话说卢循与徐道覆把战船停靠在蔡洲，静驻了好几天，只看到石头城畔军容越发齐整，并没有丝毫的慌乱。卢循后悔自己错过时机，他派遣十几艘战船来攻打石头城外的防护栅栏。刘裕命令士兵用神臂弓迭射，一次射出数支箭，没有不击中目标的，卢循只能退去。不久，卢循又在南岸埋下伏兵，让年老体弱的人乘船往东，扬言要攻打白石。白石在新亭的左边，也是江滨的要害之地，刘裕担心他弄假成真，不得不前去堵截。这时，刘毅从豫州奔逃回来，向朝廷请罪，安帝降刘毅为后将军，仍命他赶往军营效力，戴罪立功。刘毅见到刘裕后，感觉非常惭愧，刘裕却一点也不介意，还好言安慰他，随即邀请他一同前往白石，堵截贼船。刘裕只留下参军沈林子、徐赤特等人驻守查浦，叮嘱他们切不可轻举妄动。
待刘裕赶去白石时，叛军已偷偷从南岸发兵进攻查浦，放火焚烧张侯桥。徐赤特违反军令，率军出去迎战，他遭到卢循设下的伏兵袭击，战败后乘坐一艘小船逃往淮北。查浦只剩下沈林子拼命死守，又加上刘钟、朱龄石等部将先后赶来援助，叛军才慢慢散去。卢循率领精锐将士前往丹阳，刘裕听到消息后飞奔回来，徐赤特也赶到这里，刘裕责怪他违反军令，将他斩首示众。刘裕解甲休息片刻后，便和将士们从容坐食，然后领军杀向南塘，同时命令参军诸葛叔度和朱龄石分别率领精兵渡过淮水追杀叛贼。
朱龄石的部下有许多鲜卑壮士，他们手握长槊，追刺贼军，贼军虽然挟各种刀械抵挡，但也是短不敌长，士气低落荒而逃。朱龄石便整顿人马回来了。卢循调转方向攻打各郡县，郡县的守卫都非常坚固，毫无所得，于是跟徐道覆说道：“我军已败，不如退回寻阳，咱们合力拿下荆州，再慢慢谋取建康吧。”于是，卢循留下党羽范崇民，命他率领五千人据守在南陵，自己则往寻阳退去。
晋廷任命刘裕为太尉中书监，并授予他黄钺。刘裕接受了黄钺，但将官职推掉，晋廷上下都不同意。刘裕又上奏，推荐王仲德为辅国将军、刘钟为广川太守、蒯恩为河间太守，又命令他们与谘议将军孟怀玉等人，率军追杀叛贼。刘裕自己则全力整顿水军，造出许多大型战船，船楼高十几丈，和叛军的战船相等。战船建造完成后，刘裕便派遣将军孙处、沈田子率领一百艘战船从海道直接奔袭到番禺，杀进卢循的老巢。众将领认为海道太远，行船比较艰难，而且此举分散兵力，实在不是个好计策。刘裕笑而不答，他只是叮嘱孙处道：“到了十二月，大军一定会打败叛贼，你给我捣掉他的老窝，让他无家可归，我就不怕擒不住他了。”孙处等人便奉命离去。
那卢循回到寻阳不久，便派人从小路进入蜀国，联结谯纵，约他夹攻荆州。谯纵一边回复使者按约行事，一边又向后秦乞求援助。秦主姚兴封谯纵为大都督，兼任相国、蜀王，又指派大将桓谦去协助谯纵。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，命他们率领两万人马入侵荆州。秦国将军苟林也奉姚兴的命令，率领骑兵前来支援。
先前卢循东下，荆州与扬州之间的音信阻隔，荆州刺史刘道规派遣司马王镇之、天门太守檀道济和广武将军到彦之去援助建业。他们在途中与苟林相遇，正在交战时，忽然卢循派来援兵接应苟林，在两支队伍的夹击之下，王镇之溃败逃走。卢循犒赏秦军，并任命苟林为南蛮校尉，命他进攻江陵。苟林随后入驻江津。桓谦沿路招募旧部，又集结两万人，占领枝江。两路人马渐渐地逼近江陵，江陵一带的百姓都在观望。刘道规悄悄地观察民情动向，他索性打开城门，让百姓自己决定去留，又严阵以待，等待敌军。百姓见此情景，都不禁惮服，没有一人离开，他们反倒觉得城中更安稳。（刘道规这个计谋用得十分妙，不愧是刘裕的弟弟。）
这时，鲁宗之已经升任雍州刺史，他从襄阳率军前来援助荆州。有人说鲁宗之深不可测，只有刘道规一人骑马出去迎接，将他领进城内，两人谈论得非常开心。刘道规竟然让鲁宗之留守城中，自己则率领人马出城征讨桓谦，水军与陆军一同前进，迅速抵达枝江。桓谦正指挥水军与刘道规交战，刘道规的前锋檀道济率先攻破桓谦的阵营，水陆各军乘势跟上，从两面夹击桓谦的水军，桓谦抵挡不住，只能率领部队逃亡。刘道规鼓舞兵士全力追击，将桓谦射死。随后，刘道规调转兵力出了江津，进攻苟林。苟林听闻桓谦败死后，他还没出战便胆怯，也望尘而逃了。刘道规命令参军刘遵从后面追击，一直追到巴陵才将苟林围住，一鼓击毙。
刘遵回军营报功，刘道规已返回江陵，他将鲁宗之送回去。这时，突然听说徐道覆率三万大军压境而来，局势由安转危。刘道规想要召回鲁宗之，但已来不及，他只好重新部署水陆各军，准备再次迎战。恰巧刘遵得胜归来，刘道规便任命刘遵为游军，让他赶到豫章口去抵御徐道覆。徐道覆把所有战船联结在一起逆流而上，气势非常强盛，他们遇上刘道规的前锋部队，便迎头交战，凭着一股锐气勇往直前。刘道规督率军队奋力抵挡，还是退多进少。徐道覆看到这情景，兴高采烈，步步紧逼。不料，刘遵从外面杀入，把徐道覆麾下的战队冲成两段，徐道覆顾前失后、顾后失前，便开始慌张起来。刘遵和刘道规合力夹击，斩杀敌兵一万多人，掉入水中溺死的敌兵还未算在内。徐道覆逃到湓口，江陵又恢复安稳。
刘裕得知江陵安全后，便率领刘藩、檀韶等人往南讨伐逆贼，留下刘毅监管太尉府。大军才刚出发，就收到王仲德传来的捷报，说他已经除掉悍贼范崇民，夺还南陵。刘裕非常高兴，率军出了南陵城，与王仲德等人会师后，来到雷池。接连几天都未见到贼军的踪迹，他们便继续行军到达大雷。
第二天黎明时分，方闻贼军疾进而至，刘裕登上船楼向西眺望，只看到船船相连，一直绵延到江中心，也不知具体有多少艘战船。但他依旧不动声色，从容地调派步兵、骑兵屯守西岸，嘱咐他们准备火把，等待时机纵火。随后，刘裕下令发出所有的轻舟小舰，一齐向前驶去。右军参军庾乐生徘徊不前，刘裕下令将他斩首。于是，水陆各军奋勇争先，数万支弩箭齐发，好在风向也对，水中也泛起波浪，他们手执火具，分别抛向贼船，把火把点燃扔到贼船上。大火因风势更加猛烈，霎时间火焰飞腾，整个江面通红一片，贼船被大火烧毁大半，吓得贼军狂奔而逃。卢循、徐道覆两个贼首仓促逃回寻阳，随后又跑到豫章，在靠近左里的地方竖起密密的栅栏，阻挡晋军。
刘裕大获全胜后，留下孟怀玉驻守雷池，他再次率领大军攻往左里。刚到栅栏前，刘裕手中的令旗突然断裂，落入江中。众人见此情景，都有些惶恐不安，刘裕却欣然地说道：“之前覆舟山一战，旗杆也是断裂，今天又是如此，看来攻破贼军是毫无疑问的事了。”于是，刘裕换了令旗，继续督军进攻左里，破栅而入。贼军虽然拼死抵抗，但始终招架不住，有的被刀砍死，有的投水而亡，共死亡一万多人。卢循乘坐一艘小船飞奔而逃，剩余的士兵大多投降了刘裕。刘裕率军回到雷池，他派遣刘藩、孟怀玉继续追剿卢循和徐道覆，自己则率领剩余部队凯旋。安帝派遣众官员来到郊外迎接，等刘裕入朝后，又当面嘉奖他，授封他为大将军扬州牧，拨给他二十个侍卫，刘裕又坚决地辞去封赏。（假惺惺做甚？）他说卢、徐二人尚未诛杀，怎可受此封赏？于是，安帝收回成命。
卢循收集不足一万散兵，回到番禺。徐道覆也退守到始兴。始兴尚幸无恙，但是番禺早已被晋军占领。晋将军孙处、沈田子等人率兵从海道袭击番禺，番禺虽有贼党把守，但毫无防备。孙处领兵悄悄赶到，正赶上大雾天气，咫尺之间辨识不清，当晋军从四面登城时，城中的守兵方才惊觉，如此仓皇的情况下如何抵挡？他们顿时夺门而逃，跑得慢的都做了刀头鬼。孙处入城安抚百姓，全力搜捕贼首的党羽，勒令士兵谨慎守城，全城才安定下来。孙处又派遣沈田子等人先后袭击岭表各郡，依次克复。
卢循听闻自己的老巢被攻破，慌忙率兵攻打番禺，仅留孙处在番禺固守，两军相持不下。刘藩和孟怀玉分别追击卢、徐二人，孟怀玉攻破始兴城，在阵前斩杀徐道覆；刘藩进入粤地，正好与沈田子相遇，立即分拨部分兵马给沈田子，命他前去援救番禺。沈田子率兵抵达番禺城下，捣入卢循阵营，杀喊声震彻城中。孙处闻有援兵到来，也立即出城助战。两军联合夹击，杀死叛军数千人，卢循抵挡不住，逃往南方。孙处和沈田子奋力追击，在苍梧、郁林、宁浦境内与卢循的叛军交战，三场战役都取得了胜利。卢循身单力孤，逃往交州，交州刺史杜慧度发兵至龙编津，截去卢循的去路。这时的卢循仅剩三千人马和数十艘战船，却被杜慧度的一把火给烧光了。岸上的箭又像雨点般飞来，根本没有躲藏的地方。卢循自知此次必死，他先毒死妻子，又杀死妓妾，然后自己跳入水中，瞬间毙命。杜慧度命士兵打捞起卢循的尸体，砍下首级送到建康。直到此时，南方的逆党才得以平息。
荆州刺史刘道规因病向朝廷请辞，他奏请朝廷委派他人来代任。于是，晋廷指派刘毅前往荆州，调刘道规为豫州刺史。刘道规在荆州任职多年，秋毫无犯，惠及百姓。他到豫州上任没多久就去世了，荆州百姓听到这一死讯后，相继为他而泣。
刘毅从豫州败退回来后，与刘裕同朝相处，表面上很是谦逊服从，其实内心愈加猜疑刘裕。刘裕一向不喜欢学习，刘毅却满腹学识，所以朝中的文臣更喜欢与刘毅结交。刘毅尤其与仆射谢混、丹阳尹郗僧施往来甚密。刘毅镇守荆州后，修改了许多刘道规先前施行的政令，他又发文书调来一些豫州的旧臣，把他们安置在自己麾下，又奏请朝廷兼管交、广二州的军事，推荐郗僧施担任南蛮校尉，毛修之担任南郡太守。
刘裕在朝中审阅奏表，刘毅的这些请求他都一一批准，将军胡藩对他说道：“您觉得刘毅将军会一直屈从在您之下吗？”刘裕沉思半会，才说道：“你是什么意思呢？”胡藩答道：“您统帅百万雄师，战必胜，攻必取，刘毅以此佩服您的能力；至于博览群书、谈吐吟咏方面，他却自认是英雄豪杰。最近，我看到许多缙绅文士归附于他，恐怕他不会一直效忠于您！”刘裕微笑着说道：“我和刘毅一同恢复帝业，同样立下大功，况且他目前也没有什么过错，怎能无故加害于他呢？”于是，胡藩默然退下。
刘裕因刘藩讨逆有功，便升他为兖州刺史，出镇广陵。这时，刘毅在荆州任职期间生病了，郗僧施劝他上表，请求调刘藩为副帅。刘毅依言上奏，刘裕这才开始提防刘毅，他假装同意刘毅的奏请，召刘藩入朝。刘藩从广陵进入京城，他刚走到朝堂口，就被刘裕下令逮捕入狱。刘裕从安帝那请来诏书，他声称刘毅兄弟与仆射谢混图谋不轨，立刻下令把谢混拿下，与刘藩同日赐死。随后，刘裕又自请讨伐刘毅，刘裕立即召集各路将士向西出发。
刘裕任命司马休之为平西将军、荆州刺史，命他随同前往，又派遣王镇恶、蒯恩带领前锋队，乘刘毅没有防备的情况下袭击江陵。王镇恶率军乘坐小船昼夜兼行，他们打着刘藩的旗号，直接到达豫章口。荆州的人士尚未知刘藩已被处死，他们以为真是刘藩西来，根本没有丝毫怀疑。王镇恶率军停船登岸，到达江陵。刘毅探听到真实的消息，急忙想关闭城门，王镇恶已经带人闯入，城门来不及关闭，士兵也来不及披甲，霎时间全城沸腾。刘毅率领数百名人冲出包围，乘夜投奔到佛寺，寺庙里的和尚不肯收留他，刘毅仓促之间自缢身亡。王镇恶搜到刘毅的尸体，砍下他的首级，并将刘毅所有的儿子、侄子全部杀毙。
过了几天，刘裕率军到达江陵，捕杀郗僧施，却赦免了毛修之，同时，他下令放宽租税，减缓刑役，荆州百姓感到万分喜悦。于是，刘裕留下司马休之镇守江陵，自己则率领大军返回京师。
先前刘裕西征时，他留下豫州刺史诸葛长民监管太尉府的所有军政要务，又任命刘穆之为建威将军，令他辅佐诸葛长民。诸葛长民听说刘毅被杀后，他私下里对亲属说道：“昔日杀彭越，今日斩韩信，只怕我们也将大祸临头了！”诸葛长民的弟弟诸葛黎民献计道：“刘毅一族已经灭亡，诸葛氏怎么可能幸免呢？我们应该趁刘裕尚未回来，早点图谋出路才是。”诸葛长民犹豫不决，他暗地里询问刘穆之道：“人们都说太尉与我的关系不好，究竟是何原因呢？”刘穆之说道：“刘公顺流远征时，把他的老母亲和孩子寄放在你府上，如果与你有嫌隙，又怎么会这样做呢？”
诸葛长民心中的顾虑一直没有消除，他又给冀州刺史刘敬宣去信，信中有共图富贵等话。刘敬宣竟然将信交给刘裕，刘裕知道后，他心中便有了对策。刘裕说自己将在某日到达京都，诸葛长民等人每天出城迎接，并没有见到他。不料，刘裕却深夜回府，这件事除了刘穆之外没有第二人知晓。第二天清早，刘裕升堂视察军务，诸葛长民这才知道刘裕回来了，他慌忙赶到大堂，刘裕走下来握着诸葛长民的手，避开众人将他带到屏风后面说话，两人聊得甚欢。诸葛长民稍稍安心，正准备起身向刘裕告辞，一个壮汉突然从帷帐后冲出来，勒住诸葛长民的脖子，把他杀死。随后，刘裕下令逮捕诸葛长民的弟弟诸葛黎民、诸葛幼民，还有他的堂弟诸葛秀之等人。诸葛黎民一向骁勇善战，他拼死反抗来抓捕他的壮士，最终被杀死，幼民、秀之也被杀。
当时流传着这样一句名言：“勿跋扈，付丁旿。”大家知道这是为什么吗？原来，在刘裕帷帐后面埋伏的那位壮汉，就叫丁旿，诸葛长民、诸葛黎民全都死在他手中，人们都惧怕他，所以才有此的传闻。
话说刘裕剪灭两者后，便任命朱龄石为益州刺史，命他与宁朔将军臧熹、河间太守蒯恩、下邳太守刘钟等人率领两万大军征讨西蜀。当时，很多人认为朱龄石声望不高，难以担此重任，刘裕却非常信任他，力排众议说道：“朱龄石既具有武将的才干，又在官场历练过，此次前去必定能成功。各位若是不信，稍后便知！”随后，刘裕又将朱龄石叫到帐中秘密商谈，交给他一封锦函，上面写着六个字：“待至白帝乃开。”朱龄石拿着锦函出都，沿江向西而行。将领们都听说刘裕给了朱龄石一封锦函，却不知他会如何攻打西蜀，只是一路跟随他。终于到了白帝城，朱龄石打开锦函，只见锦函中藏着一张纸，大致意思是众军全部从外部水域攻取成都，臧熹从中部水域攻取广汉，老弱之兵乘高大的战船，从内部水域攻向黄虎，速速依此计行事，不得有误，违抗军令者，杀无赦！
大家看过前面几回，应该记得当时刘敬宣讨伐西蜀时，他从黄虎取道攻打，无功而返。这次，刘裕单独命令众军取道外部水域，明明就是为了避免重蹈覆辙，改变行军路线。他担心蜀人早已预料，特地让朱龄石派遣老弱之人作为疑兵，牵制蜀人，又命令臧熹从中部水域进攻，无非是为了分散蜀国的兵力。自称蜀王的谯纵，果然怀疑晋军仍像上次那样从黄虎进攻，他急忙派遣谯道福出兵驻守涪城，严防死守内水地带。这时，朱龄石已经从外部水域挺进了平模，距离成都只有两百里了，谯纵方才知道，他急忙派遣秦州刺史侯晖、尚书仆射谯诜率领一万士兵驻扎在平模对岸，修筑城墙，严加防守。
天适盛暑，烈日炎炎，不利于进攻，朱龄石踌躇不定，就和刘钟商量道：“现在天气这么炎热，贼军又占据险要位置死守，实在很难攻克。我打算养精蓄锐，等待时机再发兵，您认为怎么样？”刘钟说道：“您这计划错了，我军假意从内水进攻，所以谯道福领兵守在涪城，现在我军到了这里，他没有任何防备，侯晖等人虽然前来阻击，我们可以趁他惊慌时全力猛攻，一定能战胜他。我们只要拿下平模，再率军向西进发，他们就守不住成都了。如果我们按兵不动，使他们打探到我军的虚实，等他们调集涪城的军马前来援应，我军便会进退为难，拖到兵乏粮尽之时，两万晋军都会成为蜀军的俘虏，那样就太可怕了！”朱龄石听后惊讶不已，他说道：“若不是您的这番话，我险些要误了大事！”于是，朱龄石立即指挥晋军全速前进，所有人马都集结在城下。
蜀人修筑南北二城，北城依山傍水，地势凶险，有许多士兵驻守，南城却比较平坦。晋军的将领请求先攻打南城，朱龄石却说道：“攻打坚固的阵地很难，抵御薄弱的防守却很容易，如果我军能先攻克防守坚固的北城，贼军必然败退，南城也就不攻自破了，这样便可一劳永逸呢！”于是，朱龄石率领晋军攻打北城，前仆后继，半天就攻破北城。侯晖和谯诜相继战死，蜀兵大败。朱龄石又领兵赶往南城，南城的守军已经逃走，城中空无一人，朱龄石毁掉两道堡垒，弃舟步行前进。臧熹从中部水域杀来，他杀死蜀将谯抚之，打跑蜀官谯小苟，占领广汉，然后留下部分士兵守卫，自己则率领队伍与朱龄石会合。两军会师后直接杀向成都，一路势如破竹。
谯纵接连接到战败的消息，吓得魂飞魄散，他急忙放弃成都逃走。谯纵的女儿刚成年，她哭着劝谏父亲道：“逃走也免不了一死，与其自取其辱，不如到祖先墓前，一死了事。”谯纵不肯听，辞墓即行，他的女儿竟然撞死于祖先的墓旁。谯道福听说平模已经失守，他赶紧从涪城调兵来支援，途中与谯纵相遇，他看到谯纵狼狈不堪的模样，不禁愤愤地说道：“大丈夫有此功业不容易，一旦轻易地放弃，要去哪里寻找安身之所呢！人总有一死，又有什么好怕的！”于是，谯道福拔剑扔向谯纵，击中他的马鞍。谯纵情急之下策马奔逃，他的属下见此情景，都离他而去，谯纵无奈之下，解下衣带自缢身亡。巴西人王志砍下谯纵的首级，献给朱龄石。
谯道福将金银都分给将士们，他准备背水一战。可是将士们得到犒赏后，仍然离去了。谯道福也无能为力，只好孤身一人向远方逃窜，他在途中被杜瑾所抓，也送到朱龄石军前。这时，朱龄石正在成都大肆搜捕，他下令只要是谯纵的亲属一律杀掉。谯道福被押到城中后，朱龄石因他是谯纵的直系宗族，把他押在军门斩首示众。
蜀国的尚书令马耽封闭府库，将库房中财物献给晋军，朱龄石却将马耽调到越巂，马耽叹息地说道：“朱龄石不送我进京都，无非是想杀我灭口，看来我是幸免不了了！”于是，他梳洗好静卧坐片刻，然后悬梁自尽。不久，朱龄石派的人到了马家，见马耽已死，便回去向朱龄石复命。朱龄石快马传书向朝廷报捷，安帝下诏，任命朱龄石监管梁、秦州六郡的军务，赐予他丰城县侯的爵位。正是：
锦函授策似先知，外水长驱计独奇。
莫道蚕丛天险在，王师履险竟如夷！
