1918年10月5日，他辞去《申报》驻京记者之职，创办了着名的《京报》，他的梦想终于实现了。他在创刊词《本报因何而出世乎》中明确的提出了他的办报宗旨，“必从政治教育入手。树不拔之基，乃万年之计，治本之策。必使政府听命于正当民意之前，是即本报之所作为也！”《京报》一开始只有他和潘公弼两个人，无党无派，不以特殊的权力集团为后盾，主张言论自由，自我定位是民众发表意见的媒介。很快就得到广大读者的喜爱，声望倾动一时。
邵飘萍从此走上一条自资独立办报的艰辛道路。其言论既不受外国通讯社的左右，又不受军阀操纵，排除各种干扰，开创了20世纪中国独立的新闻事业。他大书“铁肩辣手”四个大字（取自明朝因反对奸臣严嵩被残杀的杨椒山的诗句“铁肩担道义，妙手着文章”，将“妙”字改成了“辣”字）悬于报社墙上，勉励同人。他主张新闻记者是“布衣之宰相，无冕之王”，是“社会之公人，是居于统治者和被统治者之外的第三者”，报纸应该监督政府，还应该教育民众、唤醒民众。80多年前，他就是在这些思想支配下，把《京报》真正办成了人民大众自己的喉舌（当然，他也为此付出了生命的代价）。
邵飘萍后来在《京报三年来之回顾》中说：“《京报》每顺世界进步之潮流，为和平中正之指导。崇拜真理，反对武力，乃《京报》持论之精神。出版不数月，颇蒙内外各界赞许，在言论上已占相当之地位。”到1919年5月29日，全国好多地方（山东、河北、河南、山西、浙江、东三省等）都设立了《京报》代派处，成为一张全国性的大报。其言论影响之大从章士钊攻击他的“良家子女，累累伺振青之声音颜色以行”可见一斑。
1918年10月，邵飘萍促成北大成立了新闻研究会，蔡元培聘他为导师，这是中国新闻教育的开端。当时《京报》刚刚创立，工作非常繁忙，但他一直坚持去上每周二小时的课。他提出记者要“主持公道，不怕牺牲”，品性要完全独立，有操守人格，做到“贫贱不能移，富贵不能淫，威武不能屈”、“泰山崩于前，麋鹿兴于左而志不乱”。他强调记者要“探究事实不欺阅者”。还讲授了大量新闻学的基本知识（如采访、组稿、编辑、校对等），并指导创办了《新闻周刊》。
1919年10月，得到一年结业证书的有23人，得到半年证书的有32人。我们今天再去看看这份名单，不禁感慨万端。名单中有不少人是****最早的领袖级人物，如******、高君宇、谭平山、陈公博、罗章龙、杨晦、谭植棠等等，还有着名的无政府主义者区声白等人。55人中也有些人终身都从事新闻事业，是中国新闻界的中坚。由此可见其影响的深远。
******当年曾多次拜访邵飘萍，并得到过慷慨资助。1919年12月******第二次到北京（邵飘萍此时已被迫第二次亡命日本），还在已被封闭的《京报》馆内住了一个多月。在新闻研究会学习的半年，恐怕是******在北大期间获益最大的，在他的身上我们依稀还能看到一些邵飘萍的影响。所以北京一别虽然再无见面的机缘，但******终生都忘不了邵飘萍。1949年后，他不承认是胡适的学生，说胡吹牛。又说自己其实是邵飘萍的学生。直到去世前二年的1974年，年近80岁的******还提到了邵飘萍。
“飘萍一支笔，胜抵十万军”。
1919年5月3日晚上，“五四”前夜，是个准备直接行动的不眠之夜，在北大的“五三晚会”上，作为新闻学研究会的导师、《国民》杂志顾问的邵飘萍发表了慷慨激昂的演说，他大声疾呼“北大是最高学府，应当挺身而出，把各校同学发动起来救亡图存，奋起抗争。”他的报纸更是热情地支持“五四”运动。8月，因《京报》屡屡发表揭露、批评政府腐败的文章，被当时的安福系政府查封，邵飘萍遭到全国通缉，被迫第二次亡命日本。
1920年曹锟、吴佩孚上台后，他才回国。9月17日，《京报》复刊。他办报既重视外交、政治、经济、社会各个方面的内容，关注国家命运、人民疾苦，也依靠社会力量，办了好多种附刊，形式多样，丰富多彩。在《京报》的周围既有鲁迅、钱玄同、孙伏园、黎锦熙等大学者，也有张友鸾、焦菊隐等当时还没有名气的青年人，可谓人才济济。
他始终坚持新闻自由的理想，继续《京报》的办报宗旨，独立地表达公正的舆论，“勉力造成全国人发表言论之机关”。揭露政治的腐败、黑暗，抨击最高当局，为民众呐喊。坚定地扞卫言论自由的基本原则，使北洋军阀望而生畏。
他支持冯玉祥发动北京政变，推倒曹、吴；力助郭松龄倒戈反张（作霖）；他旗帜鲜明地反对段祺瑞，拒绝“善后会议顾问”的聘请；他强烈谴责“三-一八”惨案屠杀学生、民众的滔天罪行（那天政府杀了47人），发表了一系列详细报道和《首都大流血写真》特刊；他极力欢迎孙中山北上，称他为“贫贱不移，威武不屈，失败不馁，成功不居之中山先生”、“有主义有主张，真诚革命，数十年如一日，毫不含糊之中山先生”、“绝对不排外也不媚外之中山先生”。邵飘萍的这些态度都对社会舆论产生了巨大影响。难怪冯玉祥要说“飘萍一支笔，胜抵十万军”，还说邵飘萍“主持《京报》握一枝毛锥，与拥有几十万枪支之军阀搏斗，卓绝奋勇，只知有真理，有是非，而不知其它，不屈于最凶残的军阀之刀剑枪炮，其大无畏之精神，安得不令全社会人士敬服！”
“四．二六”和“三 ．一八”一样是民国史上最黑暗的一天。
邵飘萍之死直接的起因，是他促成了郭松龄1925年11月24日东北军倒戈的滦州事变和郭、冯（玉祥）联合。他还在《京报》发表了大量支持他们的新闻、评论。12月7日，他出了一大张二整版的《京报特刊》，以厚纸铜版精印，全是最近时局重要人物的照片，非常醒目。每个人物后面都有邵飘萍亲自写的评语，如：冯玉祥将军、孙岳将军、岳维峻将军，“保护京畿治安京畿警卫总司令兼京畿警察总监”鹿钟鳞将军，“时势造英雄首先倒奉”之孙传芳，“通电外无所成自岳州赴汉口”之吴佩孚将军，“东北国民军之崛起倒戈击奉”之郭松龄，“忠孝两难”之张学良，“一世之枭亲离众叛”之张作霖，“鲁民公敌”张宗昌，“直民公敌”李景林，“甘心助逆”之张作相等。他不断地发表报道、时评赞颂郭松龄，力数张作霖的罪状，甚至撰文鼓励张学良“父让子继”，连只相信暴力的“马贼”也慌了手脚，马上汇款30万元赠给邵飘萍，企图堵他的嘴。他收到后立即退回，并继续在报上揭露张作霖。他曾和家人说：“张作霖出三十万元买我，这种钱我不要，枪毙我也不要！”他真的不幸而言中了！
12月24日，郭松龄在日本关东军和张作霖的联合夹攻下，兵败被杀。邵飘萍把事件的真相公诸于世，引起了北方民众的反日、反张运动，张作霖他们这才对他恨之入骨，发誓打进北京城就要枪毙邵飘萍！
1926年4月，张作霖、吴佩孚（又拉了阎锡山）三面夹攻冯玉祥的国民军，冯部被迫撤出北京。4月18日，张作霖的先头部队（张宗昌的直鲁联军）入京。张作霖悬赏、捕杀邵飘萍，吴佩孚也密令到京缉捕邵飘萍。
邵飘萍避居俄国使馆，生命危在旦夕。4月22日，他在《京报》发表了一生中最后一篇文章《飘萍启事》，嬉笑怒骂，正气凛然（同一版面上就登着《张学良等定今晨抵京》的消息）。
4月24日，被军阀以造币厂厂长之职和二万块大洋的诱饵收买的邵飘萍旧交、《大陆报》社长张翰举，将邵飘萍从使馆骗出（谎称张作霖惧怕国际干涉，不敢杀他。并说自己已向张学良疏通，张允诺《京报》可以照出，等），予以逮捕。同时，《京报》被封，终期2275号！
4月25日，《北京晚报》发表《京报馆被封》的消息后，北京各界（特别是新闻界）立即组织营救。张学良出面接见13名代表时，竟毫无隐违地说：“逮捕飘萍一事，老帅和子玉（吴佩孚）及各将领早已有此种决定，并定一经捕到，即时就地枪决。”军阀早已有必杀之心，所以那一天各方的奔走均无效。
4月26日凌晨1时许，警厅把邵飘萍“提至督战执法处，严刑讯问，胫骨为断”，秘密判处他死刑，宣布他的罪行为：“京报社长邵振青，勾结赤俄，宣传****，罪大恶极，实无可恕，着即执行枪决，以照炯戒，此令。”4时30分，邵飘萍被押赴天桥东刑场。临刑前，他还向监刑官拱手说：“诸位免送！”然后面向尚未露出曙光的天空，哈哈大笑，从容就义。年仅40岁。军阀如此明目张胆地公开杀害报人，在20世纪的中国历史上开了一个极为恶劣的先例。
“四．二六”这一天和“三．一八”一样，成为民国史上最黑暗的一天。邵飘萍已成为中国百年新闻史上最光彩夺目的名字，他用他的鲜血染红了言论、新闻、出版自由的理想，这也是中华民族的百年之梦。
