曾勾结英国侵略者阻挡太平军进攻武汉，并夺取湖北境内为太平军攻克的府州县。因破安徽安庆，加太子太保衔。1862年，派军往河南信阳、罗山等地镇压捻军晋文华殿大学士。1864年5月，赴汉川督师，旋因征兵筹饷接济湘军攻陷南京有功，封一等伯爵。他是一位为清王朝死力卖命的满族大员，本人骄横不可一世，才识低下，官却升得很快。对于这样一位惹不起的满官，一般人是不敢得罪的，大都敬而远之，绕着道不敢沾他的边。但曾国荃本性倔强，决心捅一捅这个马蜂窝。本来，曾国荃与官文反复商议湖北剿捻全军，由官文“在省城总握全局，督率司道筹办军饷，以供支放”淤。但官文玩忽职守，并不尽力配合，以致湘军久战无功，损失较重。对于参劾官文一事，曾国藩在事先和事后均表示出忧虑之情，不太赞同此举。在是年阴历八月二十四日《致沅弟》的书信中，他嘱咐曾国荃说：“顺斋排行一节，亦请暂置缓图。”原因是，“此等事幸而获胜，而众人耽耽环伺，必欲寻隙一泄其忿。彼不能报复，而众人若皆思代彼报复者”。总之，“弟谋为此举，则人指为恃武功，恃圣眷，恃门第，而巍巍招风之象见矣，请缓图之。”是年阴历九月初二日，曾国藩又在给曾国荃的书信中说：“顺斋一案，接余函后能否中辍？悬系之至。此等大事，人人皆疑为兄弟熟商而行，不关乎会晤与否。”再过十天，曾国藩得知奏参官文的事已发，反复叮嘱曾国荃：“吾辈在自修处求强则可，在胜人处求强则不可。”一再告诫：“福益外家若专在胜人处求强，其能强到底与否尚未可知。
即使终身强横安稳，亦君子所不屑道也。”曾国荃的性格是，一旦他认定了的事就非干不可，从而他在是年9月下旬上奏清廷，据实参劾官文种种劣迹。他给官文下的总的罪据是：“贪庸骄蹇，欺罔徇私，宠任家丁，贻误军政。”他陈述自己参劾官文的出发点是：“臣窃维端揆疆寄，乃国家之重臣，非于军务、吏治、国计民生、地方安危，确有关系，虽至愚极戆，何敢暴其所短，轻列弹章？”进而，他在奏折中具体列举了官文七条罪状：一是滥支军饷。官文亲信粮台委员、知府孙振铨等，“屡于各营月饷背不发足”，而每当私用及交结应酬等事，动不动就向粮台提取。二是冒保私人。朝廷明文规定，没有到前敌去的幕僚及随带家丁，“例不准保”。但官文以“保举为私惠”，而所保举之人，“把持要路”，致使“在事出力文武员弁，莫不灰心”。三是公行贿赂。对于两湖绿营大小各缺官员名额，不是因缺择人，而是为人择缺。各缺大多由亲信兵书“指缺定价，各有等差”。四是“添受漏规”。本来，有关抽厘济饷之事，局员自应实报实销，但官文委托亲信收取“节寿门包”，额外获利，每月照数从盐局厘卡中抽解五百两至督署。五是“弥缝要路”，艮P采取请客送礼的方式，尽力“巴结京使”，掩饰官场陋习。凡是过往大小京官及本省、外省起复回京的官吏，视其职位尊卑，“莫不厚为馈送”。多者千余金，小者数百金。这些银钱大都取自于粮台，致使军饷得不到及时解给。六是“习尚骄矜”之气。官文不学无术，不知谨遵礼仪，往往目中无人，我行我素，“每于君威国典，悍然罔顾，实非表率群僚之道”淤。七是庇护贪官污吏，打击排斥正直官员。一旦自己的亲信被人参劾或受到上司的惩处，官文往往尽力予以庇护，致使正气不伸，邪气横行。最后，曾国荃明确表示：如果所劾各情“有虚诬”之处，则“自甘重坐”，甘受朝廷处罚。由于曾国荃所指，条条证据确实，清政府不得不将官文革职。然而，官文系“皇族”重臣，清政府在表面上虽将其革职，实际上又在第二年立即委他为直隶总督之职；而将曾国荃于次年夏天借口剿捻不力，“防剿日久无功”，交部议处，准其开缺回籍养病。名义上是让他回家乡养病，实际上是对曾国荃以示惩罚。
他在辞官居家的七年时间里利用自己的地位和身份，尽力做过一些有益于父老乡亲的事情。
曾国荃自1867年12月开缺回籍至1874年奉旨入都这七年多时间，在休养身心的同时，具体做了如下几件事情。
一是主修湖南省城长沙湘乡试馆。湘乡在当时是一个大县，人口达一百二十万左右；加之由于参加湘军的人数众多，其后代读书猎取功名者特多。为了便利从乡下赴省城应考生员的食宿，曾国荃主动出面，倡议修建湘乡试馆于长沙。他首先捐献银子一万四千二百两，组织人力物力动工建造房舍，并捐出自己在长沙的私宅讲让堂作为湘乡试馆每年为应考进修的地方。这座湘乡试馆一直延续至民国年间，曾国荃的重教言行深为湘乡籍学人士子所称道。1870年，曾国荃举家从湘乡老家搬迁到长沙他亲自关注湘乡试馆的有关使用和管理工作。据曾国藩在是年4月初给曾国荃的书信中说：“沅弟挈家移居长沙，不知即试馆旁之公馆否？”在另一封信中，他又嘱咐曾国荃趁空闲时间，读些有关文史方面的好书，以加强自身的学识素养。同时，又寄去历年所写日记，希望曾国荃等明白他在外受苦，“近来衰惫之状”，更加安心在家教育子侄辈读书做人。
二是捐义谷以解民困，鼓励同乡后生好学上进。曾国荃与长兄曾国藩不一样，他对钱财的积聚较多，住宅兴建也颇讲究。但他在辞官回籍这段时间里，亲眼见到乡民困苦不堪之情，也许是天良感发，也许是为了博取公众对他的好感，曾于1871年秋天捐义谷一千石入湘乡二十三都社仓，又捐义谷一千石入湘乡二十四都社仓。他在亲订的散放章程中做了详尽的规定，这些义谷只能用于公益事业，如在青黄不接时解决一些特困户的口粮对于品学兼优而又经济困窘的读书人给予适当的资助等。
三是倡建衡山南岳上封寺。南岳为全国着名旅游胜地之一更是标志着中国传统文化悠久深厚的象征之一。曾国荃利用他的地位和在社会上的影响，首倡兴建上封寺庙的建议，并亲自捐献钱财，具体的策划建筑规模、式样等工作，他也一一过问落实，深受当时文化界人士的称赞。
与此同时，曾国荃还在家乡为曾国藩新募兵勇、选取统领等做了许多工作。在开缺回籍的日子里，曾国荃能够有时间、有机会较为广泛全面地考察地方吏治，并且对之表示愤慨之情，提出了有关澄清官场风气、扭转封建统治衰敝局面的一些主张。据曾国藩在家书中透露说：“沅弟信中所称德一本家、虎远本家纵容凶恶，与善为仇，诚亦可虑。凡吏治之最忌者，在不分皂白，使贤者寒心，不肖者无忌惮。若犯此症，则百病丛生，不可救药。”淤从前述可见，曾国荃并非如一般论者所断言，是一位贪得无厌的坏官。事实上，曾国荃为人比较直率，对于那些贪庸腐败的官吏还是表示痛恨，不屑与之为伍的。这一点我们应当予以实事求是的评价。
1874年7月上旬，曾国荃奉清廷“着即来京陛见”的上谕，于10月启程入京，再度出山视事。
他在任河东河道总督一年多时间后，又奉调山西巡抚，为赈济灾民之事做出了积极的努力。
1875年3月18日，曾国荃受到慈禧太后的亲自召见。22日，被授予陕西巡抚之职；27日奉谕改任河东河道总督，全权负责治理黄河水患的事务。
由于清政府政治腐败，财政异常紧绌，所以黄河两岸堤工多年失修。因而曾国荃于此时出任河东河道总督之职，实在是一件无法推辞的苦差。1875年5月7日，他按期离开京城于26日行抵河南开封，27日正式接篆视事。6月中旬，曾国荃统率僚属查勘黄河上下游南北各厅工程，首先督责各员火速抢修河南境内黄河两岸险要堤工。随后又亲赴山东境内实地查勘险工，限期择紧要处加以抢修。治理黄河堤工最棘手的问题就是经费难以筹措，往往是旧有之欠款无法解还，新拨之数又很难兑现。曾国荃多次上奏清廷，提出了落实河工专款的建议。其一是吁请谕令各省督抚大员，饬商措解旧司库垫款，以应急需；其二是将次要险工之款挪移最险要堤工抢修之用等日后款项充裕再归还原处之用。曾国荃的这几条建议，基本上得到清政府的采纳实行淤，从而使得他在河督任内一年多时间政绩颇佳，受到朝廷的嘉奖，为纾解民困做出了一定1876年9月上旬，曾国荃奉上谕调补山西巡抚。他在是年11月下旬交卸河督篆印之后，以病赴汉口就医，吁请开缺。12月，上谕“着赏假两个月调理，毋庸开缺。”于是，曾国荃暂至长沙休养。假满之后，他于1877年3月下旬从长沙起程，于5月下旬正式抵达山西省城太原视事。
山西本是一个贫瘠的省份，加之连年兵祸不断，人民负担过重，以及干旱持续数年，饥民遍地。因此，在曾国荃抚晋三年多时间里，最为头痛的事情是如何赈济灾民，安定社会秩序。经过多方考察筹划，曾国荃采取了如下几种措施治理山西当务之急。
第一，设立赈务局，想方设法赈济饥民。据有关资料记载，当时山西全省饥民达一千多万人，前任巡抚鲍源深曾发仓谷以拯饥民，但杯水车薪不能解决根本问题。曾国荃上任之后，经过多方策划，具体实行这样几种办法来赈济饥民。一是奏准清廷允将山西应解京饷留省赈济，又以广西、浙江、福建、江苏等省应解山西协饷，改解西征粮台，抵解晋省应解西征军饷之数。他在奏折中历陈其理由说：“窃查晋省山多水少，地瘠民贫。去年秋稼未登，今春徂夏，又复亢旱”。二麦枯萎，秋苗不能播种，“百姓饥馑相望”。
他在访查有关府县之后，感到各地“垂危之命，犹复掇草根以为食，剥树皮以充饥，死于道途者不知凡几。”因此，他吁请朝廷“廑念黎元”之苦，准留晋省本年应解京饷划扣银二十万两赈济“百万生灵”以便派员赴邻近各省采买粮米，“分别灾之重轻，逐一赈济”。在另一关于请准广东、浙江、福建等省应协山西饷项速拨西征军饷以纾晋省之困的奏折中，忧心沉重地指出：“至于民间因饥就毙，情形不忍殚述。……约计每村庄三百人中，饿死者近六七十人。”
饥民在树皮、草根吃完之后，又有掘观音、白泥以充饥者，“不数曰间，泥性发胀，腹破肠摧，同归于尽。”从而恳请朝廷谕令粤、浙、闽等省督抚赶紧筹集现银各二十万两解赴西征粮台以使晋省应解军饷留做赈济饥民之用。二是以身作则，力劝官民捐输，并奏准清廷令各省劝捐协济山西。曾国荃在1877年6月于本省官民中广为劝捐的同时，7月间专折请求清廷援准天津赈案成例，饬部颁发虚衔实职、空白执照各两千张，派员赴各省劝捐：“如各省有亟公好义、情愿乐输者，听其自便兑银，甫毕即可给予执照，冀众擎之克举，幸民命之易苏。”
淤得朝廷允准之后，曾国荃即以私人关系咨请直隶总督李鸿章饬天津道黎兆棠、臬司丁寿昌、候补道王定安会办山西劝捐事务。与此同时，又商请两江总督沈葆桢饬两淮运司、瓜栈及所属各省督销局道员，于湖北、湖南、江西、安徽等省各票商，每大票劝捐银二百两，每小票劝捐银四十两，以备来年春赈之用。三是派员奔赴邻近各省采办粮食运回山西直接赈济饥民。1877年12月，曾国荃在此前筹买粮食赈济饥民的基础上，又分别委派人员到河南南阳府赊旗镇、安徽颍州府六安州等处购买米粮，并奏请饬河南、安徽巡抚转饬沿途免厘护送。此时，山西省境成灾州县已达八十余处之多“饥民逾五六百万众”。曾国荃赶紧委派人员先行赈济一个月，随后分别按灾情轻重加赈。
为了保证粜赈各粮顺利落实到各饥民手中，他又派人在直隶获鹿、河南清化镇、山西太原什贴、平阳府等地设立粮食运转局。与此同时，曾国荃又奏准清廷先后由江鄂漕米尽数拨解山西，并订统筹转运漕粮平粜详细章程使得赈济饥民之事顺利进行。四是奏准山西境内田地减征钱粮、盐茶和牲畜等减免税银，解除农民负担，纾解商民之难。1877年12月底曾国荃在《沥陈豫引滞销晋盐暂停加引折》中阐明其理由说：“自秦陇底定，陕西之销路未绌，豫引更形积滞。……民贩之资本无多，引盐之积压日甚，资本未能周转，商力因之日疲。”因此，“所有丁丑以后应征加引课费，合无仰恳天恩俯准，暂行停征”。在《请裁晋豫陕三省盐引加费折》中，他反复陈述该三省“盐引销路日滞一日，恳恩裁汰加费，以纾商力”的具体理由，并请朝廷允准将“每纲止征报拨银五十二万余两所指各饷，……照数一体免解”。在《请蠲缓钱粮疏》中，他具体陈述了阳曲等八十四厅州县迭遭旱灾、雹灾等，恳请将这些受灾地区的钱粮、米豆并省城太原各粥厂及各属被灾贫民赈济口粮一律减免，“至明年五月底再行察看停止，以恤民命而广皇仁”。
由于采取了上述诸多得力措施，山西省境赈济饥民的工作进展较为顺利，“先后赈银一千三百万两、巨万”淤。除此之外，曾国荃还主持成立了收养公所，将那些因饥荒失去父母的幼儿加以收养，给予口粮、衣服，妥善安排他们的生活。
第二，组织力量，尽速恢复农业生产。具体说来，通过统筹策划，为解决这个问题，曾国荃采取这样几项得力措施。一是清理荒地，购买耕牛、麦种等发给农民耕作。据王定安撰《曾国荃年谱》记载说：“时业户多流亡，公饬赈捐局司道，筹备籽种，招徕劝耕。”曾国荃本人在1878年6月的奏折中指出此次晋省遭灾，“丁壮转徙他乡，老弱填委沟壑”。重灾之区，“十室仅存二三，次亦不及五六”。荒田废地的现象，没有哪个村庄不存在。从而，“急宜招徕开垦，免致额赋虚悬”。但是，此事进行非常不易。原因是那些流亡他处的农民，“或客死而不归”，而邻近村庄的农民，又自顾不暇。怎么办呢？曾国荃经过反复论证，决定分两步进行。第一步是督责州县官吏，“先就有主之田，酌给籽种，假贷牛力”，鼓励督促其迅速耕种，不失时机地实行生产自救。第二步是责成地方官督同公正绅耆，“按亩清查，另立册簿，一面出示邻境，劝其来耕”。如果“实系死亡绝户，及寄居他处者”，等到秋后仍不归来，则允准“本户近支承种，次及远族或支派”。
