赖斯与同样从事政治学研究的卡斯伯认识有不少时间了。卡斯伯在来斯坦福大学以前曾在著名的芝加哥大学政治系做政治学教授，并先后担任芝加哥大学法学院院长与芝加哥大学教务长。1992年，当卡斯伯担任芝加哥大学教务长并准备应聘斯坦福大学校长时，赖斯曾作为斯坦福大学校长挑选委员会的成员去芝加哥参加卡斯伯的应聘面试，并投票同意他担任斯坦福大学的校长。赖斯虽然与卡斯伯相当熟悉，并且对政治学都有相同的兴趣，但两人平常相互来往并不多。她被叫到校长办公室时以为卡斯伯要跟她谈什么事，决没想到是要她出任下一任教务长，负责全校的预算与教学工作。赖斯知道，在斯坦福大学，教务长是仅次于校长的全校第二有权力的人物。教务长这个职位通常是从学院院长或系主任人选中挑选出来的，她才刚刚被提升为正教授，既没有当过系主任，更没有做过学院院长，完全没有学校行政管理的经验，现在陡然要她出任教务长，她完全没有思想准备。因此，听到卡斯伯校长要她当教务长的消息后，赖斯感到非常惊讶，一时不知道怎么回应，当即沉默下来。
卡斯伯后来接受媒体采访回忆赖斯当时的反应时说：“当时她不吭声。你们知道，康迪不是那种轻易被某事所吓倒的人，但她那天是绝对受到震动。她在桌子那一边一句话也不说。”
在赖斯对他的要求不吭声不表态时，卡斯伯力图说服她接受这份工作。卡斯伯对赖斯说：“我知道，这将会引起某些议论。因为所有的大学对行政人员升迁都有强烈的期望值。如果你要出任教务长，你首先得当过学院院长，或至少也做过系主任。”尽管赖斯没有这些行政经历，但卡斯伯坚信她有能力做好教务长。他表示说：“我对她的学术价值，她的聪明才华，以及她的雄辩口才印象极其深刻。”“我完全相信她有能力做好这个工作。”
赖斯从来都是一个非常自信，并且不怕任何挑战的人，在卡斯伯校长表示绝对信任她，而且将全力支持她的工作之后，赖斯同意接受这份工作，出任斯坦福大学的第9任教务长。
赖斯出任斯坦福大学教务长时只有38岁，是斯坦福大学102年来历史上最年轻的一位教务长，也是出任这个职位的第一位非洲裔黑人与女性。
卡斯伯校长宣布了赖斯出任斯坦福大学教务长的任命之后，斯坦福大学许多人都感到吃惊，人们对此议论纷纷。这不仅因为赖斯年轻，是一个非洲裔的黑人女性，更令人议论的是赖斯从未担任过任何行政职务，没有一点大学管理的行政经验。有人认为，学校当局可以提拔年轻的赖斯，但应该让她先做做系主任，而不应该一下子就让她出任教务长。
喜欢不断接受新的挑战的赖斯不理会人们的议论，自信她能够做好她将承担的新工作。她说：“我热爱斯坦福，我认为我有机会为斯坦福做些有益的事情。”“斯坦福大学——像美国所有的大学一样——正处在大变革时刻。就像我曾经幸运地有机会帮助美国回应结束冷战的那些非凡的事件那样，我现在非常荣幸卡斯伯校长信任我有眼光与能力处理斯坦福大学面临的挑战。”赖斯表示：“两年前，我是怀着更大的职责，感恩的心情，与对学术自由探讨与表达的决定回到斯坦福的。没有任何大学像斯坦福这样使我为之付出全部精力。”
赖斯在斯坦福大学的博士研究生斯金纳说，在赖斯看来，如果她能够协助布什政府不费一枪一弹将德国统一到北约中，她是能够做任何事情的。斯金纳指出：“她相信，没有什么事情她不能做。而且我认为，她相信没有什么事情是美国办不到的。”
当有人说赖斯被卡斯伯校长任命为教务长，主要是因为她是位非洲裔黑人女性，学校方面这么做是为了照顾种族平等，达到学校领导层的种族平衡与多样性。言外之意是，赖斯能够出任斯坦福大学的教务长，不是因为她够条件有资格，而是一种政策性的种族平衡与照顾的结果。
赖斯对这种说法很不以为然。她明确表示，任何接受这个职务的人都应该是合条件够资格的，她本人当然也不例外。赖斯认为，她完全够资格，并且有能力做好斯坦福大学的教务长。她表示：“我从来都觉得，你不能用种族与性别来看一切事务。”
还有人认为，如果赖斯的资历、种族与性别不是影响她出任斯坦福大学教务长的因素，那赖斯共和党的政治背景与她保守的政治观点将会给她担任这个工作带来麻烦。因为，斯坦福像全美大多数大学一样，是民主党的天下，在大学的教职员工中，自由派的民主党人是多数。对赖斯出任斯坦福大学教务长，该校的一些教工与学生团体已表示担心，怕她会把保守的政治观点带入到学校管理与学术事务中来，将斯坦福大学引导向右倾。因为斯坦福的教授与学生们对赖斯在1992年夏天的共和党全国代表大会上，与共和党的极右保守派布肯南同台发表演说至今记忆犹新。人们对赖斯的担心并不是没有根据。
赖斯对斯坦福大学的师生员工担心她会把保守的政治观点带入到学校管理与学术事务中的忧虑有清醒的认识，她一再强调的是，她将以非常专业的精神做好教务长的工作，绝不会把自己的政治观点带入到学校管理工作中去。
赖斯在一片争议声中出任斯坦福大学的教务长，她将负责全校15亿美元的年度预算经费与1，400名教学人员以及14，000名学生的课程安排与学术活动。
赖斯出任斯坦福大学教务长时，斯坦福大学正面临前所未有的预算赤字与财政危机。
原来，在1989年的加州大地震中，斯坦福大学有200栋建筑受到不同程度的损害，学校花了近2亿美元维修这些建筑，留下了不少财政缺口。另外，由于近几年来，学校教职员工的医疗保险费用节节上涨，使斯坦福大学增加了许多额外的开支，累计下来，该校的债务与赤字达到4，000万美元。作为管理学校预算经费的教务长，赖斯首先必须解决这个问题。
赖斯生平从未管理过如此巨大的预算经费，也从未经历过这么大的债务与赤字，但她坚信她能够处理好这个问题。她上台后不久即宣布，她计划在两年内消灭财政赤字，平衡学校的预算。
斯坦福大学的许多人认为赖斯要在两年内平衡预算的计划简直是异想天开。有人则认为她根本不可能在两年内消除2，000万美元的债务，因为学校的债务赤字太高了。一些好心的人说，赖斯应该承认现实，接受斯坦福大学预算不可能达到平衡的事实。
赖斯偏不信这个邪。她下决心一定要在她手上管理控制好斯坦福大学的财政状况，按计划达到在两年内消灭债务赤字的目标。为了达到自己的目的，赖斯通过各种方式，向全校师生员工反复宣传她消灭赤字、平衡预算的计划，以及如何实现这个计划的途径与手段。在接受斯坦福大学学生校报的一次采访中，赖斯表示，学校当局不会被财政危机所困倒，而是会像全国其它大学一样有效地解决这个问题。赖斯说：“实际上，我并不认为这是一个预算危机，这只是在90年代美国的所有大学都在经历的问题。”
1993年11月，在经过几个月的宣传与公关之后，赖斯向斯坦福大学的师生公布了她消灭赤字、平衡预算的明确计划。根据这个计划，斯坦福大学行政当局将削减各院系各部门的预算经费以及一些为学生服务的项目，而且这一切可能要通过裁员与合并行政机构来达成。
裁员、合并机构、减少服务项目是件吃力不讨好的工作。但为了达成平衡预算的目标，赖斯不得不用铁腕砍掉了斯坦福大学的一些服务项目与行政管理人员，紧缩了各方面的开支，特别是行政开支。在出任教务长的第一年，赖斯就大刀阔斧地削减了600万美元的预算经费，结果有许多岗位被合并了或取消了，有不少人被裁减了，其中包括一位在斯坦福大学学生中，特别是西语裔学生中非常受欢迎的负责学生事务的助理院长柏西亚格。一些学生发动示威，甚至绝食抗议，反对斯坦福行政当局解雇柏西亚格。但赖斯不为所动，以必须采取行动实现学校的预算平衡来坚持自己的决定。赖斯不怕得罪人，坚决实行消除赤字，平衡预算的行动，使人们看到了她强硬不妥协的一面。
赖斯后来承认，大砍经费与裁减人员不是一件容易的事情。她说：“在最初几年，我很少有机会说YES。”“我必须确立学校的原则，我们不能入不敷出。我必须做出某些强硬的决定。”
赖斯多年后仍记得斯坦福大学学生当年抗议她裁员的决定。她后来回忆说：“学生们在学校广场上举行了静坐抗议，他们大声反对我所做的一切事情，因为我必须裁减一位很受欢迎的行政管理人员。”赖斯指出，她不得不这么做，因为“我们必须重新组构许多部门的行政管理单位，那是非常艰难的工作。要裁减人员，那不是好玩的事情”。但她又认为，这件事总是需要人来做，“我想，你必须对一些事情做出某种决定。”赖斯强调说：“我强烈地认为，当你接受一件工作的时候，你同时也承担了那个工作的风险。当我不得不裁员时，我终止了任何能够为他们转换工作的机会。有时候，你必须作出困难的决定，并坚持到底。我想，那可能是我经历的最困难的几年。有许多人对我的工作不理解。”
赖斯在没有当教务长之前，是政治系乃至斯坦福校园内极受欢迎的一个教授。但当她出任教务长后，在采取坚定行动裁员减人、平衡预算的过程中，得罪了一些人，挨了不少骂。许多教授抱怨说她在裁员与合并机构的过程中，没有与他们商量讨论，完全是一个人做决定。有人甚至指责她没有以民主的方式组成委员会或咨询学校的行政人员就任意裁员减人，十分独断专行。总之，在大砍经费、裁员减人、平衡预算的过程中，斯坦福大学校园内对赖斯的批评指责声不绝于耳。但赖斯没有后退半步，而是坚定不移地坚持下来了。令她感到欣慰的是，经过一段时间的不懈努力，斯坦福大学按计划消灭了债务赤字，达到了预算平衡。到1996年夏天，斯坦福不仅消除了所有的债务赤字，平衡了预算，而且还有1，450万美元的盈余储备，这是一件了不起的成就。赖斯当年夏天在斯坦福大学的一次教师会议上说：“斯坦福大学再也没有赤字，这是整个斯坦福大学应该感到自豪的事情。”
赖斯出任斯坦福大学教务长后，在消灭债务赤字，平衡预算问题上表现得坚定果决，按计划实现了预期的目标，打了一个漂亮的财政预算平衡胜仗，使斯坦福大学的一些师生对她刮目相看，赢得了人们的尊敬与称赞，并成为赖斯的支持者一直津津乐道，以为自豪的话题。
赖斯上任后使斯坦福的预算达到平衡的成绩得到了人们的肯定，但她作为斯坦福大学历史上第一个黑人女教务长，在任期内对执行平等机会法案不积极，对改善校园师生队伍的多样性不努力的态度受到人们的诸多批评与指责，斯坦福的一些教授认为赖斯应对斯坦福大学这方面存在的问题承担一定的责任。
平等机会法案是美国联邦政府为了帮助过去曾长期遭受歧视的妇女与少数族裔在入学与就业方面得到更多机会的一种联邦政策。对这个政策的看法是仁者见仁，智者见智。支持这个政策的人认为，大学在招收与雇用妇女和少数族裔时，应该作特别的努力，给他们一些优先的照顾，这是能使大学校园的学生与教职员工队伍达到平衡与多样性的惟一可行的方式。但反对这一政策的人认为这个政策不公平，因为它导致大学在招收学生与聘用教学人员时过多地考虑性别与肤色因素，而忽视资格与能力问题。结果，一些更符合条件的人因为这一不公平的政策而被那些资格与能力比他们要差的人所取代，造成了新的歧视。在争论平等机会法案问题时，赖斯承认，她曾是这一政策的受益人，她在上大学与找工作时，她的性别与肤色，曾被列入考虑的因素。但赖斯同时强调说，她得到工作，她取得成功不仅仅是因为她是一个女性或她是非洲裔美国黑人，而主要是她长期努力的结果，更重要的是，她在各方面比他人做得更优秀。因此，赖斯认为，在学校招生与用人问题上，任何人都不应得到优先照顾或特殊的对待。
