澳大利亚的一个图书馆、法国的一家基金会、瑞典的一份报纸，以及在美国的两个免税慈善组织。但阿桑奇并没有透露这些机构的名称，因为他担心政治因素可能会导致捐款流失。 2009年 12月 24日，维基解密宣布它正遭受资金短缺，除了提交新材料的形式外，该网站已经取消了所有资料的外部链接。所有登陆该网站的用户看到的是维基解密的筹款声明：“我们保卫世界，但谁来保护我们？”先前所公布的材料也无法登陆，尽管一些人仍能通过非官方的镜像进入。维基解密宣布一旦运行成本筹措到，就立刻恢复网站全部运行。该网站将其看做是一种罢工，“为的是保证所涉及的每个人都停下手中的工作，切实地花时间去筹款”。在 20101月 4日所做的一次访谈中，当被问及维基解密的运作成本时，阿桑奇说：“迄今为止，最大的成本是人。当然，随着运行规模的增加也会有一个成本。我们经手的材料越多，就会发生越来越大的管理和人力成本。员工需要写材料的概要并核实它的真伪。目前每个人都是自愿服务，但那种状况将永远持续下去。”管理成本和网站维持的费用一直在上升，2009年，至少需要 20万欧元，如果计算人员工资的话，则至少需要 60万欧元。对于维基解密这样一个非营利机构而言是难以负荷的。阿桑奇表示暂时关闭网站就是为了让公众再一次意识到，维基解密存在的价值和意义。
经过十几天的努力，到 1月 6日，该网站的最低筹款计划达成，网站重新开放。在 2009年 12月之前，他们每个月收到的捐款平均不到 3000欧元。维基解密网站因资金问题被迫关闭后的数个月内，捐款额一下子增加了 20倍。在募集到约 75万欧元之后，网站于 20105月又恢复了运行。事实上，“维基解密每一次发布新的文件都会引起一阵捐款高潮。”福尔达表示，“通过贝宝方式（是一个总部在美国加利福尼亚州的因特网服务商，允许在使用电子邮件来标识身份的用户之间转移资金）支付给维基解密的捐款一周就超过了8万欧元。”然而，不久之后，由于受到了某种压力，贝宝宣布冻结维基解密的账号。
阿桑奇曾经表示，维基解密发布机密文件的行为已经招致了部分政府和企业的封杀和起诉，他们担心机构的资金和设施将成为下一阶段的攻击目标。这种担心很快就成为了现实。2010年 7月，在维基解密公布了大量美军机密文件以后，网站已经遭受到了一系列的网络攻击。出于政治考量，原来同维基解密合作的不少公司——包括网络巨人亚马逊公司 ——已经终止了托管网站及为其提供服务。此外，一些金融机构 ——包括万事达（Mastercard）、维萨（Visa）和贝宝 ——都已经撤出了允许人们对该网站捐款的服务。网站在瑞士的银行账户也被关闭。因此，该网站已经建立了一个复杂的汇总和拨付系统，以保护捐款的来源和用途。“运作一个机构非常困难，更别说一个不断被监视和起诉的机构。”阿桑奇说，“司法裁决会对一个机构的运营产生影响，我们不能让现金流被完全约束住。”
德国 WauHolland基金会是维基解密的金融网络中的一个关键。
维基解密鼓励捐助者通过它在该基金会的账号捐款。这样做有两点好处。首先，根据德国法律，基金会不能公开披露捐赠者的姓名；其次，由于基金会没有涉及维基解密的运作，它也不可能被起诉，因此捐款也能得到保护。从 WauHolland基金会取钱的程序并不简单。维基解密必须向基金会提交收据才能领取相关费用。由于法律规定基金会的开支必须公开，维基解密还需要通过其他机构将账单汇总起来，这样才能使一些与维基解密有业务往来的公司保持匿名状态。维基解密的网站运作需要数台功能强大的计算机连接到高速互联网上。所以，对这些服务器和网络设施以及相关安全维护人员的费用支付尤其需要保密。WauHolland基金会董事会成员福尔达在接受德国《明镜周刊》采访时透露，维基解密收到的捐款平均是 25欧元左右，最大的一笔捐赠达到了 5万欧元。从 2009年 10月至今，基金会收到的捐款总额超过了 90万欧元，其中 37万欧元已经被转交给了维基解密。2010年 12月，WauHolland基金会宣布，维基解密包括朱利安·阿桑奇在内的四名长期雇员开始领薪水了，但是在 40名网站的核心成员中人数还是非常少的。据称阿桑奇 2010年的年薪为 86000美元。尽管目前维基解密网站收到了多方的资金支持，但网站会不会再次受到资金匮乏的困扰，只有时间能够给出答案。
维基解密每天接到约 30份用户匿名提交的文档，一般他们会先经过顾问和志愿者团队的可信度审核后，以原始的、未经编辑的形式把那些可信的材料贴出来，并附上评论。维基解密网站托管在以坚持客户匿名著称的瑞典网络服务提供商 PRQ.se，这家公司可以承受法律压力和网络攻击。该公司的负责人称：“只要在瑞典合法，我们就会接纳它，并保持它的运作，无论有何种要关闭它的压力。”
一旦有问题，数据就会被送到位于比利时的服务器上，再然后送到“另一个法律上较为友善的国家”，然后这些文件被删除，转存到其他地方。有一批匿名的工程师提供技术维护，整个流程和提交的文件都被加密，并使用经过修改的 Tor网络匿名传输，整个系统即使核心成员也无法全部进入。此外，维基解密还在系统中一直传递许多虚假的提交文件，以使真正的文件难以被发现。维基解密的主服务器设在瑞典和比利时，选择这两个国家是因为那里的法律保护网络匿名。阿桑奇称，维基解密在全球各地有 20多个服务器，以及数百个域名。租用服务器的费用来自于捐赠，也有一些独立的自愿者以免费运行镜像网站的形式提供服务。阿桑奇说，如果某个政府或者公司想要移除维基解密的内容的话，可能不得不几乎拆除整个国际互联网。
尽管遭受了种种磨难和困境，维基解密网站还是在互联网上屹立不倒，其中一个重要原因就是网站目前找到了安全的数据托管服务。据福布斯中文网 2010年 8月 31日的一篇文章，“维基泄密服务器进防核地堡”。因特网服务提供商常常会告诉自己的客户说，他们提供的托管服务“刀枪不入”。而维基解密的服务可谓“炸弹都炸不开”。据挪威新闻网站 VGNett的报道称，维基解密网已经将其一部分服务器转移至牡丹白山（Pionen White Mountains）数据中心，该中心为瑞典宽带服务提供商班霍夫（Bahnhof）所有。该数据中心将把维基解密的数据存储在斯德哥尔摩市中心地底 30米处一个冷战时期的防核地堡中。维基解密服务器所在暗室只有一个出入口，外面装置有半米厚的金属门，备用发电机来自德国潜艇 ——该组织在 7月曝光了数千份与阿富汗战争相关的绝密文件而触怒了几大军事力量，因此严密的安保措施也许势在必行。 8月上旬，瑞典盗版党 ——争取盗版权利正当的一个组织 ——开始托管维基解密的 IT运营，现在还不清楚它选择将维基解密服务器转移到牡丹白山的原因。法律强制获取或摧毁该组织设备的可能性毕竟不如通过法律途径申请直接查看其数据的可能性大。去年，瑞典政府通过了一项富有争议的法律，允许执法机构 FRA监控网络流量，这个国家历来保护言论自由的好传统就此突破了一个口子。
不过，位于斯德哥尔摩的班霍夫公司首席执行官乔恩·卡隆（Jon Karlung）在一次采访中表示，公司的数据中心是“一种隐喻”，显示了公司对防御任何实体或法律形式入侵的承诺。“对拥有这些客户，我们深感自豪，”他说，“因特网应该是一个言论自由的地方，ISP（是网络服务提供商）的职责就是中立的连接技术工具，而不是从客户处收集信息的工具。”
卡隆表示，班霍夫尚未按照瑞典新办法的 FRA（瑞典政府通过的一项法案，允许执法机构 FRA监控网络流量）监控法行事。“我们拥有的光纤电缆长达 2300公里，”卡隆表示，“我们可以很乐观地说，（政府机构）尚未安装任何设备。不过这一天终将到来。当这一天来到时，我们将通知我们所有客户，他们被瑞典政府监控了。”维基解密很有可能将自己的服务器分散在世界各地，包括在瑞典的其他地方和冰岛；且其在自己的网站上贴出了一份标为“保险”的加密文件，可能是为了保护网站或其自愿者团队不受攻击，而作为一种在不利情况下将泄漏更多信息的威慑性手段。鉴于针对自己的争议越来越多，公司可能需要动用一切可能的保护防御手段。
随着维基解密曝光力度加大，它受到的威胁和攻击也在加剧。
维基解密网站解密了多份美国政府和军方试图封杀网站的文件，甚至包括对网站负责人阿桑奇实施“斩首行动”。2010年 7月，维基解密曝光与阿富汗战争的相关文件；10月，曝光伊拉克战争文件； 11月 28日，维基解密泄露了美国国务院与美国驻外大使馆之间联系的文传电报。多次解密让美国忍无可忍，早就要对维基解密采取行动。维基解密服务器在公开美国外交电报一小时前受到分布式阻断服务攻击，使维基解密服务中断。12月 1日，亚马逊网站在美国政府压力下把维基解密在 EC2托管的资料删除。班霍夫必须顶住各方压力，继续为维基解密提供数据储存服务，方能避免该网站遭多重打击而被封杀的命运。
