝子的肉，味道当然好！”
朱棣便命人将铁铉凌迟处死。铁铉至死，口里一直骂声不绝，年仅三十七岁。
刑部尚书暴昭被俘后，“抗骂不屈”。朱棣大怒，命人敲掉暴昭的牙齿，继而砍掉手脚，暴昭一直骂声不绝，直到被杀。
户部侍郎卓敬，曾建议建文帝徙封朱棣于南昌，便于控制。可惜建文帝不听，否则朱棣早就是建文帝的阶下囚了。卓敬被斩首，三族被灭。
礼部尚书陈迪连同他六个儿子被凌迟处死，宗族中一百八十多人被谪戍边。
左佥都御史景清，假意归附，身怀利刃意图谋刺，不果，朱棣将其剥皮实草，后又“籍其乡，转相攀染，谓之‘瓜蔓抄’，村里为墟。”
右副都御使练子宁被逮后语出不逊，朱棣将其断舌，而后磔死。宗族中被杀者一百五十一人，戍边者数百人。
齐泰，被杀。
黄子澄，被杀。
右副都御使茅大方，被杀。
大理寺丞刘端，被杀。
……
除了多位忠于建文帝的臣子自己或全家自杀外，朱棣虐杀建文帝忠臣及其家属共一万多人。
作家张宏杰在《大明王朝的七张面孔》中就朱棣的暴行这样写道：美丽的面具被揭开，后面露出的是一个彻头彻尾的流氓。这个流氓的卑劣、下流、凶残，比之他的父亲有过之而无不及。与他父亲的惟一区别，他不过是一个精通经典的流氓……从道德水平上讲，他并不比大明帝国范围内任何一个地痞流氓更高一点点。
鲁迅先生曾说：“我们从古以来，就有埋头苦干的人，有拼命硬干的人，有为民请命的人，有舍身求法的人……虽是等于为帝王将相作家谱的所谓‘正史’，也往往掩不住他们的光耀，这就是中国的脊梁。”
这些宁为玉碎、不为瓦全的有勇气的人就是中国的脊梁。
朱棣还做了一件令人发指的事情，就是把许多建文帝时朝臣的妻女送入教坊司(官家妓院)做性奴，每天受二十个精壮汉子轮奸，生下男丁则当家奴，生下女孩长大后接着做妓女，死后便“着抬出城门喂狗吃了”。对此谷应泰叹道：“嗟乎！暴秦之法，罪止三族，强汉之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎！……此忠臣义士尤所为直发冲冠，椎胸而雪涕者也！”
堂堂一个皇帝，竟然沦落到一个流氓无赖的水平，实在令人脸红，又令人气愤。
这种残暴连外国学者也看不过去，《剑桥中国明代史》称之为“一次恐吓中国有独立思想的知识分子的血腥行动”。朱棣登基之后，建文帝的很多事迹都被人为地涂抹掉了，将建文帝从历史和人们的头脑中“挖掉”，这正是朱棣希望达到的效果。所以，朱棣宣称他的皇位并不是传自建文帝，而是他的父亲朱元璋，所以建文四年就变成了洪武三十五年。虎父无犬子，朱棣“这一次血腥清洗的猛烈程度只有明太祖所实行的暴政可与之相比”，朱棣青出于蓝而胜于蓝的表现也可以让朱元璋的在天之灵安息了。
二十二年后，朱棣的儿子明仁宗朱高炽继位，这才下诏称：“建文诸臣家属在教坊司、锦衣卫、浣衣局及习匠、功臣家为奴者，悉宥为民，还其田地。”
永乐帝朱棣登基后，北逐蒙古，南平交趾，修《永乐大典》，派郑和下西洋，大明帝国威震寰宇。但是朱棣变革之际杀伐过重，这种暴虐和罪孽难逃后世人的口诛笔伐，恶名必然永负，遗臭万年不止。
胡适说：“中国是中世纪的中国。”在朱棣等人的统治下，中国一直在中世纪的黑暗中残存着。
