1879年8月4日，利奥十三又发表了《永恒之父》通谕，宣告“必须按照托马斯·阿奎那的思想重建基督教哲学”，并且把托马斯主义规定为天主教的“惟一真正哲学”。通谕发表之后，他又哭取了一系列相应的措施。1880年5月8日正式成立了“托马斯学院”作为复活托马斯主义的活动场所。同年8月，又宣布托马斯·阿奎那为哲学界“最高权威”。与此同时，这位教皇又责成多米尼克修会再次全面修订托马斯·阿奎那的所有著作，重新出版了8开本《托马斯全集》共48卷（通称利奥版）。利奥十三还发布公函，指令比利时总主教马里在卢汶大学首开托马斯·阿奎那哲学的特别讲座，并于1882年推荐神父、神学博士曼尔西埃主持讲座，从此，曼尔西埃成了复活托马斯主义的重要人物。他一方面亲自聆听教皇关于复活托马斯主义的各项具体旨意，另一方面又为教皇出谋划策，很快组织起以他为首的讲学团体，正式讲授“托马斯·阿奎那高等哲学课程”。曼尔西埃利用教皇指令下所拨的15万法朗，把卢汶高等哲学研究所办成了国际性的托马斯主义研究中心。罗马教皇又开动各种宣传机器扩大影响，使托马斯主义得以还魂。
利奥十三不仅从组织上采取了一系列具体措施，而且又从理论上规定了复活托马斯主义的宗旨，他根据当时自然科学的发展，规定必须使老托马斯主义现代化。他强调，务必使“13世纪经院哲学之王”、“天使博士托马斯·阿奎那的经院哲学原理”同现代科学的发展“结合起来”，要学会运用“推陈出新”的公式，以避免被指控为“教会专门散布蒙昧无知”和“教会是痛恶科学的”。他告诫经院哲学工作者一定要改变过去在老托马斯影响下那种使“天主教徒自己同科学对立起来、采取怀疑甚至无所谓的态度”，因为这种态度“是作茧自缚”，“是不利于信仰的”。
曼尔西埃积极推行教皇的上述旨意，表示“作为现代托马斯主义的捍卫者，一方面应当尽量利用一些新的依据，另一方面应努力使托马斯的基本原理不断地体现现代化科学的研究成果”。在这种情况下，新托马斯主义者们在“卢汶高等哲学研究所”建立起了物理学实验室、心理学实验室等各种科学实验室，进行自然科学研究。他们还先后创办了一批新托马斯主义刊物：西班牙的《神圣的托马斯——哲学与神学注释》（1880年），德国的《哲学与思辨神学杂志》（1880年）、《哲学杂志》（1888年），罗马的《罗马托马斯·阿奎那学院》（1888年），法国的《托马斯主义评论》（1893年）和被罗马教皇规定为机关刊物的《新经院哲学评论》（1894年）等。
由此可以认为，利奥十三即是中世纪经院哲学的最后一个托马斯主义者，又是现代经院哲学的第一个新托马斯主义者。而利奥十三的忠实追随者曼尔西埃则是新托马斯主义的创始人。
新托马斯主义作为一个宗教哲学流派，是托马斯·阿奎那的思想在当代的继续和创新，主要流行于意大利、西班牙、法国、比利时、德国和美洲大陆一些信仰基督教的国家和地区。早期的代表人物有比利时神父、红衣主教曼尔西埃，后来的主要代表是法国的马里坦、吉尔松、夏尔丹，英国的柯普斯敦，瑞士的波享斯基，奥地利的威特尔，美国的布尔克等。
新托马斯主义是一个庞杂的理论体系，这个理论的研究对象是上帝，其出发点和落脚点还是上帝，上帝是这个体系的无可非议的核心。美国新托马斯主义者布尔克曾公开宣称：“这种哲学若不以上帝作为一切实在和活动的基础，就会垮台。”事实也是如此，新托马斯主义的本体论、认识论、伦理学和社会学说，无一不是围绕基督教神学的上帝而展开的。
（1）新托马斯主义的本体论——“存在之作为存在”。
第一，“存在之作为存在”的含义。新托马斯主义者认为，从“可理解性”角度看，“存在之作为存在”是本质的；从存在性的角度看。“存在之作为存在”是实体；从变化的角度看，“存在之作为存在”现实。这里最重要的是，“存在之作为存在”是本质，其他都是由此引申出来的。新托马斯主义者所说的本质，不是我们所理懈的客观事物自身必然性、内部联系和内在规律，而“本质就是思想对象本身”，是超出具体的、现实的客观事物之上独立存在的精神实体。那么，什么是新托马斯主义的“存在之作为存在”呢？马里坦说，它“是一种感性本质隔离和分割开来了的存在，是看作本身并作为纯理智价值而分离出来的存在”。即是说，这种存在根本不是客观世界中具体的感性存在物，而是与物质存在相隔绝的纯粹精神存在物。
第二，“存在之作为存在”是本体论的对象。马里坦说：“哲学是一门借助理性的自然之光来研究一切事物的第一因或最高原理的科学。”新托马斯主义作为一个哲学流派，把神学和哲学统一起来，在解决世界的本质和本源、思维和存在的关系问题时，把信仰和理性结合起来，竭力用哲学语言、思维逻辑大谈本体论一形而上学。他们把形而上学的本体原则贯穿在自己的哲学体系中，来论述上帝与世界的关系，并且把上帝与世界的关系问题，规定为哲学的基本问题。新托马斯主义者为了适合时代潮流，利用现代各种科学成果。好比建筑师有了图纸，再加上原料，就可以结构出房子，质料没有任何物体的形式，只有依靠形式而定型和获得意义。即是说，形式给质料以规定，形式是质料的原则，好比肉体（质料）＋人性（形式）=人。如果没有人性形式，单有肉体就不成其为人。在这里，他们歪曲了亚里士多德的形而上学理论，渲染了其唯心主义部分，为基督教神学进行辩护，认为形而上学的对象不是客观物质世界，而是极其深奥玄虚的“存在之作为存在”，即本体论的对象成了单纯的“存在”，绝对的“存在”，脱离一切感觉性质的“纯粹的理解的价值”。
第三，本体论的存在与非本体论的存在。新托马斯主义以存在本身为对象，又把本质论分为两大类：非本体论的存在和本体论的存在。所谓非本体论的存在，即无生命的物质存在。这种存在是处于较低层次的、缺乏独立性的存在，是偶然的、短暂的存在。这种存在在上帝尚未赋予它们灵魂之前，只是一种潜在的、可能的存在。所谓本体论的存在，是超验的普遍的存在，是超时间、超自然的绝对实体，是“自在地存在着的存在，一种完满意义上的存在”，也就是上帝。并且认为非本体沦的存在依赖于本体论的存在，通过本体论的存在，才能从一种潜在的可能变为现实。这样，新托马斯主义关于存在的理论就归结为一切存在的源泉都是上帝的神学唯心主义结论。这就是新托马斯主义全部哲学的基本前提和归宿。
第四，上帝是最高的存在。论证上帝的存在，是一切基督教哲学的根本任务，当然也是新托马斯主义的基本内容。新托马斯主义者承袭了他们前辈们关于上帝的“宇宙论的证明”、“本体论的证明”、“目的论的证明”、“理性方法的证明”，同时又看到，托马斯·阿奎那以及其他中世纪经院哲学家们的证明，已经被18世纪的唯物主义者们批得声名狼藉。他们也认识到，当前的时代与中世纪毕竟不相同了，仅仅强调托马斯主义的证明是“活的和现代的”是不够的，还必须对上帝的存在提出“现代”的论据。这些“现代”论据主要有：马里坦的“再发现”，其基本内容是，人们首先“直觉”到在自身之外存在着无情的、冷酷的、坚实的、不可抗拒的现实。其次，“直觉”到个人的存在极易陷入孤零、空虚、软弱甚至死亡。再次，“直觉”到个人无情的现实背后有一个绝对的、无可争辩的存在，这就是上帝。马里坦的这个“再发现”，就是把个人在客观现实面前无能为力，不得不顺从不可抗拒的现实，来证明有限的个人之外必然存在着一个无限的上帝，因此，个人为了得救就必须皈依上帝。法国神父戴亚尔的证明，他刀图把进化论同基督教教义统一起来，把进化论分为宇宙生成、生物生成、人类生存、心智生存等几个阶段，提出随着大脑的进化，动物的智慧不断上升，以致进化到人，人类再进化进入超意识和超个人的境界，这实际上就是上帝的境界。他指出：“通过进化论的新人道主义所预感到的超人的完成就会与所有基督教徒所等待的耶稣降世的实现具体地吻合了。”
（2）新托马斯主义的认识论——“理智主义”。
第一，对认识主体的解释。他们承认人的理智可以认识世界，肯定自然科学能够揭示自然规律，也认为人们可以运用自然科学知识改造世界，使之服从于人的目的。然而，他们认为这一切都是以上帝恩赐为前提的，人的认识能力是上帝赋予人的灵魂的属性，他们承认，包括他们自己在内的一切人的身体都是父母所生，是由摄取营养物质所长的，因此肉体不是灵魂创造的。但是他们又反问道：能说人的灵魂也是由双亲所生吗？灵魂是非物质的东西，不可能像肉体的东西那样，分解为最小的细胞、原子，谁也不能把双亲灵魂分解成细胞、原子，用它们来构成婴儿的灵魂。因此，人的灵魂不是由父母所生的，也不是由营养物质所长的。那么人的灵魂是怎样产生的呢？美国新托马斯主义者布尔克说：“对于非物质性的灵魂的起源的惟一解释是认为它是上帝创造的。”即是说，人的灵魂是上帝早就创造好了的，待人的肉体出生时，才把其结合到肉体之中，正是由于灵魂置于肉体之中，才使人成其为人，使人成为具有理智、能够认识周围事物的认识主体。
第二，对感性认识和理性认识的阐述。马里坦说：“观念事实上是我们从感觉和形象中抽出来的……我们除了通过与事物直接接触的感官外，是没有别的办法从事物引出观念来的。
我们只要注意一下一个小孩的心理发展，就会深信我们的一切认识都是从感官开始。所以理智认识（通过观念的认识）毫无疑问必定是得自感觉的认识的。”他们进一步指出，人的感觉功能又是有限的，感官上得到的只是对单一东西的了解，只能感知一个东西的形状、大小、高低、颜色等，不能完成一个抽象的认识过程。而理性得到的知识则是普遍性的知识，它克服了感性的局限性，从而获得事物的观念。这种认识当然是可贵的。然而，他们进一步解释却走向了信仰主义。马里坦说，观念“不能给予我们任何带有个体性的对象的认识”，“不是什么对感觉或形象进行结合或提炼的结果”。他们把感觉对象的个别和理性对象的一般割裂开来，把他们看作是两个根本对立的领域，认为感觉的对象是没有一般内容的个别，理性的对象是没有个别内容的一般。
第三，把人类知识分为三个等级。新托马斯主义者把人类知识分为科学、哲学和神学，并且认为科学所提供的知识仅限于有形的躯壳之外，探索不到躯壳所掩盖着的真正的精神本质，这种知识是不可靠的；哲学属于理性知识，有资格管理和判断一切科学，但还不是最高的层次；神学具有至高无上的权力。在这三个等级的知识中，科学和哲学是“理性认识”，神学则是“超理性知识或信仰”的知识。这种信仰高于理性、高于科学的观点，在人类认识的来源上，最终否定了人的社会实践活动，肯定了上帝的“理智之光”的地位和作用。
