其次是师资队伍建设问题突出，结构不合理，缺乏稳定性。独立学院普遍存在师资力量不足的问题。不但数量不足，而且结构不合理，大多表现出“两多两少”现象，即兼职教师多，专职教师少，离、退休教师多，中年教师少。一是作为主要教学力量的教师绝大多数来自母体高校，这固然有好的一面，也是吸引考生报考的条件之一，因为能够享受母体名牌高校的优秀师资也是家长与考生所期盼的，但在教师不变而学生不断增加的情况下，师资力量与教学任务也会产生矛盾，教师在为完成教学任务而“努力拼搏”的同时，只能将教学质量的保证放在第二位了；而且，独立学院举办的专业多为母体高校的热门专业，独立学院与母体高校共用师资，在教学工作的安排上必然会与母体高校产生冲突，由母体高校外聘的兼职教师往往在本单位承担了繁重的教学科研任务，必须是在完成本校教学任务的前提下才能参与独立学院的教学，没有精力也不可能专门针对独立学院的学生和专业设置备课、讲课，学生的课后辅导答疑也无法进行，更难以做到因材施教，教学质量势必难以提高；有的教师甚至因为无法全力投入导致教学责任心分散，影响教学任务的完成以及教学质量的保证。
二是外聘的兼职教师以退休教师为主，他们虽然能够完全配合独立学院的教学安排，并且全身心投入教学，但毕竟受年龄、身体以及知识陈旧等因素的影响，不能担起更多的教学任务。其他的外聘教师也会因为要兼顾本职工作，仅仅只能完成课堂上的教学，但对于由“备、教、辅、改、考”这5个环节构成的完整教学过程而言，做得还远远不够，学院对于备课、辅导、批改作业、考试考查等环节的教学规定对外聘教师也很难起到管理与约束的作用。并且，由于独立学院不同于公办高校的人才培养方案，教学对象的变化、培养目标的不同、人才的类型各异势必导致教学理念和方法的变化，面对这种新情况，许多退休教师还用公办高校的教学方法和经验就失灵了，甚至出现教学效果不尽如人意的情况。
三是专职专任教师队伍结构不够合理，高层次、高学历人才仍然比例偏低。在职称结构上，中、高级职务教师数量少，在学历结构上，博士毕业的教师比例偏低，在年龄结构上，青年教师的比例偏大，……优秀师资的引进和培养问题始终困扰着独立学院，而没有一支专业过硬、结构合理、高效创新的师资队伍，难以形成适应独立学院自身状况的教学和管理特色。正因为如此，许多独立学院为了使师资结构更加符合独立学院人才培养目标的要求，除了从高校引进优质师资以外，还面向社会、政府吸纳大量社会精英参与学生培养，如武汉科技大学中南分校就提出了该校师资构成的目标为“三个三分之一”，即三分之一来自高校教师、三分之一来自社会精英、三分之一来自高校毕业生。与此同时，独立学院在师资建设制度上，打破了传统高校教师“铁饭碗”的格局，如中南民族大学工商学院2004年新学期一开始就对外宣布，有4名教师因教学质量不高、学生评定不合格而被解聘，在湖北高校教育界引起强烈反响。这为提高师资水平、保障教育质量，同时也为我国公办高校的师资建设开辟了一个全新的视野。
再次是监督职能薄弱，缺乏有效考核机制。在多数独立学院制订的相关制度中，对管理及教学的监督条例都会有所提及，但在现实运作中，这些却是形同虚设。由于对管理工作缺乏评价标准，通常与年终考核结合，使规定流于形式；而对教师的教学评价，通常是参照母体高校的评价标准，虽然不少独立学院也定期组织学生对教师进行评价，但对于母体高校的教师或是外聘的兼职教师，无论评价结果如何，独立学院都没有相关的处理权力，再加上教学任务多，教师难求的现状，就更加不能轻易惩戒教师了。
2.财务管理制度：产权不明晰，制度不健全
作为一种新型的办学模式，独立学院在经费筹措、使用、管理等方面都不同于普通本科院校。《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》中明文规定，“试办独立学院建设、发展所需经费及其他相关支出，均由合作方承担或以民办机制筹措解决”，“学生收费标准由所在地省级人民政府根据国家有关民办高校招生收费政策制定”。这就决定了独立学院财务管理方面的特殊性与独立性。根据文件要求，独立学院的合作者可以是企业、事业单位，社会团体或个人，也可以是其他有合作能力的机构；要求有独立的财务管理。目前，真正能做到财务独立的学院并不多，有的学院也在积极地寻求新的管理途径，朝着这一方向努力，如江苏某独立学院则通过成立下属公司，尝试以委托其管理学院财务的方式逐步从母体高校的财务体系下分离；更多的独立学院则未能做到财务独立。其原因如下：
一是经费投资不到位，主要依靠学费收入维持办学。举办独立学院的目的在于利用民间资本扩充教育资源，扩大教育规模，完成教育目标的同时，用教育产生的效益适当回报投资者。但在现实中，由于政策法规不明确，监控措施不到位，许多独立学院都是只借民间投资的“名”，并无民间投资的“实”，基本都是母体高校在筹措资金、独立维持，如江苏省内的一所独立学院，在成立初期与某企业签订了合作办学的协议，协议中规定企业首期投资2500万元，企业法人任学院董事会成员，履行相应权利与义务，但实际上该企业自始至终只投资了400万元，企业法人也未能真正承担董事的职责，只是挂名董事，学院除了创建初期借了该企业的“名”之后，与企业再无关系了。母体高校则主要依靠校内资源共享，学费收入维持的运作方式管理独立学院。这样一来，产权关系变得更加模糊，并无法分清，而办学经费与办学质量之间更会产生恶性的循环，办学经费随生源多少而波动，生源足则经费多，生源少则经费少，为了保证经费的充足，就要追逐更多的生源，而扩大生源的直接途径就是降低门槛，由此导致的生源素质下滑，又为独立学院的管理带来更大的困难。
二是政策保障不到位，财务风险较大。独立学院是非政府投入的高校，它的投资来源已大体形成了多元化的格局，尽管多渠道的经费来源可以带来办学经费，但在缺少政策保障及政府监管的情况下，所有的风险都要由母体高校来承担。民间资本注入教育领域，不仅仅是凭借社会责任感和办学热情，作为投资就一定要有利益的回报，在这种责任与利益并存的关系中，当回报受到各种不确定因素如生源数量、办学成本的影响而不能达到预期目标时，就会出现中断投资或是抽离资金的情况，使得独立学院陷入供给不足的困境。因此，缺少政府资助的独立学院财务风险远远大于一般的普通高等学校。
三是财务管理制度不健全，经费使用不合理。由于独立学院产权不明晰，经费不稳定的特殊情况，目前针对这种办学模式还没有一套成熟的、统一的、可操作性强的财务管理制度，多数独立学院沿用的是母体高校的财务制度。实际上，母体高校与独立学院的财务管理制度和方式有着很大的区别。经费来源上，母体高校主要依靠政府补助收入、教育事业及其他收入，独立学院主要依靠自筹资金及学费收入；经营性质上，母体高校属于非营利性组织，独立学院则需要追求盈利；财务管理上，母体高校侧重于记账、算账、报账的层面上，以及对公有财产的使用和管理，不用自负盈亏，独立学院则需要自负盈亏，做好成本预算，开源节流，增强成本意识。从一些独立学院的实际运行情况来看，即使就是设立了财务部门的独立学院也只是起到管账出纳的作用，也未能真正完成成本预算、账目管理、财务分析等一系列财务管理制度。而在经费使用上，一方面，独立学院存在大量不合理的非教育开支，造成了学校教育经费由于现有管理体制的不明确、不顺畅，一些部门借管理、检查等名义收取学院的管理费，加重了学院的负担；另一方面，教学设施不足，教学条件有限。由于独立学院办学经费主要来自学生的学费，因此，众多的独立学院都把扩大生源作为自身发展的第一要务，学院不得不把大部分经费用在基础设施上，办学经费主要用于维持日常教学、办公，很少用于实验器材、教学仪器和图书资料等投资，而用于校园环境维护及改善等就更少了。学生所享受到的办学条件与所交的学费不成比例。以奖学金的设立标准为例，就独立学院学生所缴的高额学费而言，奖励标准应该比母体高校更高才对，但事实上与母体高校相比，独立学院的奖学金无论从种类或是数量上来比较，都有很大的差距，再一次造成了受教育权利的不公平。
3.教学制度与学生管理：质量不高，特色不明
教学管理与学生管理是独立学院内部管理体制中的重要环节，教与学的质量更是检验独立学院办学成果的重要指标。在教学管理方面，有的独立学院初期是“完全依附型”，完全由母体高校代为管理，独立学院不设系部，只设专业，学院只负责管理学生工作，不负责教学管理，一切与之相关的工作，如专业建设、课程安排、教师安排、考查考核、教学评价等方面都由母体高校统一部署，独立学院设置教务部门，负责传达、执行并完成母体高校的相关指令。有的是“部分独立型”，由独立学院与母体高校分阶段合作完成教学管理工作，如南京的某独立学院，其在校生一、二年级时在独立学院进行学习，由独立学院负责日常各项教学工作的统筹安排，学习内容主要以公共课和专业基础课为主；三、四年级时则根据专业划分到母体高校中各个专业所属的院系进行学习，日常教学安排以及教学管理由专业所属院系负责，进入各个专业主干课程的学习及实验阶段。也有“完全独立型”，由独立学院相对独立的进行教学管理，学院设置教务部门，以及以“系、部”为主的教学单位，由教务部门负责教学计划的贯彻落实，制订相关教学管理规定，完成安排课程、聘任教师、教学监督等工作，各系部设教务员，接受、传达并完成教务部门下达的教学指令，参照学院教学管理文件精神，对本系师生的教学工作加以管理。现在大多数独立学院已经能够做到独立管理教学，但最突出的就是教学管理的特色问题。独立学院的办学特色，最典型就体现在教学管理上。多数独立学院沿袭了母体高校的教学管理模式，在专业设置、课程安排、专业培养方案、教学管理制度、教师教学规范、教学评估方案等与教学管理相关的制度规定基本都以母体高校为模版，参照执行；绝大部分独立学院实行的学分制也都是在母体高校学分制管理规定的基础上做了相应的改动，将各类学业成绩、技能测试的达标要求降低之后变身而来的。的确，母体高校优秀的管理制度完全可以借鉴，对规范独立学院的教学也起到很大推动作用；独立学院在专业设置及课程安排上向母体高校靠拢，也可以避免新办专业所需要的巨额专业建设费用以及专业教师缺乏、实践基地创建等问题，适当地利用母体高校的优质资源，节约办学成本。但完全照搬母体高校的专业培养方案，对来源层次不同的学生采用同样的培养方案就会违背独立学院的发展规律，产生反作用。因此，积极推进教学管理队伍的专业化，加强教学管理队伍建设、教学管理手段建设，特别是要重视建立适合自身的教学质量保障体系，形成经常化、制度化的教学工作自我评价机制，才能逐步形成适应独立学院发展的教学制度。
在学生管理方面，独立学院的学生管理目前基本上都做到了“独立管理”，独立学院的学生都有相对独立的生活区域，包括宿舍、食堂、活动场地等，除教学以外的所有学生事务几乎都由独立学院负责管理。但由于学生的特殊性，也给管理带来了一定的难度。一是学生的文化基础较差，学习能力欠缺。以三本分数线进入独立学院的学生，仅凭录取分数上100多分的差距，就可以看出他们无法与普通高校的本科学生相提并论，学习自觉性不够，自主学习的能力有限，学习效果也不太理想。针对这种情况，独立学院通常都采取了“从严”的管理方式，用带有一定强制性的约束手段督促学生的学习与生活，试图改变不好的学习习惯，逐步培养自主学习的能力。但管理的尺度难以把握，管理太严，类似于中小学的管理模式，会遭到学生的埋怨与反抗，也与本科学院的管理层次不相符；管理不严，又无法起到督促学习与约束行为的作用。二是学生的心理问题突出，沟通渠道较少。虽然加强了辅导员队伍的建设，努力按照不低于1∶200的师生比配备辅导员，但仍不能满足学生管理工作的需要。另外，学院内部的学生之间，也有着较大的贫富差异与能力差异，高昂的学费给一部分学生带来不小的压力。种种不满和差异给正处于心理成长期的学生们带来了较多的困惑与苦恼，势必对学习造成影响。这些情况表明独立学院学生的学习与生活更加需要全面的监督与保障体系，教师应该加强管理与引导。
