朱元璋是依靠一批运筹帷幄、能征善战的文臣武将打下江山的。这些人多年来出生入死、东征西讨，建立了不朽的功勋，是大明王朝的开国元勋。为了感谢这些有功之臣，朱元璋早在平定张士诚部之后便开始论功行赏，封李善长为宣国公，徐达为信国公，常遇春为鄂国公。洪武三年（1370）十一月，朱元璋又进封宣国公李善长为韩国公，信国公徐达为魏国公，常遇春之子常茂为郑国公，李文忠为曹国公，邓愈为卫国公，冯胜为宋国公；封汤和等二十八人为侯，即“六公二十八侯”。
正所谓能同患难不能共富贵，天下平定之后，臣子中间不乏骄奢之人，朱元璋恰恰又是一个多有猜忌的君主。他时刻担心这些元勋们会居功自傲，不听从自己的命令，甚至会将大明江山据为己有。为了使这些人尽忠于大明王朝，朱元璋不仅要求臣子们对他绝对效忠，事事做到“勿欺、勿蔽”，还极力鼓励那些跟随他多年的大将与儒士密切交往，让儒士们去给没有多少文化的武将讲“忠君报国之义”。尽管采取了很多措施，朱元璋仍旧对功臣宿将放心不下。于是，为了给继位者扫清障碍，确保大明王朝安传后世，他向这些昔日同甘共苦的弟兄们举起了屠刀。朱元璋开始有计划、有步骤地清洗铲除所有可能威胁朱氏江山的人，首当其冲的就是开国元勋们。
廖永忠是最早被诛杀的功臣。廖永忠在很多战斗中立过大功，尤其是同陈友谅进行的鄱阳湖之战中，他率部勇猛冲锋，击败陈友谅前军，毙敌无数，而后在情况危急时刻拼死战斗，多次救主。建国后廖永忠被封为德庆侯。然而就在洪武八年（1375），朱元璋以其私自穿着绣有龙凤图案的衣服违反法制为由将廖永忠满门抄斩。有史学家称，这其实只是一种借口，真正导致廖永忠丢失性命的原因在于一个政治隐秘：当年正是他执行了朱元璋谋杀小明王韩林儿的任务。洪武十四年（1381），朱元璋以“擅权枉法”的罪名杀了一贯骄横的中书省左丞相胡惟庸，史称“胡案”。胡案初发时，六部衙门官员都受牵连坐。御史中丞涂节在狱中受到引诱后决定死里求生，编织了一个胡惟庸要结党造反的口供，而这正是朱元璋所需要的。于是按名逮捕，逐个审问，施以酷刑，诱逼口供。只要一个人被咬出来，其家属、亲友和仆从一律入狱施刑审讯。很快，胡党名单像雪球一样越滚越大，朝廷上下，人人自危。为防止久拖生变，胡惟庸、御史大夫陈宁等一大批官员及其族人被迅速处决。作为工具的涂节自然也没能保住脑袋。自此，“胡案”成为了朱元璋进行政治清洗的方便借口，凡是对明王朝心怀不满，行为骄横，或威胁王朝统治的功臣宿将都被列为胡党罪犯，抄家灭族。胡惟庸的罪状也随着朱元璋的需要而不断叠加，“通倭”、“通虏”和“谋反”等一系列罪名接连扣在他的头上。
九年后，朱元璋又旧案重提，以“胡党”为由杀了几十名公侯官员，被牵连的达两万余人，居功至伟的韩国公李善长也被牵连进去。洪武二十三年（1390），有人告发李善长之弟李存义曾帮助胡惟庸谋反。据李存义的供词说，当年胡惟庸曾经派他去联络李善长一同谋反。第一次，李善长说：“干这样的事，是要灭九族的。”没有答应。第二次胡惟庸允诺事成之后，封他为淮西王，李善长仍末答应。第三次李善长叹了口气，说：“我老了，你们自为之吧。”此时的李善长已过古稀之年，以他曾经立下的显赫功绩，即便有谋反之嫌，也不应处以族诛之刑。然而朱元璋还是假托要杀大臣来应“星变之灾”，把李善长一家七十余口全部杀掉。吉安侯陆仲亨、延安侯唐胜宗、靖宁侯叶升也因受此案牵连而被诛。李善长死后一年，有人上疏为李善长喊冤，尽管朱元璋很不高兴，但毕竟心中有愧，所以也没处罚上疏的官员。
洪武二十六年（1393），朱元璋又兴“蓝玉案”。蓝玉原为定远人，是鄂国公常遇春的内弟，洪武后期的主要将领。他曾多次带兵出征蒙古，功勋卓著，被封为凉国公。受封之后的蓝玉变得骄横起来，无视朝廷法律，强占民田，胡作非为。加上他带兵多年，威望很高，手下猛将十余人，早已引起朱元璋的猜忌，而他的骄横刚好给朱元璋提供了借口。洪武二十六年（1393），锦衣卫告发蓝玉和景川侯曹震等人计划起事谋反，并牵连到武将张翼、朱寿及吏部尚书詹徽、户部侍郎博友文等和蓝玉关系比较密切的官员，都被朱元璋定为逆党，抄家灭族。这个案子共杀了1.5万余人，军中骁勇善战之人几乎被屠戮殆尽。史书中将此案与胡惟庸案并称为“胡蓝之狱”，两案前后共诛杀了4.5万余人。如此大规模诛杀朝廷重臣，在中国历史上堪称空前绝后。
孝陵轶闻
对于孝陵，曾有明太祖朱元璋死后从都城十三个城门同时抬出棺材的民间传说，因此，人们常常怀疑朱元璋是不是真的葬在明孝陵里面。有人说朱元璋葬在皇城的万岁殿下，有人说葬在城西朝天宫三清殿下，还有人说葬在北京的万岁山等等。之所以有如此多的猜测，大概是由于朱元璋的性格多疑，再加上他生前杀戮太多，怕人掘墓报仇的心理使然吧。
除此以外，朱元璋还以各种借口诛杀开国功臣。洪武二十五年（1392），江夏侯周德兴竟因为“帷薄不修”被杀；洪武二十七年（1394），朱元璋赐博友德、王弼死；洪武二十八年（1395），赐冯国胜死。就连功勋卓著的开国第一功臣徐达也没能幸免。洪武十八年（1385），徐达背生疽病，最忌讳吃蒸鹅，可朱元璋却偏偏赐给徐达蒸鹅吃。“君叫臣死，臣不敢不死”，徐达含泪而食，没过几天就离世了。
太子朱标曾因朱元璋杀戮过多而屡屡苦谏。一次，朱元璋命人找来一根长满尖刺的荆棘放到朱标面前，让他去拿。朱标畏惧不敢伸手。朱元璋于是说：“我杀人就是像去掉荆棘上的尖刺一样，这样你将来才可以安坐天下。”
