2009年 7月 16日，伊朗新闻机构以及 BBC等媒体报道，伊朗原子能机构负责人格拉姆·莱扎·阿加扎德（Gholam Reza Aghazadeh）在任 12年之后突然辞职，原因不明，据称辞职是于 20天前提出的。第二天，维基解密网站公布了一份报告称伊朗纳坦兹核设施于 2009年发生了一起“严重的核事故”。维基解密称消息来自接触该核设施的人士，并称网站有理由相信消息的真实性，尽管与消息人士的联系已经中断。美国科学家联盟（The Federation of American Scientists，FAS）发布的统计表明，就在维基解密所提到的核事故发生的时间，伊朗运行的浓缩铀离心机数目突然从 4700降到了 3900。据媒体报道，该事故可能是针对伊朗核项目的一次携带 Stuxnet计算机蠕虫网络攻击的直接结果。一年后的 2010年 9月 26日，伊朗官方证实，30000多台工业计算机遭到 Stuxnet蠕虫攻击，布什尔（Bushehr）核电站也在其列，但并未受到感染。就在维基解密公布伊朗核事故的前一天，维基解密发布的消息称伊朗封锁了维基解密的全部镜像网站。这份维基解密的文件指出，与许多西方国家的媒体（尤其是英语媒体）不同，维基解密远非伊朗当局的敌人，相反，维基解密常常发布其他国家（如美国和以色列）企图针对伊朗所采取的行动计划或方案等文件，例如美国出钱支持了诸多伊朗反对派的媒体和网站，试图搞垮伊朗政府。伊朗封杀维基解密的理由并不是担心西方势力的影响，“封杀维基解密是试图阻止伊朗的揭秘者将真相传递到外面去。从审查的角度看，封堵维基解密就像是伊朗的柏林墙时刻；它并不是企图将敌人挡在外面，而是企图将伊朗人关在里面，因而，这种行为是要谴责的”。换言之，维基解密真正感兴趣的是真相和正义。
总部设在阿姆斯特丹的跨国企业特拉菲古拉（Trafigura），主要经营金属、能源（石油）等业务，在 36个国家设有营业机构。该公司于 2006年 9月出台了一份有关在非洲科特迪瓦阿比让附近的一次有毒物质倾倒事件的内部报告，按照联合国有关机构的估计，这次事故所造成的影响波及 108000人的健康。事实上这次事故可能是历史上最为严重的化学废料泄漏事故之一。这份被称为《明顿报告》的报告命名了“可能存在于”废料中的多种有害化学物质，并提到其中的一些“可能会在一定距离内造成危害”。报告还陈述了潜在的健康影响，包括“对皮肤、眼睛和肺部的灼烧，呕吐、腹泻、神志丧失和死亡”，并提出报道的高伤亡数量是“与存在一个可观的硫化氢气体泄漏一致的”。2009年 9月 11日，特拉菲古拉公司的律师事务所卡特 -鲁克（Carter-Ruck）获得了一个秘密“超级封杀令”，禁止英国《卫报》发表该报告的任何内容。卡特 -鲁克是一家专门替客户起诉媒体的专业律师事务所，有着封杀媒体的丰富经验和手段。卡特 -鲁克还威胁其他媒体，例如挪威广播公司和《化学工程》杂志，如果这些媒体发表报告内容的话，就要对这些媒体机构采取法律措施。2009年 9月 14日，维基解密在其网站上发布了该报告，并在网站上表达了对《卫报》的支持。接下来又将由此引发的争论连续发布。
一些议员则试图推翻封口令，在议会下院讨论了《明顿报告》、秘密封口令的日期以及特拉菲古拉公司，于是导致了 10月 12、13日的喧嚣骚动。10月 12日，卡特 -鲁克律师事务所警告《卫报》，禁止提及议会有关报告的事情。《卫报》则发表了一篇文章，他们无法报道一个非特定的问题，并声称这种情形显然“对《1689年权利法案》所确立的保护言论自由权提出了质疑”。该文指出，“《卫报》被禁止告诉读者该报为何被禁止 ——在记忆中是第一次 ——报道议会”，无法确定源头的司法阻碍包括不得提及仍处于保密状态的一个客户的诉讼，唯一可以报道的就是该案涉及到伦敦的卡特 -鲁克律师事务所。《卫报》发誓要向法院起诉，推翻封口令。该报编辑阿兰·鲁斯布瑞杰说：“在这个国家的传媒法律越来越将报纸置于一个卡夫卡式的世界里，关于压制的信息以及压制它的诉讼，我们无法告诉公众的任何事情。而当这些限制包括报道议会本身的时候，这是双重的威胁。”被压制的言论细节在网络和推特上迅速流传。第二天，卡特 -鲁克同意在法院诉讼前修改禁令，允许《卫报》揭露问题的存在和封口令。10月 16日，禁令彻底解除。 2009年，维基解密涉及的揭秘事件主要还有以下几起。1月 28日，维基解密公布了截获的涉及 2008年秘鲁石油丑闻的秘鲁政客同商人之间的 86段电话录音，泄密的内容占据了五家秘鲁报纸的头版。这导致了由工人、教师、建筑工人和医生等社会各阶层的街头示威游行，要求内阁辞职。丑闻最终导致总理霍尔格·德尔·卡斯蒂洛的下台，并任命耶胡德·西蒙为总理的新一届内阁。
自从 2009年 5月起，维基解密连续在其网站上公布比尔德伯格集团（Bilderberg Group）历史上几次会议的报告，年份分别是 1955年、1956年、1957年、1958年、1960年、1962年、1963年和 1980年。该集团发起于 1954年，因在荷兰的比尔德伯格饭店举行定期的秘密会议而得名，集团成员包括跨大西洋的各国政要、军方要人、商界巨子、银行财阀、王室成员和其他各类精英，据称这些会议旨在操控整个世界的局势。2009年 8月，在一系列揭秘网帖中，维基解密网站将考普辛银行（Kaupthing Bank）的内部文件公布。文件显示该银行涉嫌将大笔资金借贷给银行的所有者，最后将大量坏账一笔勾销。该行的律师威胁要引用银行保密法对维基解密采取法律措施，然而，揭秘文件引发的冰岛国内的骚动迫使银行不得不采取补救措施。此举恰在冰岛银行业的倒闭之前，倒闭最终造成了 2008年至 2010年的冰岛金融危机。 2009年10月，英军的第 440号联合服役条例（Joint Services Protocol 440），一份长达 2400页由英国国防部 2001年制订的保密文件，被维基解密泄露。该文件包含安全保卫的条例，例如如何避免信息泄露给黑客、记者和外国间谍。 2009年 11月，维基解密公布了气候门（Climategate）的一系列电子邮件和档案。2009年 11月，某黑客入侵英国的隶属东安格里亚大学的气候研究小组的服务器，将存储在上面的个人档案以及发现的电子邮件发布于网络上（亦有人认为并非黑客所为，而是内部告发）。1996年以后的 1000封以上的电子邮件以及 3000份以上的内部文件被盗取。有关部门正在对此进行调查。对温室效应持反对意见的团体认为，那些电子邮件通信是为了将气候变迁归咎于人类活动，而对数据进行篡改的密谋。
作为一家非营利媒体机构，维基解密网站的运营资金主要来自团体和个人的捐助，或者团队成员自掏腰包。数十万美元的合法捐赠来自于媒体机构，包括美联社、《洛杉矶时报》和全国报纸出版协会。由于没有从事任何商业项目，资金来源并不稳定，资金短缺一直是困扰维基解密网站的一个棘手问题。与其公布机密文件时的透明度形成鲜明对比，维基解密在自身财政问题上则极端谨慎。阿桑奇表示 5位所谓“全职”编辑，也都是不计报酬的，他们都是通过某种其他事情挣钱维持开销。维基解密在德国的代表、曾经作为该组织发言人的丹尼尔·施密特（Daniel Schmitt，真名叫丹尼尔·多姆施特 -贝格，Daniel Domscheit-Berg，后离开维基解密）曾经对电视媒体表示，所有维基解密成员都是自愿工作的，甚至他们的发言人也没有工资。维基解密每年（2009年以前）的运营开支大约为 15万欧元，主要是网络费用、网站服务器的租用和储存成本、一些硬件和旅行费用。据阿桑奇称，维基解密在其他国家也注册了类似的机构：
