郑芝龙与熊文灿见面，差不多把自己所有的军兵都带上了。熊文灿仔细观瞧，不由得哈哈大笑。
郑芝龙见熊文灿笑得如此欢畅很是纳闷：“不知巡抚大人因何发笑？”
熊文灿一指郑芝龙的军队：“将军请看，你这军兵队伍肤色各异，人种不同，熊某也算开了眼界了。”
郑芝龙听罢，脸上微微有些发热。郑芝龙身为海盗，去过很多国家和地区，故此他的军队中有不少日本人、朝鲜人、南岛语族、甚至还有非洲黑人。
熊文灿笑罢，劝慰郑芝龙：“我久慕将军大名。将军并非真正的海盗，终日打家劫舍，图财害命。将军只是精于海运，在海上谋生活。如果将军不弃，我愿召将军入朝为官，岂不名正言顺？”
郑芝龙双眉紧锁，叹了一口气说道：“巡抚大人有所不知，当初一日，泉州巡海道蔡善继，曾对在下进行过招抚。但他毫无诚意，想要解散我手下的船队，故而前不久我刚和副总兵俞咨皋打过一仗，并杀死水师把总许心素。恐怕朝廷不会轻饶了我。”
熊文灿听罢微然一笑：“我听说将军你打败了都司洪先春，并没有穷追不舍；抓获了一名游击将军，不仅没杀，还把他给放了；俞咨皋将军被你战败，你却把他放走了。这说明将军你与朝廷并无决绝之意。将军放心，此事包在我的身上，我一定会请皇王圣旨免了你的罪责，加封你的官职。”
熊文灿很能说，一番酒宴下来，郑芝龙便有了归顺之心。不久熊文灿请得崇祯皇帝赦免郑芝龙的诏书，并正式加封郑芝龙为“五虎游击将军“。郑芝龙离开他多年经营的海上根据地台湾，坐镇闽海。此时，他的手下有三万余人，船只千余艘，从此为明廷守备沿海以防海盗倭寇和荷兰人进攻。
郑芝龙先后杀掉海上巨匪李魁奇、钟斌刘香，接着平定粤寇，击退荷兰战舰，功勋卓著，明廷上下无不称赞是熊文灿的慧眼识珠。熊文灿自己也是沾沾自喜，
郑芝龙屡立战功，熊文灿作为领导自然受益更多。崇祯五年，熊文灿升任兵部右侍郎兼右佥都御史，总督两广军务，兼巡抚广东。
崇祯十年，义军席卷中原各地。杨嗣昌官拜兵部尚书之后，急需有人帮衬自己的工作。礼部侍郎姚明恭与杨嗣昌关系很好，而姚明恭与熊文灿又是姻亲。在与杨嗣昌的一次闲聊中，姚明恭把熊文灿夸得无可无不可，意思就是熊文灿出山，义军叛乱必定能被平定无疑。。杨嗣昌还真就信了，故而向崇祯皇帝建议，罢免王家祯中原六省军务总理，降为河南巡抚。同时保举熊文灿任兵部尚书兼右副都御史，代王家祯总理南畿、河南、山西、陕西、湖广、四川军务。
崇祯皇帝听说杨嗣昌要保举熊文灿，心中游移不定。他思虑再三，就派了内侍臣杨荣前往广东暗查熊文灿究竟如何。杨荣一到广东，就以采办的名义来拜访熊文灿。
熊文灿在官场多年，深晓为官之道。他将这位从京城来的宦官视若上差，不仅热情招待，还赠送了他一份厚礼。二人就在熊文灿的巡抚衙门大喝了十天十夜，到了最后，基本上谁都不认识谁了。
喝酒当中，杨荣兴致越喝越浓，不由自主说道：“熊大人，你可知当今陛下因为逆贼李自成、张献忠等人，终日夜不能寐吗？”
此时的熊文灿右手举着酒杯，脸上已经红霞过耳：“天使大人，逆贼这么多年四处作乱，动荡中原，皆因朝廷官员无能，不能为陛下分忧。不是熊某吹，倘若让我去平灭逆贼，何至于让他们如此猖獗！”
杨荣见熊文灿说得如此有底气，急忙站起身说道：“咱家并非要去采办之人，而是奉了当今皇上的旨意来考察你的。十日相交虽然很短，但咱家我看得出来，先生的确是盖世奇才。我遍观朝中诸位大人，都不如大人您有真实的才干。除了你，恐怕再也没有人能平灭李自成、张献忠这帮逆贼。”
熊文灿听罢，不由得激灵打了一个冷战。刚才吹牛吹了老半天，不成想这位天使内臣是崇祯派来考察自己是否胜任中原剿匪总司令的。中原纷乱，唯有两广与福建未受波及。熊文灿并非杨嗣昌那般有雄才伟略，更没有卢象升那样的爱国情怀，他本来就是打算在两广巡抚这个职位上一直干到退休的。
熊文灿这时后悔失言，便开始扯出自己出任的五大难处、四大不行。
杨荣连连摆手说道：“熊大人何必过谦。我此番回转京城，一定要在当今皇上的面前为大人多多美言。如果皇上下旨委以大人剿贼重任，还望大人莫要推辞！”
杨荣回去之后，在崇祯皇帝的面前把熊文灿吹嘘了一番。最终的结论，就是熊文灿的的确确是个不可多得的人才。
领导选拔人才，自然都是靠身边的人来推荐或是评判的。熊文灿究竟是个什么货色，崇祯哪里晓得。既然杨嗣昌与杨荣都极力保举，崇祯大笔一挥，那就他了。
崇祯十年四月，熊文灿升任兵部尚书兼右副都御史，接替王家桢总理南畿、河南、山西、陕西、湖广、四川军务。
既然圣旨都下了，熊文灿自然不能违拗，只得前往安徽平叛。熊文灿是个老油条了，出行之前，他就给崇祯皇帝上了一道表章，既然让我组织平叛，那我就需要兵权。安徽、河南、河北、两湖、两广所有各路总兵都需要听从我的调遣。
熊文灿赴任途中路过庐州，突然想起自己多年前的一个好友，空隐和尚。熊文灿带着礼物拜访空隐，二人见面未等熊文灿开口，空隐便双手合十说道：“熊大人，你仔细看看，你的项上人头还在吗？
