1799年2月，拿破仑留下德塞将军留守埃及，自己亲率1.2万人向叙利亚进军，战事进展十分顺利。
土耳其已经对法宣战，并派出一支军队取道叙利亚去收复埃及；另一支远征军则正在罗德岛集结。拿破仑同所有的名将一样，从不甘居于守势。
拿破仑的信念和他好斗的本性都促使他主动打击敌人，而不肯等着挨打。他论证说，他能够在冬季强风停止之前出击，并消灭在叙利亚的土耳其军队。若等到强风止息，那么，另一支土耳其远征军就会试图在阿布基尔登陆了。他如果在埃及坐等，也许就不得不同时迎击两支来犯的军队。反之，如果进击雅法和阿克尔，他就会搞掉敌军的主力。
正如拿破仑于1799年2月10日给督政府的信里所说，他一旦占领了那两个城市，就会使英国舰队失去供应基地，从而使它在埃及沿海难以活动。就以上各点来说，他出征叙利亚的理由是可以理解的，也是正确的。
拿破仑说：他将亲自完成这次征服叙利亚和东方的大业，只留下德塞和他的编外的埃塞俄比亚雇佣兵保卫埃及；他将唤起黎巴嫩和亚美尼亚的基督徒起来造反，推翻土耳其人在亚洲的统治，然后就向君士坦丁堡或德里进军。
1799年2月17日法军占领阿里什堡，接着，又占领了加沙。3月7日突袭雅法，并占领该城。3月20日，拿破仑的军队开往阿克尔城。
阿克尔的守军固守得很严密，阵容也很强大，指挥官由英国人担任，英国军队还从海上给守军运来粮食和弹药。
当拿破仑到达卡梅尔山的时候，运载其攻城炮的船只也到了阿克尔港外，不幸这些运载船由于雾大，正好落入英国海军舰队的怀抱。因此拿破仑攻城时不仅没用上这些重炮，反而倒遭了这些重炮的轰击。
但拿破仑并不气馁，经过10余天的布置，3月28日，开始了第一次强攻，此次没有成功。4月1日又一次实施进攻，结果也伤亡惨重没有成功。
此时，英军又派3800名陆战队员增援土耳其守军，法军一时难以攻克。在拿破仑久攻不克时，大马士革的帕夏又派出了一支土耳其大军从后方攻击围城的法军，克莱贝尔率领的一个2000人支队在阿东南厄斯德累伊伦平原的塔波尔山遭到了攻击。经过了长达10小时的英勇抗击，法军眼看不支，千钧一发之际，拿破仑亲率邦师赶到，及时击退了这股土耳其人。
当晚，拿破仑在一个修道院过夜，后来的五周，拿破仑不顾伤亡，仍然组织部队向要塞强攻，结果都没成功，而且总工程师加法雷利将军也战死了。眼看无法攻克，伤亡又越来越大，拿破仑只得放弃了攻城计划。接着，法军开始撤退。
在这些苦战过程中，拿破仑抽调了相当大的兵力，派往内地，去打退一支企图为阿克尔解围并入侵埃及的土耳其和马穆鲁克部队。第一次遭遇战是在拿撒勒附近打响的。在那里，朱诺表现了当年在意大利成名的那种智勇双全的特点。
决定性的一仗，是在离塔博尔山山麓不远的厄斯德累伊伦的平原上进行的。在那里，克莱贝尔师的2000人有好几个钟头受到骑兵和步兵的沉重压力，这些兵是从土耳其和苏丹的各个领地调来的杂牌军。克莱贝尔这位身材魁梧的阿尔萨斯人的英雄气概和他部下的坚韧耐战也几乎抵挡不住这些穆斯林骑兵和步兵的猛烈冲锋。后来，终于听到了拿破仑的炮声。这位主帅率领着排成3个方阵的援军飞驰前进，很快地就把云集在法军周围的东方人扫荡开了。最后，两支法军密切配合，把敌人赶回各个山口，其中有些山口由于拿破仑有先见之明，法军已先行占领了。
这一事实说明，尽管英国控制了地中海的制海权，挫败了拿破仑建立“东方帝国”的计划，但埃及大陆的控制权仍牢固地掌握在法军的手中。
4月15日，两师兵力的法军由于作战英勇、布防巧妙，把近30000名敌军打得溃不成军、望风逃窜。而这两师人的总数还不到敌军的七分之一。在近代战历史中，从来没有比这次集结精兵，以少胜多的范例更为接近当年亚历山大大帝的战绩了。很可能，克莱贝尔就是想起了这些才在战场上与他的司令官相见拥抱时说：“将军，您多么伟大呀！”
拿破仑和他的部下当晚在拿撒勒的修道院里过夜。修道院长向他们讲了《圣经》上的天使加布里埃尔向圣母玛利亚报喜的故事。当他讲到天使把一根柱子折断的时候，法国军官们哄堂大笑。司令官对这种不合时宜的失礼行动，结起眉头，于是立即制止了他们的笑声。
看来，这一胜仗促使黎巴嫩的基督教徒们下了决心和拿破仑联盟。他们签订了密约：12万名士兵由他来装备、供应，但这个问题最终还要看围攻阿克尔的结局如何而定。
5月24日，法军到达雅法。至于建立东方帝国一事，纳布卢斯附近的各部落公开表示的敌对态度已经说明，拿破仑争取穆斯林的努力完全徒劳无功。西德尼·史密斯爵士则在叙利亚的基督教徒中巧妙地予以散发，从而部分地抵消了拿破仑争取基督教徒的努力。
在埃及竭力想安抚穆斯林，而到叙利亚又鼓动基督教徒起来反对伊斯兰教主，这种做法确实是徒劳的。这种在宗教问题上见风使舵的行为，却全然忽视了东方人宗教信仰的虔诚不渝。
幻想破灭的痛苦再加上对伤病员的同情心，使拿破仑有一次对自己失去了控制。他下令所有的骑兵一律下马，以便让出足够的马匹来运载病号和伤员。军队于6月14日回到开罗。
7月25日，法军对从阿布基尔附近登陆的1.5万名土耳其军队展开了猛烈进攻，在缪拉和拉纳率领下，把一支在阿布基尔湾登陆的土耳其大军赶下海去了。这时，拿破仑和他的军队对于战胜他们所蔑视的敌人都感到厌倦了。在这种心情下，他从西德尼·史密斯爵士那里收到一捆英文和德文的报纸，这些报刊登的是直到6月6日为止的新闻。读了这些消息后，他很快地作出了决定。消息的内容为：一个强有力的反法同盟业已成立；法国已丢失意大利；法军在莱茵河地区屡次败北；法国国内四分五裂，普遍存在怨恨与绝望情绪。这一切都把他的思想从不可捉摸的东方，引向了西方。
这不正是他渴望已久的时机到来了吗？于是，拿破仑果断决定：将远征军交给克莱贝尔将军指挥，并授权他考虑一切有关撤出埃及的事宜。拿破仑于8月22日至23日夜间在亚历山大港登船。
拿破仑的两艘快速舰载着他和法国最优秀的一些人才。拿破仑的快速舰运气极好，避开了游弋的英国舰艇。他和他的战友们在阿雅克修作了短暂停留后，于10月9日在法国登岸了。
拿破仑回来后，当地的法国人非常兴奋，以致不顾检疫的规定把他们陪送上岸。他们大声说，“我们宁肯要瘟疫，也不要奥国人。”这样的情绪，其实还不足以充分表达整个法国对这位东方的征服者凯旋的激动感情。
拿破仑远征土耳其虽然没有结果，但在这近17个月的时间里，他占领了马耳他岛，征服了上、下埃及，消灭了两支土耳其军队，生擒了土耳其军总司令，洗劫了巴勒斯坦和加利利，建立了一大片殖民地，并搞成了埃及的“文艺复兴”。
因此，法国人民还是把拿破仑当作英雄来欢迎。拿破仑演出了世界近代史上著名的一幕。
