同治五年（1866年），陕甘回民起义进入高潮。清政府在陕甘的统治陷入了一片混乱。陕甘总督杨岳斌困守兰州，发出了计穷力竭的哀叹：“现在河狄之贼扰于南，平固之贼扰于东，宁灵之贼扰于北，凉肃之贼扰于西，几于剿不胜剿、防不胜防。”《平定关陇纪略》，《回民起义》（三），第329页七八月以后，形势更加严重，杨岳斌于无可奈何之中上书清廷“仰恳天恩另简能员接替办理，使甘事早有转机”《钦定平定陕甘新疆回匪方略》，卷139。正是在这种情况下，清廷发出了“上谕”：“左宗棠威望素著，熟娴韬略，于军务地方均能措置裕如，因特授为陕甘总督，以期迅扫回氛，绥靖边围……”《钦定平定陕甘新疆回匪方略》，卷139。左宗棠刚刚接到任命，陕甘局势又发生了重大的变化。这年十月，张宗禹率领的西捻军突入陕西，在坝桥大败清军。眼看捻回合势将成，陕甘领兵大员乱成一团，纷纷奏请“催左宗棠统兵赴甘”。清政府慌忙授予左宗棠督办陕甘军务的大权，旋又授给钦差大臣关防，使其全权从事镇压西北回民起义的活动。
（1）制定策略。同治五年（1866年）年底，左宗棠集军政财权于一身，于十一月起身赴任，十二月下旬抵达武昌，一方面驻军汉口“筹办入关事宜”；另一面即向清廷提出了处理陕甘问题“先捻后回”、“先秦后陇”的战略总构想：“方今所患者，捻匪回逆耳。以地形论，中原为主，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲必先清腹地，然后客军无后顾之忧，饷道可免中梗之患。”基于这样一个对形势的分析，他提出了具体的用兵计划：“甘省回多于汉，兰州虽是省会，形势孑然孤立，非驻重兵不能守，驻重兵则由东分剿，各路之兵又以分见单……将来臣军入甘，应先分为两支，由东路廓清，各路分别剿抚矣。”“是故进兵陕西，必先清关外之贼；进兵甘肃，必先清陕西之贼；驻兵兰州，必先清各路之贼。然后饷路常通，师行无梗，得以一意进剿。”《左宗棠全集·奏稿》（三），第372页。从这一段话可以看出，左宗棠把西北问题看做一个整体，分三步来解决，即先剿灭捻军，再镇压陕甘回民起义，最后出关收复新疆。次序不同是出于战略考虑，并不是因为左宗棠要实现第三步即收复新疆才剿灭捻军、镇压陕甘回民起义的，剿灭捻军、镇压陕甘回民起义都是左宗棠的既定目标。收复新疆是左宗棠的一大功劳，镇压陕甘回民起义却是左宗棠的最大罪过，说左宗棠是为收复新疆而镇压陕甘回民起义是为左宗棠的罪责开脱，是以功掩过；同样，也不能以过掩功，左宗棠虽然镇压陕甘回民起义有罪，但他对开发与振兴甘肃经济社会有功。即功是功，过是过，评价功过是非应客观公正，不能随意取舍、功过相掩，这才是实事求是的态度。
前述左宗棠制定的这个计划，确实命中了起义军的致命弱点。回民起义军与捻军之间，本来就因指导思想和斗争性质的不同而无法实现真正的联合。可是，捻军一旦失败，陕甘回民起义军势必更加孤立和分散。所以这种“先捻后回”的计划，实在是一种很有针对性的各个击破的策略。为此，他把镇压的矛头先对准捻军。同治六年六月（1867年7月）左宗棠由潼关入陕，年底又追捻出陕，直到同治七年六月（1868年7月），西捻军在惨遭失败之后，他才正式来到陕甘履行清政府交给他的镇压回民起义的使命。这期间将近一年多的时间看起来与镇压回民起义无直接关联，实际上正是他“先捻后回”的实施，正是他镇压回民起义的必要准备阶段。
（2）镇压甘肃回民起义。左宗棠全面展开对陕甘回民起义的镇压是在同治八年（1869年），这时全国和陕甘的形势已发生了重大转折。一方面，清政府在镇压了太平天国革命后已可腾出手来扑灭陕甘回民反抗的烈火；另一方面是随着全国斗争形势的逆转，陕甘回民起义的高潮已经低落。同治七年底，陕西回民起义军已退入甘肃或退守陕甘边界，甘肃回民起义的四大据点基本上处于不同程度的“抚局”或自卫阶段。左宗棠就是在这样的情况下开始全面镇压陕甘回民起义的，他为此而确定了一个分路进兵的计划。北路刘松山由绥远、花马池直指灵州金积堡；南路周开锡统陇南诸军由秦州取道巩昌（陇西）进攻河州；中路由左宗棠与刘典督军从陕甘大路入甘。史家多称左宗棠此举为“三路平回”之策。实际上，左宗棠的进军方略绝不是三路齐头并进。他首先是全部逼陕回入甘，然后以北路为主，步步推进；南路是为了巩固秦州，维持饷道，保卫省城，并割断河州与金积堡的联系；中路实则为后路，一面坐中指挥，一面巩固后方。这种在军事上一反过去全面出击的做法，对各自为战的起义军极端不利，再加上此时刘松山已经收编了董福祥的部众为董字三营，“流民土匪”问题基本解决，回民起义军形势更加孤立。
为了实现第一步进兵计划，全部逼陕回入甘，左宗棠镇压回民起义，首先从董志原开始。
董志原地居甘肃东部，隶属于庆阳府，位于蒲河与马莲河之间，南北约100里，东西约80里，与陕西邠州毗邻，“介居环、庆、泾、原、邠、宁之间，为秦陇要膂”《左宗棠全集·家书·诗文》，岳麓书社1996年，第141页。，历来为兵家必争之地。陕西回民起义军在董志原，按照原来的村社分住各村镇，每支义军的驻营地称为营，共有十八个营地，总称之为十八营。十八营在组织和活动上仍然保留了原来的分散性，但各营之间相互协作和共同作战，彼此联系比过去密切，已经形成为一支统一的抗清武装。应该说，陕西回民军起义军在董志原期间，是其力量最强盛、指挥最统一的时期。十八营设元帅，指挥作战。其首领即“十八营元帅”计有马正和、白彦虎、余彦禄、崔伟、陈琳、禹得彦、冯君福、马长顺、杨文治、马正刚、马生彦、毕大才、阎兴春、蓝明泰、哈连金、邹保和、张代雨、马维骧等。另外还有赫明堂、孙义宝等为首在固原等地活动的回民军。这些首领人物都是陕西各处回民起义的发动者和组织者。
“董志原十八营”控制的范围，大致“北到安化（今庆城县）的驿马关，南到宁州的丘家寨，西到镇原的肖金镇，东到合水县的西华池”。《左文襄公在西北》，第67页。驻扎各村镇的详细情况不详，但主要是位于交通要道附近的比较大的村镇或要隘关口，如太昌、焦村、三不同、荔家堡、肖金、董志、西峰镇、什社等。这些地方原先就有堡寨，有的新修了回堡，用作军事据点。肖金镇是其大营（即中心指挥部）所在地。由于回民军多携家带口，举家随军，“故据原四年之久，二十万之众”《左宗棠全集·书信》（卷二），第150页。但实际能打仗的精壮人丁不过三四万之数。陕西回民起义军自同治五年九月到董志原，至同治八年三月从董志原“乘夜携眷潜遁”，遭左宗棠大军追袭，占据董志原为根据地达四年之久。他们北与金积堡，西与狄道、河州的甘肃回民起义军相联属，互相声援，互相配合，给陕甘清军以极大的威胁与打击。根据左宗棠的计划：欲平陕甘回民军，“非先攻金积堡不可；而攻金积堡，非宁夏、固原均有劲军夹击不可”《左宗棠全集·书信》（卷二），第150页。而其揭幕之战，必非先收复董志原、重创陕西回民军不可。非如此，不能巩固后路，打通进攻金积堡的重要通道。
为了打破清军的部署，董志原十八营采取的措施是分路出击、打开被困局面。同治七年十二月初八日后，董志原十八营回民起义军分路回陕西各地活动：一路向陕西东北路，在鄜州、洛川、延安、甘泉和白水、澄城一带；一路向南，到陕西西南的汧阳、陇州、长武和甘肃的灵台一带。左宗棠虽然派刘端冕、魏光焘和黄鼎等率军分头狙击，但仍不能奏效。他在同治八年正月二十三日的一份奏折中说：“董志原回民军虽迭经剿败，凶焰渐衰，而自延、鄜迤南以达汧、陇，贼骑纷纷四出，冒死掠食，几于无日无之。官军非裹粮数日不能尽力穷追，又步骑相悬，常有不及之势。”《左宗棠全集·奏稿》（卷四），第25页。可见回民起义军的攻势十分凌厉，有防不胜防，攻不胜攻之势。但是由于左宗棠前往乾县督师，且所部都是惯于镇压农民起义的正规军，武器精良，因而针对回民起义军采用的战术，左宗棠采取了各路出击、严密封堵、将之压在董志原一线，尤其严堵欲入关中之回民起义军，不令再扰后路的对策。因而“北路、东路、西南路各军且防且剿，无战不克，大挫凶锋”《左宗棠全集·奏稿》（卷四），第39页。，使回民起义军于同治八年二月初八日败回董志原。
在左宗棠大军层层围困的重压下，董志原回民起义军先下令“挈眷先徙金积堡”，继复议暂勿移动，而其中“自缢者纷纷，不能禁”《左宗棠全集·奏稿》（卷四），第62页。二月十八日，董志原回民军在肖金镇开会，将十八营并为由白彦虎、马正和、崔伟以及禹得彦领导的四大营，“其半护家口辎重先行，留崔伟、马正和等率悍党万余伏董志原断后，时出游骑数百，由太昌、政平等镇分扰泾河两岸，以牵缀官军”《左宗棠全集·奏稿》（卷四），第72页。
针对董志原回民起义军出现了撤退到金积堡的动向以及分兵部署的情况，左宗棠因时制宜，制定了各路“锐进追攻”的战术。具体做法是“饬诸路统领急将粮料运足，伺贼窜动则追之。虑各种锐进，而贼或分支扰我后路也，复令各留四成队于后，以期慎密。又虑各军分布数百里，未能克期毕赴，则饬各军相机而进，但觇贼动即各锐进追之，毋怀观望，以至自相牵制，运掉不灵”。《左宗棠全集·奏稿》（卷四），第62页。于是，陕安道黄鼎自邠州率师会固原提督雷正绾于长武，记名提督马德顺、二品顶带陕西补用道李耀南亦率马步各军屯驻距灵台百里西屯镇一带，均准备十日干粮，“伺贼窜动，即锐进追之”《左宗棠全集·奏稿》（卷四），第62页。
二十二日，探马飞报回民起义军“老弱、辎重均已离巢，分向驿马关、三叉河北窜”。辰刻，雷正绾、黄鼎率师自长武渡泾；午后，马德顺、李耀南亦率马步各营由灵台跟进，均会师于太昌。“时精悍贼众悉伏董志原，伪元帅崔伟等率骑千余扼三不同，凭沟抗拒。是夕，各统领会商，以贼尽萃于三不同，则荔家堡西路必空虚无备，议以雷正绾拨所部总兵陈义步队六营，马德顺派所部提督杨世俊马队四营由太昌入荔家堡，取肖金西路以达镇原，迎头截剿；余军分为四队，以李耀南所统恪靖马队为前锋，马德顺马队继之，雷正绾、黄鼎马队为左右翼，各军步队随后排列而进，均由三不同一路直捣贼巢。”会商已定，二十三日五鼓，各军秣马蓐食，分道进攻。辰后行至邱家寨，回民起义军游骑数百“瞥见即遁，各军风驰电掣，直抵三不同”。其时，回民起义军骑兵“千余排列卡外，官军马队经前冲扑”，回民起义军“恃险力拒，枪炮纷注如雨，马队往来冲击，均为深沟所限，卒不得前”。正相持间，恰好官军步队各军分由左右两路逾沟冲上平原，绕出回民起义军关卡之后，回民起义军惊骇失措，官军马队乘势冲入，枪轰矛击，回民起义军不能支，纷纷后退。原上埋伏回民起义军刚要冲出抵御，又为败退回民起义军牵动，只好一起狂奔。官军跟踪紧追，斩杀千余名，复分军循马莲河而上，遂将焦村、什社、肖金镇、董志一带回民起义军据点同时踏毁。沿途百余里，回民起义军损失很大，抛弃骡马、军械无算。剩余的回民起义军策骑飞驰，“悉向西峰镇北走”。当晚，各军驻扎董志原。二十四日五鼓，拨队跟踪，辰后抵西峰镇。回民起义军因“前起老弱、辎重，因人马众多，未能疾遁，相距不过一日之程。……一由驿马关以出环县，一由蒲河川以向三叉河，均在黑城子、下马关会齐”，撤往预望城、半角城、金积堡一带。前面于太昌会商所派提督杨世俊、总兵陈义两军自荔家堡上原，已将镇原县城收复。马德顺、黄鼎等率马步各军追击逃往驿马关、环县方面的回民起义军。午后，驰抵驿马关，追上回民起义军后尾，各军争先驰击，追二十里到党家腰岘，这里“山径逼仄，两旁沟深数十丈”。回民军大队拥塞，急不得前。崔伟、马正和等见势危急，亲帅起义军百人阻隘死拒，难以抵挡清军的进攻，伤亡很大。二十五日清军占领庆阳。左宗棠向清廷报告说：“统计是役杀毙、饿毙之贼，及坠崖而死者，实不下二三万
人。……积年蚁穴，搜荡一空，贼之精骑悍党，销亡殆半。”《左宗棠全集·奏稿》（四），第74页。可见起义军损失是相当惨重的。失掉了董志原之后，陕西回民起义军只有分别依附于甘肃的四大据点。这年五月，左宗棠移驻泾川，步步为营，向西推进，依次展开了对甘肃回民起义军四个据点的进攻。
金积堡的战斗对于起义军来说完全是自卫性质。当时，作为金积堡回民首领的马化龙，虽然和陕回因教派不同而有矛盾，但他只是“代为求抚”，并不出兵协剿同类，尚不失其民族立场。而这一点正是左宗棠真抚的首要条件。尽管马化龙在八月至九月间多次求抚并亲赴刘松山营中“禀求停兵，待其劝导陕回听候查办”，还“陆续交抬枪七十杆，战马七十匹”《钦定平定陕甘新疆回匪方略》，卷206。而左宗棠则认为这是“籍词耸听，殊为可恶”《钦定平定陕甘新疆回匪方略》，卷203。他认为，“维马化隆（龙）之阴贼险狠，天下共知。自就抚后，筑塞修堡，购马造械，仍与陕回互相首尾……自灵、宁西达西宁，南通河、狄，各回民无不仰其鼻息”《左宗棠全集·奏稿》（四），第193页。“旋抚旋反，是其惯技。”所以左宗棠一面敷衍，一面催令刘松山加紧进攻并大肆杀戮回民。据其奏章反映，清军每攻破一个堡寨，“寨内贼匪……悉行歼毙”，“斩杀净尽”，“逸出者无几”，“生擒者，立即斩决”《钦定平定陕甘新疆回匪方略》，卷206。与此同时，左宗棠还派金顺由定边与张耀进兵金积北面的宁夏，雷正绾、周兰亭沿黑城子北上占据峡口，对金积堡施行了军事大包围。九月中旬以后，宁灵一带的陕西回民军西撤，左宗棠更坚定了痛剿的决心。他讲：“现在陕回既去，金积堡贼势已孤，惟马化隆（龙）以甘词求抚，阴谋蓄诡，若非痛加剿洗，必致贻患将来。”《钦定平定陕甘新疆回匪方略》，卷206。并声称从灵州“搜出马化隆（龙）给伪参领马三重等伪札一封，伪衔刊刻总理宁郡两河等处军机事务大总戎马字样”。更认为马化龙“罪不容诛”《钦定平定陕甘新疆回匪方略》，卷207。
