托马斯进一步论述良知的性质和作用，他认为良知尽管是人的行为的理智命令和主观法律，但在实际生活中，良知这一内省的主观道德标准也会出现错误，他引证恺撒《高卢战争》一书说，“过去在日耳曼民族那里并不认为盗窃是坏的”。这表明良知只是依靠对善恶的理解来评判行为，它不是法律本身。在这里，托马斯实际上隐约地感觉到良知作为人类的伦理道德标准，它不是绝对正确和固定不变的，它是随社会历史发展变化而变化的，当然托马斯并未如此明确地认识到这一点。他又强调说，良知的正确与否并不妨碍它作为伦理标准对人的行为约束力，良知始终制约人的行为，人们都要按良知要求做，如违背良知去行为，自己就会有犯罪感。“所以，应当承认，所有良知，无论是正确或者错误，无论是倾向于恶或者是坚持公正，都具有约束力。
因而，无论如何，不可做违背良知的事，否则就是犯罪。”至于良知有时为什么会犯错误，托马斯认为这主要是人有意无意地受后天不良习惯的影响造成的。例如，贪欲、无知、腐败和风俗习惯，还有由于疏忽大意等，由于这些不良习惯对人的理智的侵蚀，最终导致丧失好的良知、产生错误良知。对错误的良知也还要根据不同情况加以区别对待，如果是有意屈从贪欲，迁就腐败风俗习惯等造成的客观犯罪，就要负伦理责任。如果是出于无知或疏忽大意，而使良知背离理智产生的错误，则不能看作犯罪。
托马斯提出良知的同时，又提出“良习”的概念。他认为，“良习”是在人们内心比良知更深层次的道德原则，良习每个人都有并且也是先天的，它是人的本质的一种“自然习惯”。良习的作用是向人们揭示人类普遍尊崇和永恒不变而又明确无疑的基本道德原则，如“行善避恶”等就属此类原则。“良习”与“良知”的关系是怎样呢？托马斯认为，“良习”也可称之为“自然法”，是人们天生具有的关于基本道德原则的自然知识；“良知”则是把基本道德原则应用在个别具体事实的行为。或者把两者的关系归结为“良习”好比思辨理性原则认识在伦理范围的应用。
两者都不是人的某种具体能力，都是道德行为的准则，从这个意义上有时托马斯也把两者不加区别混用。托马斯关于良知与良习的观点受到后来一些宗教哲学家推崇，如当代著名的新托马斯主义伦理学家布鲁孟说：“良习是第一伦理原理的习性，其作用是指出伦理的基本原则，如行善避恶……良知的作用则是决定某一特定或个别事情的可行性与否……良知能犯错误，良习则不能犯错误。”
关于“良习”概念并不是托马斯的发明，实际在历史上，一些哲学家早就先于托马斯运用此概念，只不过他们对“良习”认识与托马斯有所不同。托马斯十分强调“良习”是人天生的自然特性，同时“良习”是不能犯错误，也不会消失等。这是他从神学的立场对“良习”概念赋予新的内涵。古希腊唯物主义哲学家德谟克利特是首先运用“良知”概念的哲学家，他曾说，有些人做了坏事，总也不能忘掉，一直受到内心良心的谴责而备受折磨。这些人不知道人的本性是可灭的，于是胡思乱想虚构出许多关于来世生活的神谈与怪谈。在这里，德谟克利特从朴素唯物主义的立场，来解释良习的作用。后来，斯多亚学派认为“良习”是“维持人们整个精神生命的习性”，即人们内心存在的，保证人的理智合理地自我完善的自然倾向。例如塞纳卡说：良习是“在人内的神”。为此，斯多亚学派主张，要按人的精神本性去行为，才能完善地实现人的精神生命。用通俗的话讲，就是人必须按照自己的良心过真正的生活，才能实现自身价值。托马斯接过“良习”的概念，加以神学的改造。托马斯一方面认为良习是神赋予人的永恒的法令，在人们内心无法抹去，它自觉不自觉地指导人们按这种自然法则去判断、去行为，另一方面他把良习说成是上帝在人的心灵点燃的火种或火苗。这种火种和火苗在人心里是永不熄灭的，只要保持理智，这火种必然存在。火种照耀着人们的内心，指示着人们按自然法则去生活，火种燃烧着，督促人们弃恶行善，鼓舞人们去做好事，当人们做了好事，心．灵就会得到慰藉和安宁；当人们做了坏事，心灵就会受到鞭挞，深感惶恐和不安。既是犯罪的人，他的“良习”也不会泯灭，在良习火种照耀、燃烧下，还可能受到拯救、获得新生。一句话，良习是人类行为的内在基本原则，它与生俱来，与人相伴终身。托马斯用神秘主义阐释良习。
托马斯还认为，良习与神法的本质是一致的，两者都是人类行为的最高准则。它们的区别只是在于上帝以不同方式赋予人类。良习是上帝直接赋予人的心灵的自然法则，而神法则是上帝通过先知和耶稣所颁布的诫命，具体告知人们，它们的本质都是上帝的理智命令，都源于上帝，人们都必须无条件地自觉恪守和遵从。
自我修养的德性。
托马斯认为，规范人们的行为，除了上帝先天赋予人们内心的良知和良习，这些人的本质所决定的自然倾向外，还需要有后天自我修养形成的德性，两者相辅相成，促使人们按上帝的旨意，永不停息地追求至善，去实现完美的人生。
托马斯同样是根据亚里士多德的伦理思想提出了德性概念。但他不是照搬亚里士多德的思想，而是根据重建基督教哲学的需要来修订、补充德性含义，赋予它基督教的思想内容，但同时托马斯为使其神学伦理更加贴近社会现实，也参照了人类社会的一些基本道德观念，来阐释德性学说。所谓德性，他认为实际上就是一种“习性”，而“习性”是人类在长期的社会生活中不断积累逐渐形成的，所以不是先天具有的，而是后天获得的。
在理解习性时，托马斯还着重强调“习性”不同于良知和良习，它是“一种特定的完满的能力”。而良知和良习不是一种能力，人们可以体会到，由于长期养成某种习惯就会使人能够很容易地甚至似乎不知不觉去实践某种行为，这就是“习性”作为能力的具体表现。就“习性”本身来讲它是中性的即无所谓好的或坏的，但作为人们在实际生活中的具体习惯来看，则有可能是好的，或有可能是不好的，好的习惯称之为“德性”或“美德”，坏习惯则是“毛病”或“恶习”。托马斯对“德性”进行概括，“德性”是一种习性，一种使人易于行善的良好习惯。“伦理德性乃是一种选择性的习性，也就是说，习惯于选择实践善的行为。”
以上是托马斯对德性性质的论述，接着他又对德性进行分类研究。托马斯认为德性有两类。一是“本性德性”，这与人的自然本性相一致相统一。还有一类叫“超本性德性”，这是托马斯根据基督教神学思想提出的，除了有人的自然本性外，还有一种超自然、超本性的东西，实际上这就是神灵、上帝之类。因此，“超本性德性”也可称之为“神学德性”（virtutes supematulriles vel the ologicae）。所谓超本性德性，主要是神学上的“信、望、爱”这三种德性，即信仰上帝、希望上帝、敬爱上帝的行为。这三种德性具有先天性质，是上帝直接赋予人类，不是人类的后天修养形成的。超本性德性隐藏在每个人的心灵深处，只要经过圣喻的启示，就能开启心灵的大门使超本性德性显现出来，人们按超本性德性去做，就能使人摆脱世俗各种卑污欲望的诱惑，人的本性就能得到充分完善，自我获得完满的发展。在这里大家可能注意到，托马斯关于超本性德性论述与前面对德性所下定义是相矛盾的，前面说德性是后天修成的，而超本性德性则是先天的，上帝直接赋予每个人的。对此托马斯为了自圆其说，运用宗教神学命题加以解释。他说上帝是超自然的，人要完善自我本性，发展自我，除了后天要养成良好习惯按德性行事，还需要有上帝直接赋予德性，以便更好地趋向上帝，使心灵沟通上帝，能够直接聆听上帝的教诲，按上帝的启示去实践人生，才能使人的生命通向永恒。而超自然的上帝赋予的德性必然同样是超自然的。反之，如果无视或否认上帝的天赋禀性，不把握超自然的倾向，就会使人的心灵蒙上世俗的尘埃，使理智和意志迷失正确的指向，阻断超自然与自然的完美结合，那将庸庸碌碌终其一生，无法使生命超越自然的羁绊，去实现人生的最终目的。托马斯还说：“上帝赋予人的这三种超本性的德性，乃是上帝的恩赐，这恩赐决不会取消人的本性，而只是有利于人的本性，它能够充实完善人的本性。”它既能帮助人有效地去追求至善，实现完美的人生，又有使人的本性得到最大的满足，获得真正的幸福。在托马斯心中，超自然德性是至高无上的，忠实地履行超自然德性的“信、望、爱”，才能真正成为“圣人”和“完人”，这是所有的人都应该不懈努力去追求的目标。关于超自然的德性，托马斯还有许多论述，属于神学伦理学问题，这里我们主要分析他关于人的自然本性德性观点。
根据亚里士多德的理论，他把本性德性分为理智德性和道德德性。托马斯在此基础上进行了新的论述。“所谓理智德性，是指那些能够改进和完善人的理智能力的习性，使理智能够更容易地达到真理。从思想方面来说，它表现三种良好习惯：智慧、聪明、学问（sapientia Intellectus scientia）；从实践方面来说，它表现为两种良好的习惯：明智和机智（prudentia，Ars）。”
所谓道德德性，指的是那些能够使人的情欲按照正直的理智而活动的习性，即在理智的指导和意志的决定上，人性行为所做的事情是符合道德的，换句话说，人无论在理智上、还是在情欲上都要修养成趋于善，才是道德的行为。所以道德德性不单纯是理智问题，而且还有更为复杂的意志控制各种情欲的问题。“人们可以只有某些理智德性，而不一定具备道德德性，这完全是可能的，例如，逻辑学家或数学家在推理或计算上是很精通的…但不一定是有道德修养的人。”从以上论述，我们可以知道，理智德性与道德德性是相互区别的。托马斯又指出，理智德性虽然区别于道德德性，但两者又是相互联系的，不可分割的。
因为理智是渗透于道德德性之中，道德德性也不可能没有理智，“的确，道德德性可以没有某些理智德性而存在，例如不具备智慧、学问、机智，但是不能没有理智和明智”，“人们实践善的活动习惯这种德性，只有在理智指导下才能实现”。托马斯引证说：“苏格拉底曾主张这种观点，他说过所有的德性都是明智的。”
所以，不可能只有单纯的道德德性，而没有理智或不属于像明智这种理智德性。人的理智修养是最基本的。“总之，任何德性不可能没有理智。”道德德性要以正直的理智为导向，才能去实践善。这样理智修养好坏程度，直接影响到道德德性。托马斯说：“理智是人性行为的原则。”在基督教哲学中，应该说托马斯是极为重视理智的哲学家，以至有人称他为理智主义者。
托马斯道德德性的思想，除了主要受亚里士多德影响外，还继承了他的前辈奥古斯丁等其他基督教传统伦理思想，把各派伦理思想加以综合、提炼，形成有自己特点的道德德性学说。他把道德德性分为四种：明智、公正、勇敢、节制，认为这四种德性是基本德性，也简称为四德。
明智德性，指的是“行为的正直合理”，人的行为怎样才能算是“明智”，首先必须是正直，即是行善的，符合人的本性，其次又要是合理，只有两方面都顾及到，才能有效地达到善的理想目的。如果是行为目的很好，但方法选择不当，不行；反之方法可行，但目的不是善的，这都是不明智。也就是说明智之举对行为的目标和手段都要审慎地进行分析，然后才作决断。明智的作用在于明辨是非，分清善恶，权衡利弊，比较轻重，指导人们在各种复杂的环境下，如何选择适当的方法，去达到善的目的。明智即审慎，它使人的行为在正直的理智指导下，采用适当的必要方法，完善地实现自己的目的。托马斯认为：“明智是实现善的生活的必要德性”，同时，也是首要的德性，“在所有的伦理德性中明智名列前茅”。明智规定和影响着其他德性，任何德性都以它为基础。由于明智，使人可以十分理智处理各种复杂情况，按道德规定去行事，而不会丧失理智，做出违背道德的事。这说明，明：智不仅是道德德性，也是理智德性不可或缺的内容，“明智协助一切德性，指导一切德性”。
