托马斯·阿奎那人生的最后几年，也是他最辉煌的时期。
他奉命重返巴黎大学，投身于中世纪哲学史上著名的“巴黎大沦战”，撰写了被称为基督教经典、并一度成为基督教会官方理论的长篇巨著《神学大全》。他以惊人的精力和才华，奋力研究、思考和：写作，他演讲的足迹遍及法国巴黎和意大利，他颇丰的业绩及其声誉闻名于西欧，也赢得了罗马教会最高当局的赞赏，被赐于“圣徒”、“圣师”、“天使博士”等荣誉称号，被认为是集教父哲学之大成和13世纪后最伟大的经院哲学家。
1.巴黎大论战
托马斯·阿奎那在意大利的这些年，巴黎大学里反对他的人并没有罢休，相反，情况越加复杂，斗争更加激烈，已经发展到白热化程度。斗争的焦点依然是亚里士多德，但这时候的问题不再是亚里士多德的学说是否属于异端邪说，而是转为究竟准真正理解和掌握亚里士多德的哲学思想。这场斗争在西欧中世纪哲学史上称之为著名的“巴黎大论战”。
13世纪的西欧，虽然基督教信仰在社会生活中依然居于支配地位，但是教权与王权的纷争已经充分展开，教会和世俗的人们都处在思想转化之中。学术界当然也十分敏感地反映着这种转化，作为欧洲学术中心的巴黎大学，可以说是各种斗争的集中点。
当时，在巴黎大学里掀起了以勃拉庞的西格尔为首的阿威罗伊主义运动和以圣阿姆的威廉为首的反修会浪潮，这两股潮流彼此呼应，势力强大，并且矛头对准多米尼克修会及其所主持的神学讲座，因而多米尼克修会在巴黎大学的地位、声誉、学术观点、教师职位等受到严重威胁。多米尼克修会总会长为此决定，让托马斯·阿奎那亲自出马，辞去教廷神学顾问职务，离开意大利，返回巴黎大学。但是，按照当时的习惯，通常在巴黎大学只能任教一次。总会长已经顾不得这个常规，：于1268年10月命令托马斯·阿奎那赴巴黎大学重执教鞭。
1269年1月中旬，托马斯·阿奎那在两名助手的陪同下，跨进巴黎大学校门，来到他阔别已久的神学院任教授职务。再次来到巴黎大学，与他1252年第一次进巴黎大学任教时的情况大不相同了，那时他是神学教授，解释亚里士多德思想的权威，事业有成，名声赫赫。那时虽然各派之间也有利害冲突，但主要是传统神学理论与新思潮的较量，是围绕着亚里士多德主义的传播而展开的新旧势力的争斗。现今巴黎大学的文学院取代以往神学院的地位异军突起，他们打着正宗亚里士多德学说的旗号，以亚里士多德思想权威自居，向神学院发起猛烈攻击，并且诋毁托马斯·阿奎那在神学院期间对亚里士多德学说所作的业绩。再加上圣阿姆的威廉的追随者和一些保守派的配合，使得多米尼克修会主持的神学院四面受敌。
神学院的首要敌手是以勃拉庞的西格尔为首的阿威罗伊主义。西格尔是非修会的神职人员，巴黎大学文学院的著名教授。
他曾发表过公开宣传阿威罗伊主义关于人人共有一个理智的观点。这个观点早在1256年就遭到大阿尔伯特的严厉批判和教皇的谴责，但是他没有就此罢休，相反，在短短的几年之后，西格尔又以他所在的文学院为据点，在全校范围内掀起了更大规模的阿威罗伊主义运动。他们崇尚理性，主张哲学要以理性为出发点，极力宣扬以理性为基础的哲学，尤其是欣赏阿威罗伊在注释亚里士多德著作时所阐发的自然哲学，他们以这种自然哲学为根据，不怕触犯基督教信条，提出了灵魂的物质性和可朽性、世界的永恒性和必然性，以及双重真理等命题。西格尔等人呼吁哲学必须与神学分开，因为神学是以信仰为前提的，是宣讲信条和教义的。因为追求信仰的神学不可能正确对待亚里士多德学说，只能歪曲和篡改亚里士多德的哲学。他们公开指出，神学院的教师们，如大阿尔伯特、托马斯.阿奎那，议论哲学，利用哲学，实际是在贬低哲学，歪曲哲学。简言之，西格尔以当时流行的阿威罗伊阐发的亚里士多德的自然主义哲学，向神学院教师所宣讲的信仰主义，发起了猛烈进攻。不仅如此，在西格尔的领导和指挥下，巴黎大学文学院汇集非会士神职人员教师，向以修会会士教师为基地的神学院，挑起了一场大论战。这是学术观点的论战，也是会士与非会士人员争夺教师职位的权利冲突。
文学院的教师试图首先在理论上击败对方，进而把修会会士教师驱逐出巴黎大学的教师队伍。斗争的紧张和激烈程度是可想而知的。
神学院的再一个敌手是圣阿姆的威廉主义者。圣阿姆的威廉虽然已被驱逐出境，但巴黎大学校园内还有不少的追随者，这些人本来就对修会不满，现今他们借助西格尔为首的阿威罗伊主义运动，再次掀起反对修会会士的浪潮，其直接目的也是想把会士教师赶出巴黎大学。更有甚者，圣阿姆的威廉的追随者还联合对改革者不满的法兰西斯派、奥古斯丁派等，利用这些保守派对多米尼克派以亚里士多德学说改造基督教传统理论的抵触情绪，把矛盾集中于多米尼克修会。一时间，多米尼克修会犹如众矢之的。
使托马斯·阿奎那更为痛心的和难以忍受的，是修会与修会之间的争斗。法兰西斯修会、奥古斯丁修会思想守旧，互不团结，他们又串通一起，顽固坚持基督教的传统思想，抵制多米尼克修会主持的神学讲座所阐发的亚里士多德哲学。如鲍纳文多拉拒不承认：以理性为出发点，运用亚里士多德的类比推理，通过对自然界的分析，能够获得对上帝的认识。法兰西斯修会会士罗杰·培根，以其经验论反对托马斯·阿奎那的形而上学论，以其唯名论反对托马斯·阿奎那的实在论。这些人以其各自的立场、观点和目的，联合起来反对托马斯·阿奎那的学说，特别是托马斯·阿奎那根据亚里士多德的理论提出的实体形式的统一性和对创世、世界永恒的解释，成为他们批判的焦点。
重返巴黎大学的托马斯·阿奎那，面对的这场大论战是极其错综复杂的，既有修会之间的争斗，也有会士与世俗神职人员的争斗；既有哲学问题，又有神学问题；既有学术问题，又有权利问题，还有政治因素。对此，托马斯-阿奎那除估计不足之外，更多的便是震惊和愤怒。他即刻以神学院为据点，挥笔反击，投入战斗。
首先他在教会内部进行劝说，说明亚里士多德的理论比柏拉图的说教更有利、更可取，希望奥古斯丁主义的经院哲学和法兰西斯修会的会士们，适应新形势，团结起来，一致对外。
紧接着，他集中主要精力向西格尔宣战。
托马斯·阿奎那根据自己掌握的第一手材料，引经据典，猛烈抨击西格尔及其阿威罗伊学派，指责他们歪曲亚里士多德哲学的原意。早在1256年，托马斯·阿奎那的老师大阿尔伯特就曾奉教皇亚历山大四世之命，写过《斥阿威罗伊学派论理智统一性》，批判阿威罗伊学派，看来未曾见效。现在托马斯·阿奎那同他的老师一样，重提这个题目，很快写出了《论理智统一性驳阿威罗伊学派》，着重批判阿威罗伊的“双重真理论”和“人人共有一个理智”的主张。
针对“双重真理论”，托马斯·阿奎那指出，这个论调是阿威罗伊为分离哲学和神学而提出的，他论证说，神学是一门最高的学问，它囊括其他一切学问。其他一切学问都是神学的婢女，哲学无疑从属于神学。因而真理只有一个，所谓哲学真理和神学真理，最后都汇集到一个真理。或者说，理性的真理使人归向上帝，信仰的真理使上帝同人联系起来。这种方法和出发点上的不同并不排除它们的基本统一性。哲学研究和神学研究是同一个真理进程中的两个不同的方面，它们不是互相排斥的，相反，神学的卓越的方式可以充实哲学。总之，“人的理性通过受造物上升到认识上帝。前者是上升法，后者是下降法，但两者是同一的”。归根到底，受造物表现出来的真理和上帝的罗各斯表现出来的真理，实际上是同一个真理。
针对“人人共有一个理智”的主张，托马斯·阿奎那在《论理智统一性驳阿威罗伊学派》一文中直截了当地指出，文学院里西格尔等教授错了，你们所谓“人人共有一个理智”的观点在亚里士多德的著作中是找不到的。尽管亚里士多德在他的《灵魂论》第3卷中有些含混不清的言论，但是也绝对不会从中找出这样的结论。这样的结论纯粹是阿威罗伊注释时把自己的误解硬扣到亚里士多德学说的头上。托马斯·阿奎那指出，人人共有一个理智的主张本身是站不住脚而且极其荒谬的，不同的人会有不同的思想，人们常说“我想”和“他想”，人们这样说是正确的，谁也不会提出疑义。所以说，全人类共有一个理智是绝对错误的。托马斯·阿奎那又从反面证明说，如果阿威罗伊所注释的“人人共有一个理智”是正确的，你们的论断是可靠的，那么把一个人行为的伦理责任归之于他人而自己全不负责，岂不是荒唐可笑吗？最后托马斯·阿奎那庄重声明：“请看我们对这种错误的驳斥，不是以有关信仰的文件为基础的，而是以理性和哲学家（指亚里士多德）自己的报告为基础的。如果有人大言不惭，以他个人虚假的智慧和傲慢，胆敢向我们已写成的作品挑战的话，请他不要偷偷摸摸地挑衅，也不要在孩子面前挑衅，因为孩子对于这样困难的问题根本没有辨别能力。如果他有胆量的话，请他公开答复。他会发现与他对阵的，不只是微不足道的我一个人，而且还有其他许多研究真理的人，我们将同他的错误作战斗，或将治疗他的愚昧无知。”
托马斯·阿奎那对西格尔等人的错误主张，以及篡改和挑衅行为，到了气愤之至、怒不可遏的地步，他谴责西格尔等教授们不思改悔、错上加错；他揭露西格尔一伙心怀诡计，煽动不明真相的师生起来闹事；他声明自己严阵以待，非弄个水落石出决不会罢休。
托马斯·阿奎那认为，西格尔等人的歪理邪说，是从曲解了的亚里士多德理论中推断出来的，是极端错误、混淆视听的说教，必须加以拨乱反正，以捍卫亚里士多德学说的真理性和基督教教义的尊严。托马斯·阿奎那指出，像西格尔这一类的人，既是基督教徒，是有一定地位的神职人员，又是有一定知名度的教授，其行径影响极大、危害极深，如果不对这批害群之马制造的自杀活动进行彻底揭露和严肃批判，就不能维护基督教的地位和权威。
另外，托马斯·阿奎那又反击了以圣阿姆的威廉反对修会和会士教师的浪潮，撰写了《论精神生活的完满性》、《驳斥阻挠参加修会的邪论》等文章。文章中有理有据地论述了参加修会不是逃避现实，不是脱离社会，指出，会士教师由于修会的精心培育和训导，获得了很高的学历和很深的造诣，因而更有资格、更有能力履行教师职责。
这场大论战，不仅仅是学术观点的争论，也是政治斗争，甚至可以说是特定时代意识形态领域的大论战，所以，不是口诛笔伐能够决定胜负的。正当激烈辩论的过程中，1270年12月10日，巴黎主教宣布了13种应加以谴责的学说，其中第一种就是西格尔等人的“人人共有一个理智”。在这些受到谴责的命题中，除了托马斯·阿奎那的世界永恒说有所牵涉外，其余没有一个是托马斯·阿奎那所主张和讲授过的。这一年，罗马教皇又宣布了阿威罗伊主义为异端。从此斗争形势大为改观，以托马斯·阿奎那为代表的改革派取得了优势。但是，这场大论战仍没有结束的迹象，修会会士教师与其他神职人员教师争夺教职的斗争依然十分激烈，还有的教师推荐西格尔任巴黎大学校长，其他问题层出不穷，斗争此起彼伏。直到1277年，法国宗教裁判所奉教皇的旨意，传讯西格尔，公开宣布革除他的教籍，严禁阿威罗伊主义在校园内传播，斗争才算作了总结。
1272年学年结束时，托马斯·阿奎那接受新的任务，离开巴黎大学，返回意大利。
在如此激烈的斗争中，托马斯·阿奎那也没有中断写作，他以惊人的毅力，边战斗边撰写，不断地深化其思想，条理其观点，完整其学说。他那部被称为基督教经典的巨著——《神学大全》，大部分是在这个时期完成的。
2.一部基督教的经典
《神学大全》是举世闻名的托马斯·阿奎那的代表作，是一部被基督教称之为经典的神学概论。众所周知，中世纪的神学和哲学是浑然一体的，所以，这部著作也是反映托马斯-阿奎那思想体系的哲学概论。
就《神学大全》的写作年代来说，第一部是作者于1267年在意大利任教廷顾问期间写作的；第二部分上下两卷，篇幅超过全书的1／2，是1269年至1272年在巴黎大学任教期间完成的；第三部是1272年在意大利那不勒斯执教时撰写的。这部巨著从开始写作到结束，前后经历了8年时间。
这一大部头的著作，是根据中世纪大学教学论辩方式和当时教材的体例编写的，不分章节，只列有题目，每个题目下分若干讲，讲数不定，有的题目只有一讲，有的则多达16讲。如第1个题目论神学，下设10讲：第1讲，神学是一门学问吗？第2讲，神学是惟一的学问吗……第2个题目论上帝存在，下设3讲：第1讲，上帝存在是自明的吗？第2讲，上帝存在是可以证明的吗？第3讲，上帝存在吗？
