上条当麻为了拯救“自动书记“模式下茵蒂克丝，被在“龙王的叹息“破坏墙壁和天花板之后所产生的“光之羽“命中头部而失去记忆。据医者冥土追魂所说，与其说失忆，倒不如说是脑细胞被彻底损毁，跟一般因为“记忆读取出错“而造成的失忆不同，是再也想不起来了。记忆分成掌管回忆的“情节记忆“以及掌管知识的“话意记忆“，而以上条的状况，似乎只有“情节记忆“受损。所以，上条目前处于失去“回忆“，但“知识“却依然留有的奇妙状态。然而，为了不让记忆丧失后最先邂逅的茵蒂克丝感到悲伤，上条下定决心不向任何人提起失忆的事。
“前兆感知(台译:感应前兆或洞烛机先)“是一方通行对上条当麻准确把握对手(超能力和魔法)攻击时机的能力的称呼。一方通行推测，拥有越强大的能力，越容易对周围散发出本人无意释出的余波(譬如超电磁炮的“周围铁制品都会轻微晃动“这个现象)。虽然这些现象并没有进入上条的视野中心，但是他的头脑深处的某部分会自行处理来自视野角落的轻微活动，以此判断对手的攻击时机。
某天跟茵蒂克丝在阳台上相遇，为拯救面对素未平生的少女，上条义无反顾地面对危险，并斩断了束缚茵蒂克丝的“项圈“。打这以后，上条作为防止茵蒂克丝背叛教会的枷锁跟她同居在一起。
虽然在拯救茵蒂克丝的时候被“光之羽“击中头部而失去记忆，但上条为了不让茵蒂克丝感到悲伤，为了守护住少女心中的这份温暖，继续扮演失忆前的上条当麻这个角色。小说第22卷中，在空中要塞“伯利恒之星“坠落之际，上条向因无人操控而漂浮在远距控制灵装周围、仅以意识存在的茵蒂克丝坦承了失忆的事。
自从助帮美琴从不良少年的纠缠下结尾开始，便与她结下孽缘。因为他的右手轻易地消除了美琴的绝招，所以经常被美琴找麻烦。本来只是美琴决斗对象的“令她在意的存在“。但在“绝对能力者进化计划“中美琴陷入绝望之际，上条赌上性命阻止了那场实验，成为了她心中“只要哭喊，就会来救我的英雄“，美琴对他开始微妙起来。不过，对于美琴对他的好意，上条完全没有察觉，只把她看作是值得信赖的伙伴。
初三时的暑假跟食蜂操祈邂逅。在这个夏天，上条当麻为食蜂操祈创造了许多珍贵的回忆。在食蜂记忆中的上条非常照顾人，非常温柔，他也成了食蜂的心灵支柱。当食蜂走投无路的状况下，上条挺身而出为她而战，又成为了她的“英雄“。但是，在食蜂使用自己的能力为因为重伤休克的上条代替麻醉剂止痛，让他得到及时救治的同时，上条也因为此刻血压极低，也就是水分平衡崩溃，事后导致他接近“唤醒记忆的路径破损“。就像收纳长相与名字的部分只有食蜂那一格遭到物理性破坏，即使和上条聊起她的事，上条也想不起来，就算食蜂一遍又一遍的自报家门，上条也会一次又一次地把她忘记。不过即便如此，上条还是对食蜂操祈头发的味道有点印象。（可怜的女王。）
初中三年级的8月，在赶往蜜蚁爱愉自杀现场的上条当麻，却在路口跟第五位的食蜂操祈相撞，关键时刻把手机手机遗失在她那里，因此出现些许联络意外，让上条最终没赶上拯救蜜蚁爱愉。三天后，为了哀悼死去的蜜蚁爱愉(实际上并没有死)而再次来到自杀现场，在那里再次遇到食蜂操祈。看到食蜂操祈一副自暴自弃的模样，为了不让悲剧重演，上条忍不住上前搭话。这次的“相遇“对于当时自甘堕落的食蜂操祈而言，是一针满分的强心剂。此后，上条在街上还和食蜂操祈碰过许多次面，经历了许多事情。在少年团体“死结(Deadlock)“追杀食蜂操祈之际，跟她并肩战斗。当一切结束，上条却因为腹部被刺穿，血压过低而无法使用麻醉，无法得到及时救治。这时的食蜂使用自己的能力，阻断上条的痛觉神经，避免血压继续降低，让上条能和麻醉过后一样处理伤口。不过，事后上条也因为这样，导致接近“唤醒记忆的路径破损“，再也想不起有关食蜂的任何事情了。
6月17日，第一次遇到御坂美琴的时候，她正被不良少年缠上。原本上条打算对美琴实施“假扮朋友若无其事(将她)带走大作战“，还上去劝那群不良少年不要抢一个柔弱少女的钱包，结果御坂美琴却反而对他发飙，还放出电击。当然，上条用右手把她的攻击化解。接着，美琴又放出各种攻击，却都对上条没有造成任何伤害。美琴对于输给上条非常不甘心，结果从此两人就发展成为“美琴常来找上条报仇，却每次都被他敷衍过去“的这种局面。
7月17日，在与御坂美琴的决斗当中，其假装战败的拙劣演技激怒了美琴，结果被美琴追了一夜。
7月18日，在洋装店发生“第七迷雾“之时，上条当麻使用幻想杀手化解掉了介旅初矢的“虚空爆炸“，救下了御坂美琴、初春饰利、硲舎佳茄等人。
7月19日，为了将跟自己飞起非故的不良少年们诱离御坂美琴身边，彻底让自己化身成一个小丑，故意让不良少年们追逐。在大铁桥，遭遇到御坂美琴再次挑战，结果纵使美琴使出了全部绝招进行了两个多小时的攻击，也始终无法对上条造成伤害，还造成了周边大停电。
7月20日，暑假的第一天，上条当麻遇到了遭遇追杀失足挂在宿舍阳台上的英国清教修女茵蒂克丝，并得知魔法的存在。使用具有能力幻想杀手的右手将茵蒂克丝的修女服“移动教会“破坏。为保护茵蒂克丝与前来追讨的清教魔法师史提尔·马格努斯和神裂火织交手，在过程中得知茵蒂克丝被追杀的真相。7月28日，通过自己右手的力量破坏了禁锢茵蒂克丝的魔法“项圈“。但在拯救“自动书记“模式下使出“龙王的叹息“的茵蒂克丝时，被“龙王的叹息“的余波“光之羽“击中头部而失去记忆。可是，上条对茵蒂克丝隐瞒了自己失忆的事，并以茵蒂克丝的看护人身份和她居住在一起。
8月8日，被史提尔·马格努斯卷入到“三泽塾“事件当中。在与炼金术师奥雷欧斯·伊萨德的对决中，虽然被切断了右臂，却在史提尔的暗中帮助下，依靠完美的虚张声势大作战骗到了奥雷欧斯，把他逼上了自灭的道路。救出了原石少女姬神秋沙和茵蒂克丝。
8月21日，连续两天遇到御坂妹的上条，在小巷子里看到御坂妹被杀害，还有不断出现在眼前的许多御坂妹。为了查明真相，上条来到美琴的宿舍房间，在那里他得知美琴被卷入的事件内容，于是上条连忙去街上寻找美琴，并在大铁桥上找到了她。因为担心美琴的安危，试图阻止她打算牺牲自己拯救“妹妹们“的危险行为。如果要阻止实验的进行，只要将“一方通行是最强超能力者“这个实验的大前提推翻就行了。上条凭借这个令人意外的想法，说服了美琴让他去解救“妹妹们“。最后，凭借自己右手的特殊力量，上条当麻打倒了号称“学园都市最强“的一方通行，“绝对能力者进化计划“被冻结。
身为Level 0却打倒一方通行，使得上条一下子变成名人，因此统括理事会命令他在事情平息之前暂时离开学园都市。上条带着跟茵蒂克丝一起来到海边旅馆“海神“，跟父母和表妹团聚。8月28日，在其父上条刀夜无意间所引发的“天使坠落“事件中，一度被当做“天使坠落“的施术者，受到了神裂几乎全方位的验身，并险些被逃狱死刑犯火野神作杀死。在由被大天使“神之力“替换的米夏·克洛伊洁芙(莎夏.克洛伊洁芙外貌)吸出刀毒后又遭米夏的逼问。29日，起初认为火野神作是施术者，但当得知上条刀夜才是施术者后，在由神裂压制企图通过杀死上条刀夜解除术式回归天上的大天使“神之力“的同时，由土御门元春远距离毁掉位于上条家的魔法阵而解除了“天使坠落“，使得大天使回归天上。
8月31日，暑假的最后一天，与暑假作业正在决战中的上条先是在为摆脱伪海原光贵(艾扎力)纠缠的御坂美琴恳求下和美琴假扮情侣，并在击退企图杀死上条的魔法师艾扎力后与之定下“守护美琴与她周遭世界“的约定;傍晚又与为获取茵蒂克丝脑内魔导书将其绑走的魔法师暗咲逢魔交手，在得知其绑走茵蒂克丝的目的是为心仪女子解除诅咒后对其施以援手，并强突学园都市的大门引起骚动。
9月1日，初遇风斩冰华，并击退了打算通过杀死茵蒂克丝或风斩冰华来引发魔法阵营与科学阵营间战争的魔法师雪莉·克伦威尔。
9月8日，在史提尔和天草式十字凄教的协助下成功解决了“法之书“事件，打败了250名战斗修女组成的罗马正教所属雅妮丝部队，救出罗马正教修女奥索拉·阿奎纳。
9月14日，在“树形图设计者“的残骸夺还事件中，搭救由于受到迁怒而险遭结标淡希杀害的白井黑子。在追击结标淡希时，发现结标已经被某个神秘人物(=一方通行)出手打倒，随即喊来救护车将惨兮兮的结标移送到医院。
9月19日，大霸星祭首日，和御坂美琴做出“惩罚游戏“的约定。为阻止罗马正教传教士丽多薇雅·罗伦婕蒂企图发动灵装“使徒十字“支配学园都市的阴谋，与土御门元春、史提尔一起追捕其同党欧莉安娜·汤姆森，并解决了“使徒十字“事件。9月20日，大霸星祭的第二天，从佐天泪子和索绮特的对话中得知暗部组织“人员“及黑幕木原幻生的真正目标是御坂美琴后，迅速赶往第二学区的研究设施“才人工房“解救御坂美琴。
9月25日，大霸星祭最后一天，(在学园都市上层安排下)上条抽中了北意大利旅行的双人票，于是上条跟茵蒂克丝两人来到意大利。在27日抵达意大利后，在基奥贾遇到了正在搬家的奥索拉。在搬家结束后突然被罗马正教的“女王舰队“袭击。最后，在奥索拉、茵蒂克丝和天草式大家的帮助下，打败了了罗马正教主教彼亚吉欧·普索尼，破坏了其灵装“限刻的十字架“与“亚得里亚海女王“的核心，拯救了包括雅妮丝·桑提斯在内的二百五十名雅妮丝部队修女。因此事件，上条当麻被罗马正教视作威胁，在“神之右席“的压力下，被罗马正教教皇下令格杀。
9月30日，接受了御坂美琴的惩罚游戏，与美琴一起签下了“随身天线服务“的双人契约，手机存储了彼此的电话号码。在此后的“九三〇事件“，为保护以科学天使“保险丝·风斩“形态失控的风斩冰华，打败了罗马正教最暗部“神之右席“的前方之风。
10月3日，从被学园都市上层委托狙杀御坂美铃的“武装无能力集团(Skill Out)“枪下将御坂美铃解救，并打倒了滨面仕上。
10月初，世界各地发生罗马正教徒反学园都市的示威游行。在世界一片混乱之时，上条得知此事的源头是名为“C文书“的灵装，于是跟土御门元春乘坐由统括理事会成员亲船最中准备的超音速飞机一道前往“C文书“所在的法国观光城市阿维尼翁。在阿维尼翁当地，上条和天草式十字凄教的五和重逢，并一起调查“C文书“。在五和执行破坏连接阿维尼翁与梵蒂冈的魔法管道的术式好让C文书失去效力时，遭到左方之地的奇袭。由于土御门元春和目标“C文书“的学园都市机甲部队的介入，左方之地打算回收教皇宫殿的“C文书“后回到梵蒂冈。因为上条知道就算“C文书“回到梵蒂冈也能使用，于是跟五和追到教皇宫殿要将“C文书“破坏。在跟左方之地的交手中，凭借先前土御门元春和五和的提示，看出了左方之地“光之处刑“术式的弱点，在将其打败后破坏了“C文书“。
10月中旬，五和给上条带来后方之水即将来袭的消息。虽然有五和及天草式的护卫，但在第二十二学区地下街跟水的初阵中，上条为了守护五和自己承受了水压倒性的一击，受伤昏迷。在醒来后从医院偷跑出来再次来到战场。最后，由于水身为圣人的臂力被同时神人的神裂封住，原本用来甩掉她的“神之右席“圣母特殊术式又被上条的右手消除，天草式全体藉由五和所放出的“圣人崩坏“将水击破。
10月17日，由于连接英国与法国之间的欧陆隧道爆炸事件，上条陪同接到“禁书目录召回令“的茵蒂克丝一起飞往英国。因为有过搭乘超音速客机的痛苦回忆，所以两人故意错过土御门元春安排的那班超音速客机，而是搭乘空中巴士365飞往英国。在飞机上，上条全力阻止了意图劫机的法国恐怖分子，使飞机安全抵达了英国。在位英国效力的欧莉安娜的协助下，追击传递“正统卡提纳“的“新生之光“成员蕾莎，但不久旋即卷入了英国二王女凯丽莎的政变。翌日凌晨，在英国三王女薇莉安和“清教派“的帮助下潜入白金汉宫下地铁站，成功诱使二王女所持的“卡提纳·正统“仪典剑暴走。在此后的反攻中，在英女王伊莉莎施以术式“联合的意义“释放卡提纳的力量、茵蒂克丝使用“强制咏唱“暂时夺取“正统卡提纳“控制权之际，借助后方之水的臂力高高跃起将“正统卡提纳“击碎。但随后茵蒂克丝由于被袭来的右方之火夺取了“禁书目录“的远距控制灵装而失去了意识，为了解救茵蒂克丝，上条只身前往右方之火的老巢俄罗斯。10月19日，第三次世界大战爆发。
10月30日，四处搭便车来到俄罗斯的上条遇到了追逐而来的“新生之光“成员蕾莎，并一同潜入右方之火的要塞。当探知右方之火将亲自袭拿作为召唤大天使“神之力“媒体的莎夏·克洛伊洁芙后奔赴伊利沙里纳独立国同盟，打算抢先找到莎夏，但莎夏还是被接踵而至的右方之火掳走。
在上条赶赴右方之火的要塞时路遇因番外个体的精神袭击而失控的一方通行，在打败展开黑翼的一方通行后，将失去意识的一方通行、最后之作和番外个体送到了伊利沙里纳独立国同盟。再次潜入其巨大要塞“伯利恒之星“，右方之火为获得“伯利恒计划“必需的上条当麻的右手，将上条其诱进要塞并发动“伯利恒之星“升上高空。上条在莎夏·克洛伊洁芙的指引下破坏了召唤大天使的仪式场。
在“伯利恒计划“的最后阶段，右方之火斩断了上条的右臂，将其血肉分解融入他的“第三只手“，试图通过幻想杀手作为媒介发挥出蕴含在他体内百分之百的力量。但是上条当麻再次长出右臂，伴随人们心中的善意最终战胜了恶意(右方之火的力量来源)，右方之火的“第三只手“急速失去力量。最后，上条将右方之火打败，将其“第三只手“破坏。向仅以意识存在的茵蒂克丝坦诚了失忆的事实，在破坏了茵蒂克丝的远距控制灵装后，使她的意志回到体内。
将最后的救生船让渡给右方之火，并拒绝了御坂美琴的援救。为阻止“伯利恒之星“坠落造成巨大灾难，在史提尔·马格努斯的情报支持下，通过破坏“伯利恒之星“的上升用灵装改变其轨道朝向北冰洋。当重新找回身体的大天使“神之力“飞向北冰洋补充肉体之际，上条再次扭转“伯利恒之星“轨道，迎面冲向了大天使，阻止了灾难的发生。最后，上条同“伯利恒之星“坠入北冰洋，一度被认为已经死亡，但实际上是被黄金结社“黎明晨光(又译:绯色日照)“的魔法师救起。
折叠新约
11月5日，同“黎明晨光“的首领蕾薇妮雅·柏德蔚回到学园都市，粉碎了黑夜海鸟对芙蕾梅亚·塞维伦的致命一击。与一方通行和滨面仕上等人会合后，同他们聚集在自己的宿舍房间接受柏德蔚的魔法知识讲解。在追踪他而来的“无线电探空仪要塞“飞抵学园都市上空之际，经由一方通行得知了诱导空中要塞的发信机的放置地点，滨面仕上则驾驶挖掘机破坏了覆盖在发信机上面的水泥地板，就这样在他用幻想杀手将发信机破坏后，要塞直接通过学园都市，坠入千叶外海。
因为自己被“捣蛋鬼“盯上而担心导致学园都市遭到池鱼之殃，所以自己不能置之不理，同时也为了得知幻想杀手的本质，上条接受柏德蔚的劝说，跟柏德蔚、一方通行、滨面仕上、御坂美琴等人于11月10日前往美国夏威夷，阻止魔法结社“捣蛋鬼“在那里引发的事件。在夏威夷，与独自行动的美国总统罗伯特·卡崔联手。在阻止“幕后黑手“奥蕾·布鲁雪克夺取“起爆剂“失败后，佣兵集团“三叉戟“和“捣蛋鬼“混合部队开始利用火山爆发产生的火山灰使夏威夷群岛孤立之机，对夏威夷发动袭击。在保护奥蕾的独生女琳迪免遭总统幕僚洛丝莱因·克拉克赫特挟持的同时，又引出“捣蛋鬼“魔法师莎洛妮亚·A·以黎维卡并将其打倒。在莎洛妮亚倒下后，佣兵集团“三叉戟“也解除武装投降，奥蕾的“美国宗教国家化计划“破产。虽然夏威夷群岛事件平息，但事件却导致二十七个学园都市协助机构和学园都市对立，科学阵营的内战一触即发。感觉到受到柏德蔚背叛的上条，打算独自扛下责任，靠自己的双手来挽回这次失败。
11月13日，在木原加群的引导下前往东欧的巴盖吉城“善后“，打倒了“捣蛋鬼“魔法师玛莉安·史琳格奈亚。但是，“捣蛋鬼“的首领欧提努斯为测试他右手性能究竟到什么程度，出现在上条面前。上条在右臂被欧提努斯握断的瞬间就因为失血过多而休克，而从他右手手腕断面射出的“看不见的力量“也被粉碎。但是他的右手从切断到自行恢复，只花了十分钟就完成了。
一端览祭前日，被欧雷尔斯带回到学园都市的上条当麻，担心被幽禁在“没有窗户的大楼“中、欧提努斯用来制造“主神之枪“的材料芙罗兰·克洛伊杜尼，无论落到“捣蛋鬼“还是欧雷尔斯阵营手里都不会有好下场，协助背叛“捣蛋鬼“的魔法师雷神索尔营救芙罗兰·克洛伊杜尼。索尔透过木原加群留下的后门，演算出“没有窗户的大楼“的装甲板无法抵消的冲击波波形，后依该波形施以攻击试图破坏装甲板。然而，芙罗兰因为受到外界的刺激，自己破坏了“没有窗户的大楼“的装甲板来到外界。为了让欧雷尔斯势力原理捣蛋鬼，并利用双方彼此提防动弹不得之际，乘机先找到芙罗兰·克洛伊杜尼保护她，跟索尔一起向双方释放假情报。其中，上条当麻负责设下能迷惑欧雷尔斯势力的陷阱。上条透过跟踪撤离的“捣蛋鬼“魔法师玛莉安·史琳格奈亚，找出了追击玛莉安的蕾薇妮雅·柏德蔚。本打算透过刻意战败，将写入学生手册的假情报传递给对方，却因为警备员的介入，侧腹被实弹打穿而陷入生死交关的窘境。不过，诱饵情报成功传达，成功将欧雷尔斯阵营跟“捣蛋鬼“隔开。
一端览祭开幕日，从医院溜出来后在第七学区·多层天桥找到了芙罗兰·克洛伊杜尼，却因为失血过多而晕倒，好在以向“捣蛋鬼“复仇为目的灰姑娘为他紧急止血并输入生理盐水后恢复了精力。拜托欠下他人情的灰姑娘制作出最后之作脑的“赝品“给芙罗兰，最后中止了芙罗兰捕食最后之作脑的“机能“。另一方面，为阻止蕾薇妮雅·柏德蔚向芙罗兰出手而向她发出挑战，在被上条识破力量源泉的蕾薇妮雅被打倒后，欧雷尔斯阵营选择撤退。
《新约》第7卷中，上条当麻上了土御门元春的当，被扔进了“男宾止步“的“学舍之园“，并接受了“阻止以灵装发动大规模术式“这项“使命“。在学舍之园，上条不但被当成大变态，还在逃离众多凶暴女学生的途中被御坂美琴发现，就在以为走投无路的瞬间，由第五名的超能力者食蜂操祈操纵的女学生向他伸出了援手。推测土御门所说的有关“明王之坛“的话都是谎言，当上条看见土御门舞夏死亡的新闻后，在食蜂操祈操纵的女学生的协助下脱离“学舍之园“。刚打开原先背了防止追踪而关掉的手机电源，就有云川芹亚以匿名邮件送来的土御门元春所在之处的情报，于是顺着指示前往第三学区贝积继敏的办公室，阻止他杀害贝积继敏。在制伏土御门元春，得知“人力资源“计划后，本应该保护土御门舞夏，但因为不知道她在哪里，于是决定前往“人力资源“的核心芙蕾梅亚·塞维伦身边，攻击“人力资源“的黑幕本身。当恋查(#028)要杀害滨面仕上和黑夜海鸟时，出手相救，并接受滨面的委托去保护芙蕾梅亚。在主题公园“博览百科“，与垣根帝督联手迎击恋查(#029)。正当恋查(#029)的优势无法动摇之际，却因为体内被注入名为药味久子的AIM思考体，内部逐渐崩坏。上条为了要救恋查(#029)，要用右手消灭她体内的药味久子。然而恋查(#029)在败北之际为了保护药味，用自毁的方式来让药味逃出自己的体外。
由于亲眼目睹了夏威夷群岛与巴盖吉城的惨状，因此上条认为不能放着魔神欧提努斯率领的“捣蛋鬼“不管。在反“捣蛋鬼“联合势力全力搜索“捣蛋鬼“的根据地的这段时间，作为破坏“主神之枪“的“王牌“在学园都市待命。当得知“捣蛋鬼“的根据地“海上坟场(日文:船の墓场)“就设置在邻近学园都市的东京湾后，为阻止“捣蛋鬼“和学园都市双方在东京爆发激烈冲突，将东京变为第二个巴盖吉城，打算在双方正式冲突前快攻解决“捣蛋鬼“。跟蕾薇妮雅·柏德蔚、蕾莎、御坂美琴、云川鞠亚等人搭乘超音速客机前往东京湾时，飞机被“捣蛋鬼“魔法师弗蕾雅创造的“地底恶龙“解体，不光落到东京闹市区，还跟大家失散。在透过地铁想东京湾移动过程中，遭遇弗蕾雅的攻击。在命悬一线之际，遭到赶来的御坂美琴粗暴的搭救。最后，在茵蒂克丝的强制咏唱的介入之下，解放了弗蕾雅母女。虽然上条等人赶到了“海上坟场“，但是还是没能阻止欧提努斯成为魔神。于是，世界被欧提努斯毁灭……
新约⑨在被彻底毁灭的空无一物、一片漆黑世界里，只剩下上条当麻和欧提努斯。欧提努斯为打垮他的精神，创造出无数令上条绝望的世界。在欧提努斯最后创造的幸福而完美的世界里，所有人都获得了幸福，这让他承认了欧提努斯拥有拯救世界的力量，不仅自己也失去了跟欧提努斯战斗的动机和理由，还认为自己活着在只会危害这个只有和平和笑容的世界。欧提努斯的安排完美到让他走投无路，差点自杀。但是，在御坂网络的“总体意识“的激励下，决定向欧提努斯挑战。在跟欧提努斯的较量中，上条在不断被欧提努斯杀死的同时也一点一点分析和记住了她的战斗模式，在经历了10031次杀戮后，已经练到身体不需要靠脑袋反应而顺着习惯动作。此时的上条不仅能够避开欧提努斯的攻击，还藉由迎击并破坏了“主神之枪“。但是，虽然上条能跟持有“主神之枪“的欧提努斯一较高下，却最后还是败倒在以“妖精化“术式为中心获得负面可能性的欧提努斯。光靠上条一个人，没有欧提努斯的协助，上条无法将世界恢复原状。要想说服欧提努斯，上条只能站在她面前，将话语送到她心里。上条用败北换来的，是欧提努斯对“创造出来的东西(世界)“感到毫无兴趣，想要回到“原来的世界“。在上条当麻死掉后，无处可去的幻想杀手力量全都转移到欧提努斯身上。回到“原来的世界“只是手段而非目的，欧提努斯真正希望的有个“理解者“(=上条当麻)。于是，欧提努斯明明知道将会被全世界的人攻击，依旧在她“原来的世界“和上条当麻“原来的世界“二选一当中，选择了将世界恢复到后者。
回到原本世界的上条，无法坐视欧提努斯在未经审判的情况下，死于名为正义的狂乱中，决心要拯救欧提努斯。而这时的欧提努斯，身体因为欧雷尔斯他们施展的“妖精化“，内部持续崩坏，正逐渐迈向死亡。从全世界手中拯救欧提努斯的方法--就是“让魔神欧提努斯失去力量“。为了让魔神变回人类，必须从位在丹麦古城的“密米尔之泉“里取回魔神的一只眼睛。于是，上条跟欧提努斯来到丹麦，打算让她在放弃力量后再投降。在从约灵到目的地伊埃斯科城堡的“密米尔之泉“的路上，为了拯救欧提努斯，上条与全世界为敌，过去曾是可靠伙伴的各方领袖、超能力者、魔法师，全都成为袭击上条的“强敌“，他的伤痕也一道道增加。但在“密米尔之泉“，一路看下来的欧提努斯有了“我真的有资格得救么?“的念头，出于自己的意志，她选择拒绝让上条拯救，拒绝再让上条继续背负罪孽，决定使出魔法来自我牺牲。最后，在欧提努斯的“弩“没有射到最后一发前，上条就从欧提努斯背后破坏了“妖精化“的光椿。但因为在那个时间点，魔神欧提努斯已经死了九成九，剩下的部分则擅自重新组合成身高只有十五厘米的欧提努斯。
11月底，在云川芹亚的建议导下，来到第二十一学区的地热发电厂·原形人工湖“吉欧大地“，粉碎了蜜蚁爱愉的计划，再次拯救了食蜂操祈。
12月1日，为了只有15厘米大小的欧提努斯买娃娃屋充当她安全的住所，而和欧提努斯、茵蒂克丝来到第十五学区的巨型综合商业大楼“类钻“。在那里邂逅了伪装成第六位超能力者蓝花悦来这里寻找失踪友人芙兰达行踪的加纳神华，还遭到魔法师圣日耳曼的袭击。因为担心急于保护友人的滨面仕上轻率地刺激圣日耳曼，再次与滨面爆发冲突，但没能拦下。为了让滨面友人安全逃离，甚至打算自己当诱饵。在滨面仕上的帮助下，两人进到芙兰达在大楼上层高级住宅区的“秘密基地“，发现了芙兰达的秘密。当得知圣日耳曼怂恿加纳打算使用灵装“安之盾“向他“复仇“时，上条从滨面的保护下逃脱，用芙兰达为加纳准备的生日礼物将他唤醒。在滨面仕上、麦野沉利、绢旗最爱等人的合力下保护加纳，并在茵蒂克丝、欧提努斯及加纳的帮助下戳破圣日耳曼的“谎言“和“演技“，最后将对圣日耳曼的最后一击让给了加纳神华。
12月3日，在防犯演习中扮演犯人的上条当麻，跟“魔神“之一的僧正相遇。僧正想让上条担任由“魔神“彼此争夺资源带来的世界扭曲--“命运“的计分者和管理各种“魔神“之力的鞘，许诺给他支配世界命运的力量。但上条在回绝了僧正的提案，还骑着“巅峰单车“载着美琴上演大逃亡。好容易摆脱了僧正的追逐，却又碰上了“魔神“奈芙徒斯和娘娘，她俩希望藉由上条的手阻止失控的僧正。最后，在美琴的帮助下，在第二十三学区启动质量加速器，将操纵土的僧正发射到天空......傍晚，跟潜入学园都市一举歼灭娘娘等“魔神“的上里翔流遭遇，却卷入了柏德蔚姐妹之争。上条打算帮助即使牺牲自己也要拯救妹妹的蕾薇妮雅·柏德蔚，而上里翔流则站在即使放弃生存也要拯救姐姐的派翠西亚·柏德蔚这边。在双方的冲突中，上条创造出同时保住两边的选项。最后在“上里势力“的田妻暮亚和“魔神“奈芙徒斯的帮助下解救了被“修格斯样本“寄生的派翠西亚。事件解决后，在跟具有“理想送别“力量的上里的单挑中，虽然幻想杀手被上里的理想送别排除，但里面的东西却将上里打成重伤。
12月4日，因为学校被僧正彻底破坏，上条等人不得不到附近的学校借用教室，结果不仅在那里再次碰上转学到该校的上里翔流，还在5日与上里的义妹去鸣接触。在上里被伪装成学生会长的木原唯一夺走了其右手和“理想送别“的力量后，上条又成为她的目标。最后，木原唯一被接触到并操纵对魔法式驱动铠甲的御坂美琴轰飞。
在随后的几日，学园都市受到(木原唯一统帅的)“Element“和(上里势力府兰制造的)热浪袭击，学园都市的学生都被困在学校的“避难所“。12月8日，为净化游泳池的水为饮用水，上条等人冒着被“Element“袭击的风险被派往供水局去取净水微生物的软泥。在遭到“Element“袭击之际，得到装备对魔法式驱动铠甲的御坂美琴的帮助，并接到常盘台中学接受治疗。常盘台的情报误认为“水晶塔“是“Element“的司令塔，但实际上“水晶塔“是木原唯一锁定敌人的诱饵。在他和美琴等人摧毁“水晶塔“的同时，常盘台中学也遭到木原唯一的攻击。最后是上里势力的去鸣击溃了木原唯一，并将上条转移到她们的据点跟上里翔流会合，一起讨伐木原唯一。
