托马斯认为本质就是回答“一个对象是什么东西”，或“本质就是定义所指示的东西”。为了便于人们的理解，他举例说：“例如在人的定义中包括的是人性”，而“人之所以为人的，就是指人性”。也就是说人的本质就是人性，这样本质的基本含义也就清楚了，决定一个事物之所以成为某事物的，就是该事物的本质。
同时在理解本质时，还要注意，本质是事物的质料和形式共同组合而成的。如前所述，一切自然物都是质料和形式结合，事物的本质就不仅仅是质料或形式单独一个因素所组成。他说：“本质就是指质料与形式所组成的东西”，就实体来说，“本质不仅仅指质料，也不仅仅指形式，而是指由质料与形式共同组成的东西。”在这里，托马斯强调本质是由质料与形式共同构成的思想，其用意是十分明显的，主要是针对以柏拉图理念为基础的奥古斯丁宗教哲学。当时法兰西斯教派坚持奥古斯丁的主张，认为形式可以脱离质料，事物的本质是由形式决定的，本质先于存在，而人的灵魂是一个独立的实体，人的本性完全是灵魂规定的，人的本质完全在于灵魂。而托马斯则一反传统宗教哲学，他认为，奥古斯丁关于本质和灵魂的论证，过于牵强，尽管他本人与柏拉图哲学、奥古斯丁一样都承认灵魂的存在，但是，灵魂单独不构成实体，灵魂与肉体相结合才组成一个统一的实体，所以人的本质是由灵魂与肉体二者共同组成的，“实体即本质”这是简明结论。这一观点还可以理解为，人是灵魂和肉体有机统一的人的本性，那么也就是精神与物质的统一才构成了人的本质。物质的肉体与精神、灵魂作用等量齐观，这一观点对于以往的宗教哲学来说，有一定的积极进步意义。
那么什么是存在，存在是相对本质而言的。托马斯说“存在”的意义来自动词“是”（est）。“‘是’本身的意义并不指一个事物的存在……它首先表示被感知的现实性的绝对状态，因为‘是’的纯粹意义是‘在行动’，因而才表现出动词形态。‘是’动词主要意义表示的现实性是任何形式的共同现实性，不管它们是本质的，还是偶然的。”在这里“存在”的本来意义指活动本身，它赋予一切事物现实性，而不是特指某一个或某一类事物，存在的自身不是指具体事物的存在，那么存在自身指的是什么呢？只能是上帝。因为，“上帝是全部的现实性，就其自身而言，他不是搀杂潜在性的纯活动，就其与实现的事物关系而言，他是他们的缘由”。这是托马斯对存在基本含义的解释。
就存在与本质二者的关系来看，二者是既相互联系又相互区别雌’。
托马斯认为二者的联系表现在存在是本质的现实。他说：“例如善和人性等，除非先说他们是有的，否则无法指示实际中的善和人性。”所以存在使本质得以实现，“存在说明一种现实。
因为所谓某东西的存在，不是因为它事实上处于潜在状态，而是因为它事实上处于现实状态”。在具体事物中，存在与本质的关系犹如现实与潜能的关系，存在如同现实，本质如同潜能，存在又为本质具体化。就一个具体事物来说，本质由于存在而体现，存在又为本质所“接受”和“限制”。在现实中，人们无法找到任何一个脱离本质的存在，或者脱离存在的独立的单纯的本质，本质无非是一个存在区别于其他存在的东西，凡是存在的，又一定是一种本质的存在。例如，一个人作为实体存在，他必然包含人的本性，如若没有人的本性，也就不再成其为人，而人的本性也就是人的本质规定性，而区别于其他动物。总之，在现实实体中，存在与本质是不可分离的。托马斯概括说：本质是规定其实际的存在为这样或那样的东西，存在是实现其本质，自然界中“一切由质料与形式组成的东西”，实际上也就是“本质与存在的结合”。在现实事物中，存在与本质是绝对不分割的。
托马斯又认为存在与本质又是有“实际区别”的，本质是形而上学思辨方法对实体的抽象概括，例如我们说人性具有真、善、美的本质，就是对人性的抽象概括。没有对实体本质的抽象概括，就不能认识和理解实体。而存在则不同，我们可以认识到实体的存在，但不一定对实体的本质已经理解，或者对实体没有存在的概念，只有本质的概念，仍然可以理解实体。因此，存在不能等同本质，本质也不等同存在。同时托马斯又认为，实现实体的存在其本质都是有缺陷、不完善的，而在最高的存在——上帝那里，则本质就是存在，因为上帝是绝对的、纯粹的有，它的本质又是至善的，存在与本质完全融合为一体。
关于存在与本质的关系，托马斯还有一个重要的思想，就是存在高于、优于和先于本质。托马斯把亚里士多德关于现实与潜能的关系学说、存在与本质的关系、任何事物及本质在未获得存在之前都只是一种潜在、一种可能性，存在的基本特征在于它的现实性，它是使潜在转变为现实的活动。他说：“存在表示某种活动，因为一事物并不因潜在而被称作存在，它的存在基于它在活动这一事实。”本质必须依赖存在，没有存在，本质无所依托，无所承担，也就没有本质。托马斯说：“事物的任何卓越性都是存在的卓越性；假如没有人的实际智慧，就不会有智慧的美德，同理也不会有其他美德。”在实体中尽管存在与本质是相联系的，但存在的活动是自主的，其原因在于自身，而不取决于本质，相反是存在决定本质。他说：“存在无所不在。当一个人产生时，首先出现的是存在，其次是生命，再次是人性，他在成为人之前首先是动物。依此后推，他首先失去理性，但生命和气息留存，然后他失去这些，但存在仍留。”他批判了把存在当作实体可有可无的偶性的观点，本质先于存在、决定存在的观点。他指出，以往宗教哲学对存在的理解是错误的，即认为“存在如同原始质料一样是最不完善的，因此，正如原始质料可被任何一种形式所规定，存在因为它的不完善性，可以被一切谓项表述的性质所规定”。对这一观点，托马斯持完全否定的态度，他尖锐地指出：“我在这里把存在理解为最高的完善性，因为活动总比潜在完善。形式若无具体存在，将不会被理解为任何现实的东西……
显然，我们在这里所理解的存在是一切活动上的现实性，因此是一切完善的完善性。”托马斯一反传统哲学中存在与本质的关系，鲜明提出存在决定本质，以一种存在主义代替本质主义。无怪乎后来一些哲学家称托马斯是存在主义的开山鼻祖。吉尔松是这样评价托马斯的，他说：“作为一种哲学，托马斯主义实质上是一种形而上学，他对第一原则，即存在的解释是形而上学历史上的一场革命。”尽管这一评价有溢美成分，但还是中肯的。
2.认识论
作为宗教哲学家，托马斯认为上帝是万物之源、万物之本，上帝无所不在、无所不能，人们可以通过对实体本质特性的认识，而最终认识上帝的存在，因而十分注重对人的认识能力、认识过程、认识对象的研究。
（1）中间道路的认识论。
在托马斯所处的历史时期，由于社会政治、经济、科学文化、生产力的发展，宗教哲学内部也包含各种不同思想的冲突与碰撞，传统的奥古斯丁学说受到了怀疑和挑战。同时，亚里士多德的哲学思想得到广泛的传播，甚至成为一种时尚，其影响也悄然渗透到宗教哲学内部。在认识论问题上，托马斯分析总结了历史上各个派别的理论，他认为有3种基本的观点：第一种观点是以德谟克利特为代表的影像论，他说：“德谟克利特的主张是我们的一切知识无非起源于影像。这影像是我们所思考的物体中产生的，并伸入到我们的灵魂中。”托马斯对此观点持否定态度，他借用亚里士多德的思想进行分析，指出按德谟克利特的意见，我们的“知识是由影像或影像的流射形成的，可是这种主张正如亚里士多德在《灵魂论》第二卷中所指出的，乃是由于德谟克利特本人同古代的自然科学家一样，没有把理智和感觉区别开来，所以当感觉受到感性事物的变化而发生变化时，他们便认为，我们的一切知识都只能由于感性事物的变化而形成的。于是德谟克利特断言，这种变化，是由影像的流射而出现的”。
第二种观点是柏拉图理念论的认识。托马斯说，“柏拉图却相反地主张，理智不同于感觉，理智是一种非物质的能力，它的活动无须依赖肉体的器官。因为无形的东西不可能由于有形的东西而变化。所以，他主张理性知识不是由于理智接受感性事物而形成的，而是由于分有了个别的理智形式”。“所以，按照柏拉图的意见，理性知识并非来自感性。”托马斯认为，柏拉图完全排除了感性事物在认识发生过程中的作用，知识可以从理念中分有而获得，这是令人难以理解和接受的。
第三种是亚里士多德的认识论观点。亚里士多德认为上述两种观点都不正确，但又都有可取的合理方面。“亚里士多德同意柏拉图把理智和感觉分开来，但是同时他主张，感觉如果没有肉体的合作，自身不会有所活动的，因为感觉活动不仅仅是灵魂的活动，而且是一种组合的活动。”亚里士多德还认为：“感官的任何活动，无不如此。”“在这一点上，亚里士多德曾赞同德谟克利特的意见，灵魂之外的感性事物对组合体产生某种影响，各种感官的活动是由于感性事物影响感觉而引起的。”但是亚里士多德又指出，仅仅依靠灵魂之外感性事物对人的感官的刺激，就能够完成所有的认识，这也是不合适的，在人的认识过程中，应该还有另外一种活动，这种活动称之为“理智的活动”。亚里士多德认为，理智活动是不受肉体感官限制的，因为“没有一种有形的东西能给无形的东西造成印象”，这就需要寻找一种更高级活动形式，即理智活动，才能产生无形的抽象的印象。对此，托马斯又进～步指出亚里士多德与柏拉图的区别，他说：“它又并不如柏拉图所说的，理智活动仅仅依靠某些高级的东西造成印象，而是依靠一种更高级的和更高贵的主动的东西。我们称之为主动的理智，它是通过一种抽象的方法，把感觉接受的映像变为现实。”虽说在认识的产生过程中，外在的感性事物是触发人的感觉的前提，但是“决不能说感性认识是理性认识的总的原因或全部原因，认识的最终形成还有赖于主动的理智”。
综上所述，以上三种观点，第一种观点，片面强调感性事物对感觉的作用，而不了解理性认识的作用，陷入极端的感觉论的错误；第二种观点，忽视和否认感性事物对感觉的作用，而片面强调无形的理性作用，最终导向极端的理性主义，这两种观点，托马斯认为都是不足取的。而第三种观点亚里士多德的既承认感觉印象来源于感性事物，又肯定理性抽象的积极的能动作用，对认识发展的分析是较符合实际的。托马斯十分推崇亚里士多德的观点，称这种观点为“中间道路”，他吸取亚里士多德的观点，并在此基础上加以发挥和创造，构建基督教哲学的新认识论。
（2）感性认识。
在分析托马斯的认识论之前，有必要简略分析一下托马斯关于灵魂和肉体的关系。因为托马斯认为，人是认识的主体，如何理解人的灵魂和肉体的关系，直接影响到对人的认识整个过程的理解。
托马斯反对奥占斯丁主义关于人是由两个实体组成的观点。奥古斯丁主义认为，人是由一个完满的灵魂实体和一个偶然的肉体实体组合而成。托马斯断言，人是由灵魂（精神）与肉体（物质）组成一个统一的实体，而决不是两个实体。灵魂和肉体不可分离，人不仅要有灵魂，而且要有肉体，两者共同构成人的本质，成为现实的活生生的人。如果灵魂没有肉体，好比人们说的鬼怪。而不是人；如果肉体没有灵魂，也就失去生命，只能是一堆物体，而不是严格意义上的人的肉体，它将腐烂。同时，灵一魂和肉体在统一的实体中的性质和作用又有所不同，灵魂是规定性的部分，肉体是被规定性的部分，灵魂对于肉体来说，就像l形式对于质料。“灵魂就是使肉体成为一个人的肉体的那种东西。’灵魂有两个作用，一是赋予肉体以形式，二是控制和推动肉体。肉体也不是纯粹消极被动的，作为质料，肉体是灵魂个体化的原则，它赋予灵魂以个性，为灵魂的活动提供器官和条件。
托马斯还反对阿威洛伊学派关于所有的人都共有一个理智灵魂的说法，认为“不存在共同理智灵魂，灵魂是个体化的，每一个人都有自己的灵魂，个别的灵魂和个别的肉体的结合，构成了独立的个体生命和每个人的独特的活动方式。当然每个人的灵魂又都是全能的上帝创造。总之在现实生活中，灵魂不能没有肉体，肉体不能没有灵魂。它们二者结合在一起，共同活动，才显示出人的本质和能力。一言以蔽之，作为一个人，只能是一个统一的实体，灵魂与肉体虽有区别，但只要是人，则不应该而且也不可能分开，人在其现实情况中，始终表现为一个完整的实体”。尽管托马斯认为灵魂是上帝创造的，但他关于灵魂与肉体的关系中，充分肯定了灵魂不能离开肉体单独存在，而是和物质肉体共同构成人一切活动的基础，这就为揭示人的认识活动奠定了合理性的基础。
正是基于上述关于灵魂与肉体关系的思想，托马斯提出了自己新颖的认识论。
