肃州是回民起义军在甘肃的最后一个据点。这里是河西重镇，通往新疆的咽喉。肃州城防坚固，“高三丈六尺，厚三丈有奇，外环城壕八丈三尺，深两丈”，左宗棠进攻时，回民军据险防守，使其受到了沉重的打击。同治十二年九月，肃州陷落，左宗棠鉴于其重要战略地位，在迁徙回民时，又采取了新的办法。左宗棠对肃州回民迁徙的原则是：先行滥杀，然后不分客土，悉数远迁于内地。按照这个原则，他不但把当地回民首领马文禄奏准寸斩，而且还屠杀了投降的回民军三千余人。之后，他又将劫后余生的“老弱妇女二千数百名”《左宗棠全集·奏稿》（五），第521页。和原住在沙州、红庙子一带的回民群众概行解赴兰州，分插在金县、平番一带。当时在肃州的二百多名维族群众，虽未参加回民起义，但在左宗棠眼里，仍属危险分子，故和回民一道被迁入内地。对肃州回民的迁徙是十分彻底的。当时有个叫马有福的回民，曾买通肃州书吏，以有病为由，继续留居于此。左宗棠发现后，立即饬令肃州知州“勒令书役迅速交出马有福一名，递解原安插地方，严加管束”《左宗棠全集·札件》，第548页。，并将这个书吏革职处理，押送人员也被严斥一通。经过这番安排，在河西三州土地上，回民聚居区连一个也没有了。左宗棠对此十分满意，他在给清廷的奏章中宣称：肃州土客逆回业已办结，“现在肃州实无一回羼杂，其甘州、凉州各回，死亡殆尽，亦无遗种。从此关内外花门勾结，当可无虞”《左宗棠全集·奏稿》（五），第522页。从同治九年底始到十三年初结束，历时三年左右，左宗棠完成了对陕甘回民的迁徙工作。
（2）安排新迁回族的生活，对回族聚居区及其周围的行政建置进行变更与整理，以期强化控制。
生活安排，主要是从经济、政治、宗教信仰三方面着手。经济上，以维持被迁徙回民的最低物质生活为原则。被迁回族群众到达新地，左宗棠即令计口授田，督其耕种。对于极贫民户，由官出资配给农具、耕牛、籽种。耕牛一般是三家一头，或五家一头。同时他鉴于新迁者家无隔夜粮，决定在新粮未收之前，以官粮供应。成人每日每人八两，小孩五两，以维持生计。政治上，以强化控制为原则。左宗棠命令在新聚居区里，普遍设立十家长、百家长，由官府直接统辖。给各新迁户发给良民牌，以备检验。回族群众不准擅离安置点，有事外出者，须向十家长、百家长请假，由他们上报官府备案。有人擅自外出，十家长、百家长须上报稽查，并予以处分，如知情不举，则重加惩处。新聚居区亦不能擅自接纳外来回民，被迁回族更不能擅回原籍。宗教信仰上，以有条件的放任为原则。同治十一年，安置在化平川的陈琳申请修建清真寺，左宗棠认为“尚是向善之意”《左宗棠全集·札件》，第276页。，予以批准。此后，各新聚居区都修建了清真寺，从事正常的宗教活动。同治十二年冬，留坝厅的地方官迫令安置在这里的回民，与“汉民联亲，开荤食肉，意在用夏变夷”《左宗棠全集·札件》，第343页。左宗棠知道后，严加斥责，此后，这类事件再也没有发生过。但对马化龙的新教（即哲赫忍耶教派），则坚决限制，不准在新聚居区里传习。
改更建置，加强治理，主要内容有：
改金积堡为宁灵厅。金积堡是甘回起义的中心地区，它背靠
金积山，“当秦、汉两渠间，扼黄河之险，擅盐、马、茶之大利”《清史稿·列传·左宗棠传》，卷412。，十分富庶。它东达花马池，南达固原，迤北昆连中卫，襟带黄河，雄踞边要，战略地位相当重要。其属灵州治，但州治在百余里以外，对该堡几无控制力。镇压回民起义军之后，左宗棠虽曾将本地回民群众尽行迁去，并迁来董字三营加以充实，但该地重要的战略地位和周围回族人民大量存在的事实，仍使他格外担心。同治十一年，他奏准朝廷，将金积堡改为厅治，名曰宁灵厅，“改宁夏水利同知为抚民同知”，移驻于此。并划定辖界，境内命盗重案和一切户婚田产词讼，都归其管理。此外，左宗棠又在金积堡设灵武营参将一员，专门负责地方治安，归宁夏镇总兵管辖。
设化平直隶厅。化平川距华亭县城一百七十里，东和崆峒山相接，西北一带都是高山。左宗棠把这里当作一个理想的回民安置区，迁来了上万名回族群众。同治十年，他把金积堡一带的陕回安置到此后，即派千总牟春阳领兵二百四十人分驻在附近的关山、三方镇各口，严加防范，并派一名总兵率领平江营就地弹压。同治十一年，左宗棠又奏准朝廷，设化平川直隶厅，归平庆泾道统辖，设通判一人，专管钱粮词讼，设化平川营都司一人，专司镇压地方。
升固原为直隶州。固原在宁夏和平凉之间，隶属平凉府，是历史上的军事重镇。它南距平凉府城一百七十里，北距灵州二百余里，其中间地带尽为深山大谷，地形十分复杂。在回民起义过程中，它们曾是起义军的极好隐蔽、休整区。固原州城西南几十里的硝河堡，位于州城、静宁、隆德、会宁、靖远、海城等地的中心，是个扼要之地，这里或有甘回聚居，或为陕回的安置区，居住着大量的回民群众。基于这种情况，左宗棠便于同治十二年奏准朝廷，改固原为直隶州，政事由知州总领。并在硝河堡设直隶州州判一人，划定辖界，境内命盗重案，钱粮赋役归其就近勒验征收，由直隶州知州总其成。固原州城原有一个城守营，左宗棠令从中拨派千总一员，带其所部驻硝河堡，以加强对各地回民的防范。
添设平远县。平远县原名下马关，它北达灵州，西接盐茶厅，东接环县，南通固原，和相距三十里的预旺堡，同为要冲之地。这里是回族聚居区。同治年间，当地回族曾积极参加起义，预望堡曾是甘回的首义之区。起义失败后，当地回民未被迁移，人口损失亦不甚大。所以，这里也就成了左宗棠严加防范的地区之一。同治十二年，他改此地为县治，因新设县城与平远驿相去不远，故改名为平远县。在下马关西北一百一十里，是固原州的同心城，清代文献中多记作半个城或半角城，回民起义时，这里曾是金积堡的南门，战略地位相当重要，土著和迁来的回民不少。因此，左宗棠也把它划入新设的平远县治，添设巡检一员，专司缉捕，归平远知县直接管辖。
改盐茶厅为海城县。海城在平凉府西北三百九十里处，原设盐茶厅同知一员，经理地方词讼和钱粮事务，归平凉府管辖。盐茶厅的西北辖境一带，地势辽阔，不但平凉府照顾不到，盐茶厅也鞭长莫及。而且在这片土地上，也有大量的回民聚居。所以，左宗棠于同治十二年奏准朝廷，将盐茶厅同知裁去，改设海城县，将原来的盐茶厅都司移设在该县毗连各地的要冲西安州，把原设西安州的一员千总，移设海城县城，仍归都司管辖。这样严密的安排他还嫌不够，又在海城以西一百多里属靖远的打拉池地方，添设县丞一员，负责该地的民政、军事事务。
左宗棠对陕甘回族上述的善后、安置与治理活动清楚地表现了一个目的，他要一劳永逸地消灭回族反抗，以保卫清王朝长治久安。正由于这样，他的这种迁徙给陕甘回族人民的社会生活造成了诸多不利的影响。
第一，它严重削弱了陕甘回族的经济力量。同治年前，陕西回族的主要经济是农业。据马长寿先生的推算，他们所占的土地，当在两万顷以上马长寿主编：《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，陕西人民出版社，1993年，第2页。据道光十一年（1831年）的“户部则例”，陕西全省共有土地二十五万顷，那么回民的土地就约占总面积的十分之一左右。自陕回被安置到甘肃后，这些土地都被当作“叛产”而被官府没收。经左宗棠迁徙后，不只土地丧失，财产也被清军抢掠一空。新聚居区和原聚居区相较，自然条件极差。这就使陕甘回族的经济力量大为衰落，在很长时间里得不到恢复。直到解放前夕，有人在介绍甘肃回民情况时，仍说“回民住在甘肃省，大都在穷山沟，四野不毛，耕地不够分配，生活至苦”《回教在甘肃》，《新甘肃》1947年第1期。这些情况的形成，与左宗棠这种善后安置有着直接的联系。
第二，这种迁徙也使回族内部的联系大大减弱。安置点之间的距离较远。加上官府的严密控制，各地回民基本无法自由来往。安置点内部，原有的教坊制被打破了，代之以百家长、十家长之类的基层行政管理者。回民原有的教坊制不仅是个宗教单位，同时也是一个民政单位。它在伊斯兰教的基础上起着一种团结民族成员的内聚作用。在同治年间的回民起义中，这种教坊制起到了巨大组织作用，董志原上的十八大营就是以其为基础组建起来的。左宗棠所设的百家长、十家长制是一种保甲制，实质上是官府权力的代表，目的在于控制回民，削弱回族的内部联系。
第三，这种安置也进一步加深了回汉人民之间的裂痕。回民起义过程中，由于清政府的反动民族政策，以及回民宗教情绪所引发的排他性，曾发生过不少民族仇杀事件。起义失败后，左宗棠又通过择地迁徙、改革建置、强化治理等手段，让回民聚居区周围的汉族人民去负“震慑”之责，这就进一步扩大了两族人民的对立情绪。回族和汉族关系的疏离甚至对立，严重影响了西北地区回族社区的发展。内在文化活力的受挫与外在文化刺激的空缺，使这些回族社区的文化构成和生活方式既无法创新，又无法保持。而创新与保持是人类适应自然与社会的基本方式，因此，这些被迫迁来的移民基本上一直处于与环境不相适应的状态。这个后果是十分严重的，它不但加深了回族自我禁锢的程度，影响了其本身的发展和进步，而且给一些妄图分裂我中华民族的阴谋分子造成了可乘之机。如抗日战争前夕，日本帝国主义者就曾派遣特务到西北大肆活动，以期制造一个所谓的大回回国参见《日本的伊斯兰政策》。此举虽未得逞，但这种裂隙的负面影响，值得注意。
应该说，这些善后安置活动使回族的反抗封建统治、维护本民族利益的能力大大减弱。自左宗棠安置陕甘回民后，回族群众虽时有反抗反动统治的运动兴起，如光绪二十一年（1885年）的河湟事变；民国十七年（1928年）马仲英事变；抗日战争中三次西海固回民起义等。但这些都是局部性的，得不到其他地方回族群众的广泛支持和响应。像同治年间的那种全民族性的反抗运动，再也没有出现过参见李伟《左宗棠对陕甘回族安置工作述评》（《史学论丛》第七集，兰州大学出版社，1997年）第94~105页。
2．对汉族区域的善后与治理
左宗棠对汉族百姓的善后与治理是从庆阳开始的。董志原收复之后，左宗棠认为，甘肃“兵事方始，必先将陕西接壤之平、庆、泾、固一带布置大兴屯政，然后进可战，而退可守”。为此，他一面“派拨官军前赴董志原扼守各要隘，一面办理兵屯民屯，庆阳、合水、宁州亦须次第经理”《左宗棠全集·札件》，第157~158页。，并从如下几个方面进行了善后与治理。
（1）遴选官吏，组织善后。陇东收复后，左宗棠首先奏请朝廷“破除文法”，打破常规，就近“遴访甘肃人员署理（庆阳）府州县各篆，招辑流亡，计口散粮，以延喘息。并给籽种农器，督劝丁壮及时耕种，以规久远。择险隘为兵屯，统领、营官主之；就堡寨为民屯，府州县主之，均因其地之所宜。按节候播种粟、糜、荞、麦诸种，督课军民，日事锄垦”。按清代的人事任免制度，地方州县官员的任命须由吏部从外省铨选，不得就近选调。由于当时陇东新复，许多州县都缺少官员组织善后工作，从外选调官员远水不解近渴，且未必熟悉陇东情况，所以左宗棠特事特办，要求朝廷同意就近从甘肃选配地方官吏，并要求新派“各守令以熟悉风土，稍知稼穑难艰，能恤民隐，能共作苦者为上选”，“且薄给盘费、薪水，以资办公，免其枵腹从事，庶可冀其安心求治，宣布朝廷德意，拯此残黎”《左宗棠全集·奏稿》（卷四），第109~110页。，组织各项善后重建工作。
