除了清洗有威胁的朝臣，设置藩王也是朱元璋为保朱氏江山而采取的另一重要措施。朱元璋认为，历史上的唐、宋等朝之所以灭亡，重要的原因之一是没有设置藩王远守边塞，内辅朝廷。因而从洪武初年起，朱元璋便开始推行分封诸子为藩王的政策。洪武三年至洪武二十四年（1370～1391），朱元璋先后分封了24个藩王，有燕王朱棣等9个藩王的封国分布在从东北到西北漫长的边防线上，称“塞王”，目的在于抵御蒙古的入侵。而封在内地的藩王们的主要职责是镇压民众的反抗和监督地方官员。
藩王的权力主要集中在军事上，而不干预地方民政。每个藩王府都设有亲王护卫指挥使司，护卫士兵少者3 000人，多者1.9万人，成为皇帝在地方的军权代表。担负守边的塞王军事实力尤其雄厚。朱元璋以为这样一来，即使京师远在应天，但有塞王统率军队在北方，就不怕蒙古的威胁。加上内地的藩王又都分封在战略要地，如果朝廷发生突变，诸王可举兵勤王、保卫皇室，大明江山便可以久保无忧。
但实际上，朱元璋给藩王如此大的军权，难免造成皇家的内部矛盾，给明王朝的统治留下隐患。这一点，早在洪武九年（1376），朱元璋大封藩王时就已有人意识了。上书者说：藩王的封国太大，甲兵卫士太多，军权过重，恐怕数代以后尾大不掉，就不得不对他们进行削藩夺权。到时候很可能引起亲王们的怨恨，酿成如同汉代的七王造反、晋朝的八王之乱一类的悲剧。可是朱元璋根本听不进这样的进谏，反而大骂这是在离间他们父子的骨肉之情，上书者最终死在了狱中。自此之后，再也没有人敢谈论封藩之弊了。
为防止藩王们跋扈妄为，朱元璋同时立下祖训，允许以后的皇帝在必要时下令“削藩”。朱元璋以为设置藩王来确保朱家江山是万全之策，但令他没有想到的是，他虽然为继任者去掉了外姓权臣悍将这根尖刺，却留下了宗藩拥兵自重这另一根尖刺。
洪武三十一年（1398）闰五月十日，明太祖朱元璋去世，享年71岁，葬于南京明孝陵。朱元璋死后不久，他的孙子、明朝第二位皇帝建文帝朱允便开始对诸藩王削藩夺权。燕王朱棣在封地北平公开反叛，历经三年多的叔侄大战，最终夺得了帝位。
纵观朱元璋的一生，励精图治，勤奋好学，从—贫苦放牛小童，经过十几年的戎马生活，削平群雄，推翻元朝，统一了全国，成为明王朝的开国皇帝，堪称一代枭雄。明朝建立后，朱元璋采取了一系列严厉的措施，大力惩办贪腐，整顿吏治，一改元末的腐败风气，使百姓得以乐业安生。虽然手段过于极端，但在当时的历史时期还是起到了一定的安稳民心、恢复经济的作用。朱元璋将全国军政大权高度集中，以铁腕治国，强化封建专制政体，其严酷的程度，超过了以往的任何朝代，是名副其实的强权皇帝。尽管他晚年过于猜疑，滥杀人臣，但仍不失为中国古代历史上一位卓越的军事家和政治家。
