金积堡保卫战从同治八年九月到第二年十一月，前后坚持了一年多的时间。尽管他们认不清统治阶级的本质而一再求抚，却同时也在强大的攻势面前进行着殊死的战斗，并给清军以沉重的打击。同治九年正月十四日，刘松山在马五寨被起义军击毙，回民起义军乘机反攻，雷正绾在峡口大败。清廷因此而严斥左宗棠，并一度下令李鸿章来陕甘镇压回民起义。但起义军的反攻终因对手的过于强大而衰落。左宗棠任命刘松山侄子刘锦棠统帅湘军，更加穷凶极恶地对金积堡实行围攻。十一月，金积堡弹尽粮绝，河州和陕西回民起义军的支援亦被阻断。十一月十六日马化龙亲赴刘锦棠营中递呈求降，并表示：“罪民所犯情罪，自知不赦。叩恳施恩，如蒙念族众无辜者多，转禀曲宥，仅以罪民一人抵罪，死无所恨。”《平定关陇纪略》，见《回民起义》（四），第92页。同治十年正月十三（1871年3月3日），左宗棠以“两次挖掘获洋枪一千二百杆”为理由，将马化龙父子“凌迟处死”《钦定平定陕甘新疆回匪方略》，卷238。其亲属及附近村堡回民被杀害者数千人，新教被正式出示禁绝，宁灵地区的回民起义很快全部被镇压下去了。
金积堡的失陷和宁灵地区起义军的失败，实际上已经宣告了整个陕甘回民起义的失败。从此形势更加逆转，其余三个据点终被各个击破。
同治十年七月，左宗棠由平凉移驻静宁，八月初由静宁取道会宁到达安定（定西），开始向河州回民起义军发动进攻。河州的回民领袖马占鳖、马尕大（马悟真）托张家川“回目”李得仓求抚，左宗棠坚持认为：“河州贼氛不靖，兰州不能解严。……河回轻生，性喜剽掠……变乱十年，未受惩创，更无畏忌。……非创巨痛深，固难望其永久帖服也。”《左宗棠全集·奏稿》（五），第100页。因此他拟订了三路进攻的计划，中路由傅先宗搭架浮桥强渡洮河；左路由杨世俊取道南坪进攻峡口，右路刘明灯由红土崖进兵安定，扼制洮河康家崖渡口。又另派徐文秀由静宁进驻会宁为后继，还在泯、洮分驻军队并派土司杨元守隘口阻截，企图把河州起义军一举置于死地。另一方面，他又故伎重演，佯装允许退据西宁大小南川的陕回崔三、禹得彦等投诚，让他们先把家属送到兰州为质，并利用与河州一河之隔的地理条件，“相机扼截渡口，以遏河贼出窜之路，方准收
抚，如能更设法直捣河巢，不但免罪，而且叙功。”《钦定平定陕甘新疆回匪方略》，卷255。还装模作样地“收抚”了几支小股的陕回，在西宁和河州起义军之间进行了分化和离间。布置停当，才于八月初向河州起义军发起进攻。由于起义军的英勇反抗，左宗棠的三路并进计划并未如愿施行。刘明灯、徐文秀进犯康家崖兵败受阻，“两军扼以洮河不得开展”《平定关陇纪略》，《回民起义》（四），第119页。右路渡河立营的计划落空，只有实行中路重点进攻。八月二十六日，傅先宗、杨世俊所部才由狄道（临洮），架桥渡河。起义军退居河西，在黑山头、大坪山、胭脂山一带筑垒坚守。双方展开了激烈的争夺战。
同治十一年正月初六，起义军抓住清军孤军深入的弱点，在太子寺一带的敌营之间偷筑三垒，突然发起反攻，里应外合大败清军，统帅傅先宗被击毙，徐文秀阵亡，这就是著名的太子寺之战。但马占鳌、马永福、马永瑞等领导人却力主胜而后降，“先后呈交马匹四千有奇，枪矛一万四千有奇”，还“各遣子弟偕回目马永瑞等赴军前献马”《钦定平定陕甘新疆回匪方略》，卷266。他们还把自己的儿子送到左宗棠大营做人质《文史资料选集》第27辑，《马占鳌的反清与降清》。左宗棠看到马占鳌决心投降，便以“办回之道，不外剿抚兼施，如果倾诚来投，自当网开一面”《钦定平定陕甘新疆回匪方略》，卷266。为借口，接受其投降，还亲自给马占鳌的儿子改名为马安良。河州回民起义由此而告终。
河州起义失败后，左宗棠立即把矛头指向西宁。当时西宁的情况也是“抚局”。西宁办事大臣玉通无饷无兵，长期以“抚局”“羁縻”起义军，西宁实际上成了回民起义军的天下。同治七年年底，玉通更保举马桂源署西宁知府，以马本源为西宁镇总兵，马福为大同营都司，基本上把地方权力都交给了起义军。以后玉通忧惧成疾，接任者是兰州道豫师，他也只能驻在平番（永登），不敢前进一步。在左宗棠看来，“西宁实已名存实亡”，“名为官抚回，实则回制官”《左宗棠全集·奏稿》（四），第122页。早在同治十年六月，他就拟订计划，“俟河州大定，乃图西宁也”《左宗棠全集·奏稿》（五），第101页。他认为：“撒拉回民，居河、洮、西宁之间，别为风气，亦以剽掠为业。百余年来，不受官司约束，与河、湟诸回互相勾结。”《左宗棠全集·奏稿》（五），第150页。河州战事紧张的时候，他以收抚为名稳住西宁的陕甘回民起义军，还派了抚回陈琳去察看动静，“和豫师议章程十二条，委派道员冯邦棅驰往，会同地方官妥为照章筹办”《青海奏疏》第70页，转引自关连吉《左宗棠与陕甘回民起义》，《甘肃社会科学》1987年第1期。，骗得“陕回及米拉沟西马营回众，陆续共交马三百六十六匹，枪矛一千二百九十二件……宁回一共交马一千二百三十二匹，枪矛一千零八十五件”《青海奏疏》第79页，转引同上。河州战事结束，左宗棠进驻甘肃省城兰州，立即以“陕回所交马匹多不适用，似借故迟延”为由，“饬令道员刘锦棠率马步各营分赴前进”《钦定平定陕甘新疆回匪方略》，卷269。，并要求马桂源夹攻陕回，以试其真伪。马桂源等一再要求“官军缓进”，左宗棠执意不从。面临着清军的镇压和屠杀，西宁的陕回和甘回又一次联合起来进行斗争。战事从八月开始一直进行了两个多月，大小峡口五十多仗，清军付出了很大的代价。十月十九日，清军进至西宁城下，马桂源退到巴燕戎格。彻底投降了左宗棠的马永福在清军前面招降，马占鳌、马永瑞随军助剿。同治十二年二月初四，马占鳌等在巴城东山诱捕了马桂源兄弟并解往兰州杀害。大通等地亦告失陷，崔三、禹得彦投降。白彦虎从西宁退往大通，又从大通过扁都口向肃州方向撤去。
肃州之战是陕甘回民起义军与清军的最后一战。肃州城从同治四年三月被回民起义军占领，同治七年又议成“抚局”，实际上一直控制在起义军手中，形势与西宁之“抚局”基本相同。同治十年七八月间，左宗棠攻占金积堡后又移师西进，肃州回民起义军和陕西回民起义军又一次公开占据肃州城。左宗棠在清政府催促下于同年拨徐占彪十二营往攻肃州，第二年正月又派陶生林等率五营清兵去协助攻城。河州和西宁的起义军失败后，白彦虎从扁都口来到肃州，被清军阻截只好向关外撤去。同治十二年八月，左宗棠亲率大军到达肃州，肃州起义军首领马文禄在左宗棠招抚下开城求降。左宗棠让马文禄等交马械、造名册，“分班带大营面谕”。二十三日，忽然“令提逆首马四即马文禄……九犯，数其罪，磔之中军”。“臣金顺、宋庆、徐占彪、刘锦棠立将各起凶悍客回一千五百七十三犯悉数骈诛。是夜，诸军入城纵火，枪轰矛刺，计土回五千四百余名，除拔出老弱妇女九百余名外，尽付焚如。”《左宗棠全集·奏稿》（五），第503页。事后左宗棠自己承认“肃州克后，首要各逆实无一漏网，土、客回，六十以上、十五以下及妇女概予免诛。数十年征伐之事，以此役为最妥善”《左宗棠全集·书信》（二），第410页。可是在奏报中左宗棠又讲：“入城圜视，尸骸枕藉，即老弱妇女亦颇不免。”《左宗棠全集·奏稿》（五），第504页。这是继金积堡之后更为残酷的屠杀，历时三年的肃州之战结束。从1868年算起共计五年，左宗棠完成了镇压陕甘回民起义的任务。
（三）善后、治理与开发
左宗棠所从事的善后是指战乱之后，对一息尚存的各地难民在最基本的生活和生产资料方面所进行的救助与安置。治理是为使各地初步恢复生活和生产秩序而进行的必要的整治与修复。而开发则是为全面振兴经济社会所做的各种建设性的努力。左宗棠在甘肃时，不仅对回族群众进行了大规模的善后与迁徙，而且对汉族百姓也进行了必要的善后与治理。
1．左宗棠对陕甘回民的善后与安置
在陕甘回民起义节节失利，金积堡、河州、西宁、肃州四大回族根据地渐次被镇压的情况下，左宗棠对陕甘回族群众进行所谓的善后，强制进行了大规模的迁徙。
（1）在甘肃境内对回民群众进行了多起迁徙、安插。
同治八年（1869年）正月，清政府鉴于部分回民起义军请求投降，曾饬令左宗棠考虑安置办法。左宗棠却认为，回民起义军尚未受重创，“求抚虽是真心，而各怀自便之图”，贸然招抚，恐难达到“一了百了”《左宗棠全集·奏稿》（四），第11页。的目的。因此，他坚持“痛剿以服其心”的既定方略，仍向回民军大举进攻。到同治九年（1870年）七月，他完成了对金积堡的锁围后，才改变态度，上奏清廷，要求对残余的回民起义军进行“收抚”，并着手对回民新聚居区的选定。左宗棠选定回民新聚居区的原则有五：一是有水可资灌溉的荒绝地亩，但此地需非战略要地；二是自成片段，可使聚族而居，不致与汉民相杂；三是无大山大河之险，距大道不远不近，以便管理；四是安置点之间宜远不宜近，中间要有间隔；五是不在村、州、县城附近。根据这五个原则，当时甘肃东北部（包括今宁夏的东南部）、中部一些州县，便成了理想的安置区。随着金积堡、河州、西宁、肃州的陷落，陕甘回族便经历了一次大规模的、在武力胁制下的迁徙。
金积堡是回民在甘肃的重要根据地，也是陕回从董志原败退后的主要集结地。当左宗棠以其为首要进攻目标时，便派重兵合围。起义军在马化龙的领导下，浴血奋战，使清军迭遭重创。同治九年底，金积堡陷落。左宗棠认为这里的回民反抗程度强烈，当地的战略地位重要，将劫后余生的回民，尽行迁离。对当地回族的迁徙情况是：同治九年十二月，“迁王洪堡回众于灵州附近”，“迁马家河滩回众于张家圈”《征西纪略》，卷2。，王洪堡、马家河滩均在金积堡以东，属其外围防区。同治十年正月，将金积堡“贸易及侨居之客民及被掠被胁之甘回三千余名，解往平凉安插；金积堡老弱妇女一万二千余口，解赴固原州数十里，分拨荒地安插”《平定关陇纪略》卷10，见《回民起义》（三）。流入当地的陕回，则被分作四股陆续解往平凉。其中马寿清一起约一千人，陈琳一起一千五百六十四人，马振江一起八百四十八人，赫选青一起三百八十六名，马化龙一起一千二百七十八名，余彦禄、阎兴春、余兆临、拜万江、金明堂、安杰等各起五千五百五十余人。这一万多人被解送到平凉后，左宗棠亲自点验两次，除留在平凉五百多人外，其余的均又解往当时隶属于华亭县的化平川，进行安置。
将金积堡回民尽行迁徙后，左宗棠将原安置在陕北瓦窑堡的董字三营调到这里，令“董福祥驻金积堡鸿乐府，张俊驻吴忠堡，李双梁驻王洪堡”。金积、吴忠相距十五里，吴忠、王洪堡相距三十里，壤地毗连，鸡犬之声相闻。这个安排，目的十分明显，一方面是为了防止回民“卷土重来”，再据此“形胜之区”《左宗棠全集·奏稿》（五），第224页。；一方面是对安置在灵州一带回民的“震慑”，所谓“一有变故，荷锄之田夫，皆为荷戈甲士”《甘宁青史略》，卷23。
河州是回民起义军在甘肃的另一重要根据地，随着董志原、金积堡的陷落，大批不甘投降的陕甘回民先后来到这里。同治十年冬，左宗棠欲乘金积之胜，一举平定此地，但汇集在这里的各支回民义军同仇敌忾，殊死战斗。太子寺一役，清军损兵折将，惨遭失败。起义军首领马占鳌等力主胜而后降，左宗棠大喜过望，认为河州回民是“倾诚求抚”，应当“开诚抚治”《左宗棠全集·札件》，第303页。，因而在迁徙的手段上，比较温和。
左宗棠对河州回民群众的迁徙原则是“迁徙客回，安辑土回”《左宗棠全集·奏稿》（五），第281页。
。这里的客回不单指流入此地的陕回，而且还包括一部分非河州土著，“寄孥其间，以避诛戮”《左宗棠全集·奏稿》（五），第281页。按照这个原则，他于同治十一年六月，迁杨文彦等二百五十三名于平凉谢家庄、桃家庄；迁陕西张代雨等二百九十一名（《续陕西通志稿》作二百五十一名）于平凉张家庄、曹家庄；迁陕回拜崇花等五百三十七名于会宁姚王庄、曲家口；迁陕回马生彦等六百四十三名于隆德王家下堡、刘戴家山；迁陕回马文元等一百五十七名于安定刘家沟；迁陕回马维骧等七十四名于安定石家坪；迁陕回马振清三百六十三名于安定好地掌；迁甘回安鸿庆等四十三名于安定刘家沟。上述均为“客回”，共计二千三百六十四人。所谓“安辑土回”，主要是编审户口、设保甲。河州原有回民聚居区，除个别地方，如临洮北庄的穆夫提门宦教众，从洮河东岸被迁至西岸外，没有什么重大变化。此外，左宗棠又虑及本籍汉民中一部分人曾“充当勇丁”，多次与回民械斗，“仇隙已深”《左宗棠全集·奏稿》（五），第281页。，如继续与回民杂处，恐再滋事端；还有一部分汉民，随客回而来河州，原籍并不在此。这两部分人，也被列为应迁对象，在迁徙客回的同时，被分三起解往安定，共九百八十三名。
西宁也是回民起义军在甘肃的根据地之一，随着河州的陷落，它的位置更加重要。到同治十一年底，这里不仅聚居了西宁、大通、巴燕戎格的回族、撒拉族起义军，而且陕回四大营残部也在白彦虎、禹得彦、崔伟、毕大材的带领下，相率至此。经七十余日，大小百余阵的激烈战斗，到同治十二年（1873年）初，西宁陷落。此地集结起来的回民群众又被大规模地迁徙了。同治十二年三月，左宗棠将陕回禹得彦部迁往平凉，经宁夏将军穆图善清点后，安置在西北乡一带。同时，又迁徙陕回崔伟、毕大材等一万三千多人到清水、秦安交界处。这里原有由秦州知府张瑞珍招抚的陕甘回众三万多人，因而后来成了一个较大的回民聚居区。1953年，人民政府在这里成立了张家川回族自治县。西宁各地的土著回民虽未被全部迁徙，但居住地却发生了一定的变化，原住在城内或自然条件比较好的地方的回民，被逼迁到了郊外或自然条件较差的地区，如将碾伯回民迁到了平番的松山、平城，又“迁大通城关回民于河东，迁城西扎逊布、马厂各堡汉民于城内”《甘肃省新通志》，卷47。
