笛卡尔发现，他的心里还存在着许多观念，这些观念并没有外在的对应形式，而是以纯粹主观形式存在着，但它也有自己确定的质。例如，当我们想起一个三角形时，不管外部世界有没有三角形，也不管能否看到具体的三角形，在他的心中，三角形由三条边构成，内角和等于180度等，这些属性都是始终与三角形这个观念结合在一起。笛卡尔由此得出结论说：“凡是我清楚、分明地认识到是属于这个东西的都实际属于这个东西。”由此原理出发，笛卡尔对上帝作进一步的论证。
既然三角形的存在都不能和它的本质分开，那么上帝的存在自然也不能和他的本质分开。如果我们说一个上帝有本质却不存在，那他就不算完满；如果我们说一个完满的上帝只存在于人的心里，不存在人的心外，那他就受制于人，也不算很完满。所以，如果我们承认上帝的本质是完满的，那他就不仅存在于人的心里，而且也存在于人的心外。在这里，上帝是本质、存在和功能三位一体，因为上帝的本质就是完满性，而存在性就是其完满性之一。“每当我想到一个第一的、至上的存在体，并且从我心的深处提出（姑且这样说）他的观念时，我必然要加给他各种各样的完满性，虽然我不能把这些完满性都一一列举出来，而且也不能把我的注意力特别放在这些完满性之中的每一个上面。这种必然性足以使我（在我认识了存在性是一种完满性之后）得出结论说，这个第一的、至上的存在体是真正的存在。”笛卡尔的这一番证明使我们想起了安瑟伦关于上帝的本体论证明。所不同的只是安瑟伦的上帝最初就是个绝对的实体，而笛卡尔的上帝是以观念的形式出现的。经过一番概念置换和逻辑推演，笛卡尔的上帝就与安瑟伦最初的上帝实现了统一。应该承认笛卡尔对上帝的论证与他的前人相比实在也高明不到哪里去。
笛卡尔在论证了上帝的本质和存在的统一后，就进一步分析内心的真观念和假观念。他说：“我不能捏造事实，因为我不能想，除了我能够领会得清楚、明白的东西外，把别的东西接受到我的思维中来。”他认为带翅膀飞的马就是一种假的假定，而上帝却是与我俱生的真观念，“是真实、不变的本性的形象”。
上帝不仅以真观念的形式存在于人的心里，而且还具有客观性，不管人们认识与否，他都存在着。笛卡尔通过上帝和人们的认识表现了思维与存在的关系问题，他试图说明的是，上帝是客观存在的，当我对他的存在有分明清楚的认识的时候，我就能确认他存在；那么当人一时认识不到，上帝依然存在着。当然，从认识的角度看，人还是能够“更早、更容易”地认识上帝的存在的，因为在我们的心里没有一个观念比上帝的观念“更清晰、更分明”。
确立了上帝存在后，笛卡尔就要利用上帝的无限完满的存在体，为外在物质体的存在作保证，也通过上帝的“信誉担保”来确认“我”与外在物体之间的认知关系。“我非常清楚地认识到，一切知识的可靠性和真实性都取决于对真实的上帝这个惟一的认识，因为在我认识上帝以前，我是不能完满知道其他任何事物的。”他在这里运用了“因果原则”和“上帝不是骗子”来解释。
从理性主义观点看，感觉经验的东西总是靠不住的，真正的知识来自于理性。然而，如果没有上帝的支持，仅靠人自身的判断，那会很容易被另一个人所驳倒，“假如我不知道有一个上帝，就有可能出现别的理由使我很容易改变看法”。有了上帝，他就可以在理性的推演中求得上帝的支持。上帝创造了一切也决定了一切，而且上帝也决然不会欺骗人。凭着上帝的能力和至善的德行，“凡是我领会得清楚、分明的事物”，上帝都有能力使它成为真的，这一点笛卡尔深信不疑。我头脑中分明有关于物质的观念，这个观念是如此明确，可我又知道我是不可能创造这样的观念的；如果我不能创造，那就一定是上帝创造出来先天地放置在我的心中，上帝是不会欺骗人的，所以我心中的物质观念一定是真的。
既然我认识了上帝，我就可以从上帝那获得无穷无尽的完满知识，因为这个世界是他创造出来的，我不仅可以从他那里获得关于上帝的知识，而且还可以获得上帝以外的其他的知识，比如关于物体性质的那些知识。几何学关注的是物体的广延性的形式，物体的状况、运动、结构等属性也是其他自然科学关注的内容。他用上帝支持了外在物体的存在，同时也为其他自然科学的存在和发展提供了合理的保障。
第六个沉思论人的灵魂和肉体
这是笛卡尔最后的一个沉思，他要与我们一起走进现实世界。当然，这必须首先解决物质性的东西的存在是如何可能的，以此来协调精神与物质、理性与经验之间的矛盾。而这些矛盾的焦点就集中表现在人身上，即人的灵魂和肉体的关系问题，这其实是哲学的基本问题在人身上的表现。
上帝创造物质并将物质的观念赋予人，人依靠自身的认知能力——领会、想像来认识自身和物质。按照笛卡尔的思路，要想真正地认识物质，必须先要搞清物质观念的本质、来源及形成原因，然后再根据他的“因果原则”从原因中去寻找结果的必然性。一切的原因都在上帝，上帝又无所不能，他能创造一切逻辑上的可能，也就能将这一切的可能变为现实。问题是，上帝的一切都必须通过人的信仰和逻辑来表达（起码在人的交流的层面上是这样），这就为人的想像提供了自由的空间。对于一个思想家来说，不是在于你的想像如何实现，而是在于你如何想像，如何能对你的思想自圆其说，如何能使你的想像包容最多的分歧、协调更大的矛盾，并使你的思想尽可能地开拓别人自由想像的空间。至于实现，有上帝在，什么都不用怕。即便上帝不在，也还有科学和技术。那是另一个层面上的事了。思想家的行为就是思想。笛卡尔所能做到的就是在他个人思想上的革命和创新，虽然他这些闪耀着金子般的思想是通过宗教包装过的。
我们对笛卡尔那一套论证上帝存在的方法都腻味透了，但笛卡尔靠的就是那些概念的明晰、推理的严密、叙述的简洁生动来征服人心的。虽然说人都有他生之而来的缺陷和弱点，笛卡尔也不能避免，可笛卡尔比我们聪明的地方在于，他敏锐地寻找这些缺点，坦然地接受这些缺点，并在努力探索克服缺点的方法。所以，无论他的理论有再大的错，他这种精神都是永远值得我们学习的。即便他思想中的弱点也是后人进一步提高和发展的起点。
我们还是看看笛卡尔是怎么协调上帝和人与物质的关系吧。
在思想中，“凡是我们领会得十分清楚、十分分明的东西都是真实的”，“凡是我能够领会得清楚、分明的东西，上帝都有能力产生出来”，笛卡尔对此坚信不移。上帝不但能将我们领会的东西创造出来，而且还能将“我不能很好领会”的东西创造出来。上帝既然给了人想像的功能，而想像，在笛卡尔看来，就是“去想一个物质性东西的形状和影像”，它是人的“认识功能对向它直接呈现的物体的某种运用”，既然是直接呈现，就有呈现的对象，“这个物体是存在的”。为了进一步搞清这个问题，笛卡尔考察了人的认识的两个功能——领会和想像。
笛卡尔举例说，当我们想像一个三角形和想像一个千边形时，三角形这个形状可以非常清晰地呈现在我的面前。而所谓的千边形，无论我怎样地想像和领会，它的由一千个边组成的完整图形在我的头脑里总是模模糊糊的。当一个观念不需要太多的领会就可以明白时，我们就有精力去想像，我们不但可以想像它的每条边，而且还可以想像它所包含的面积和占有的空间。在笛卡尔那里，想像是一个经验层次上的范畴，但它又不是纯经验的，是在能够领会的基础上的想像，想像的精力愈大、愈深入，也就愈接近客观真实。几何学家只关注物质体的形和量，那是在领会的层面上进行的。笛卡尔的想像已超过了一般意义上的理性活动，进入与客观现实相互接触的层面。不过，按理性主义的思维习惯，这个过程也是一个由思维抽象到思维具体的过程。
在笛卡尔看来，领会比想像更纯粹，领会是在人的精神自身内部进行的，是纯粹的理智活动；而想像，则与物体联系的非常紧密，人“在想像时，它转向物体，并且在物体上考虑某种符合精神本身形成的或者通过感官得来的观念”。由此看来，通过想像，人就把感官和物体联系起来了。一提起感觉和外在物体，笛卡尔是特别小心谨慎的，因为在笛卡尔看来，我们不可能从感官和物体上得到什么确实可靠的知识。然而笛卡尔的理论如果不总是悬在空中，而当它要走向现实时，他就不能只是关注几何学的知识，而且也不能忽视生活、经验和常识。笛卡尔似乎已经注意到这一问题，他内心那条想像的通道就是要完成理性与经验的衔接。其顺序是：物体一感官一记忆一想像。
