公元前213年的一天，咸阳宫里大摆宴席，美酒飘香，丝竹悦耳，一派热闹景象。原来，秦始皇在宫里庆贺头一年打败匈奴的大喜事。文武官员全都出席了，一些在学术思想上有名望有地位的博士也参加了这次宴会。
宴会进行当中，博士的领袖周青臣举酒颂扬秦始皇的功德，他说：“早先秦国的疆域不到一千里，依赖陛下的英明，消灭了六国，统一了中原，赶走了蛮人和夷人。如今凡是太阳月亮照得到的地方，全都服从陛下的统治了。陛下废除了分封制度，设立了郡县制度，从此免除了战争的祸患，使得天下人人都能过着安乐的日子。这样的太平时世，必定能代代相传，直到千秋万世。陛下的威德，真是上古的三皇五帝也望尘莫及啊！”
秦始皇听了周青臣的颂扬，心里甜滋滋的，他连连点头夸奖周青臣道：“说得好！说得好！”
可是这一番颂扬却触怒了另一些满脑子旧思想的博士们。有个叫淳于越的博士，他听周青臣说分封制不好，郡县制好，心里十分难过。他赶快往前走几步，对秦始皇说：“陛下！我听别人说，殷周两代的国王传了一千多年，他们分封子弟功臣做诸侯，像众星拱月那样拱卫中央朝廷，那个制度本来就好得很。如今陛下统一了中原，子弟却毫无地位和实权。将来万一出个像当年齐国田常那样谋篡王位的乱臣贼子，又有谁能挽救得了那种局面呢？我听老一辈的人说过：事情不照老规矩办而想要长久，根本就不可能。现在周青臣又当面奉承陛下，加重陛下的过错，我看他不是忠臣。陛下还是应当重新谋虑关于分封子弟的事情才好！”
淳于越重提分封的事情，秦始皇听了心里有些厌烦。他叫大家再议论议论，看看究竟是分封制好，还是郡县制好。已经升任丞相的李斯反对淳于越的谬论，他对秦始皇说：“古今时代不同，情况已经随着时代改变了，我们决不能再拿古代的制度到今天来实行。如今天下已经安定，法令已经统一，老百姓应当努力种田做工，读书人应当努力学习现行的法令制度。可是如今还有那么一些读书人，总是死抱住老一套的东西不肯放弃，老是根据过去古书上的记载来攻击当前的政治制度，这对于陛下的统治是很不利的，必须予以严厉禁止。我建议：史官所收藏的图书，凡属不是秦国的历史，全都拿来烧了；不是政府任命的博士官所收藏的《诗经》、《尚书》，而是私家收藏的这一类书籍，一律焚烧掉，杜绝混乱思想的根源。”
秦始皇觉得事情确实是这样，如果听任那些有旧思想的人到处宣扬旧制度，的确会妨碍他的统治。于是他决定接受李斯的建议，下令焚书。焚书的具体办法是：除了那些讲医药、占卜、种树一类的书以外，凡不是秦国史官所记的历史书，不是官家收藏而是民间所藏的《诗经》、《尚书》和诸子百家的书籍，在命令下达的三十天之内，都要缴到地方官那里去烧毁。以后还有偷偷谈论古书内容的，处死刑；借古时候的道理攻击当前政治的，全家都要处死；官吏知情而不告发的，判处同样的罪。命令到达后三十天不烧毁书籍的，在脸上刺字后罚去做四年筑长城的苦工。凡有愿意学习法令的人，只许跟着官吏去学，不许偷偷地照着旧时代的古书去学。
焚书的命令发布以后，各郡各县的官吏不敢怠慢，立即严格地遵照命令去执行。他们派出许多士兵和办事的差役，到老百姓那里挨家挨户地收缴书籍。在很短的时间内，到处都出现了焚书的熊熊烈火。
这次焚烧那些刻写在竹木简上的古代书籍，使得中国的文化事业遭受了一次浩劫。秦国以外的历史书和记载着诸子百家学术思想的书籍，凡是收缴上来的，差不多全都给烧光了。秦朝以前的许多历史事实和学术思想从此失传，这是秦始皇摧残中国文化的一大暴行。
秦始皇下令焚书，使得许多读书人都非常反感，不仅那些有旧思想的人反对秦始皇的暴行，连一些在朝廷里享受着高官厚禄的博士，也都在暗地里议论，说秦始皇这样压制舆论、摧残文化，做得太过分了。
焚书的第二年，即公元前212年，有两个替秦始皇求不死药的方士侯生和卢生，偷偷地议论说：“秦始皇这个人，十分残暴，自信心太强。他在灭亡六国统一中原以后，自以为是自古以来最了不起的一个君主了。他专靠残酷的刑罚来统治天下，大臣们谁也不敢对他说真话，他对谁也不信任，大大小小的事情都得由他亲自来决定。像他这样贪图权势的人，我们还是不要为他求仙药的好。”他们两个人商量好以后，就偷偷地带着从秦始皇那里领来的钱财逃走了。
秦始皇听说读书人在背后说他的坏话，侯生、卢生居然还逃走了，十分生气，决定要狠狠地惩治他们。
于是秦始皇下了一道命令，叫御史大夫去查办那些在背后诽谤他的读书人。被抓去审问的人，受不了残酷的刑罚，为了给自己开脱，就一个一个地攀连其他的人。攀来攀去，一下子查出来有四百六十多个方士和儒生有嫌疑。秦始皇一怒之下，也不详细审问、查证核实，就叫人在咸阳城外挖个大坑，把他们全都给活埋了。
秦始皇焚书坑儒，钳制了人们的自由思想，对文化传承造成了难以估量的损失。
但也有人研究史籍，认为“焚书”有之，“坑儒”则无，实是“坑方士”之讹。因为事端由方士引起，那么就只能是“坑方士”。当然不能说被杀的四百六十余人中没有儒生，而全是方士，但是由其代表人物可推知，被杀的主体应该是方士，而被杀的原因更与儒家的政治主张和学派观点无关。
所以，即使被杀者有儒生，也并非因其身为儒生而获罪，总是与方士们有某种牵连之故。因此目前绝无理由说秦始皇“坑儒”。尽管秦始皇早因“坑儒”之举背上千古骂名，然而，直到今天，秦始皇究竟有没有“坑儒”这一谜团还是没有解开。
