笛卡尔承认，除关注几何学问题外，“我习惯于想像很多别的东西，像颜色、声音、滋味、痛以及诸如此类的东西，虽然不那么清楚。而且因为通过感官我就更好地觉察这些东西，通过感官和记忆的媒介，这些东西就好像是达到我的想像”。既然想像与感官如此紧密地联系在一起，为了保证想像的可靠性，笛卡尔就必须检讨被他称为思维方式的“感觉”，如果感觉向想像提供的是可靠的证据，那么，我们就可以通过想像证明“物体性的东西的存在”。
笛卡尔向自己提出了三个问题：（1）感官得到的东西是否有真假？判断真感觉的标准是什么？（2）我们怀疑感觉的理由是什么？（3）我是在什么意义上相信感官得来的东西？
人的身体是由诸多器官构成，人的感官对自身机体的感觉属于内部感觉，如我有手、我疼痛、我愉快、我饥饿等。还有一种是对外部物体的感觉，如物体的软硬、干湿、颜色、气味、声音等。按笛卡尔以前的观点，只有在自己头脑里的那些明确、清晰的观念才是真实的，现在，笛卡尔也承认，对于被他的感官感觉到的东西也应该是存在的。“当它表现在我的感觉器官之一的时候，我根本不可能不感觉到它”。而且笛卡尔看到，这些来自于感官的观念比心里的其他观念“要生动的多，明显的多，甚至都以其特有的方式表现得清楚的多”。如此明显、生动的观念显然不是我的心灵所能产生的，或者说我的理智中没有产生感觉观念的功能。因为感觉观念并不与我的思维相协调，它“甚至经常和我的意愿相反”，这就说明感觉观念不是我心里的东西。
感觉观念既然不来源于我的心中，那要么来源于上帝，要么来源于物质体，要么来源于我们不清楚的神秘物。
上帝既然没有给我任何功能来认识“感觉观念”，而他却又造出这样的观念，使我相信那是物质体性的东西送给我的，这不是骗我吗？而上帝是不会骗人的，这与他的本性不相符，所以，感觉观念不是上帝创造的。
它也不可能来自某种神秘物，如果它来自上帝和物体以外的东西，我连它的来源地都不知道，那我怎么可以断定那是个骗局呢？
看来，我们得“承认有物体性的东西存在”，正是这个物质实体，“形式地、实际地包含了凡是客观地并且通过表象在这些观念里的物体性的东西”。由于从感官得来的东西比我头脑里的观念更清晰、生动，这就容易使人产生一种误会，以为我们头脑里的所有观念都是从感官来的，这不正是经验主义的观点了吗？笛卡尔对此早有警惕。笛卡尔分析到，由于感觉的作用，人们常常体验到肉体与我是紧密联系的，我与肉体不可分，我的痛苦、愉快、饥饿、疼痛等感觉都是与我的肉体紧密联系的。笛卡尔在这里提出一个生理和心理如何结合的问题，而且他也试图通过对这一问题的解决来进一步说明人的感觉观念问题。如胃的饥饿和人想吃东西之间的联系，身体的疼痛和心灵的痛苦之间的联系等。让笛卡尔困惑的或许是如何把物质体、感觉和观念三者联系起来。因为在他的那个时代，机械力学占主导地位，心理学在身心问题上也没有更多的突破，这样，哲学在感性认识和理性认识的相互关系上也必然打上机械力学的烙印。
笛卡尔对感觉的不信任还是发端于怀疑主义提出的一些理由。如对人的外部感觉，由于主体与客体之间位置远近、光线的明暗等因素，使我们对同一个对象总是有不同的感觉。从内部感觉看，一个已失去胳膊的人还经常感觉到他的胳膊痛，还有睡梦和清醒时哪个感觉更真实。笛卡尔提出这些问题是要说明“我不应该过于相信自然告诉我的事”。这里的“自然”，“仅仅是指上帝所给的、作为精神和肉体的总和的那些东西”。不过笛卡尔对感觉并不是完全的拒绝，他认为，我们对感觉应该采取的正确态度是：既不能“糊里糊涂地接受感官好像告诉我的一切事物”，也“不应该把什么（感觉）都统统拿来怀疑”。@当然，这种扬弃是建立在对真假感觉的正确判断基础上的。
笛卡尔这是要清算一下他内心的观念和感觉，他要分析哪些是真的、可信的，哪些是假的、不可信的。笛卡尔认为，上帝和我的观念是真的，我有一个身体，感官对自身的内部感觉也是真的。正是这些内部感觉使笛卡尔意识到精神与肉体“非常紧密地结合在一起”，二者的结合就像舵手和船的关系。我的身体和周围的其他事物存在着感知关系，我遵循着“趋乐避苦”的原则与周围的物质体发生着关系。经过这一系列真实感觉的确定，我们好像从怀疑和否定的阴霾中走了出来，终于确立了我的现实生活原则，我与日常生活也在一定意义上产生了某种认同。笛卡尔认为，虚假并不是从自然那里来的，“由于我有某种轻率地判断一些东西的习惯把这些东西引进我的心里来的；这样就能够很容易使它们包含什么虚假”。
关于人，笛卡尔认为人是由灵魂和肉体组成的，人的“本质就在于我是一个在思维的东西，或者说在于我是一个实体，这个实体的全部本质或本性就是思维”。灵魂与肉体的区别是，“我只是一个在思维的东西而没有广延，而另一方面，我对于肉体有一个分明的观念，即它只是有广延的东西而没有思维”，灵魂和肉体可以相互分离、各自独立，“灵魂可以没有肉体而存在”，而肉体没有灵魂也是一架能转动的机器。这是心物二元论思想。
精神和肉体的关系是：二者之间是有差别的。首先，肉体是可分的，精神是不可分的。在笛卡尔看来，人体就好像一架机器，是由各个零部件组成的，我们可以对人体进行分割和肢锯。但是，无论我们如何切割人的肉体，精神也不会因此而受到损伤。笛卡尔举例说，当我的“一只脚或一只胳膊或别的什么部分从我的肉体上截去的时候，肯定从我的精神上没有截去什么东西”。笛卡尔在此或许有些简单化了，试想，如果我们割了人的头或切除了人的大脑皮层，他的精神难道还不受到损伤吗？现代生理学和心理学证明，意识是人脑的机能，无论笛卡尔那个抽象的“我”在逻辑上如何独立，但在现实中，如果没有肉体、没有大脑，人怎么可以进行思维呢？所以，笛卡尔的理由无论如何充分，在这个事实面前，是很难自圆其说的。笛卡尔下边这句话就说得有些玄乎：“精神并不直接受到肉体的各个部分的感染，它仅仅从大脑或者大脑的一个最小的部分之一，即行使他们称之为‘共同感官’这种功能的那一部分受到感染。”其实，这个所谓的“共同感官”实际上是中世纪一个早已过时的观念，而且这个东西在笛卡尔这也说得很不“清楚”，说它存在于大脑里，而且又是大脑的一部分，难道这一小部分就不是物质了吗？如果不是物质，那它又怎么在大脑里存在？难道也以一个几何的点存在吗？现实不允许假设，还是拿出证据来吧。这或许是当时生理学和心理学的局限吧。总之，笛卡尔在这个问题上解释得非常勉强，有时甚至是在附会和猜测。
精神既然是非物质的，那它与物质性的肉体之间又是怎样发生关系的呢？为了解决这个难题，笛卡尔想出了一个在现代生理学上根本站不住脚的“松果腺”，他说这个东西“位于大脑实体的中央，悬挂在通道之上，大脑先前的精气神在这个通道中与它随后空腔中的精气神互相沟通”。笛卡尔把神经比作一根绳子，正是这根“绳子”，把大脑和人体的各个器官联系起来。比如人的脚疼痛，“神经就像绳子一样从脚上一直通到大脑里”，“可是因为这些神经要从脚上通到大脑里，就一定经过腿、臀部、腰部、背和颈”，这样就把整个身体串连起来了。笛卡尔关于身心相互作用的观点虽然粗糙，但毕竟也反映了人体生理学的一般规律，而且还具有辩证法思想的成分。
在认识形式上，笛卡尔把人的思维形式分为纯粹理智的功能、想像的功能和感觉的功能。他认为想像的功能和感觉的功能依附于理智性实体，“它们包含着某种理智的作用”，如果离开了理智作用，想像和感觉的功能都不能正常发挥，也就是说，它们就不可能成为人的思维形式。相反，他认为理智实体并不依赖于其他两种思维形式，离开想像和感觉，理智照样能够认识“我”，甚至能够更好地认识“我”的本质。
如何防止有的感觉对我们的欺骗呢？笛卡尔认为有三种方法：一是各种感官同时检查同一个感受，这样“各个感官告诉我们的多半是真的而不是假的”；二是用记忆，“记忆可以把当前的一些认识连接到过去的一些认识上去”；三是理智，理智可以总结、发现我们“各种错误的一切原因”。依靠这些法宝，我们似乎也应该从梦中醒来了（笛卡尔一直在用梦中的东西否定清醒的现实），因为记忆可以把醒时所遇到的事连接起来而在梦中却不能。
人生活在现实之中，但我们必须时时地反省自己。用我们所有的感觉、记忆和理智去检查我们眼前、心中所发生的一切，不但要获得“确实而明白的知识”，而且要明白地活着。
记住，我们拥有怀疑的权力，但我们绝不滥用这个权力，我们怀疑，是为了确定。笛卡尔最后还告诫我们：人有错，因为他有缺陷和弱点！对未来，我们既要充满自信，又要小心谨慎！
