话虽如此，洪兰友仍认为“雷震是老板”，又是大家的好朋友，一定会“卖这个人情”的。雷震返回社里不久，即召集编委会紧急会议，以商讨改版之事。这时保安司令部政治部主任王超凡也来到了和平东路二段十八巷一号《自由中国》社，恳求雷震不要再发行这一期了，称此事有关保安司令部的名声，如若发行务请改版后再发，抽去有关孙元锦自杀的文章。
王超凡的这一请求，与洪兰友等人出发点不同，尽管洪的请求其中不乏受人委托，但同时也是为《自由中国》长远利益着想。雷震对王超凡说，绝不能改版，“有关言论自由的问题，《自由中国》的宗旨是，‘要向全国国民宣传自由与民主的真实价值，并要督促政府（各级的政府），切实改革政治经济，努力建立自由民主的社会……’，今因揭发政府压迫人民的事，如不能直言无讳，那不仅违反了我们的宗旨，也就违反了我们的良心……”王超凡表示愿意承担改版的所有费用，还是遭到了拒绝。
王见雷震态度如此坚决，竟当场跪下求情。“……盖恐《自由中国》社不能改版，他可能要受处分，而且饭碗砸破。我看到他那付可怜相，心中实在有些不忍，始允予考虑” ，雷震后来说。王超凡走后，情报局刘瑞符也前来求情……保安司令部虽一向有恃无恐，但毕竟做了伤天害理之事，惟恐千夫所指同时又担心会影响到某些人的丢职或迁升，才派人跑到雷震这里低三下四地求情。
为改版这件事，雷震打电话给黄少谷，想征求一下他的意见。黄当时是改造委员会宣传指导小组的召集人，又是中央常委、“行政院”副院长。雷震未能找到黄少谷，又去张群那里。张对雷震说，孙元锦之妻将此事告到“总统府”秘书处，有关部门已将保安司令部保安处经济组组长李基光拘捕法办。此后，由于种种因素之促成，孙元锦自杀事件终因《自由中国》半月刊同意改版而暂告一段落，有关当局对此也采取了一种较为审慎的低调态度，“一方面消极的用法（戒严法、出版法），不准发行；一方面积极的用情，由高阶层政治人物出面游说” ，雷震终于作出最大的让步。此事传到了王云五 耳中。
9月17日下午二时，雷震去王云五家时，这位前上海商务印书馆的老板“对《自由中国》遭遇亦愤慨” ；与此同时，也引起了青年党立法委员李公权的关注，他撰文质问当局：“这是不是损害言论自由？”9月18日，《自由中国》半月刊在报上发布广告，其中有“兹因故延期两日，改于今日（十八日）发行，敬请读者鉴谅”等字句。因此，“综观此事件的发生，仍然标示着一个国民党当局与《自由中国》互动关系的转折。在此之前，政府不曾干预《自由中国》的出刊，虽有停刊、法办等威胁，但毕竟对刊物的编辑内容尚无实际干涉的行动，在此之后对《自由中国》的干预已呈现为台面上的实际行动” 。
“祝寿专号”
1956年10月31日，蒋介石七十大寿。蒋故作姿态，婉谢祝寿，并“以六事咨询于国人，均盼海内外同胞，直率抒陈所见，俾政府洞察真情，集纳众议，虚心研讨，分别缓急，采择实施……”。这份“婉辞”是透过“行政院”新闻局转告台湾各报刊杂志的。在此背景下，雷震与一些主张自由民主的人士共同策划了一组系列文章以对“国是”提出自己的看法，这就是后来轰动一时的《自由中国》半月刊第十五卷第九期“祝寿专号”。这一期《自由中国》共发表十六篇文章，除一篇社论之外，其余十五篇均出自于专家、学者或在野党领袖之手，其中包括胡适、徐复观、毛子水、夏道平、陈启天、陶百川、王世杰、雷震等人。他们毫无保留地“直率抒陈所见”，在当时政治气压甚低的情况下，发声建言，实属难得。社论系雷震所写，他首先审视了所谓“总统”任期问题，根据当时宪法第四十七条之规定：其任期“……为六年，连选得连任一次”。这时的蒋介石做第二任“总统”已有三年，第二个任期即将届满，之后该怎么办？人们揣测纷纷，也不无忧虑，雷震因此这样写道：
我们于此，不单单想到第三任总统之谁属，同时还想到第四任、第五任，以至无穷。我们诚知，宪法已规定得有“总统”选举的程序，当然无需另立制度。但宪法所规定者，只是民主宪政的格架，而非为其实质。我们一直到现在，对“总统”候选人之选拔，似乎谁都不知道究竟应遵照怎么样的一种方式。第一，政党政治没有确立；第二，今日之执政党及其它党派的内部民主，也都没有确立。这样，我们可说根本上就缺乏一个新的“国家领袖”得以产生的机体。……行宪垂十年，责任内阁，事实上还是徒有其名。其所以致此，一方面可能是由于一党执政，为时过久，民主政治各方面的制衡作用，无从发挥；另一方面也可能是由于历届的行政首长，类都为蒋公一手提拔的后辈，就难免要多受一点蒋公个人的影响，以致对施政的得失成败，都未能负起积极的责任来，国家成了一个由蒋公独柱擎天的局面。这种情形，也是不能行诸永久的……
这篇社论再次提及军队国家化问题。自民国成立以后，“几乎从来就是把长官个人视为军队效忠的对象，士卒知有长官而不知有国家，这已成了不容易打破的传统”。雷震在文中问道：“除了蒋公以外，是否还有人能够仅凭个人的威望来统率三军？即令能得其人，这种办法又是否能与我们所希望建立的民主政治相符合？”胡适应胡健中之邀，写了一篇题为《述艾森豪总统的两个故事给蒋总统祝寿》的短文。此文以故事而时论，曲径通幽，巧发奇中，取艾氏比蒋公，劝后者要做到“三无”，即“无智、无能、无为”。
也就是说，希望蒋介石能够做一个“无智而能‘御众智’，无能无为而能‘乘众势’的元首”。胡适在文中还回忆了自己最初与蒋介石的交往，“我在二十五年前第一次写信给他，我劝他不可多管细事，不可躬亲庶务。民国二十二年，我在武汉第一次见到他时，就留下我的一册《淮南王书》，托人送给他，做一个国家元首最好参考参考淮南王的思想……”徐复观的文章《我所了解的蒋总统的一面》，以心理学的视角而切入，入木三分地剖析了蒋介石的性格，他说：“……蒋公的机会和才能，本可以当中国的华盛顿或林肯，但他到现在为止，还不能说是成功的华盛顿或林肯，这是什么原故？因为华盛顿和林肯，心里不满意国会，但非常忠实于国会；心里不满意宪法，但非常忠实于宪法；心里非常讨厌那些异己的人，尤其是华盛顿，但对于异己的人在公务的接触上，是非常诚恳而亲切有礼；遇到两方有争执的时候，总是克制自己的情感，抛弃自己的成见，站在超然的立场，作诚恳底（不是伪装底）折衷调处……”
徐复观的这番话，巧妙地点中了蒋介石与民主政治不相兼容的专制形象，同时他也建议“把学校中教授三民主义的时间，分一半出来教授宪法”，建言已经十分具体了。夏道平的文章从言论自由说起，要求从现在起就有效地保障言论自由，因为“言论自由是诸项基本人权中之一项，人权而冠以‘基本’二字，是表示这几项人权是人之所以为人的要件。基本人权不是邦国或政府所赋予的，而是先于邦国或政府而存在”。
陈启天系青年党领袖之一，他站在民主党派的立场上，在文章中强调“一党在朝执政，他党在朝监督”的重要作用，“据我看来，依据民主政治原则，讲求改革政治的具体方法，当以培养和平的健全的有力的反对党为第一要务，没有这样的一个反对党，便很难促进实际政治的不断改革。因为任何政府党，如果缺少反对党在野的监督，便必然酿成专权专利的流弊，并养成不负责任的官僚习气”。
陶百川的文章则针对这次蒋介石的“求言”，对台湾社会法纪废弛之严重提出了批评，他呼吁“第一要司法独立，法官要有独立审判权；第二要缩小军权范围……；第三要守法，老百姓守法，执政的人更要守法。因为‘法之不行，自上犯之’，一定要做到‘法律之前，人人平等’，‘法律之内，人人自由’，不可有‘例外’的事和‘特殊’的人”。蒋匀田系民社党常委之一，其观点显然代表民社党，他在文章中主要强调有两点，第一，自由与权力，属于个人者为“自由”，属于政府者为“权力”，并以英国为例，说“……政府自身羁勒权力，使不侵犯人民的自由，不如以人民的自由，限制政府的权力，永闭权力侵犯自由之门”；第二，军队国家化问题，又以美国为例，“……美国现在处两党争夺政权剧战之际，而能全国宴然无事者，即由于美国的军队、警察、特务皆能严格地超然于党争之外，拒受任何政党的影响。……今日国民党党化军队的设计，还是黄埔练兵时，受苏俄顾问的影响，所生的观念的回顾，也可以说是历史的惰性，没有什么新的内涵，发生不了新的奇迹。打破历史的惰性，如同断绝嗜好一样，需要痛下决心。” ……“祝寿专号”在当时台湾社会引起了巨大反响，前后再版十三次。
虽然这是回应蒋介石的“求言”而有所发，但这些主张和建言，非但没有得到应有的重视，却引来了国民党当局更为激烈的反弹，被视为是对威权统治的一次严重挑战。国民党官方所控制的《中央日报》从此不再刊登《自由中国》的广告；军方的《军友报》、《青年战士报》、《国魂》、救国团的《幼狮》、党方的《中华日报》先后对《自由中国》发起了围剿，声称之所以要批评《自由中国》，就是“要揭穿为统战工作铺路的个人自由的阴谋”。 1956年11月16日，雷震撰写《我们的态度》一文，表明《自由中国》半月刊一向“对人无成见，对事有是非”的公正立场，同时强调应以社会利益为最终评估标准，不应作人身攻击。同期的《自由中国》也发表社论说：“这许多的意见，固然我们不能都说是非为政府采纳不可，但是其中有不少的是针对时弊，且为大众一致的要求，政府决不应予忽视，必须真实不虚，毫不折扣的做几件出来给大家看。
如果大家说了许多，而只是变成汇集的档案，束之高阁，则不特有违‘求言’的原意，我们深恐从此会再没有人愿意说话了。” 但这些并没有能够阻止以上刊物对《自由中国》的大肆围剿，相反不断给《自由中国》扣大帽子，“开始进入诬蔑的阶段”，他们指责《自由中国》半月刊“扛着自由民主的招牌”，“经常发表反动言论，散布毒素思想”，并要台湾社会“防止思想走私” 。很显然，此时的性质出现了变化。
