第十三王朝以后，王室逐渐衰落。人民大起义摧毁了王权，也造成社会秩序的混乱。起源于巴勒斯坦的迦南人——喜克索斯人是古代亚洲西部的一个混合民族，他们乘虚而入，并很快适应了埃及的生活，接受了当地的宗教并建立了自己的统治。阿赫摩斯时期，喜克索斯人被驱逐出埃及。
喜克索斯人最初作为工人、商人甚至奴隶来到埃及定居，分布在埃及各处。他们与周围的埃及人和平相处。随着时间的变迁，在埃及东部的喜克索斯人越来越多，他们渐渐地加强了对当地城市和地区的控制。这个过程大约持续了半个世纪，他们先以阿发里斯为中心，然后逐步向孟斐斯一带扩张，最终巩固了三角洲东部的边界。
这种进程在他们掌握了两轮无篷马车的制造技术后显得尤为迅速，他们控制埃及的野心也不可遏制地膨胀起来。他们的力量越来越强大，直到最后控制了埃及大部分领土，建立了自己的政权。
喜克索斯的征服日益强大的喜克索斯人提出了这样一个问题：一个世袭的国王早已经没有国王的权力了，他还有权占据着国王的位置吗？在给自己一个否定的答案后，喜克索斯人首领决定把主动权掌握在自己手里，于是他带领军队袭击和占领了首都孟菲斯，控制了埃及国家远至尼罗河第一瀑布附近的地区。公元前1674年，喜克索斯人成了埃及真正的统治者，他们称自己为伟大的法老。
喜克索斯人推翻了早已不堪一击的埃及第十三王朝，并在那里建立了第十五和第十六王朝（前1674～前1548），开始了对埃及长达100多年的统治。不过，在后世公认的研究里，一般只把第十五王朝的6位统治者称为喜克索斯人，第十六王朝的众多王子们则是喜克索斯人、其他亚洲闪族人和服从他们统治的人混合后产生的后代。
喜克索斯人入侵时带来了新的革命性的军事技术，其中包括复合弓、战车、更好的箭头、各种各样的剑和匕首、新式的盾、链环甲、金属的头盔等，这些新式武器和装备对后来埃及人的远征产生了重要的作用。但他们对埃及进行野蛮的武装侵略和和平渗透相结合的方法，引起了埃及人的抵抗。对于抵抗者，喜克索斯人采取了极端的手段：烧毁他们的房子，推倒他们的神庙，将抵抗者杀死，将他们的子女变成奴隶。
喜克索斯王国的中心在尼罗河三角洲的东部和中埃及，统治范围有限。不仅如此，中部埃及的统治还主要靠扶持的傀儡来维持，位于南部的上埃及始终牢固地掌握在底比斯王朝的手中。对于南部的上埃及，有心无力的喜克索斯王国聪明地采取了与之通贸的方式，尽量保持相安无事的状态。不过据后世的资料显示，有一段时间，底比斯的王子们不但承认了喜克索斯人的统治，还向他们纳了贡。
喜克索斯人的统治喜克索斯人进入埃及后，并没有将他们的统治机构强加于埃及，而是维持了埃及固有的政治制度，并且大度地吸收埃及官员参政。喜克索斯人在政治上也保留了一些原有的传统，大多数君主被称作“伟大的国王”，其附属国的国王则被称为他的“儿子”。喜克索斯人把西亚的文化带进埃及，虽然马和马拉战车早已为埃及人所知，但是套上马具的马的传入对埃及军事技术的发展起到了革命性的作用。
阿波斐斯在位的时期是喜克索斯人在埃及统治的鼎盛时期。当时一些北部的埃及人已经放弃了抵抗，社会秩序比较稳定，他们的税官能够按照要求将税收上来，保证了社会正常活动的支出。首都阿瓦里斯富庶而坚固，北边的港口有许多商船穿行，平坦的沃土上是大片庄稼地。在东边与沙漠的交界处，是王室的葡萄园，一串串葡萄使人体会到了丰收的喜悦。文化上也十分繁荣，统治阶层开始接受埃及文化的熏陶。阿波斐斯自称爱好文学并学习了象形文字。喜克索斯人赞美埃及的艺术，并模仿埃及人创造了许多艺术品，留下了许多神庙、雕像和浮雕，特别是圣甲虫形式的护符和图章。
喜克索斯人逐步埃及化，他们用埃及的象形文字写他们的名字，按埃及国王的传统称呼自己的君主，使用和祭祀埃及神。一位书吏自豪地说：“拉神的书吏，受教于塞特神，当他准确地读出所有艰涩的文字时，他的攻击如同尼罗河一样滔滔。”塞特是埃及的邪恶之神，选择这样的神为主神，说明他们对埃及文化既有继承的一面，也有叛逆的一面。不过，他们也没有忽视传统的埃及神，特别是拉神，维护了他的王位神的荣誉。
喜克索斯人被驱逐埃及人表面上对喜克索斯人的王朝表示了容忍，但是在内心深处却依然将喜克索斯人看作可恨的“亚洲人”，反抗斗争时有发生。在喜克索斯人统治北方的同时，上埃及以底比斯为中心，建立了一个新的埃及王朝，即第十七王朝，与喜克索斯人遥相呼应。开始，两个政权之间还能保持友好关系，南方王朝允许喜克索斯人经过其境内的第一瀑布与努比亚人通商，而喜克索斯人则允许底比斯人通行中埃及和下埃及，在尼罗河三角洲放牧。甚至当底比斯的法老准备向喜克索斯人宣战时，法老的顾问非常强烈地表达了他的不满，他认为现在和平的局势对谁都有好处，日子过得很悠闲，放牧的自由也给上埃及带来了丰足的财富。但是随着双方军事实力和国情的变化，矛盾不断出现并被激化，驱逐喜克索斯人的号角终于在尼罗河畔吹响了。
面对南方王朝的逐渐强盛，喜克索斯人再也沉不住气了，他们向底比斯人抱怨说，尼罗河上游海马的鼾声太大，吵得他们无法入睡，这就等于向底比斯人公开挑衅。第十七王朝认为这种话对他们来讲是奇耻大辱，于是发动并领导了驱逐喜克索斯人的战争。卡莫斯引进了喜克索斯人的马和战车，击败了喜克索斯人引以自豪的军队。阿波斐斯想联络努比亚合击卡莫斯的军队，偏巧信使被卡莫斯截获而无法如愿。卡莫斯利用尼罗河运送军队，击溃港湾的舰队，对敌发动猛烈的进攻，取得了初步的胜利。经过几代人的浴血奋战，终于在阿赫摩斯时期把喜克索斯人驱逐出埃及。
埃及人担心喜克索斯人会卷土重来，于是他们追出国境，消灭溃不成军的敌人。在围攻喜克索斯人的堡垒夏路亨（在巴勒斯坦）长达三年之后，城池被攻破，全体守军被杀害。埃及人痛恨喜克索斯人带给他们一个多世纪的屈辱，展开复仇计划。在赶走侵略者之后，他们又不遗余力地摧毁了他们留下的所有建筑物，一直到半个世纪后埃及人依然在想办法消灭他们的踪迹。就这样，喜克索斯人占领时期的所有迹象都被消灭了。
