话说晋安帝复位一年后，追封各位功臣，封刘裕为豫章郡公，刘毅为南平郡公，何无忌为安成郡公，其余人也各有封赏，不胜枚举。唯独殷仲文自恃才能过人，他投降刘裕后，转身成为义师中的一员，他想要入朝参政，但被晋廷权臣所嫉恨，出任东阳太守，为此他很是郁闷。何无忌向来敬慕殷仲文，见他没有如愿留在朝中，便写封信安慰他，而且邀请他顺道过来叙一叙。殷仲文回信赴约，不料在出都赴任的途中，由于心情过于沉重，竟然忘记与何无忌的约定。何无忌恭候多日，仍不见殷仲文前来，他便疑心殷仲文瞧不起自己，想要伺机报复殷仲文。这时南燕有贼寇入侵，刘裕打算率军前去征讨，何无忌乘机向刘裕上书道：“北方的贼寇问题不大，眼下殷仲文、桓胤才是心腹大患，不可不除。”刘裕觉得他说得很有道理，正赶上刘裕府中的骆球图谋叛变，事情败露后被擒，刘裕便声称殷仲文和桓胤共同谋划叛变，于是下令将他们二人逮捕入京诛杀。
扬州刺史司徒王谧病故，刺史的职位论资排辈应由刘裕接任。但是刘毅等人嫉恨刘裕，不想让他入朝参政，他们原本想让中领军谢混担任扬州刺史，又怕刘裕出来反对，于是他们向安帝奏请，让刘裕兼任扬州刺史，将具体事务交给孟昶管理。安帝不能决定，特派尚书右丞皮沈赶往丹徒，征求刘裕的意见。皮沈到了丹徒，先去拜见刘裕手下刘穆之，把关于扬州刺史的两个建议都详细告诉他。刘穆之假装去上厕所，请皮沈稍坐片刻，其实他去内室将此事报告刘裕，并让刘裕不要同意任何一个建议。于是，刘裕便出来接见皮沈，含糊应对过后，将他安排在客房住下，又呼刘穆之商量。刘穆之说道：“晋朝的国事政务有很多问题，如今天命已经转移，您匡复皇位，功高望重，难道还想一直做藩将吗？而且刘、孟诸公与您都是一介布衣，同时起义，现在他们都大富大贵了。不过因凡事有先后，当时他们并不是诚心诚意地推举您做国公，虽然现在彼此顾念主仆情谊，但他日势均力敌之时，终归要互相吞噬。扬州乃国之根本，地理位置极为重要，您怎能轻易交给他人？以前任命王谧已经不是长远打算，如今再让给别人，权力一旦失去，您想要拿回就很困难了。国公现在可以回复皮沈，此事至关重要，非可悬论，您要入朝和安帝商议后再作决定。只要您到了京城，朝中权贵们必然不敢把刺史一职授予他人，这样您就可以稳坐这个权位了。”
刘裕听后连连称好，于是派遣皮沈回去向安帝复命，说稍后他将入朝商议。皮沈回京复命后，果真像刘穆之所说的那样，权贵们都感到害怕，立即颁下诏书，任命刘裕为侍中，担任扬州刺史，兼任录尚书事。刘裕又假装谦逊，上书奏请解除兖州的军务。随后，刘裕命令诸葛长民镇守丹徒，安排刘道怜屯兵石头城，又派遣将军毛修之、益州刺史司马荣期共同讨伐谯纵。
谯纵是益州参军，他擅自杀害刺史毛璩，自称成都王，致使蜀地祸乱繁发。晋廷任命司马荣期为益州刺史，命他领兵去平定蜀地。司马荣期赶到白帝城，击败谯纵的弟弟谯明子，他准备继续进攻，因担心兵力不足，便上书请求支援。刘裕又派遣毛修之赶去支援。毛修之到了蜀地与司马荣期会合后，便命令司马荣期率领前锋部队先行，自己领兵随后接应，一共同攻打成都。司马荣期抵达巴州，又为参军杨承祖所杀，杨承祖便自称巴州刺史。毛修之到达宕渠后，才接到司马荣期的死讯，他不得不率兵退屯白帝城。然而，这时益州前督护冯迁已经升任汉嘉太守，他发兵来援助毛修之。两支军队的兵马合力击斩杨承祖，他们正准备乘胜追击时，不料朝廷新任命的益州刺史鲍陋赶到军前，他和毛修之共同商议行军战略，但是二人的意见没有统一。毛修之据实上奏朝廷，刘裕便上表举荐刘敬宣为襄城太守，令他率领五千兵马征讨蜀地，同时任命荆州刺史刘道规为征蜀都督，掌管蜀地全部军务。
谯纵听闻晋国大军到来，他连忙向后秦称臣，乞求后秦发兵阻挡晋军。秦主姚兴派出部将姚赏等人来支援谯纵，会同谯纵的手下谯道福，择险驻守。此时，刘敬宣到了黄虎岭，这里距离都城大约五百里，山路险峻难行，再加上秦、蜀两军的坚固防御，刘敬宣始终攻不进去。战况胶着了六十多天，粮食也已吃光，士兵们疲惫不堪，无奈之下，刘敬宣只好领军后撤。这场战役下来，刘敬宣率领的部队损失惨重，他也因此被降职，刘道规也被降为建威将军。刘裕因为刘敬宣的失利，便向朝廷奏报自己推荐失职，自愿削去官职。随后，安帝下诏，降刘裕为中军将军。
刘裕准备亲自率兵征讨蜀国，忽闻南燕入侵淮北，正在大肆洗劫屠城，于是他决定先讨伐南燕，再平定西蜀。南燕主慕容德是前南燕主慕容皝的小儿子，即后燕主慕容垂的季弟。慕容皝建都在龙城，传了三代就灭亡了，慕容垂建都在中山，传了四代也灭亡了。唯独慕容德做范阳王时，他收集两燕的遗众，往南迁至滑台，又往东夺占晋国的青州地带，占领广固城，作为南燕的都城。当时慕容德自称燕王，后改称燕，还将自己的名字改为备德，史学家称之为南燕。慕容德在位七年，殁后无子嗣，于是国人立他哥哥的儿子慕容超为嗣。慕容超私下宠爱公孙五楼，他猜忌自己的亲族，屡次诛杀亲人，而且他的部将慕容兴宗、斛谷提、公孙归等人率领骑兵入侵宿豫，强行掳去男女数千人，充当伶伎。随后他又大肆掠夺淮北，抓住阳平太守刘千载和济南太守赵元，率兵掠夺了一千多户人家。刘裕一边命令刘道怜出兵戍守淮阴，严加防堵；他一边奏报朝廷，准备即刻领兵北伐。
朝中大臣们因西南叛乱没有平息，都主张暂缓北伐。只有左仆射孟昶、车骑司马谢裕、参军臧熹赞同刘裕的决定。安帝下诏令刘裕率军出征。刘裕安排孟昶留在中军府监管事务，自己则调集水军出发，从江淮登船，进入泗水，军队抵达下邳后，留下船舰辎重，集结部队登岸，徒步行军到达琅琊。他们一路所过之处都筑城置守，刘裕的部下萌生退意，他们劝阻刘裕道：“燕人已知晋军前来征讨，谅他们也不敢和我军作战。但是他们如果占领大岘山，清除周围的野果野菜，使我们没有食物果腹，到时陷入进退两难的局势，可如何是好啊？”刘裕微笑着说道：“诸君不要害怕，我已经料到鲜卑人贪婪，没什么谋略，他们知道我孤军深入，必定难以持久，虽然他们占据临朐城，但他们已退到广固去防守了。我军一进入大岘山，人人都抱着必死的决心，还怕攻打不下吗！我向各位保证，只要努力向前，此次定可消灭叛军。”于是，刘裕督军急速前进，昼夜不休。果然，南燕主慕容超没有听从公孙五楼等人的建议，断据大岘山，惟修城隍，简车徒，静待一战。
等到刘裕安全地穿过大岘山，仍未见到燕国的兵马，不禁举手向天喊道：“我军幸得苍天保佑，才得以渡过这个险关啊，因粮破虏，在此一举了。”
这时，慕容超已经授命公孙五楼为征虏将军，令他与辅国将军贺赖卢、左将军段晖等人率领五万人，赶到临朐去阻击刘裕的晋军。等晋军进入岘岭，慕容超便亲自督率四万人出来支援。临朐南边有条巨蔑河，距离临朐城有四十里，慕容超命公孙五楼领兵前去驻守临朐。公孙五楼刚走到水边，晋军的龙骧将军孟龙符已经率兵气势汹汹地前来，公孙五楼抵挡不住，只能往后撤退。晋军有四千辆战车，分为左右两翼，慢慢朝临朐前行。在距离临朐城大约十里时，慕容超已经率领全部人马赶来，两军相逢，几番厮杀，杀得山川震动，天日无光。转眼间夕阳西下，双方还是旗鼓相当，未分胜负。
参军胡藩向刘裕献计道：“现在燕兵全都出城迎战，那临朐城内必然空虚，何不从小道出兵偷袭，直接杀进临朐城呢？这可是当年韩信破赵的妙计呢。”刘裕点头称好，他立即派遣刘藩、谘议将军檀韶、建威将军向弥等人率领数千士兵绕到燕兵的后方，直接袭击临朐城。城内只有一些老弱残兵居守，唯独城南还有一处营地，燕将段晖带领约一千人驻守在那里。向弥披甲先行，径抵城下，他大声朝城内喊道：“我等率领十万雄师，走海道来此，守城的官兵若是不怕死，尽管前来迎战，否则，立即投降，免得脏了我的刀！”这话一说出，吓得城内城外的燕兵都不敢露头。向弥随即命令士兵架起云梯，手持军旗登楼，刘藩和檀韶等人指挥部队猛烈进攻，不久，晋军便攻破临朐城。
段晖速速向慕容超报告临朐城失守，慕容超大吃一惊，他单身匹马往回奔。燕兵失去指挥作战的主子，当然溃不成军，被刘裕率兵奋力追杀到临朐城下。随后，刘裕等人乘胜杀入段晖的营地，段晖慌忙接战，也被晋军杀死。慕容超骑马狂奔，马突然受惊跌倒，他差点被晋军追上。幸亏，公孙五楼等人帮他换马才得以仓皇逃走，所有乘马伪辇，玉玺豹尾等纷纷弃之，晋军沿途一一拾取，送入京师。
慕容超逃回到广固城，他还没来得及整顿人马，那晋军就已追来，攻破了外城，慕容超和公孙五楼等人连忙入内城把守。刘裕猛烈进攻仍未攻破内城，为了长久的进攻，他把围墙筑到三丈高，同时安抚外城的百姓，张贴告示招降，提拔重用贤俊，广固城的百姓都非常高兴。慕容超派遣尚书郎张纲，乘夜出了内城，赶到后秦请求援助。秦主姚兴此时正担心夏国入侵，无暇分兵救助燕国，但他却假装答应出兵，让张纲先回去复命。张纲返回时刚经过泰山，就被晋太守中宣擒住，送入刘裕的营帐中。刘裕得到张纲非常高兴，亲自给他松绑，还赐酒让他压惊。张纲感激刘裕的恩情，便心甘情愿地归降。
刘裕之前制造攻城器具时，曾被内城上的守兵取笑道：“你们虽然有攻城的器具，但怎么比得上我们的尚书郎张纲呢？”然而，如今的张纲已归降刘裕，刘裕便派张纲登上楼车，向内城上的士兵喊话，告诉他们秦人不会来援救他们。内城的守兵听后害怕不已，慕容超也吓得惊慌失措，于是他派出使者与刘裕议和，说自己愿意把大岘山割让给晋国，并且向晋国称臣。刘裕斥退了使者，不同意议和，慕容超急得没有办法，只好再派遣尚书令韩范去后秦请求支援。秦主姚兴派使节来告知刘裕，让他立即退兵，并且声称有十万铁骑进驻洛阳，将渡过淮水攻打晋国。刘裕生气地说道：“你快去传话给姚兴，待我平定青州后，就会进军函谷关，姚兴如果自愿送死，便可速来。”
秦使走后，录事参军刘穆之向刘裕谏言道：“主公的话不足以吓退敌人，反倒会惹怒他们，现在广固城还没有攻下，如果秦国的军队悄悄杀来，敢问主公将会如何应对呢？”刘裕笑着说道：“这是行军作战的计谋，非卿所能理解，试想一下，如果秦国能来营救南燕，他们可以暗地遣出军队，趁我没有防备时攻打我们，又何必要先派使者前来，让我有所戒备呢？这明明是虚张声势，想借此恐吓我们，所以我们根本不用害怕。”刘穆之这才恍然大悟，告退出帐。
刘裕立即令张纲制作攻城的器具，张纲心思手巧，设计了一座精巧的飞楼，楼上悬挂着梯木，四周张挂幔布，用牛皮覆盖，城墙上的箭石对它毫无作用，眼看城内的燕军形势岌岌可危。韩范从后秦回来后，见到内城形势严峻，他索性来到刘裕的军营，投降了晋军。刘裕任命韩范为散骑常侍，并令他到城下去招降内城中的将士。城中的守兵已经军心涣散，他们陆续出城投降。慕容超坚守了两三个月，又命令公孙五楼派人去挖掘地道，然后偷偷潜出袭击晋军，晋军的大营守卫非常严密，无懈可击。无奈之下，慕容超只能紧闭城门死守。刘裕知道城中穷蹙，于是下令猛攻。有人说这一天正好是“往亡日”，不利于出师，刘裕气愤地说：“今天便是我攻下广固城的日子，也是他慕容超的灭亡日，有何不利？”于是，刘裕在四周架好攻城的器具，准备全力攻城。南燕尚书悦寿自知难以抵挡刘裕的进攻，于是他打开城门迎接晋军入城。慕容超见大势已去，立即率领随从仓皇出城，逃窜了几里路，就被随后赶来的晋军擒住，全部押解回城。
刘裕指责慕容超违抗命令不降，但慕容超依旧泰然自若，一句话也没说。刘裕大怒，下令杀死南燕的王公大臣三千人，活埋其家眷一万余人。随后，刘裕派人将慕容超押解回京，并向朝廷奏请移军到下邳，试图进军关洛。
晋廷下令将慕容超斩首，加封刘裕为青、冀两州刺史，准许他见机行事，不必事事报备。不料这时，卢循攻陷了长沙，徐道覆攻陷了南康、庐陵、豫章等地，他们顺流而下，即将来袭击晋朝的都城。江东因此大震，急得晋廷君臣像热锅上的蚂蚁，只好火速诏令刘裕率军回都救援。原来，刘裕诛灭桓玄后，恭迎安帝回銮，朝中局势刚刚安定下来，没有精力顾及南边，暂时任命卢循为广州刺史、徐道覆为始兴相，让两人的权势勾结到了一起。等到刘裕出师讨伐南燕时，徐道覆劝卢循乘虚而入，袭击都城，卢循最初不同意，直到徐道覆亲自到府上献计，他说刘裕尚未班师回朝，机会难得，于是他们兵分两路，侵占晋国的城池。
卢循进攻长沙，一战就拿下长沙城。徐道覆接连攻陷南康、庐陵、豫章等多个郡县，然后沿江东进，水军的实力日益强大。江荆都督何无忌从寻阳发兵抗击反贼，与徐道覆在豫章交战。徐道覆命令数百名弓弩手，登上了西边小山，顺风射箭，何无忌急忙命令水军用藤牌遮挡。偏偏这时，西风刮得猛烈，导致战船停止不动，竟然从西岸漂到东岸。贼军乘势攻击，用艨艟大舰逼压何无忌的坐船，何无忌的麾下四处逃散，何无忌厉声喊道：“取我苏武节来！”武节取到后，何无忌手持武节指挥督战，强劲的西风把战船都刮破了，贼军乘势包围而来。可怜何无忌身受重伤，握节而死！何无忌在当时也是一员猛将，可惜死于小贼之手。
此时，刘裕已经奉命到达下邳，他用船载运重要物资，自己则率领精锐部队回朝。途经山阳，接到何无忌战死的噩耗，他担心京城失守，急忙率领数十骑兵赶到淮河边上。正好在这里遇到朝廷派来敦促的使者，刘裕便询问使者目前朝廷的局势。这个使者对他说道：“贼军尚未到达朝廷，只要您火速赶回京都，朝廷便可无忧了。”刘裕听后甚喜，他立即率领部队赶到江边。这时，江边刮起大风，江水翻腾，所有人都觉得渡江艰难，刘裕感慨地说道：“老天若是帮我，风便会马上停止，否则大不了一死嘛，溺水而死又有什么关系！”于是，他率领众人登船，船刚移动，大风就停了，刘裕一行人顺利到达京口。江左的百姓看到刘裕大军的旗帜，都举手欢呼，好像久旱逢甘霖一般，非常高兴。
第二天，刘裕入朝拜见安帝，当面向他奏陈防御贼寇的作战计划，朝廷便因此有恃无恐起来，下令解去京都严密的防御。豫州都督刘毅自告奋勇，愿意率军前去南方征讨。刘裕正在整顿军队，修补船只，准备出师。他收到刘毅请战的书信后，便让刘毅的弟弟刘藩捎信回复刘毅，大致是说贼寇刚刚胜利，正是锐不可当之时，现在修船的工作已经接近尾声，我愿意与老弟会师江上，商议攻破贼寇的计划。
刘藩赶到姑熟，把书信交给刘毅，刘毅还没看完已有些生气，他瞪大眼睛望向刘藩说道：“之前起义平叛，不过是因为刘裕发起的，我权衡左右才推举他做首领，你真以为我比那刘裕差吗？”说完，他便把信扔在地上，然后召集两万水军从姑熟出发往南去了。刘毅一行人行至桑落州，正好碰到卢循、徐道覆两个逆贼乘船顺流而来，他们的船头甚是高锐，瞬间就冲到刘毅的水师队中。刘毅的战船低矮，而且不怎么坚固，偶尔和贼船相撞，无不破损。刘毅无可奈何，只好把船队分散到两旁，船队一旦散开，全军也就涣散了。卢循与徐道覆指挥兵士乘势猛攻，余得刘毅的水军无处可逃，有的随船沉入江中，有的连人带船被掳。刘毅实在抵挡不住这猛烈的攻势，只好带着几百人弃船上岸，狼狈地逃走。所有的辎重、粮食、军械一股脑儿地抛置江心，被叛军掳掠一空。
刘毅兵败的消息传到京城，朝野上下震惊不已，刘裕赶紧招募平民编入军队，修治石头城，防范叛军再次入侵。当时，刘裕率领的北伐大军刚回京城，因征战带来的损伤尚未平复，京城中的卫兵不满几千人。诸葛长民、刘道怜等人听到消息后，立即赶来守卫，但他们部曲的人数也寥寥无几，总共加起来不超过一万人。
那卢循、徐道覆两个叛贼，杀死何无忌后，又打败了刘毅的军队，接连攻破江、豫二镇，集结十几万兵马，他们的战船车队绵延百里，楼船高达十二丈，横行在江中。他们只害怕刘裕，一听说刘裕回到建康，难免有些害怕。卢循想撤兵回到寻阳，调转方向攻打江陵，只有徐道覆认为应该乘胜追击。两人商议数日，卢循才同意徐道覆的主张，他们联手向东杀去。
警报像雪花一样飞到京城，逃回来的败军都说贼军气势太盛，不该轻敌。孟昶、诸葛长民主张避让贼军，护送皇帝过江离开京城，只有刘裕不同意。参军王仲德向刘裕谏言道：“您刚建立大功，威震中原，如今叛贼乘虚入侵，突然间听说您已班师回京，必定惊慌溃散；如果我们先行逃走，势同匹夫的行为，又如何号召将士们呢？您如果被现在的传闻影响，请允许我就此告辞！”刘裕赶紧安慰道：“南山可改，此志不移，请你不要怀疑我的决心。”
但是孟昶还是再三谏言，刘裕勃然大怒道：“现在是什么时候了，还能轻举妄动吗？你试想一下，重要的藩镇都倾向于外，叛贼又紧逼京城，一旦与安帝离开，整个国家便会土崩瓦解，又怎么到了江北呢？我们到了江北，也不过是苟延残喘几天罢了。现在兵士虽少，但还可以和叛军交战一场，如果此站得胜，朝廷便可平安无事了；万一此战输了，我就战死在庙门口，以身殉国，绝不甘愿逃窜苟且偷生。我心意已决，请不要再来劝我！”孟昶声泪俱下地向刘裕陈情，自愿先死，惹得刘裕大发雷霆，严厉地呵斥道：“你先等我打完这一仗，再死也不迟！”孟昶非常失望地回到家中，起草了一份奏表，说道：“刘裕北伐大家都不同意，只有我赞成他的计划，却因此让强贼乘虚逼进京城，危及江山社稷，臣自知犯下死罪，借此向天下谢罪。”孟昶将奏表封好后，便服毒自杀了。
不久，朝廷得知卢循的军队到达淮口，便下令京城内外戒严，琅琊王司马德文督军守卫宫城，刘裕率兵驻守石头城。刘裕又派谘议将军刘粹带着四岁的刘义隆前往京口驻守，刘裕把儿子送到前线，借此鼓舞士气，其目的是为了传达不惜毁掉家庭也要决一死战的决心。随后，刘裕又召集众将，分析形势，他说道：“叛军如果从新亭攻入，就不容易抵抗，只能暂时回避，将来的胜负难以预料；倘若贼军的战船停在西岸，那贼军的士气低落，就容易擒住他们。”于是，刘裕常常登上城楼向西观望。最初并没有见到叛军的踪迹，只看到碧波浩荡，山水自成一色。突然，有鼓声从远处传来，远远望去有敌船出没，他们驶向新亭方向。这时，刘裕不由得旁顾左右，略露忧容。等过了一会儿，又看到敌军的战船往回行驶，停泊在蔡洲，才转忧为喜，刘裕说道：“果然不出我所料，虽然叛军现在气势虽盛，但他们并没有多少的战斗力了。”
原来，徐道覆行军到达淮口，他本来打算从新亭进兵，焚舟直上。但是卢循顾虑重重、犹豫不决，他想找到一个万全之策，所以一直徘徊江中，一会儿往东一会儿往西。徐道覆叹息地说道：“我终为卢循所误，事必无成。若是我一人举事，夺取建康便是轻而易举的事。”他一边说，一边起航向西去了。
自从卢循、徐道覆等人把船停泊在蔡洲后，刘裕便有了充足的时间布防，他修缮越城，以保障西南的安全。他又建起三道堡垒，加强西部边界的防御力量；又命令刘敬宣领兵驻扎北郊，孟怀玉领兵驻扎在丹阳郡以西，王仲德驻扎越城，刘默驻扎建阳门外。同时，刘裕又派遣宁朔将军索邈仿照鲜卑族的骑装，用带有猛虎斑纹的文锦蒙在一千多匹战马身上，光线一照，五彩斑斓。从淮北到新亭，不论步行还是骑马，四处望去，壁垒焕然一新。正是：
从容坐镇石头城，匕鬯安然得免惊。
可笑怯夫徒慕义，仓皇仰药断残生。
