清朝实行满汉双轨的兵制，军队的构成都是世袭的，即满人世袭为军士，汉人实行兵户制度。满汉军队体制不同，满人实行八旗制，汉人为绿营兵制。双方在装备、待遇上相距甚远。
1．八旗兵制
八旗兵制是一种寓兵于民的军事制度，跟猛安谋克制度一样，都是从部落制度中转化而来的。努尔哈赤整合建州女真的时候，以每三百丁为一牛录（这三百丁的家人也属于这个牛录），五牛录为一甲喇，五甲喇为一固山，每个固山统兵？500人，为一旗。牛录的首领为牛录额真，后称佐领；甲喇的为甲喇额真，后称参领；固山的为固山额真，后称都统，每个固山还设两个副都统。在入关之前，固山额真即为旗主。入关以后，都统逐渐成为满人的武职官衔，旗主的意思不再明显。在开始建旗的时候，只有四旗：黄、白、红、蓝。努尔哈赤后来统一各个女真部落，兵额渐多，遂增设四旗，以原来的四旗为正黄、正白、正红、正蓝，增设的旗为镶黄、镶白、镶红、镶蓝。八旗均以各自颜色的旗帜为标志，正旗均为纯色，而镶旗则在旗帜上镶上别的颜色的边。
随着关外满人势力的增加，后来又设了蒙古八旗和汉人八旗。凡是编制在旗的人，后来跟满人一样，统称“旗人”，其民族属性逐渐归向满人。在旗者，一般主动向满人的风俗习惯靠拢，自认为满人。
细分起来，八旗有地位的分别。正黄、镶黄和正白为上三旗，其余的五旗为下五旗。这是因为正黄和镶黄两旗，原来是皇帝亲为旗主的嫡系旗，后来鳌拜被杀，其统率的正白旗则归皇帝直接统辖，所以这三旗为上旗。皇帝亲掌的上三旗，拥有一些特权，比如进入内务府做侍卫，有优先权等。
入关以后，八旗分为驻防八旗和京营八旗。驻防八旗分驻各个要害地点，由八旗驻防的将军和副都统、城守尉统率，自成系统，对地方汉人绿营和地方政府起监视作用。直隶有热河、察哈尔两都统，密云和山海关两副都统。山东有青州副都统。山西有绥远将军和归化城副都统。陕西有西安将军，并两翼副都统。甘肃有宁夏将军、副都统和凉州副都统。四川有成都将军和副都统。湖北有荆州将军并两翼副都统。江南有江宁将军、副都统、京口副都统。浙江有杭州将军、副都统、乍浦副都统。福建有福州将军、副都统。广东有广州将军并满洲和汉军副都统。新疆有伊犁将军及诸位领队大臣。关外则有盛京将军、吉林将军、黑龙江将军及十几个副都统。京营八旗是从八旗各个佐领中挑选出来的精兵组成，分为各个营，大体上可以分为郎卫和兵卫两大部分。郎卫是守卫皇宫的亲军，由三上旗子弟中选拔，组成亲军营，由领侍卫内大臣统率。兵卫是京师的卫戍部队，其中，前锋营、护军营、圆明园护军营、火器营、健锐营、神机营属于皇帝外围护卫部队。这些部队在皇帝亲征的时候，往往是中坚力量。其中健锐营是攻城的特种部队，而火器营和神机营都是用最先进的火器装备起来的特种兵。步兵营和骁骑营是守卫京师的部队，人数众多，既担任城内的守卫和巡查（类似于武装警察），又担负城外军事要地的驻守任务。步兵营还负责统率一部分绿营兵，主要是让他们负责汉人居民的管理和巡查。
八旗兵是清朝的基干军队，皇帝的意思就是让旗籍人员世代为兵，拱卫皇室，守住满人的天下。所以，所有八旗子弟，不许从事生产行业，由国家全部包下来，男丁生下来就吃一份俸粮，女子也有补助。可是，清朝统一之后，战事逐渐减少，在繁华的汉地，承平日久，不忧衣食，八旗子弟难免无所事事，不仅弓马武艺废弛，而且斗志渐消，到了清朝中叶，八旗兵的战斗力已经大大下降。八旗子弟繁衍日多，又不能自谋生计，天天靠着“铁杆庄稼”——皇家的俸禄过活。由于钱粮来得容易，所以八旗子弟大多不事算计，对生活毫无计划不说，而且追求奢华，结果多数人都寅吃卯粮，平时靠赊账过活，发饷的时候再去还账，然后再赊账。由于赊账买的东西非常贵，所以，旗人手里的钱越来越少，最后不得不将家里值钱的东西去当，开始还能赎回来，后来就赎不回来了，就靠借贷度日。即使拥有田产的旗人，由于经营不善，也多有亏欠，只有少数得势的王公贵族才能过上真正的锦衣玉食的生活。总体上一般旗人日益贫困，总得皇帝定期开恩，发放补助，为他们赎回家产，才能维持。到了清朝后期，朝廷再也无力负担旗人，结果连黄带子和红带子的皇族，也有吃不上饭的。因此，跟明朝一样，日益庞大的旗人群体，造成了巨大而且难以弥补的财政窟窿。晚清开始允许旗人自谋生计，但已经养尊处优太久的旗人，大多没有此能力，也没有此决心，所以，八旗生计问题，一直到清朝灭亡，也没有能解决。
2．绿营兵制
绿营系由汉人投降的军队，加上新招募的士兵组成，因旗帜是绿色的，故名绿营。绿营兵除了少数在京师当警察之外，大多分在各省驻防。基本上沿袭明朝的总兵镇守制度，每省的最高绿营长官为提督，全称为“提督军务总兵官”，官阶从一品。提督下辖若干镇，每镇设总兵，官阶正二品。总兵之下；有副将，从二品，一般在总督、巡抚和提督衙门担任佐官，也有独立统辖部队的；有参将，正三品，有担任中军者，也有独立统率部队的；游击，从三品；都司，正四品；守备，正五品。总督和巡抚都有兵部尚书和侍郎的头衔，所以可以节制提督以及以下的绿营军官。他们自己也有直属的部队。总兵以上亲统的部队称为“标”，总兵的称镇标，提督的称提标，巡抚的称抚标，总督的称督标（河道总督的称河标，漕运总督的称漕标）。副将统率的部队称为“协”，从参将到守备，统率的部队统称为“营”。守备以下，军职官员有千总、把总、外委千总、外委把总、额外外委等级别。各地州县，往往以千总和把总驻守。这些驻守的绿营，被称为“汛兵”，从哪个标和营分出去的汛兵，归哪个标和营管辖。他们有守土和维持地方治安的责任，但跟地方官没有统辖关系。地方官要用的时候，得申报上级协调。绿营有水师，水师的编制跟陆军一样。
遇有战事，则从各地抽调军队，以省为单位，各单位临时成军，另派将领统率。
绿营的待遇虽然不及八旗（绿营士兵饷银相当于八旗兵的1/3），但也实行世兵制，当兵者世代为兵。清朝跟明朝一样，推行重文轻武的官场文化，武职官员不仅受到文官压制，而且待遇较低，关键是不能插手民政事务，没有地皮可刮。于是在各地驻守的营、汛长官，就在吃空额上打主意。清朝的绿营各营，编制都是固定的，每个士兵都有定额的兵饷。于是每个分散驻防的长官，都设法不让自己的部队满额，有的甚至空出一半以上，空的兵额，饷银落到了长官手里。如果上级前来检查，则临时雇一些当地的老百姓来充数。每支军队，只要有一些骑射功夫好的骨干士兵就行，遇到检查就让他们上场“表演”，剩下的人和临时雇来的人，只要会打旗子跑圈就行。前来检校的人，其实也不是不知道这里面的猫腻，但只要当地驻军长官打点到位，一般都不说破。这种军队，加上战事又是临时组队，兵将两不相知，所以，到了清朝中叶，战斗力也同样不济。
事实上，在乾隆末年，在镇压豫、鄂五省白莲教起义的时候，八旗、绿营就都不中用了，只能依靠各个省乡绅组织的团练。在嘉庆之后，除了个别地方的八旗兵和绿营各镇所属的少数民族军队以及临时招募的军队外，清朝大体上已无可用之兵，应付不起大的军事行动了。
