清军南下扫荡明朝残余势力，攻占长江中下游的时候，发布剃发令，要求汉族男子按照满洲的风俗剃去前面的头发，后面留辫子，限定他们在十天以内，一律剃发，“留头不留发，留发不留头”，违令者，一律砍头。剃头匠每天挑着担子沿街行走，只要碰到束发的人（汉族男子历来是把头发束起，盘在头顶或脑后），不由分说，拉来就剃。谁要稍一反抗，便被拉去砍头，然后把头挂在剃头担的竿子上示众。一时间江南一带弥漫着恐怖气氛。
1645年（即顺治二年）夏天，剃发令传到江阴（今江苏江阴）。
江阴百姓闻知此讯后，先向知县方亨请愿，要求留发。方亨非但没有答应人们的请愿，反而把请愿的人大骂一通，百姓的正义要求遭此际遇，不由得一腔怒火，他们怒斥方亨：“你本来是明朝进士，可如今身穿圆领官服，来做清朝知县，羞不羞，丑不丑啊？”
几日后，江阴城全体罢市，四乡农民也闻讯赶来助威，很快就聚集起十多万人。以秀才许用为首的许用把明太祖朱元璋的画像挂起来，和大家一起参拜，他义愤填膺，激动昂扬地说：“束发是我们祖先留下来的传统，岂能剃发？如今，我们只有横下一条心：头可断，发不可剃！”在场的人们个个摩拳擦掌，准备与清军拼了。当天下午，一队乡兵手持武器冲进县衙，活捉方亨。
众人推举典史（县衙管缉捕和监狱的官）阎应元和陈遇明为首领，共同商议抗清守城事宜。与此同时，清军已经开始攻打江阴城了，由于敌我兵力悬殊，江阴城内军民伤亡很大，形势十分危急。阎应元知道已是最后关头了，他把大家召集起来，说：“我们这次起事是诸位自愿，既然如此，就不能再顾及个人的生死了。”众人一致表示赞同说：“对，我们都听您的号令。”紧接着阎应元按户把全城居民组织起来，每户派一名男子登城守卫，其余的人供应茶饭；又命人把城里的火药集中放在城楼上，以备急用。全城百姓（包括地主富绅）积极响应，踊跃捐献，很快凑起了一些铅丸、铁子、大炮、弓箭和钱粮。阎应元吩咐各队人马分守四门，各司其职，他自己则亲自带兵守卫北方。
不久，清军加强兵力把小小的江阴城围得里三层外三层，水泄不通。
他们用炮火做掩护，派士兵用云梯攻城。一队队清兵刚爬上城头，站在城墙上的江阴军民就用大刀长矛砍杀刺戳，并不时地往城下清军集中的地方扔石头、火罐，发射毒箭，令清兵始终无法占上风，但是同时江阴军民们也累得筋疲力尽了。
这天晚上，苦战了一天的清兵都睡着了。江阴城里的军民用绳子把许多人放下城去。这些人趁清军酣睡守备不严，悄悄地接近敌营，埋伏下来。
还有一部分人手持点火用具，四处散开放火。不一会儿的工夫，清营内外火光连天，大火顺着风势越烧越旺。偷袭清营的伏兵们趁机大喊大叫，冲杀出来。正在梦中的清兵被惊醒后，东奔西逃，互相践踏，加上伏兵的追杀，伤亡惨重。
“一朝被蛇咬，十年怕草绳”，自此以后，清军再也不敢大意了，他们尤其提防夜间遭突袭。有一天正值午夜时分，江阴城墙上忽然灯火齐明，人们在上面擂鼓呐喊，喊声震天。清兵以为又有人前来突袭，急忙爬起来准备应战，紧紧张张等了大半夜，却没有任何动静，清军这才醒悟过来，他们又中了阎应元的诡计了。
如此这样连续数次，清兵被弄得似惊弓之鸟般，终日惶惶不安。有的士兵不堪这种折磨站在大路上哭着说：“我们从北京打到南京，还没有打过这样的恶战。想不到江阴弹丸大的地方，倒这么难拔。”
清军见强攻不果，就派明朝降将阎应元的旧交刘良佐前去招降阎应元。
刘良佐来至江阴城下，对守城军民高喊：“我是阎应元的旧友，你们告诉他，我要见他有话说。”过了一会儿，阎应元来到城门楼上，他身材魁伟，双眉紧皱，一脸正气，十分威武。
刘良佐连忙上前施礼说：“你我是好朋友，今天我特意劝你几句，如今，福王已经完了，江南已经没有明朝的主子了，你何苦还要死战。要是及早降清，还能保住荣华富贵。”阎应元不为所动，义正辞严，说：“我不过是明朝的一个典史，为国而死，有何可惜？你身为将军，不能保国安民，反倒投降清朝，率兵攻打江阴。你有何面目和我相见？”一席慷慨之词说得刘良佐哑口无言，满脸愧色，愣了半天，灰溜溜地回清营去了。
次日，刘良佐再次前往城下劝降阎应元。未及他开口，阎应元冷笑一声，道：“有降将军，无降典史！”说完转身走了，城上顿时万箭齐发，刘良佐羞愧万分，连忙带着手下兵卒逃回了清营。
劝降未果，清军再次加强兵力，猛攻江阴城。江阴乡民最终弹尽粮绝，无力抵抗，清军才得以凭借拥有二十四万兵力的绝对优势，在围攻江阴城的第八十二天攻进孤立无援的江阴城去。
城破时，阎应元正在东城楼上指挥战斗，听到清军已攻进城内的消息后，他立即翻身上马，率领军民与清兵面对面展开肉搏战，直到兵败被俘，壮烈牺牲。守城军民全部战死，无一人投降，江阴城变成了一座“空城”。
江阴反剃发斗争正值高潮之际，位于江阴东南方向的嘉定也展开了反剃发斗争。当地百姓推举士绅黄淳耀和侯峒曾主持城防，他们在城上悬起了“嘉定恢剿义师”的大旗。清朝派明朝降将李成栋前往镇压，他们调集大量兵马，围城猛攻。嘉定城内的百姓不分男女老少都组织起来守城。在外援断绝的情况下，嘉定百姓困守了十几天，他们中很多人一连几个昼夜没合眼，两眼肿烂，又饥又渴，然而仍斗志昂扬。后来因连下几天大雨，嘉定土城被冲破，清军趁机用大炮猛轰，终于攻进城内。
清军攻进城时，侯峒曾仍从容不迫地站在城头指挥，看事情已到了无可挽回的地步，他带着两个儿子投河自尽。黄淳耀也宁死不降，自缢而亡。
清军占领嘉定后，大肆抢夺财物，仅李成栋一个人，就用三百只大船运送他抢到的东西。清军不但抢财而且杀人。然而清军的残暴行为不但没有吓倒嘉定人民，反而激起了当地居民更加激烈的反抗，二十天后，江东人朱瑛自称游击将军，他把流亡的嘉定义民聚集起来，重新占领了嘉定城，继续武装抗清。无奈敌我力量悬殊，这次反抗最终以失败告终，嘉定人民再次遭到清军惨无人道的屠戮。
后来，原明朝把总吴之蕃在江东起兵，反攻嘉定，不幸惨遭失败，起义军全军覆没。嘉定人民第三次遭受清军灭绝人性的大屠杀。
这三次大屠杀，后人称为“嘉定三屠”，它是嘉定人民爱国行动的血的见证。参加这三次反抗的汉族人民多达十几万人，先后壮烈牺牲的也有两万多人。
除了江阴和嘉定，江南的许多城市，如常州、无锡、宜兴、嘉兴、绍兴等地的居民也纷纷起事，进行反剃发斗争，可是最终均以失败告终。频繁的战事给江南人民带来的是无尽的灾难，昔日繁华的江南地区到处是断壁残垣，一片颓败景象。
