自任教以来，蔡孝箴同志曾长期从事政治经济学教学与研究工作，为本科生、研究生主讲过政治经济学、经典著作选读、社会主义经济理论专题研究等课程。除教学以外，他十分注重研究中国社会主义建设中的实际问题。早在1956年，他和当时在我系任教的谷书堂老师撰写了“论物质利益原则及在我国农业初级生产合作社中的运用”的文章，发表在当时的校刊上，这是在我国最早运用物质利益原则来考察中国经济建设实际问题的文章之一。在此领域，他主编出版了《政治经济学（社会主义部分）》（1987年，天津人民出版社）、《社会主义经济理论与经济体制改革研究》（与古书堂教授共同主编，1987年，陕西人民出版社）、《科技进步与经济发展》（天津市“八五”哲学社会科学规划重点项目，1996年，天津人民出版社）等著作。此外，蔡孝箴教授的贡献还在于对我国政治经济学课程的教学改革与教材建设作了许多有益的工作。1988年，南开经济系受国家教委高教司委托，由蔡孝箴教授主持，提出了关于政治经济学教学改革的意见和关于政治经济学教科书理论体系的意见两份报告。1990年，作为主要编写负责人之一，协助国家教委高教司组编出版了《当前政治经济学教学的若干理论问题》一书，作为高校政治经济学课程的重要教学用书。1993年，蔡孝箴教授参加了国家教委社科司组编，吴树青主编的政治经济学教科书的编写工作。该书于1997年获国家级优秀教学成果一等奖、国家教委优秀教材一等奖。
党的十一届三中全会以后，随着国家经济发展战略的转变，城市的重要作用日益突出，深入研究城市经济问题，成了社会主义现代化建设和经济管理体质改革的迫切需要。自1979年起，蔡孝箴同志的注意力转到城市经济学上来。他是我国在城市经济学领域最早的耕耘者之一。对城市经济学科建立、发展所作出的贡献，也成为其学术生涯最靓丽的风景。
城市经济学科是城市经济学、城市土地经济学、城市环境经济学、城市交通经济学、城市房地产经济学、城市经济管理学等交叉学科或边缘学科的总称。在西方发达国家也属新兴学科，当时在中国尚属空白。南开大学经济系是我国城市经济学科建设起步最早的单位之一。从1980年开始，在国内最早为经济学本科生开设城市经济学系列课程，1990年在经济系的经济学专业内设立城市经济与管理专门化，1992年开始招收房地产经营与管理专科生，1994年经国家教委批准设立房地产经营与管理本科专业；也是从1980年开始，培养城市经济硕士研究生，1990年被批准为全国第一个城市经济学科硕士学位授权点，1993年又成为全国第一个也是当时唯一一个拥有该学科博士学位授予权的单位。至今该学科方向已累计培养出专科生136名，本科生15名，硕士研究生133名（含校外研究生），博士生3名。南开的城市经济学科所以能在全国处于领先地位，与他作为学科带头人的作用是直接相关的。
蔡孝箴同志对学科发展的贡献首先体现在他身体力行，在教学和科研上作出了开拓性的成绩。
一方面，他紧紧抓住学科发展的规律，在学科前沿不断探索，完成了一批有代表性的成果。改革开放之初，发展社会主义商品经济是国内经济体制改革的重要目标。中央领导提出了恢复历史上形成的经济中心，发挥城市在组织经济方面的作用的指导思想。这样，揭示城市在现代商品经济中的作用便具有深刻的实践意义。他于1980年首发于《南开学报》的“略论经济中心的含义”一文，是国内对此问题较早的深入探讨，后被《新华文摘》转载。其后发表在《经济研究参考资料》上的“天津经济中心的形成”相当于对该问题的实证研究。同时，他特别重视对我国沿海中心城市作用的研究，除发表多篇论文外，还主编了1982年在天津召开的沿海八城市经济问题讨论会的论文集《沿海城市经济研究》一书。1986年起，在引进、消化国外教材、资料的基础上，他开始投大力量于城市经济学基本理论的研究，集中体现在《社会主义城市经济学》一书1987年获得教委立项并于1990年正式出版。由他主编的这本书，先后获中国城市经济学会与中国城市经济、社会发展研究会联合评选的优秀学术著作奖、全国“光明杯”优秀学术著作三等奖、天津市哲学社会科学优秀成果二等奖、国家教委优秀教材一等奖，成为国内城市经济学科最有影响、最具权威性的基础教材。1987年后，中国城市土地经济问题越来越突出。1988年3月，在上海召开的太平洋地区城市发展问题国际学术会议上，他报告了与郝寿义同志合写的论文《我国城市土地市场的若干理论问题》，得到了会议的高度评价，《上海城市导报》等报刊作了报道并刊登了论文摘要。该文在《天津社会科学》上正式发表后，曾获天津市哲学社会科学优秀成果二等奖。他向由建设部主办的“9中国房地产和房地产业”国际研讨会提交的论文“现阶段中国房地产经济的若干问题”，先后被《中国房地产》、《城市》、《建设论坛》、《特区经济》等多家刊物转登，成为学科前沿问题讨论的标志。进入九十年代，他对城市经济学科的纵深理论问题投入更多的注意，朝着建立有中国特色的城市经济学方向迈出了坚实的步伐。由他主编，1998年出版的“九五”国家教委重点建设教材《城市经济学》（修订本），以全新的视角，紧紧围绕聚焦经济、规模经济、城市空间经济结构这些可谓城市经济学最基本然而即使在当代西方城市经济学著作中也没有很好解决的问题，利用劳动分工理论、产业组织理论、制度经济学等工具，勾勒出新的城市经济学理论框架；同时，对中国的现实问题，也以新的视角进行了深入研究。
另一方面，他直接承担了大量的教学任务，是城市经济学最早最辛勤的传播者之一。早在七十年代，即城市经济学在西方发达国家成为独立学科后不久，他就在经济学系为本科生开设了城市经济学讲座课程；1980年以来，为硕士生、博士生开设了西方城市经济学著作选读、社会主义城市经济专题、西方城市土地经济学著作选读、社会主义城市土地经济专题、城市经济学研究、空间经济研究等课程。在教学中，他特别强调两点，一是研读原著，一是理论联系实际。他反复向学生强调，科研就是站在前人肩上攀登，唯认真研读原著，才能站稳脚跟。在此方面，他对学生近乎苛刻，要求学生大量阅读原著、写好读书报告。例如，学习西方城市经济学，要求必读的书目就包括美国的米尔斯、沃纳、赫西、英国的巴顿、日本的山田浩之等人的原著，学生起码要写五篇读书报告，每部一篇加上综合比较一篇。他带的研究生，寒假春节期间捧看原著的大有人在。因此，他直接培养的已毕业的3名博士生、3名硕士生以及30余名联合培养的研究生班学员，绝大多数具有扎实的理论功底和较强的发展后劲。城市经济学科是一门应用性很强的学科，西方的城市经济学几乎可以称为是“问题指向性科学”，对于每个基本问题所提出的理论和方法，都只是为着解决实际问题的工具。他认为，我们可以不赞成他们的某些理论、方法和对策，但应当赞成他们的研究工作的明确目的性。也只有不断研究现实问题，才能积累足够的素材，为城市经济学科基本理论的完善和发展打下坚实的基础，为教学提供丰富而鲜活的营养。同时，很多应用性课题的研究过程，就是学生参与社会实践的过程，与教学本身有着直接的关联。学生结合课程，对中国现实问题进行的科研不断结出累累硕果。仅从1992年至今，就有5篇硕士论文被评为南开大学优秀毕业论文；4年里，本方向在学研究生共在国内重要的城市经济学科期刊杂志如《城市经济研究》、《城市问题》、《住宅与房地产》、《城市》等上面发表论文7篇，有多篇被国内权威的人文科学信息机构——中国人民大学复印资料中心全文转载，产生了较大的社会影响。
蔡孝箴同志对城市经济学科建设发展作出突出贡献的另一表现，就是他运筹帷幄、精心组织，真正起到了学科带头人的作用。在此方面，他考虑最多的是两点，一是师资队伍建设，一是教学体系的规范化建设。
作为老党员，在队伍建设中，他始终倡导把政治思想建设放在首位。他建议本学科教师研读马克思主义经典作家的有关经济论著中（如《资本论》第三卷中对资本主义地租的论述）与城市经济学科教学科研密切相关的内容。在他的影响和带动下，教师们在教学科研实践中都能自觉地运用马克思主义的立场、观点和方法，在学习与借鉴西方城市经济理论时能明辨是非。另一方面，他鼓励大家思想解放、勇于开拓进取，认为这同样是教师应具备的基本素质。经过不懈的努力，教师们均能自觉地以全面实现党的教育方针为己任，以高度的政治责任感教书育人。青年教师均是学生导师，是学生课下学习和社会实践活动的直接指导者。他本人更是身体力行，采取上党课、座谈、谈心等多种方式引导学生。老一代知识分子忧国忧民的爱国主义精神引起学生的强烈共鸣，成为经济学系进行革命传统教育的极好方式。多年来，他曾多次获校级优秀共产党员等荣誉称号。坚持不懈的政治思想建设造就出一支政治立场坚定、作风严谨正派的教师队伍，保证了教学科研各项工作的顺利进行。同时，也赢得学生的由衷钦佩，学习积极性十分高涨，为各项教学措施的落实打下了坚实的基础。
其次，重视梯队建设，不断提高教师的业务素质。城市经济学科起步较晚，要保证其顺利发展，必须非常重视挑选优秀青年充实教师队伍。几年来，在他的积极倡导下，城市经济学科先后从外单位接受两名毕业生，从本系选留了两名优秀硕士毕业生。在结构上充分体现交叉学科的特点和需要，新人中既有经济学的科班生，也有本科或硕士段学习建筑学、城市地理学的。他还想方设法，协助系里为青年教师的发展创造条件，先后推荐青年教师李长柱赴美国南加州大学城市规划学院进修房地产，李慧明赴英国攻读环境与资源经济硕士学位，郝寿义赴美国芝加哥大学经济系读博士后研究城市经济学和房地产。实践证明，这些举措对开拓视野、促进城市经济学科与国际接轨起到了很好的作用。目前，城市经济学科计有蔡孝箴、郭鸿懋、郝寿义三位正教授，均为博士生导师；副教授两名；讲师三名。四位35岁以下青年教师中，一位已获博士学位，另三位正在攻读博士学位。可以说，完整的学科梯队已经基本建立起来，学科发展的前景是乐观的。
在教学体系规范化方面，蔡孝箴同志更是倾注了大量的心血，他的劳动集中体现在由他本人主持申报的《南开大学城市经济学科硕士点博士点的系统建设》的教学成果。该成果1997年获天津市优秀教学成果一等奖、国家级优秀教学成果二等奖。这是南开大学城市经济学科在国内居于领先地位的重要标志。
蔡孝箴同志任教以来，除了完成作为一名人民教师的本职工作外，还担任了大量的社会工作，在校内主要兼职先后有：1955年夏至1957年冬，中共经济系支部书记；1981年至1984年春，经济系副系主任；1984年春至1994年春，经济学院副院长、经济系系主任、校务委员会委员、校学位委员会委员及经济学第一分学位委员会主席，1996年受聘南开大学学术顾问。目前校外主要兼职有：全国哲学社会科学学科规划经济理论学科评审组成员、中国城市经济学会常务理事、天津市人民政府咨询委员会委员、天津市社联委员、天津市城市经济学会顾问、天津市环渤海经济研究会顾问。
蔡孝箴教授对经济学系整体发展所作的贡献，最集中表现在他任职经济学系系主任的十年间，经济学系的各项事业蓬勃发展。乘教育改革的东风，1984年到1994年，是南开大学经济学系改革力度最大、发展最快的十年，也是成果最多、变化最显著的十年。这十年中，在拨乱反正，恢复正常教学秩序的基础上，经济学系的专业设置得到调整，课程体系一次次更新，学科建设进一步发展，科研领域硕果累累，师资队伍的素质大幅度提高，对外学术交流频繁，各类毕业生的素质有了进一步提高。这些成绩，与作为系主任的蔡孝箴同志的精心筹划、大胆设计、热情推动是分不开的。
就教学改革而言，最重要的是专业的调整。1984年，以蔡孝箴为主任的新班子上任伊始，在调查研究的基础上，经济学系在全国综合性大学中第一个提出将政治经济学专业改为经济学专业，从而拓宽了专业口径，把培养目标由以理论工作者为主改为实际工作者与理论工作者双元目标，适应了社会对理论研究人才和实际工作人才的双重需要，这一提议在1985年4月获得了国家教育部的批准。当时，在极左思潮残余尚存的情况下，这种率先行动是冒了相当大的风险、需要一定的胆识和远见的，然而十几年的实践，证明了这一作法的正确与及时。
与此同时，经济学系将世界经济专业改为国际经济专业，并于1985年主动提出将国际经济专业从经济学系独立出去单独建系，遂成立了现在的国际经济系。虽然当时系里仅有经济学和国际经济两个专业，这样做无疑会使经济学系的力量相对削弱，但经济学系还是从学校全局的发展出发作出调整，为国际经济贸易学科的发展提供了更广阔的空间和自由度。经济学系在调整原有专业的基础上，也积极发展社会急需的新专业。价格问题是市场经济的核心问题，价格双轨制出现后，社会上急需价格学专业人才。1983年，经国家物价局委托和教育部批准，经济学系建立了价格学专业，1983年至1993年间，共培养包括硕士生、本科生、大专生等各类价格学专业人员500人，该专业在国内高校价格学专业中一直处于领先地位。
早在1984年，经济学系就开始酝酿和国家土地管理局联合建立房地产经济专业，1994年在房地产业迅速崛起的大背景下，这一计划终于得以实施，经济学系设置了房地产经营与管理专业。在保证理论人才培养计划的同时又一次增加了应用型专业人才的比重，拓宽了学生的社会适应面。
