刘仁轨这个人其实是一个文臣，少年时期谦恭好学，即便是在隋末大乱时期，他依旧好学不辍，最终博涉文史。隋唐之际讲究文武合一，因此刘仁轨对于军略同样十分精通。他在太宗时期因为不畏权贵，因此被太宗皇帝所欣赏，官一直坐到了中央的给事中（给事中：上可封还诏书，下可驳正百官章奏，诸诏敢无给事中画押，不得颁行，可以说是极为重要的一个官职）。可是坐官免不了就要得罪人，刘仁轨偏偏得罪了当时颇受唐高宗武则天信任,炙手可热的当朝宰相(中书令、吏部尚书、同中书门下三品)李义府，被贬为青州刺史(治益都，今属山东)。正好在显庆五年（公元660年）唐朝征讨百济成功，于是在当年的十二月就要再接再厉，一举扫平高丽。借着这个由头，恰好刘仁轨又是青州刺史，所以理所当然的就要负责征高丽大军的海路后勤补给。可是当时的天气极为恶劣，海运的风险很大，于是李义府便乘机严令催促刘仁轨尽快实施海运。刘仁轨在军令之下，无可奈何的让船队出海，于是果不出李义府所料，后勤船队在恶劣的天气下尽数沉没，刘仁轨因此差点就被杀头，虽然最后被免予死刑，但是还是把刘仁轨打回原形，令他白衣从军戴罪立功。（唐朝服饰的颜色有严格的限制，白衣是平民的衣服颜色）
就算是这样，李义府依然没有放弃将刘仁轨置之死地，在国内的上下活动失败后，又密令当时驻守百济都城泗沘城的主将刘仁愿，要他在军中解决刘仁轨。可是刘仁愿是一个光明磊落的将军，他不但没有如李义府的意，并且还充分发挥了刘仁轨善于谋略的长处，使得刘仁轨如鱼得水。当然并不是说这样就对刘仁轨本人就一点影响都没有，要知道刘仁轨被削去一切官职白衣从军的时候已经是近六十高龄，如此年纪的人又要去朝鲜半岛这样秋冬季气候恶劣的地方，并且还要随军打仗，对体力的负担可以想象，以此高龄成为一代名将，也可谓是大器晚成的典型。
虽然苏定方打垮了百济的官方力量，可是百济并没有彻底的被平定，唐军在百济的处境远不像想象中那么美妙。首先是百济境内的反抗军依然有着不弱的力量，例如后来也是唐朝名将之一，当时身为百济本番达率兼郡将（相当于唐朝刺史）的黑齿常之就降而复叛，纠集流亡三万余人在山上筑栅自固，唐军进行围剿但却失败，由此四周的降城纷纷反叛。再就是百济的灭亡给了日本非常大的震动，当时日本国内正值实行大化改新，实行新政时期，国内矛盾重重。旧豪族勾结古人大兄皇子反对改革，改革派的核心成员如苏我仓山、田石川麻吕被怀疑图谋不轨。以中大兄皇子为首的改革派虽然对敢于反对的人坚决予以镇压，但仍深感地位开始不稳。
作为日本属国百济的灭亡更是给了革新中的日本中央政府的声望以巨大的打击，为了将内部矛盾外引，另外恢复日本在朝鲜半岛的统治势力，于是在日本的支持下当时在日本充当人质的原百济王子扶余丰被迎回了百济，并且在当时的周留城（今韩国全州西）竖起了百济王室的大旗，非但如此，日本更是派出援军，支持百济的复国运动。在日本的支持下，这一股百济复国军势力急速扩大，在僧人道琛和百济武王从子鬼室福信的领导下整个百济西部纷纷响应，最后发展到围攻刘仁愿把守的百济都城。还有就是新罗在百济灭亡之后也开始打起了自己的小九九，当时唐朝任命左卫中郎将王文度为熊津都督作为在百济的最高领导人。可是王文度却在和新罗王金春秋同听诏书之后离奇死亡。以阴谋论的角度来讲，新罗对百济的觊觎之心也不是一天两天，虽然此时百济在唐朝的掌控之下，但是唐军势力并不稳固，征伐百济的唐军主力已经随苏定方回国，留在百济境内的唐军数量并不占多少优势，所以趁着唐军立足未稳，暗杀唐军最高领导人，使得唐军群龙无首，再利用百济境内的反抗势力对唐军进行压制，削弱双方的力量，以此来达到一口口吞掉百济的目的。
综上所述此时在百济留守的唐军有如风中之烛，形势极其不妙。而刘仁轨在此危急时刻被临时任命为带方州刺史，统率王文度的兵马与新罗军共同援救被百济复国军围攻的刘仁愿。这对于唐军是危机，可是对于刘仁轨则不啻于天降横福，他也立刻意识到了他翻身的机会来了，不由高兴地大喊：“天将富贵此翁矣!”于是于州司请《唐历》及庙讳以行，要“扫平东夷, 颁大唐正朔于海表！”此时的刘仁轨已经将百济复国军视为他日后能重归中枢的重要垫脚石，百济方面自然不知道刘仁轨这边红着眼睛，磨刀霍霍，杀气腾腾。于是鬼室福信一边围攻泗沘城，一边在熊津江口树立了两栅，然后引军与刘仁轨军在栅外合战。于是这些百济军就成为了刘仁轨第一次展现名将风范的祭刀。
是时刘仁轨与新罗军四面围攻，福信大败，败退的士卒争入栅内，由于浮桥狭窄，落水而亡及被斩首的有万余人。刘仁轨乘胜进击，鬼室福信连失两栅，只能解围而去，退守任存城（今韩国全州西）中。仁愿与仁轨会师百济府城，但是唐军人数太少，无法进行追击，只能稳守府城。此役后道琛自称领军将军，福信自称霜岑将军，招集百济叛亡，实力不仅没有因为之前的失败而削弱，反而更加强大。这时，高宗又诏新罗出兵，援助仁轨。新罗王遂遣将军金钦率兵向百济府进发。行经古泗（今韩国泗川），遭受福信部阻击，金钦只得由葛岭道（今韩国泗川县与晋州县之间）退回，由此不敢复出，于是百济唐军与新罗的粮道被彻底封死，物资补给只能靠海运以及在当地征集，处境十分艰难。
此时唐朝的盟国新罗的日子也不好过，唐军参战之前新罗就已经被打得遍体鳞伤，后来在唐军的几乎所有的军事行动中，新罗都是提供大批军粮的一方，不但如此新罗本身也要派兵参战，国内已经是在苦苦支撑。如今形势突变，没了唐军主力做靠山的新罗军不但在百济这边遭到失败，北方高丽也派出了军队对新罗进行攻击，在后面更是遭到了日本的大举进攻，新罗此时自顾不暇，也没有什么力量援助在百济的唐军了。
就在百济救国军形势一片大好之时，内部的矛盾却越来越显着，鬼室福信固然在军中专权，可是与他齐名的道琛虽然号称是僧人，可绝不是那种慈眉善目的和尚。当时刘仁轨给道琛派遣使者劝说他们归降，而道琛居然连使者的面都不见，还说：“使人官小，我，国大将，礼不当见。”其倨傲程度可见一斑。这样两人一人专权一人拔扈，谁都不服谁，这样的矛盾在唐军大兵压境之下还不明显，可是现在唐军被百济复国军压制，矛盾立刻就显露了出来。一场大火并终于爆发，鬼室福信先下手为强，杀掉了道琛，兼并了他的部众。
于此同时在龙朔元年（公元661年）四月，以任雅相为浿江道行军总管，契苾何力为辽东道行军总管，苏定方为平壤道行军总管，与萧嗣业及诸胡兵凡三十五军共四万四千人水陆分道并进，唐军主力再次征讨高丽。
这次征伐前后经过八个多月，苏定方所率水军先破高句丽浿江防线，随后乘胜突破马邑山，屡战屡胜，进围平壤城。此次的征讨，唐军开始改变以往的战争方式，以前征高丽，往往因为辽东严寒，所以一旦进入秋冬季节，往往只能退兵。而现在唐军则开始尝试克服严寒，越冬进行不间断地进攻。这样做的好处一个是让高丽得不到喘息的机会，另外辽东的沼泽和河流在冬季会封冻，这样对大军行军打仗有莫大的好处。就在唐军收复辽东之后，泉盖苏文遣其长子泉男生率精兵数万，死守鸭绿江这条最后的防线，唐军被阻挡在江北，波涛浩瀚，不得渡河；契苾何力到达之后，他“仰天祝祷，具申忠志”，于是“寒风四起，流嘶立合”，鸭绿江水瞬息结冰，唐军因此顺冰而过，鼓噪奋击，高句丽军大溃，泉男生仅以身免。这就是唐军受益于冬季的例子。可是福祸相依，首先就是鸭绿江之战以后，唐朝西边九姓铁勒反叛，契苾何力及所部被调往西面，没能参加围攻平壤的战役，这就大大削弱了唐军的力量。
另外就在苏定方成功地围攻平壤城的时候，泉盖苏文也没有坐以待毙，他老谋深算，看准了左骁卫将军白州刺史庞孝泰率领的南方水战之士耐不得严冬，于是自己主动出击，与其大战于蛇水之上，此战唐军全军覆没，庞孝泰与其十三子全部战死。祸不单行，跟随苏定方征战多年的老副手，浿江道行军总管任雅相因病亦薨于军中，此种情况显然对唐军不利。苏定方军包围平壤城后，更是遇到非常严重的问题。首先，军中所带粮草已尽，此前唐高宗曾派新罗王子金仁问返回新罗，令新罗“举兵相应”，同时敕令新罗输送平壤唐军军粮。但现实状况却令苏定方忧心忡忡，这就是苏定方让信使文泉传语新罗文武王时所说：“我受命，万里涉沧海而讨贼，舣舟海岸，既逾月矣。大王军士不至，粮草不继，其危殆甚矣。王其图之”。此后，新罗军虽输运粮草抵达唐营，但进攻的最佳时机已不复存在。其次，唐军经数月激战，已经疲惫不堪，加之此年天气格外寒冷，平壤周围大雪持续不止。鉴于此，龙朔二年(公元662年)二月初，唐高宗诏令班师。
