《神学大全》全书共3大部，其中第1部119个题目；第2部上卷设114个题目，下卷设189个题目，共303个题目；第3部是全书中最短的，只有90个题目，是托马斯·阿奎那未能亲笔写完的一部。前后3部，共512个题目，2669讲，近百万个解答。
现今的《神学大全》全集，由托马斯·阿奎那的秘书作了增补，即续写了四项“圣事”，计4个题目，99讲，另加了3个附注。
至于每一讲的结构，无论长短都是一问一答，即：首先，用“或许”开场，列举出几个与本讲论题相反的观点作为疑问和诘难；然后，根据当时辩论的格式，冠之以“但是，与此相反”，尔后根据作者的观点引经据典，其中多数是基督教教义、教父们的论断和亚里士多德的言论；最后，以“我的回答是”开始批驳和澄清前面列举的反论点，并且阐述自己的观点，本讲到此结束。这样，每一讲都是由引子、引证、陈述、论证和反驳组成的完整的逻辑结构。现今，人们引用或研究托马斯·阿奎那的观点，主要是其中的陈述、证明和反驳部分。这样的结构，条目清楚，层次有序，段落分明，查阅起来极为方便。
这部巨著还有一个特点，就是在任何一讲中，无论是提出问题还是解答问题，都是采用了三段论的方式，即每一个问题或每一个解答都是由“凡是”、“然而”、“所以”这种句式组成的。乍看起来，简直是一部形式逻辑教科书。这种叙述方式虽然层次分明，但是始终一二三、甲乙丙，反反复复，重重叠叠，使人觉得厌烦。有些人称经院哲学是烦琐哲学，这种论证方式也许是原因之一。
《神学大全》题目繁多，范围极广，在基督教史上被称为第一部包罗万象的百科全书。下面对每一部的主要内容作一介绍。
第一部主要内容：这一部的119个题目中，核心是上帝。以上帝为主题，展开阐述了上帝创造万事万物、天使和人等问题。
（1）（第1个题目）关于神学高于哲学。
托马斯·阿奎那断言：“除了哲学理论以外，为了拯救人类，必须有一种上帝启示的学问”，“必须知道一些超出理智之外的上帝启示的道理”。哲学虽然是一门高深的学问，讨论一切存在，可是它毕竟局限于人类理智所能获得的范围之内，而且“不免带着许多错误”。相反，“神学的确实性：则来源于上帝的光照，这是不会犯错误的”。所以，在一切学问中，神学是最高的，是完全可靠的，神学统帅其他一切学问。托马斯·阿奎那又进一步论证说：“神学可能凭借哲学来发挥，但不是非要它不可，而是借它来把自己的义理讲得更清楚些。因为：冲学的原理不是从其他科学来的，而是凭启示直接从上帝来的。所以，它不是把其他科学作为它的上级长官而依赖，而是把它们看成它的下级和奴仆来使用，有如主要科学使用附属科学、政治学使用军事学一样。”
（2）（第2个题目）关于上帝存在的5个证明。
这个题目中最主要的内容，也是对基督教神学影响最大的，是关于上帝存在的5个证明，托马斯·阿奎那称之为通向上帝的5条道路或5种方法。我们将另设一部分专题介绍。
（3）（第3至第26个题目）关于上帝的本性。
托马斯·阿奎那在这里证明上帝的本性用的是先验证明。
理由是：人们不可能像对待具体事物那样去描述上帝，因为谁也没有并且不可能直接看到上帝，要想知道上帝的本性，必须采用形而上学的否定法。他首先声明：“关于上帝，因为我们无法知道他是什么，而只知道他不是什么。所以，我们不能讨论上帝是怎样的，而毋宁说他不是怎样的。”通过否定法排除那些不适合于上帝的特征，如复合体、变化、被动等，就可以获得对上帝本性的认识，如单纯的、完满的、无限的、不变的、永恒的、惟一的等。
托马斯·阿奎那对上帝本性的结论是：上帝是无形的神体，上帝的本质是真、善、美。上帝的这个本质与存在是同一的，因为他绝对存在，完美无缺。上帝本身不存在形式与质料组合的问题，也不存在潜能，只是现实。所以上帝永恒不变，永恒存在，而且无处不在。上帝这个名字的称谓，是积极的、肯定的，这个称谓本身就意味着至真、至善、至美、全能、全知等。
（4）（第27至第43个题目）关于上帝的功能。
托马斯·阿奎那认为，子生于父，不同于父，圣灵是由父与子共同产生的，既不同于父，也有别于子。父有：其作为父的性质，子有其作为子的性质，圣灵就是爱情，所以这三位是各不相同的，各自有各自的格位。但是，就本质而言，三位又是共同的。
父、子、圣灵这三位不存在大小和先后的区别，三位本是一个神，共有一个实体。由于三位而一体，所以通称三一性，即三者的惟一性。这就是神学上反复论证和宣扬的所谓三位一体。在接下来的题目中，托马斯·阿奎那还阐述了对三位一体的认识，认为，人的自然理性不能认识三位一体。他说：“人的自然理性，不能认识三位一体”，“人的自然理性，只能通过受造物去认识上帝”。但是，人“通过自然理性只能认识上帝的一体性方面的事，而不能认识上帝的三个位方面的事”。“如果用自然的理性能力去证明三位一体，有两方面会违反信仰：第一，违反信仰的尊严。因为信仰的对象是超出人类理性所能达到的不可见的东西。第二，违反引人信仰的益处。因为如用不足以取信于人的论证去证明信仰，这不免要引起不信教的人的嘲笑。”
（5）（第44至第47个题目）关于上帝创世说。
这里，托马斯·阿奎那首先阐明了自己对《圣经》上一个观点的理解，他认为，《圣经》上关于上帝从无中创造世界，这个观点本身是含糊不清的，因为照常理，“无”就意味着否定，让人们从否定由去接受肯定是没有道理的。但是，他没有对这一信条进行批驳，而是从维护《圣经》的尊严和教会信条的角度，对这一观点作了新的解释，即：“从无中创造”的真正含义应当是指“不用什么东西”，强调上帝创造世界时，并不是借用什么现成的材料，或者对什么材料进行加工使之变化。，其次，托马斯·阿奎那对涉及基督教神学的根本问题，而且是教会最敏感的问题进行了说明。诸如上帝是无始无终的；宇宙在时间上有一个开端，世界是永恒的吗等。他断言，世界是上帝创造的，世界不可能像上帝那样无始无终，而是在时间上有个“开端”，将来也不是永恒的。但是，他又认为，从“创造”、“世界”这两个概念本身，都推不出世界在时间上有开端的结论，所以，作为一个哲学家未必能够证明这个世界一定就有一个开端。于是托马斯·阿奎那根据谁也无法论证“不可能有一系列无穷的连续事件”这一假设，推断出：从理论上讲，世界可以是永恒的，上帝也可以在永恒中创造世界。
（6）（第48至49个题目）关于善和恶。
在经院哲学里，善恶问题是相当突出的。托马斯·阿奎那列出了这两个题目共9讲进行了分析。他反对善恶二元论，认为善是主要的，是根本的，是惟一的原因。上帝是至善的，上帝创造的一切都是善的，而事物的恶决不是上帝创造的，上帝也决不是恶的原因。他认为，所谓恶，应该定义为“缺陷”，缺少善，无论是事物的恶如残废，还是伦理方面的恶如犯罪，都是“缺陷“，缺少善。那么，如何解释现实中确实存在的恶呢？托马斯·阿奎那说，最好的回答应该是：上帝之所以允许恶的产生，无非是显示整个世界是美好的，正如患病时，就会感到健康的身体的美好一样。
（7）（第50至第64个题目）关于天使和魔鬼。
托马斯·阿奎那在这几个题目下，凭空杜撰了天使的性质，他说，天使也是上帝创造的，他们没有肉体，没有形象，是完全精神的实体，近似于上帝。他们没有位置问题，所以就不存在空间和时间的问题，可说是时时处处都在，甚至可以同时处在同一个地方。天使有认识能力，不仅能认识事物而且能认识自己，但是他们的认识不和物质对象发生关系，不需要借助其他的事物或形象，而是直接认识事物的本性，因而也就没有什么抽象概括和分析综合，不会产生错误的认识。由于天使没有肉体，所以就不会有感性、脾气、贪欲和私情，但他们有最纯洁的爱情，主要是爱上帝，爱上帝胜过爱自己。天使也有自由意志，正因为如此，他们当中的一部分会对抗上帝，或者骄傲、妒忌而堕落成魔鬼，到地狱接受惩罚。像托马斯·阿奎那这样的如此荒谬地振振有词地描绘天使，在基督教史上都是独一无二的。
（8）（第65至第74个题目）关于上帝的创造物。
这10个题目涉及的是上帝创造的具体物，篇幅都非常短，只是简单重复了《圣经》关于7天创世方面的一些言论，诸如有了光有了第一天，空气将水上下分开，地有一个，天有几重等。
这从一个方面反映了作者重上帝、重天使，而轻物质实体的客观唯心主义宇宙观。
（9）（第75至第80个题目）关于人的结构。
托马斯·阿奎那在关于人的结构问题上，首先是重申并坚持基督教神学的传统观点，即人为上帝所创造，人由灵魂和肉体组合而成等。然后他又修改了这一传统理论，表现在：他否定了以往基督教神学家们关于人是由灵魂和肉体两个实体组成的二元论，根据亚里士多德的形式和质料学说，主张人灵魂和肉体不是两个实体，而是一个实体，认为灵魂和肉体如同形式和质料，形式是惟一的原则，即“灵魂是人的肉体的形式”。他给“灵魂”的定义是“就是使肉体成为一个人的肉体那样的东西”。他十分强调灵魂和肉体的统一性，肉体没有灵魂，就不是具备理性的完善实体，就不是一个真正的肉体，就只能是一堆废物。相反，灵魂也不能没有肉体。只有二者结合，统一行动，才显示出人之为人的本性和能力。他反对西格尔等人提出的所有人共同具有一个灵魂的主张，反对灵魂的单一性即理智的单一性。
指出，如果人人共有一个灵魂或理智的话，那么，个人有个人的想法这个事实就无法解释了。他坚持灵魂也是由上帝创造的这种传统观点，但是他又进一步说明，就每一个人的灵魂来说，为了获得它自己的特殊的本性，有赖于肉体，人人都有各自的肉体相结合的各自的灵魂，人的活动都是各自的肉体和各自的灵魂相结合的，是肉体和灵魂的共同活动。在灵魂与认识的关系方面，以柏拉图主义为基础的奥古斯丁主义者们，主张灵魂处在肉体之中而使用肉体。托马斯·阿奎那放弃了这一观点，指出，只有灵魂和肉体结合在一起，人才能获得知识，灵魂只能在感官所感受到的物质对象中汲取知识。他强调，人的知识在于灵魂和肉体合二为一的心理和生理的统一性。即“理智的灵魂不仅必须具有认识的能力，而且也必须具有感觉的能力，然而，感觉不能没有有形的工具，所以，理智的灵魂必须与一个可以成为合适的感官的肉体结合在一起”。
（10）（第81至第119个题目）关于人的知识。
在《神学大全》第1卷的最后部分，托马斯·阿奎那所列的大部分题目是对人类的探讨。他在这一方面的观点，同其前辈的认识理论是有区别的，而且有的观点背叛了先验论的基督教神学传统，可以说，他关于人的知识的一些结论是很有价值的。
首先，他在第84个题目第6讲中，对历史上的认识论思想和理论作了分析和评述。指出：“关于这个问题，哲学家们有三种意见。”第一种意见是以德谟克利特为代表的影像论，“德谟克利特的主张是，我们的一切知识无非起源于影像。这个影像是在我所思考的物体中产生的，并深入到我们的灵魂中”。托马斯·阿奎那认为，这种主张“没有把理智和感觉区别开来，所以当感觉受到感性事物而发生变化时，他们便认为，我们的一切知识都只能由于感性事物的变化而形成。于是，德谟克利特断言，这种变化，是由影像的流射而出现的”。第二种意见是柏拉图的理念论。托马斯·阿奎那说：“柏拉图则相反，他提出理智不同于感觉，理智是一种非物质的能力，它的活动无须依赖肉体的器官，因为无形的东西不可能由于有形的东西而发生变化。所以，他主张理性知识不是由于理智接受感性事物而形成的，而是由于有了个别的理智形式。”所以，“按照柏拉图的意见，理性知识并非来自感性”。看来，托马斯·阿奎那对柏拉图的观点也是不能同意的。第三种意见是被托马斯·阿奎那称为“中间道路”的亚里士多德的意见。托马斯·阿奎那说，为了避免上述两种意见的极端倾向，“亚里士多德同意柏拉图把理智和感觉区别开来，但是同时他主张，感觉如果没有肉体的合作，自身不会有所活动的，因为感觉活动不仅仅是灵魂的活动，而且是一种组合体的活动”。“亚里士多德曾赞同德谟克利特的意见，灵魂之外的感性事物对组合体产生某种影响，各种感官的活动是由于感性事物影响感觉而引起的。”但是，亚里士多德又强调指出，仅仅认为灵魂之外的感性事物对组合体产生某种影响，这是不合适的。对此，托马斯·阿奎那分析说，亚里士多德的理论既承认感性事物对象，又注意理性及其主动的认识能力，这就既符合具体实际，又肯定了理智抽象，所以这种意见是可取的。
