1995年3月，在北京大学、世界银行、美国福特基金会[ 福特基金会(The Ford Foundation)由美国“汽车大王”福特在1936年设立。以研究美国国内外重大问题，如教育、艺术、科技、人权、国际安全等方面课题为宗旨，用出资创办研究机构、颁发奖学金、向国外派遣专家、捐款、捐赠图书仪器等方式，向国内外有关组织、研究机构提供资助，以影响美国社会生活、文化教育事业和政府的内外政策。总部设在纽约。
]、洛克菲勒基金会[ 洛克菲勒基金会(Rockefeller Foundation) 1913年由约翰·D·洛克菲勒创立，是美国最早的私人基金会，也是世界上最有影响的少数基金会之一。它通过资助各种研究机构和社会团体，对美国政治、外交、军事和经济进行广泛研究，予政府决策以重大影响。
]、德国诺曼基金会的共同支持下，中国经济研究中心举行了隆重的成立大会。诺贝尔经济学奖获得者道格拉斯·诺斯和罗伯特·蒙代尔都在成立大会上作了专题学术报告。已经95岁高龄，对林毅夫有着知遇之恩的我国老一辈著名经济学家陈岱孙还对中国经济研究中心的成立致辞祝贺。
北京大学中国经济研究中心在发展过程中还受到了社会各界的捐助，林毅夫的哥哥林旺松[ 林旺松还出资在北京大学设立中国经济研究奖，使中国经济研究中心得以于2000年开始每年举办全国“经济学优秀大学生夏令营”活动，以促进中国高校经济学优秀大学生之间的思想交流，加强青年学生与经济学家的联系，并从中选拔学生继续深造。
]就是资助人之一。
2004年，北京大学中国经济研究中心当选为“教育部人文社会科学百所重点基地”。自2005年以后，该研究中心还曾3次被《福布斯》中文版评为“中国最具价值商学院”第一名。
2008年，在原来为国家培养众多经济人才，为政府改革开放决策提供了无数重要建设性建议的北京大学中国经济研究中心的基础上，组建了北京大学国家改革发展研究院。它以更加强大的实力和更为广阔的眼界，关注着国家的改革发展和中国社会科学的学术研究与发展，而原先的北京大学中国经济研究中心作为学院的一个独立机构继续发挥着其在经济理论与政策研究方面的巨大作用。
6．新农村运动的倡导者
农村问题一直是党和国家高度关注的问题。新中国成立前，中国共产党正是运用了正确的土地政策才为“农村包围城市”的总战略的成功实施奠定了基础。新中国成立以后，农村经济得到了进一步发展，但步伐始终非常缓慢。
改革开放以后，由农民自发形成的“农村联产承包责任制”得到中央的承认，并且开始在全国推广这一政策。1978年到1984年的6年间，农村经济得到了迅速发展。到了上世纪90年代，全国范围内已经基本解决了温饱问题，为实现小康社会的发展目标打下了基础。
农业经济学出身的林毅夫研究中国农村经济自然是得心应手，而且作为没有经过那个“大饥荒”和“大混乱”年代的“局外人”，他更能以一种客观的态度去研究这一关系国计民生的经济问题。
对于“三年困难时期”，学术界长期保持沉默，直到改革开放以后人们才开始慢慢地正视这一问题，有相关学者通过研究提出了1959年到1961年发生“大饥荒”的原因。主要有三类不同的观点：一种是饥荒产生于自然灾害，一种是人民公社内部的管理不当，另外一种看法是公社规模太大从而导致社员激励不足。对于以上三种观点，林毅夫均持怀疑态度，于是收集了大量的资料，对其进行了检验。最后他发现，这三种观点或者假说都有其自身的局限性。
首先，自然灾害很大程度上是为其他原因辩护的一个理由，在一个幅员辽阔的国度，连续三年发生全国规模的大的自然灾害的可能性是很小的，根据那三年气象数据的记载，并不存在严重的气候异常；第二种人民公社管理不当的解释也是无法成立的，因为从1961年以后国家在一定程度上已经恢复了自留地的政策，然而农村经济并没有随之得到巨大的发展；第三种说法，也就是颇为主流的一种观点，林毅夫认为出现激励不足的原因并不是因为公社的规模太大，而是由于政策的作用，限制了农民退出公社的自由，本来可以多次选择合作的博弈过程，在高度统一的计划体制的干扰下，变成了一种不可转移和改变的“真理”，从而破坏了农业经济的发展。
林毅夫最后得出了自己的结论，那就是在粮食产量锐减的情况下，政府又强制性进行了粮食的最终分配，导致农村的粮食资源供应不足，继而引发“大饥荒”，推翻了粮食供应不足导致饥荒的传统理论。
总结历史教训的同时，林毅夫还对实施“农村联产承包责任制”以后的6年农村粮食产量连续高速增长的现象进行了深入研究。
他用定量的手法深入分析了1978年到1984年的农业数据，最后得出结论：这6年农村经济发展迅速的主要原因是实施了“家庭承包”以后，农民有了对土地经营的独立权，在长期的粮食不够吃的刺激下，农民开发了一切可以开发的土地进行粮食生产，所以粮食产量的增加不足为奇，即便没有粮食提价和地方政策，产量也会增长。
1984年以后粮食产量增长的缓慢也是基于同样的原因。中国农村耕作的条件非常落后，不能形成规模的现代化农业生产，在“饥饿”的经验和“家庭承包”政策刺激下，农民的生产积极性高涨，但经过6年的高速增长，这一突发性的增长效应已经基本释放完毕，又加上这个时候国家粮食收购的限制，农业发展速度放慢自然不难理解。
基于这样一种理论，中国农业的发展就需要一种突破性的出路。但是改革初期对于道路认识不够清晰，又加上意识形态的束缚，我国出现了几次大规模的通货膨胀。
1993年，为了应对通货膨胀，中央实行了严厉的经济调控政策，抑制了通胀，还成功避免了亚洲金融风暴的侵袭，使中国经济成功软着陆。然而，到了1997年以后，我国又出现了严重的通货紧缩现象，这个时候如何刺激经济的发展成为经济工作的一个重要议题。
这个时候林毅夫把目光投向了发展落后的农村。他立足于中国经济的长远发展，提出了“新农村运动”的主张。
林毅夫建议通过加快农村经济发展的方式，刺激农村经济的巨大发展空间，他的这一主张很快引起政府相关决策部门的重视。事实上，我国当时所面临的经济困难，正是由于长期的城乡不协调发展造成的，加大农村基础建设的投入，对于我国今后的经济发展有着重要而深刻的战略性意义。另外，通过农村的基础性建设，也可以为推动农村城镇化提供设施保障，从而将农村巨大的经济潜能释放出来。
回看我国“新农村运动”的光辉历程和近年来农村经济的长足发展，林毅夫提出的政策建议有着不可磨灭的功劳。
7．卷入产权之争
改革开放之初一直到上世纪90年代中期，国有企业改革都没有实质性的进展，一方面是由于意识形态的约束，一些人认为社会主义就应该是高度计划的体制，盲目加快改革进程可能会引起社会的动荡；另一方面，对于处于行政干预下的国有企业如何推向市场的问题，还没有一个成熟的解决方法，国企改革无从下手。
到了上世纪末的最后几年，随着市场化进程的不断推进，国有企业所表现出来的弊病越来越明显，社会上国有企业改革的呼声也越来越高。但是对于如何改革却争论不休，主要有两类观点，一类是国有企业全面私有化，即“产权改革派”，这一派的主要代表是张维迎、周其仁等人；另一类是主张在国有的前提下，对国有企业进行渐进式改革的“温和改革派”，这一主张最突出的代表人物就是林毅夫，此外还有2003年炮轰顾雏军而一度走红的香港经济学者郎咸平。
“产权改革派”认为，虽然国有企业在其他方面的改革取得了不可忽视的成绩，但是如果不改革产权，这些成绩只能算是枝节，国企改革的核心问题在产权的明晰上。只有明确了产权问题，才会彻底解决经营者自身与企业发展的根本性矛盾，从而促进国有企业的进一步发展。随着其他手段作用的逐步消失，产权改革已经势在必行。
张维迎更是提出“如果不改产权，国有企业根本没有出路”的重磅观点，一时间将自己推向了舆论的风口浪尖，甚至有人大骂张维迎是在为少数侵吞国有资产的权力投机分子摇旗呐喊。总之，“产权改革派”的社会支持度明显不是很高。
进入21世纪，在国有企业通过各种方式进行私有化的进程中，郎咸平旋风般地跳了出来，他言辞犀利地否定了这场改革。
他炮轰海尔、宇通、长虹等一大批知名国企的转型，与格林柯尔系的掌门顾雏军的争论更是逐步升级，最后到了对簿公堂的地步，顾雏军最终因“侵吞和挪用国有资产”的罪名锒铛入狱。直到今天，在国有企业改革问题上，“温和改革派”仍然有着广泛的群众基础。可见，公有制是一切制度中最优越的制度这一根深蒂固的思想仍然是主流。
与郎咸平的逼人气势有所不同，林毅夫的论战方式较为温和。首先，林毅夫举了几个大家所熟知的例子，推翻了必须将国企私有化的观点。纵观世界经济格局，印度、巴西、菲律宾等国家都在搞资本主义全面私有化的市场经济，但是经济情况却比中国要糟，所以私有制不是企业高效发展的必要条件；而同时与之相对的新加坡、德国等经济高度发达的国家，实行的部分国有制都取得了举世瞩目的成就。林毅夫进一步指出，企业的经营状况怎么样，跟国有还是私有不存在绝对的联系。
林毅夫还指出了现在国有企业搞不好的原因，主要是因为一些政策性的负担，而这些也正是民营企业的优势所在。
政策的负担主要体现在两个方面，一个是战略性负担，即企业的生产不以市场为导向，而是为了满足政府和国家的政策需求，如果企业是资金和技术密集型的企业，那么与民营企业相比，就没有丝毫竞争力可言；另外一个负担是社会福利性负担，不能随便解雇国企职工，还要负责退休职工养老和看病问题，对下岗工人进行补贴等都是这一负担的集中体现。正是由于这两方面的束缚，导致国有企业的亏损。也正是亏损的现实情况，给企业经营者以“合理”侵吞国有资产的口实。
另一方面，也是比较容易忽视的一个方面，有些表面亏损的国有企业实际上是赢利的，造成表面亏损的主要原因是管理层采用种种隐蔽的手段对企业财产的私人占有。另外，公款消费也给企业造成了管理费用方面的负担。所以提高国有企业生产效率要从两方面着手，一个是解除其政策性负担，完善国企的市场竞争地位；另外一个就是完善公司管理结构，用制度杜绝管理层的“信托责任”缺失。
