（二）政策法律体系的不健全
为促进民办高等教育的发展，国家颁行了一系列这些政策法律，提供必要的政策资源，从适度限制、恢复发展到鼓励与规范并重，民办高等教育政策逐步完善，中国特色的民办高等教育的政策法律体系的层级结构已经基本形成。《宪法》是国家的根本大法，具有最高的法律效力，它赋予了民办高等教育的合法性地位；《教育法》作为教育基本法，对各级各类教育具有普遍约束力，它实际上规定了民办高等教育的非营利性质，以及民办高校、民办高校师生的基本权利义务关系；《教师法》规定了教师资格与条件；《高等教育法》规定了高等学校的设置条件、程序、合法权益等。这些法律与《民办教育促进法》、地方性政策法规一道共同构成了民办高等教育政策法律体系的基本框架，包括：《中华人民共和国宪法》（1982年）、《中共中央关于教育体制改革的决定》（1985年）、《关于社会力量办学的若干暂行规定》（1987年）、《社会力量办学财务管理暂行规定》（1987年）、《关于社会力量办学几个问题的通知》（1988年）、《社会力量办学教学管理暂行规定》（1988年）、《社会力量办学印章管理暂行规定》（1991年）、《国务院关于大力发展职业技术教育的决定》（1991年）、《中国教育改革和发展纲要》（1993年）、《民办高等学校设置暂行规定》（1993年）、《中华人民共和国教育法》（1995年）、《中华人民共和国职业教育法》（1996年）、《社会力量办学条例》（1997年）、《中华人民共和国高等教育法》（1998年）、《面向21世纪教育振兴行动计划》（1998年）、《关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》（1999年）、《中华人民共和国民办教育促进法》（2002年）、《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》（2003年）、《民办教育促进法实施条例》（2004年）、《教育部关于对各地批准试办的独立学院进行检查清理和重新报批工作的通知》（2004年）、《民间非营利组织会计制度》（2004年）、《民办教育收费管理暂行办法》（2005年）、《民办高等教育办学管理若干规定》（2007年）和《独立学院设置与管理办法》（2008年）等法律法规和相关政策规定。
从对上述法律规范和政策规定的分析可以看出，民办高等教育办学范围的政策放宽，是始于1998年以后颁行的几个重要政策法律文件。如1998年的《中华人民共和国高等教育法》第六条规定：“国家鼓励企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民等社会力量依法举办高等学校，参与和支持高等教育事业的改革和发展”，从法律上排除了对民办教育办学范围的不合理的限制。同年，国务院批转的教育部的《面向21世纪教育振兴行动计划》第十条鼓励和规范民办教育、特别是民办高等教育的发展。1999年，中共中央、国务院发布了《关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》，明确提出社会力量不但可以举办专科层次的高等职业技术学校，而且也可以举办普通高等学校。至此，民办高等教育的办学禁区从政策法律角度被彻底打破。
而对于独立学院的发展来说，2003年4月，教育部发布的《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》，成为规范独立学院具体办学行为的重要文件，它明确了独立学院的性质、法律地位与合法权益等。2008年4月教育部出台的《独立学院设置与管理办法》，不仅明确了国家对独立学院设置与管理的新要求，更进一步规范了独立学院的政策框架和管理体系，对独立学院的发展起到重要规范与促进作用。
首先，它明确了独立学院的高等学校地位、设立程序及标准。《独立学院设置与管理办法》在总则中开宗明义地指出独立学院是高等学校，是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业。这是国务院教育行政部门首次以部门规章形式从法律上正式明确独立学院的高等学校地位。独立学院同时受到《民办教育促进法》的约束和扶持，包括享受税收优惠政策、政府经费资助、公益事业用地及建设的优惠、办学结余中取得合理回报等关乎独立学院切身利益的一系列重大问题。
同时，《独立学院设置与管理办法》明确提出设立独立学院，分筹设和正式设立两个阶段。筹设期1～3年，筹设期内不得招生。筹设期满未申请正式设立的，自然终止筹设。设置的标准和程序参照普通本科高等学校的设置标准和程序，同时也强调了参与举办独立学院的普通高等学校的教学水平、管理水平、办学条件和办学层次，以及参与举办者的社会组织或个人的资产标准。《独立学院设置与管理办法》对独立学院的设立提高了标准，保障了办学条件的到位。
其次，《独立学院设置与管理办法》规范了独立学院的法治和政策框架，明确了包括权责划分、监管职责等一系列制度。第一，《独立学院设置与管理办法》规范了独立学院的法治和政策框架。依据《高等教育法》、《民办教育促进法》及《民办教育促进法实施条例》，《独立学院设置与管理办法》比较清楚地确立了民办教育的法律、法规和规章的法治框架。同时，也使得独立学院的运行可以完全适用国家和教育行政部门的政策框架，这些政策对于独立学院的设立、组织与活动、教育与受教育者的权利和义务、学校资产与财务管理、管理和监督、扶持与奖励、变更与终止及相关的法律责任进行了较为明确的界定。
第二，规范了独立学院三方主体的权益和责任。《独立学院设置与管理办法》具体阐释了举办者的出资方式。普通高校主要利用无形资产，应当依法作价。《独立学院设置与管理办法》还要求独立学院存续期间，所有资产由独立学院依法管理和使用，任何组织和个人不得侵占，出资人可以从办学结余中取得合理回报。
第三，规范了政府对独立学院的监管职责。《独立学院设置与管理办法》明确了政府各级教育行政部门对独立学院的管理职责。教育部负责全国独立学院的统筹规划、综合协调和宏观管理。省级教育行政部门主管本行政区域内的独立学院工作。这使得政府各级教育主管部门能够对独立学院给予及时有效的指导和监督，必将推动独立学院形成统筹发展、规范办学、从严治教的新局面。
第四，规范了独立学院的学历学位制度。《独立学院设置与管理办法》正式规范了独立学院的学历学位制度，颁发毕业证书以独立学院名称具印，独立学院的学位授予和举办高校脱钩。这既是挑战也是机遇。挑战在于，独立颁发学位会使得部分考生和家长重新审视独立学院。机遇在于，将减少独立学院对举办高校的依赖，进一步强化了独立学院自身的责任意识和品牌意识，促进独立学院集中精力提高教育教学质量。
作为第一部全面系统规范独立学院设置与管理的重要法规，《独立学院设置与管理办法》在尊重现实的基础上，进一步完善了独立学院的政策与管理体系，对独立学院的办学行为和规范更加清晰，对规范普通高等学校与社会组织或个人合作举办独立学院，维护受教育者和独立学院的合法权益，促进高等教育事业健康发展都具有重大意义。但是，与独立学院的蓬勃发展相比较，与独立学院相关的政策法规建设仍然明显滞后，政策法律的执行性和有效性仍不明确，主要体现在以下两个方面。
第一，民办高等教育的政策法律体系不够完善，法律规范之间还存在不一致、不协调的问题，导致人们对独立学院性质、地位等方面认识的矛盾和冲突。
直到现在，我国并没有制订专门的民办高等教育法律，对民办高等教育的相关规定是见之于一些重要的法律法规和政策文本之中。《民办教育促进法》及《民办教育促进法实施条例》的颁行使其成为发展民办高等教育最重要、最直接的法律依据。以《民办教育促进法》及《民办教育促进法实施条例》为例，这两者之间、它们与其他政策法律规定都存在不一致、不协调的问题。如：（1）《教育法》规定，所有学校都不得以营利为目的，而《民办教育促进法》中却规定民办学校举办者可以要求取得“合理回报”。“合理回报”必然要以办学有节余为基础，这种节余实际上就是一种营利。由此推定，民办高等学校的出资人取得“合理回报”只有在“不得以营利为目的”的前提下才是合法的。固然客观上有营利未必主观上就是“以营利为目的”，但在民办高等教育实践中，我们很难区分哪所民办高校的营利是在“以营利为目的”的条件下取得的，哪所民办高校的营利又不是在“以营利为目的”的条件下取得的。（2）《教师法》中第三十三条规定：“社会力量所办学校的教师的待遇，由举办者自行确定并予以保障”，而《民办教育促进法》第二十二条规定：“民办学校的教师、受教育者与公办学校的教师、受教育者具有同等的法律地位。”这表明：公办高校教师的基本待遇是由国家政策予以规定的，民办高校教师的待遇由举办者确定，两者的法律地位实际上难以相等。（3）在《民办教育促进法》中没有明确规定“独立学院”的“民办学校”性质，而在《民办教育促进法实施条例》中则给予了实质性承认等等。
第二，《民办教育促进法》及《民办教育促进法实施条例》的一些法律规定不够清晰、明确，还有许多操作性的问题亟待解决。一方面，法律规定的模糊性在实践中容易引起争议和利益冲突，不利于独立学院的健康发展。如独立学院运作过程中的许多方面，包括学费收缴标准、学校设施要求、师资力量配备、报酬利益分配等，都依靠随意性很大的行政行为管理，缺乏必要的法律规范与监督。另一方面，许多具体的问题仍缺乏相应的具体规范。如公办高校在多大程度上参与举办的“独立学院”才是真正意义上的民办高校？如何计算公办高校的无形资产（如办学声誉）的投入？还有，高等教育法第三章规定：“设立高等学校，应当符合国家高等教育发展规划，符合国家利益社会公共利益，不得以营利为目的。”而独立学院是民办机制运作，有企业的介入，资金投入肯定要求有相应回报。后出台的《民办教育促进法》第五十一条规定：“民办学校在扣除办学成本、预留发展基金以及按照国家有关规定提取其他的必需的费用后，出资人可以从办学结余中取得合理回报。取得合理回报的具体办法由国务院规定。”但是，民办高校的生均培养成本当如何计算？民办高校的举办者和经营者的“合理回报”又当如何计算？可以说，不论是举办者还是投资者对“合理回报”都无法明白，如合理回报的幅度、投资者的收益和结余在投资者和办学者之间如何分配等问题都没有明确。独立学院的“合理回报”与民办高校不完全相同，它的“合理回报”在扣除与民办高校相同的费用之外，还要付给母体高校一定比例的提成。产权清晰是“合理回报”的前提，只有产权清晰了、产权结构合理了，才能说回报的合理性。那么，民办高校的法人财产权究竟包括哪些组成部分？民办高校“清算债务后的剩余财产，按照有关法律、行政法规的规定处理”。“有关的法律、行政法规”是指公益事业规定，还是指专门的经济法律法规？等等。因此，如何确定独立学院的法人地位、如何在法律上规范其与所属大学的关系，如何确定投资者的利益分配、产权的归属等，在国家政策、法律法规上都仍有待进一步完善。
第三，独立学院的特殊性质使得它并不完全使用民办教育的相关法律与政策规定。
在2003年《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》之外，教育部又在2008年颁布了一部专门针对独立学院的规章制度《独立学院设置与管理办法》。这说明，仅有《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》和《民办教育促进法》、《民办教育促进法实施条例》的规定，对于独立学院的规范和发展仍然不够，这也说明，独立学院的特殊性质决定着《民办教育促进法》和《民办教育促进法实施条例》的规定并不完全适合于独立学院。
一方面，这是因为《民办教育促进法》出台时，独立学院尚未全面登台，独立学院发展中的问题没有完全显露，所以该法对独立学院中的许多问题没有明确的界定。但更主要的是由于公立母体高校在独立学院发展中仍处于主导地位，使独立学院从建立之初就与其他民办高等教育有所区别。从现实而言，独立学院实行高校领导、地方参与的领导体制。举办高校要“加强对独立学院教学、招生、财务、党的建设等工作的领导和管理。独立学院凡涉及发展规划、教学、招生、财务、收费和稳定工作等重大问题的决策，必须提交高校党委或行政研究同意”。这些重大事项的决策权与校董会的职责重叠。如前文所述，举办高校决策与校董会决策屡发冲突，其根源在于独立学院产权制度和内部管理与治理结构安排不合理。
