于此期间，袁世凯的日本顾问有贺长雄提出中国应设进士、举人、秀才等“孔子学位”。
8月15日，陈焕章等上书参、政两院，提出定孔教为国教的要求。他们一致认为孔子学说代表了中国文化精神，是维系人心、稳定秩序不可缺少的。
此后，十几个省的都督也提出了定孔教为国教的申请。
在此背景上，蔡元培的教育思想当然不合时宜。9月17日，教育部致电各省，要求把旧历九月二十七日孔子生日定为圣节，各学校放假，向孔子行礼。
10月3日，沈维礼等在上海发起成立“环球尊孔总教会”。与此同时，严复、马其昶、夏曾佑、林纾、吴芝英、梁启超等学界名流两百余人发起成立“孔教公会”。
10月14日，袁世凯就任正式大总统之后第四天，《天坛宪法草案》脱稿，第十九条附文中加进了“国民教育以孔子之道为修身大本”的条文。
1914年2月7日，袁世凯又一次通令各省，以春秋两丁为祀孔之日，行祀孔礼。
5月，汤化龙出任教育总长，使复古和尊孔的思潮进一步高涨。在《上大总统言教育书》中，汤化龙认为辛亥革命以来的中国教育失掉了准绳，导致道德堕落，使少年徒逞意气，不尊礼法。因此，他提出了一些“补救”的措施：一、“中小学校课读全经，俾圣贤之微言大义，浸渍渐深，少成若性”，以“厚其根抵”；二、“以孔教为国教，一切均以宗教仪式行之，俾国民居于教徒之列，守孔子之言行如守教诫”，以“崇其信仰”。（汤化龙：《上大总统言教育书》，《庸言》，第2卷第5号，1914年5月。）汤总长得到了总统的赞赏，袁世凯将此称之为“卓识伟论”，指示教育部按此办理，立即修订修身和国文教材。
6月24日，教育部通令“修身及国文科教材采取经训，务以孔子之言为指归”，因此，在蔡元培领导下制订的“壬子癸丑学制”中已经被取消的读经讲经课程又重新被列入教学科目。同年12月，教育部拟定《整顿教育方案草案》，规定“中小学修身、国文教科书采取经训，以保存固有之道德，大学院添设经学院，以发挥先哲之学说”，并且两次强调“经训”“务以孔子之言为指归”。教育部：《整顿教育方案草案》，《教育公报》，第8册，1915年1月。至此，蔡元培创立的现代教育方针被彻底抛弃，回到了尊孔读经的路上。
1915年初，新的《教育要旨》和《教育纲要》相继出台，明确要求人们效法孔孟，教员要研究理学，7月31日，教育部公布了《国民学校令》和《高等小学校令》，废止了蔡元培为教育部长时公布的《小学校令》。新的命令规定读经是公民小学和高等小学的必修科目。蔡元培时代的各种规定或被废止，或被修改，完成了一次全面的复古。
与此同时，新的教育方针正式出台，袁世凯以大总统的名义颁定“教育要旨”，“以兴学为立国之要图”，“使中华民族为大仁、大智、大勇之国民，则必于忠孝节义植其基，于智识技能求其阙”。袁世凯《颁定教育要旨》，舒新城编《中国近代教育史料》上册，245页。袁世凯的教育要旨有七项：“爱国”、“尚武”、“崇实”、“法孔孟”、“重自治”、“戒贪争”、“戒躁进”。中国的教育以此“七项要旨”取代了蔡元培的“四育方针”。
明眼人不难看出，清末颁布的五项教育宗旨是：“尊君、尊孔、尚公、尚武、尚实。”袁氏的要旨真是继承和发扬了中国传统。
经过这样一场复辟运动，蔡元培为现代教育打下的基础几乎完全葬送，中国教育又回到了与专制时代相适应的旧教育轨道。
但是，1912年之后的中国却已呈现了一种任何人都无法改变的趋势：虽然一切现代制度的确立都要经过种种曲折和坎坷，但公然复辟和倒行，却注定不会有好的结果。1916年6月6日，袁世凯在全国一片谴责声中逝世。7月12日，范源濂就任教育总长，就职当天即宣布废止袁氏七项“教育要旨”，实行民国元年颁布的教育方针，即蔡元培的“四育方针”。接着，教育部宣布撤销袁世凯颁布的《特定教育纲要》，重新修订教育法令和法规，再度撤销了学校教育中“读经”和“讲经”的内容。
当然，新旧冲突仍然存在，抵抗与反攻没有停止。比如，1916年9月11日，也就是袁世凯死后三个月，陈焕章再次上书参众两院，重提请定孔教为国教的事。1916年11月12日，一百多名议员在京成立国教维持会，并掀起颇有声势的请愿活动。与此同时，康有为上书国会，张勋通电全国，要求国会定孔教为国教。张勋甚至威胁说：若不通过国教案，他们就要武力解散国会，“安见宗教之战，不于我国见之？”（《张勋等联名争孔教为国教电》，《宗圣学报》，第2卷第6册，第18号）但是，国会并没有因此被吓倒，至1917年5月，宪法审议会议再次否决了“定孔教为国教”的提案，并删除了《天坛宪法草案》中“国民教育以孔子之道为修身大本”的条文。因此，中国教育重新回到了蔡元培所开创的道路。
与此同时，蔡元培本人也于1917年1月出任北京大学校长，开始为中国大学教育现代化创建一个基础。
三
1917年之前的北大，是一个官僚习气十分浓厚的旧学府。这大概不奇怪，因为它本来就是专制王朝留给共和国的一份遗产。它的前身是清王朝的京师大学堂，学生多是官员。大学堂章程明文规定：“凡京官五品以下、八品以上，以及外官候选，暨因事留京者，道员以下，教职以上，皆准应考入仕学馆。举、贡、生、监等皆准应考入师范馆。”罗家伦曾经谈到这样一件事：陈汉章以博学闻名于世，因而京师大学堂聘他做教师，当时他已五十四岁，到校后却不愿做教师而要做学生，因为在他眼里，有了京师大学堂的文凭就相当于翰林。因此，当时的学生进大学，只是为了拿文凭、找靠山，目的是升官发财，而没有研究学问的兴趣。1912年中华民国建立之后，京师大学堂改为北京大学，但新任命的校长并没有意识到自己的责任，因而几乎是一切照旧，学校风气没有什么改变。
顾颉刚曾经回忆说：
蔡元培先生来之前，校名改了，本质并无什么变化，封建主义仍然占统治地位。一九一三年我考入北大预科时，学校像个衙门，没有多少学术气氛。有的教师不学无术，一心只想当官；有的教师本身就是北洋政府的官僚，学问不大，架子却不小；有的教师死守本份，不容许有新思想。当然也有好的，如教音韵学、文学批评（《文心雕龙》）的黄侃先生，教法律史的程树德先生，但不多见。学生们则多是官僚和大地主子弟。有的学生一年要花五千银元；当然，这样的富豪子弟数量不多，大约不过两三人。至于一年花千把银元的人就多了，少说也有好几十。像我这样一年从家里只能拿二三百银元来上学的，就是穷学生了，在学校里简直没有地位。一些有钱的学生，带听差，打麻将，吃花酒，捧名角，对读书毫无兴趣。那时的北大有一种坏现象：一些有钱的教师和学生，吃过晚饭后就坐洋车奔“八大胡同”。所以妓院中称“两院一堂”是最好的主顾。这种坏现象是从清末保留下来的。那时在学生中还流行一种坏风气，就是“结十兄弟”。何谓“十兄弟”？就是十个气味相投的学生结拜作兄弟，毕业后大家钻营做官，谁的官大，其他九人就到他手下当科长、当秘书，捞个一官半职：“有福同享”。这个官如果是向军阀或大官花钱买来的，那么钻营费由十人分摊。这样的学校哪能出人才？只能培养出一批贪官污吏！蔡先生来校之前，北大搞得乌烟瘴气，哪里像什么“最高学府”？（顾颉刚：《蔡元培先生与五四运动》，《蔡元培先生纪念集》，178页。）
蔡元培的到来使这所充满腐朽气息的学堂变成了一所真正的现代大学，而且成为新思想新文化的中心和发源地。
事实上，无论在什么时候，面对一所大学，要它死，是容易的，要它活，也不困难，一切都取决于一个校长，以及相关的环境条件。如果没有一个好的校长，条件再好也白搭；如果没有好的条件，什么样的天才校长也无能为力。蔡元培的幸运，就在于历史为他提供了机会，而他恰恰是个有心人，于是能在中国现代教育舞台上大显身手，成就了一番辉煌的事业。
要办好大学，有几个问题必须首先弄清楚：一、什么是大学；二、大学教育的地位；三、大学教育的目的；四、如何办好大学。面对这些问题，大清的学部与民国的教育部有不同的回答；袁世凯的教育总长汤化龙与蔡元培也有不同的回答。正是通过这些不同的回答，我们可以看到专制传统之下的教育理念与现代教育理念的不同。蔡元培之所以伟大，就在于他对这些问题的理解上所呈现的现代性。正因为这样，他成为中国现代大学教育的奠基人，他的教育理念成为中国现代教育的基石。
近几年来，关于蔡元培的教育思想的研究已经成果颇多，这是一个可喜的现象。但是，对于他的大学教育理念的现代性的研究，却仍嫌不足。在我看来，其实也很简单，不外以下几点：
一、关于大学的性质，蔡元培认定大学是研究高深学问的地方，而不是升官发财的跳板。蔡到北大，首先要改革的，就是人们对于大学的认识和学生求学的观念。当时的学生上学只是为了文凭，所以特别欢迎政府官员到学校兼课，因为有了这样的老师，毕业后可以做靠山。这都是科举时代的遗习，蔡元培把它称作“劣根性”，认为它有碍于学生求学。因此，他一到学校，在就职演说中就告诉学生，大学不是养成资格、贩卖文凭的地方，不是做官发财的跳板，而是研究高深学问的地方。无论教师还是学生，都要摒弃“做官发财思想”，抱定做学问这一宗旨，孜孜以求。就教师而言，“当有研究学问之兴趣，尤当养成学问家之人格”，而不应敷衍塞责，应付了事，更不应“委身学校而萦情部院”；就学生而言，“当以研究学术为天职，不当以大学为升官发财之阶梯”。这是对大学性质的匡正，也是对学生求学目的的申明。
同时，蔡元培认为教育有两大基本功能：一是引领社会，二是服务社会。
二、关于大学教育的地位，蔡元培认为，大学虽然要服务于社会，但它与社会的关系首先是引领，然后才是服务。他认为，“教育指导社会，而非随逐社会也”；“学校里养成一种人才，将来进社会做事”，不可“同乎流俗，合乎污世”。
与这种认识相关，他主张教育独立。早在1912年2月就任教育总长不久，他在《对于教育方针之意见》中就已提出：“教育有二大别，曰隶属于政治者，曰超轶乎政治者。”什么叫“隶属于政治”呢？就是“教育家循政府之方针以标准教育”。他知道，一些教育与政治关系密切，有些教育却应该超轶于政治，比如世界观教育和美育。1922年2月，蔡元培发表了《教育独立议》·明确提出：“教育事业·当完全交与教育家，保有独立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响。”认为教育应该超越政治、独立于政治。之所以如此，他的理由是：“教育是要个性与群性平均发达的，政党是要制造一种特别的群性，抹杀个性……教育是求远效的，政党的政策是求近功的”，而且，教育是进步的，教会是保守的。（《蔡元培全集》，第4卷，177页，中华书局，1984。）
三、关于教育的目的，蔡元培认为是“育人”而非“制器”。他在《教育独立主义》中说：“教育是帮助被教育的人，给他能发挥自己的能力，完成他的人格，于人类文化上能尽一分子的责任；不是把被教育的人，造成一种特别器具，给抱有他目的的人去应用的。”他把教育目的定位于培养人的能力和造就健全人格，以被教育者自身为目的，而不是为了别的目的而培养工具。这一点非常重要，显示着旧教育与现代教育的根本区别。学校当然要注重技能教育，但技能教育的目的是使受教育者获得能力，目的还是培养健全的个人。在出任教育总长之始，蔡元培便明确提出教育要以“养成共和国健全人格”为宗旨。他曾先后在《在中国公学开学式演说》（1912）、《1900年以来教育之进步》（1915）、《读周春岳君〈大学政制之商榷〉》（1918）、《新教育与旧教育之歧点》（1918）等篇中明确指出：隶属于政治的教育与超越于政治的教育，根本目的是不同的。前者使受教育者服从，易受政府驱使；而后者则是从受教育者着想，教育的目的是受教育者个人。他的这些思想最先在中国教育思想中体现了现代理念：社会发展的最终目的是个人的全面发展。
他倡导以美育代宗教，其重要的理由也在于美育是超越政治和宗教的。而且，美育是自由的，而宗教是强制的；美育是进步的，而宗教是保守的。
四、关于如何办好大学，蔡元培有一系列的见解和主张，也有经过实践而形成的一套经验，其中最为重要的，显然是“循思想自由原则，取兼容并包主义”的方针。蔡元培主张学术自由，反对文化专制，认为大学是研究高深学问的地方，因而主张各种思想和学术派别在大学自由发展，而且允许不同思想和学术派别的人在大学任教。他指出：“大学者，‘囊括大典，网罗众家’之学府也。各国大学，哲学之唯心论与唯物论，文学、美术之理想派与写实派，计学之干涉论与放任论，伦理学之动机论与功利论，宇宙论之乐天观与厌世观，常樊然并峙于其中，以思想自由之通则，而大学之所以为大也。”（《蔡元培全集》，第3卷，211页，中华书局，1984）这种思想自由的原则，正是现代教育的标志之一。
其次是创立了“教授治校”的制度。他在《中国现代大学观念及教育趋向》一文中曾经系统地以北京大学为例来介绍教授治校制度，并以此强调这项制度在中国现代大学教育中的意义。他认为北大原来的行政组织“形同专制政府，随着民主精神的高涨，它必然要被改革掉”。如何改革呢？“首先是组织了一个由各个教授、讲师联合会组成的更大规模的教授会，由它负责管理各系。同时，从各科中各自选出本系的主任；再从这些主任中选出一名负责所有各系工作的教务长。再由教务长召集各系主任一同合作进行教学管理。至于北大的行政事务，校长有权指定某些教师组成诸如图书委员会、仪器委员会、财政委员会和总务委员会等。每个委员会选出一人任主席，同时，跟教授、讲师组成教授会的方法相同，这些主席组成他们的行政会。该会的执行主席则由校长遴选。他们就这样组成了一个双重的行政管理体制，一方面是教授会，另方面是行政会。但是，这种组织形式还是不够完善，因为缺少立法机构。因此又召集所有从事教学的人员选出代表，组成评议会。这就是为许多人称道的北京大学‘教授治校’制。”（《蔡元培全集》，第5卷，第11页，中华书局，1984。）
蔡元培的一系列主张和做法显示了现代教育思想的精髓，因而为中国现代教育铺下了一块基石。遗憾的是，在后来的历史上，蔡元培的贡献被湮没于泥沙与灰尘之下，被遗忘了，但无论如何被冲击、被破坏，都无损它本来的光辉。在北大百年校庆前后，我们听到了对蔡元培及其现代教育理念的声声呼唤，这，也许就是历史无法改变的最终趋势。
