清代的中央行政机构基本上承袭明制，六部直接受命于皇帝。但六部的领导体制和职能都有所变化。清朝的六部，是满汉两套长官，即一个满人尚书，一个汉人尚书，侍郎也是满汉各二，尚书和侍郎同为“堂官”，共同负责部务。六部堂官以下的属官，从堂主事、郎中、员外郎到主事，也同样是满汉各半。官员虽然满汉各半，但权力关系却不对等。一般来说，满人长官的权力要大得多，各部、司的大印，例由满人官员来执掌。但是，由于文化层次的差异，政治经验的不同，汉宫的办事能力（尤其是文字能力）一般要优于满官，所以，在具体的行政操作层次，满汉权力大体上还是平衡的。但是，这样的安排，人口少得多的满人，人仕机会显然要比汉人大得多。
明清制度架构虽然一样，但由于皇帝的行为不同，政治操作的习惯各异，所以，六部的权限职能也有所不同。明代的吏部权力最大，吏部尚书不仅负责官员的升迁，而且是六部领袖，可以主持廷议和廷推，可以与内阁相抗衡。但是，清代的吏部，不仅官员升迁的权力已经被皇帝和军机处拿走，而且也不是六部领袖，所有朝廷的议政会议，都由皇帝自己亲自主持，吏部尚书只是各部堂官的一员而已。吏部的职能，只是负责官员的考核，为官员的升迁降黜提供参考意见，兼代办理官员上任离任的手续，开捐时办理相应手续，安排候缺的次序。
清朝的兵部，权限也有所缩减。军政、军令自有军机处管，兵部所能管的只有武职将领的考核，为升迁提供资料。工部的事务也不多，历来繁重的河工，已经另派河道总督管理，只有宫殿修缮的时候，他们才有点事做。礼部的学校事务，多半由朝廷派出的学政管理。科举考试也是皇帝另派主考、副主考操办。部里剩下的只是些朝廷的礼仪事务。
但是，刑部的事务比较繁多。由于清代皇帝亲掌司法，所以必须为他准备周全的刑狱资料。而且为了防止皇帝抽查，凡是报到刑部的司法案件，资料必须详尽而合乎法条，否则，一旦被皇帝查出毛病，事情就麻烦了。具体说来，刑部要负责各地司法案件材料的审核，负责律例的修订，还要负责各地死刑案件的审理。最后一项事务是跟皇帝直接有关的，所以必须小心谨慎。刑部秋审处必须提前将全国的死刑案件研究清楚，提出案件简要的“说帖”（案件介绍），然后才能提交三法司审理，最后由皇帝勾决。三法司和皇帝的审理，实际上都要看秋审处的意见。所以，至少刑部的秋审处必须由精通刑狱的专门人士来担任。秋审处有八个司员负责秋审，人称“八大圣人”，据说个个精通法律，而且性格刚直。
六部中事务最为繁忙的要数户部。户部负责全国的财政收支，既负责赋税和漕粮的征收，也负责各个项目的钱粮发放。比较起来，户部的所属机构是最多的，设有14个分省区的清吏司，专门负责各省的赋税和财政项目的报销。清朝的大部分时间里，地方财政基本处于无权状态，所有收入都要上交，任何一项事务的开支都要向户部报销。户部还负责军队开支、钱币铸造和发行、国库管理。户部的长官跟其他部也不一样，除了尚书和侍郎之外，还有一个负责漕粮储运的仓场侍郎，官衙设在通州。另有一个管理三库的衙门（银库、缎匹库、颜料库），由管库大臣负责。
清代是中央集权程度最高的朝代，集权的主要体现就是财权的集中。清朝的财政体制就是要地方一点可供自由支配的财权都没有，凡是大一点的举措，须由中央批准，在中央政府的掌控之中。地方没有财权，便如婴儿断不了奶一样，根本没有可能作出出格的举动，更谈不上反叛了。当然，这样一来，地方政府的弹性也没有了，行政的效率自然也受到影响。当然，地方政府也不是一点应对之策也没有。户部虽然控制着所有的财政支出，但仅仅一个户部事实上是无法对项目的开支进行有效监控的。只要有项目可以报销，经手人必定虚报，所以，凡是有兴兵（镇压小规模反叛）、工程、赈灾等事项，只要给户部经办人员疏通好了，那么支出肯定要大大超过实际花费。地方政府如此，其他部门也一样，凡是有项目的地方，钱粮就溢出得多，因此河道总督往往是最肥的肥缺，清人笔记里记载了很多关于河督奢费的故事，实际上反映了清朝财政体制的问题。
六部的尚书、侍郎，皆各部之堂官也。往例，堂官至，则衙役呵殿而入，惟工部，则司官均趋门外站班，若外官之于上司焉。他部皆否，但有呵殿耳。光绪丙午后所设之新部则无之。
堂官至，则掌印、主稿率全司司官鱼贯而出，至堂檐下，书吏捧稿，每人而授之，使呈堂焉。受之者，莫知内容，亦勿庸知也。至堂上，则堂官整冠迎之，立而画行，司官雁行立，画毕，敬还司宫，不敢久阅以烦司官也。有问，则掌印、主稿肃以对，对毕，率其曹出，有随班上堂数年，不得与堂官交一语者。
凡指麾一切者，谓之当家，部事向皆满尚书当家，汉尚书伴食而已。四侍郎则更不事事，有半月不入署者。若管部为满大学士（注：清朝有时另派人为管部大臣），或汉人而兼军机，则实权在管部；若汉大学士管部，尚书则满人而兼军机，则管部绝不过问。盖视乎地位势力而有异同也。然亦有以侍郎当家者，赵舒翘、沈家本之在刑部，皆以深明旧律，为尚书所不及，实权乃渐集于侍郎。盖因其人而生权力也。非当家之堂官，值司官来请画稿，不敢细阅，谓之画黑稿。故有任堂官数年而不知部事为何物者。
掌印，佩司印之输也。其事为至荣，皆旗人，恒以绣荷包佩腰间以自表异。虽尚有帮掌印，掌印未至，印不得启。汉人终身无佩印鍮者，有之，则在丙午后矣。主稿率以汉人充之。（徐珂：《清稗类钞》第三册）
清代六部体制的变化，事实上是皇帝集权趋势所导致的。皇帝能够直接管的事情，就直接拿到军机处。如果需要专业技术的参与，直接管不了，那么就将技术性事务都集中到个别的部，如户部和刑部，以便就近掌控。从某种意义上说，户部只是皇帝的“总会计事务所”，而刑部则是皇帝的“司法顾问处”。六部没有对各地督抚直接发布政令的权力，所有来自中央的政令，都要由皇帝发布。六部如此，原来对应六部的六科给事中谏议的功能也就只好退化了，变成了普通的御史。如钱穆先生所云，清既无宰相，六部亦几下侪于具员。君权集中的程度较明代还高。
