孙恩起义军虽然被刘裕消灭了，但是东晋王朝的兵力也被消耗了，由此造成了京城防备空虚，给盘踞长江上游军事重镇荆州，虎视三吴，伺机而动的桓玄以可乘之机。
桓玄是谁，桓温之子。
前面说过，谢安组建北府军，就是为了对抗桓温。
桓温北伐中原失败之后，返回东晋，认为自己功勋卓著，想要加九锡。自古以来，只有乱臣贼子，才想要加九锡。
加九锡之后，就想弑君篡位了。
桓温想要加九锡，可惜遭到了王坦之和谢安的阻挠，因而没有得逞。
桓温病死之后，大权落在了桓冲手中。桓冲是桓温的弟弟，镇守长江上游，守护东晋朝廷。
桓冲病死之后，大权落入桓玄手中。
桓玄野心勃勃，有不臣之心，当年我爹没有加九锡，没有弑君篡位，如今，大好机会摆在眼前，我当子承父业，加九锡，改朝换代。
孙恩率领起义军攻城略地的时候，桓玄一直在静观其变。
两虎相争，必有一伤。
杀敌一千，自损八百。
东晋朝廷虽然消灭了孙恩起义军，但是自身也受到重创，这就给桓玄创造了起兵造反的机会。
机不可失，失不再来。
桓玄自恃兵强马壮，开始起兵造反。
东晋朝廷得知桓玄造反了，十分惊慌，急忙派遣骠骑大将军司马元显率军征讨桓玄。
桓玄也率领荆楚大军攻打司马元显。司马元显派刘牢之抵御，刘裕也随军前往。
刘牢之率部到达溧州时，遭遇桓玄大军，刘裕主动请缨，愿意领兵杀敌，然而被刘牢之拒绝了。
刘牢之想要跟桓玄讲和，所以不让刘裕领兵出战。
刘牢之派刘敬宣到桓玄营中讲和，遭到刘裕与刘牢之的外甥何无忌联袂坚决谏阻，刘牢之不听，非要讲和，如此一来，就失去了平叛的机会。
刘牢之英明一世，糊涂一时，居然相信桓玄的鬼话。
没有刘牢之帅军抵抗，桓玄的荆楚大军势不可挡，很快就攻入建康，干掉了司马元显，并且夺走了刘牢之的兵权，以其堂兄桓修代之。
刘牢之惧祸而逃，后自缢身亡。
刘裕审时度势，暂投桓玄以行韬晦。由于刘裕屡建军功，于北府军旧部中颇有声望，故桓玄也不敢小视他，任命他为中兵参军。
元兴二年，孙恩的妹夫卢循再次起兵造反。
桓玄大为震惊，派刘裕讨伐，杀其大帅张士道。卢循渡海南逃，刘裕因功被加封为彭城内史。
十二月，桓玄篡位，对司徒王谧说：“昨日看见刘裕，气度不凡，是人中豪杰。”于是更对刘裕款待备至，恩宠有加。
桓玄的妻子刘氏颇能识人。她多次对其夫说：“刘裕行止有龙势虎志，看问题不同凡响，不会久居人下，宜尽早除之。”
桓玄却说：“我欲荡平中原，非此人不行，怎好杀他?等关陇平定，再作计议。”
同时，桓玄称帝后为消除隐患，欲瓦解北府兵，大力剿杀北府兵旧将，北府军几乎遭到灭顶之灾。
正在桓玄算计北府军的时候，刘裕也在暗中和北府兵残余兵将联络，伺机反攻桓玄。
元兴三年二月，刘裕以打猎为名，聚集北府兵残余兵将一千七百余人，在京口举兵起义，歼灭了桓楚在此的兵力，杀死桓修。
接着，众人推刘裕为盟主，传檄四方，各地纷起响应。
桓玄自从获悉刘裕率众起义后，成天忧心忡忡，想不出对策。
有人说：“刘裕等力量弱小，哪里具备成气候的力量，陛下何必担忧呢？”
桓玄回答说：“刘裕堪称当代雄才，十分难以对付。刘毅这个人，家无多少储蓄，却像掷骰子一样捐出百万。”
“何无忌是刘牢之的外甥，这个人很像他的舅舅，有勇有谋。刘裕，刘毅跟何无忌等人联合起来，共举大事，怎能说他们不会成功呢？”
这番话足以说明，桓玄有自知之明，刘裕三人联合起来，有可能颠覆自己的统治。
为了消灭刘裕等人，桓玄派遣手下猛将吴甫之和皇甫敷带领精兵强将抵抗刘裕。
刘裕用兵如神，先于江乘斩杀吴甫之，随后在罗落桥奋力作战，又杀皇甫敷，继续进攻。
三月，刘裕进攻覆舟山，并命弱兵登山，持着旗帜分道而行，营造四周皆有士兵，数量很多的假象。
而又因桓玄守军大多是北府军出身，面对刘裕都没有斗志，刘裕于是与诸军进攻，顺利以火攻击溃桓玄守军，而桓玄亦弃城西逃。
刘裕获王谧等人推举，出任使持节，都督扬州、徐州、兖州、豫州、青州、冀州、幽州、并州，一共八州诸军事，镇军将军，徐州刺史。
不久刘裕又奉武陵王司马遵承制总百官行事。
东晋末年，政治混乱，百官放纵，百业废弛，桓玄虽然也想整治，但众人都不听他的。刘裕以身示范，先以威严约束宫廷内外，百官皆认真供职，如此一来，风气大变。
刘裕进入建康城后，派诸将追杀桓玄，晋安帝在江陵复位。
然而，桓氏势力仍在荆州盘据，并反攻江陵。直至义熙元年，晋军才收复江陵，驱逐当地桓氏势力，并迎安帝返回建康。不久，刘裕还镇丹徒。
义熙元年，刘裕遣使到后秦，要求后秦归还之前占领的南乡、顺阳、新野、舞阴等淮北诸郡。
后秦皇帝姚兴可能鉴于西面战事吃紧，不想再在东面又与刘裕为敌，于是答应将淮北的南乡、顺阳、新野、舞阴等十二郡全部归还给东晋。
义熙二年，刘裕因功受封为豫章郡公，食邑万户，获赏绢三万匹。
义熙四年正月，因王谧去世，刘裕听从幕僚刘穆之劝言，入朝商议继任人选。
最终获授侍中，车骑将军，开府仪同三司，扬州刺史，录尚书事，徐兖二州刺史，如此便掌握了朝政大权。
掌控东晋朝廷之后，刘裕雄心万丈，誓要北伐，光复中原。
东晋自偏安以来，时时面临着北方的威胁。祖逖、庾亮、褚裒、殷浩、桓温都曾先后北伐，但无一成功。
为了强大自身，刘裕决定兴师北上。
义熙五年，南燕主慕容超袭位，纵兵肆虐淮北，俘虏阳平太守刘千载，济南太守赵元，驱掠百姓千余家。
刘裕为抗击南燕，外扬声威，于四月自建康率舟师溯淮水入泗水。
五月进抵下邳，留船舰，辎重，改由陆路进至琅邪。为防南燕以奇兵断其后，所过皆筑城垒，留兵防守。
南燕鲜卑人恃勇轻敌，对晋军进入其境不以为虑。
慕容超没有采纳征虏将军公孙五楼凭据大岘山之险，使晋军不能深入或坚壁清野，断晋粮道之良策。
六月，刘裕未遇抵抗，过莒县，越大岘山。
南燕主慕容超先遣公孙五楼，贺赖卢和左将军段晖等，率步骑五万余人进据临朐。
慕容超得知晋兵已过大岘山，自率步骑四万继后。
燕军至临朐，慕容超派公孙五楼率骑前出，控制临朐城南的巨蔑水。与晋军前锋孟龙符遭遇，公孙五楼战败退走。
刘裕以战车四千辆分左右翼，兵车相间，骑兵在后，向前推进。
晋军进抵临朐南，慕容超派精骑前后夹击。两军力战，胜负未决，刘裕采纳参军胡藩之策，遣胡藩及谘议参军檀韶，建威将军向弥率军绕至燕军之后，乘虚攻克临朐。
慕容超单骑逃往城南左将军段晖营中。刘裕纵兵追击，大败燕军，段晖等十余将被斩。
慕容超逃还广固。
刘裕乘胜追击北上，攻克广固外城。
慕容超退守内城，刘裕筑围困之，招降纳叛，争取民心，并就地取粮养战。
慕容超被困于广固内城，先后遣使驰往后秦求援。七月，后秦主姚兴派卫将军姚强率步、骑兵一万，与洛阳守将姚绍汇合，统兵共救南燕。
并遣使向刘裕宣称，后秦以十万兵屯洛阳，若晋军不还，当长驱而进。
刘裕识破姚兴虚张声势，不为所动。不久，姚兴被夏主赫连勃勃击败于贰城，遂令姚强撤回。
慕容超久困于广固，不见后秦援兵，欲割地，称藩于东晋，刘裕不允。
南燕大臣相继降晋。九月，刘裕截获为借兵去后秦的韩范，使其绕城而行，以示后秦救兵无望，城内南燕守军惊恐。
十月，晋军在前燕降将张纲的帮助下，制成了飞楼，冲车等攻城器具，加强了攻防能力。
义熙六年二月，贺赖卢和公孙五楼率军挖地道出击晋军，被击败，退回内城。
刘裕乘机四面攻城，南燕尚书悦寿打开城门迎降，晋军攻入广固内城。
慕容超率数十骑突围而走，被晋军追获，南燕灭亡。
刘裕以广固久守不降为由，入城后，尽杀南燕鲜卑族王公以下三千人以泄愤。慕容超被押送回师，在建康街头斩首。
