一个多月后，宇文化及军中粮尽，无力抵抗，他向李神通请求投降。这本是一件皆大欢喜的好事，但出乎意料的是，这位唐朝的李郡王竟然拒绝了宇文化及的投降要求。他说唐军将士拼着老命、小命打了这么久，城破在即，决不能接受对方投降，必须真刀实枪地攻下城池以显示唐朝国威，然后再瓜分城内的财宝玉帛慰劳将士。
李神通的想法太有意思了，让人觉得有点不可理喻。这就好比一大强盗要去小强盗家入室抢劫，小强盗架不住大强盗撞门砸窗的攻打，便说，别打了，别打了，俺愿意认输，自愿把家里的定期存单、活期存折、取款密码外加私家自行车全部送给你。大强盗听了却不依不饶地说，那不行，俺得自己把你家门撞开，亲自进去拿，这才显出俺的超抢本事。这思维不能不说另类，结果不能不说滑稽。
宇文化及觉得很伤自尊，原来自己贴钱投降都没人要，瞧这皇帝当的！当初觉得不当白不当，现在才知道，当了也白当。
李神通这一明显糊涂的决定急坏了他的安抚副使崔世幹。因为此时已经称帝的窦建德正率领大军从乐寿县（今河北易县）赶往聊城，在窦建德眼中，宇文化及是大逆不道的弑君祸首，他要替隋杨主持正义，清理门户。崔世幹心急火燎地对李神通说，窦建德的军队马上就要抵达，如果到时唐军还没有平定宇文化及，将内外受敌，必败无疑。既然现在拥有“不攻而下之”的绝好机会，怎么能因贪图城内财宝而不接受投降呢？崔副使句句都是“警世通言”，条条都是“醒世恒言”，可到了李神通耳里，相当于没言。见崔世幹总是在他耳边叽叽喳喳，李神通特别生气，叫人将其囚禁起来。
因为囚了一个人而失去了一座城。李神通很快就为自己的行为付出了代价。
宇文化及被李神通拒绝后不久，他的弟弟宇文士及从济北运来了粮食。于是，像吃了菠菜的大力水手一样，宇文化及军元气逐渐恢复，又对唐军组织重新抵抗。但在李神通的严厉督战下，唐军不断发起猛攻，破城机会还是出现了。贝州刺史赵君德带着一部分士兵率先登上了聊城城墙。
攻城战中撕开了对手城墙的一个缺口，就等于抓住了对方的衣领，只要顺势向下拉扯，对方就成为半裸了。这本是乘胜冲击、扩大战果的上好时机，但李神通生怕赵君德抢了攻城的头功，赶紧命令部队收兵回营。赵君德气得破口大骂，但军令如山，他不敢违抗，只得带兵撤下城头，又一次占领聊城的机会白白失去。在战场上做出这种出格的“耍猴”行为，也只有身份特殊的郡王才敢，换作任何人，赵君德往李渊那参一本，耍猴者就得人头落地。但郡王的身份太显赫了，和皇帝血脉相连，一般情况下，一般人是不敢去告御状的。
随着赵君德撤出战斗，唐军攻克聊城的愿望彻底破灭。因为窦建德军团已离聊城近在咫尺，李神通不得不忍痛放弃这块已经进嘴两次又吐出来的聊城红烧肉。
宇文化及太倒霉了，简直就是一盘霉干菜，人人都想吃掉他。李神通刚刚离去，窦建德又急急赶到。宇文化及被李密打败后本身就实力有限，哪经得住两大军团凶猛的车轮战？窦建德将聊城团团包围，从东南西北四面同时攻打，并动用了攻城的重武器，上百名士兵同时操作的厚重的撞车使劲撞击城门和城墙，抛石车发射出的巨大石头雨点般地砸向城内，宇文化及军伤亡惨重。这时候，一个“非著名土匪”的出现为宇文化及的一切划上了句号。他就是隋末第一个聚众造反的山大王——山东铁匠王薄。王薄虽然第一个“抢鲜”吃了螃蟹，但造反事业一直没有起色，被隋朝名将张须陀打得躲到山里过起了半隐居的生活。后来宇文化及为了加强军事力量，到处高薪聘请有造反工作经验的人士加入自己的队伍，王薄听说后，便带着队伍来投宇文化及，与他一起守护聊城。当宇文化及还在指挥军队做着最后的抵抗时，王薄却指挥手下打开城门迎进窦建德。
窦建德进城后活捉了宇文化及和他的手下宇文智及、杨士览、许弘仁等骨干成员，当着所有隋朝官员的面将这几个人斩首，并将他们的首级悬挂在军营门外示众。古代这种把死者的头颅当灯笼的做法太没有人道主义精神了，在文明社会里，这是典型的侮辱尸体行为，是要负法律责任的。当然，宇文化及比他的部下“待遇”好一点，他和自己的两个儿子没有和大家一块大呼隆砍头，而是被囚车运到他的河北地盘上“开小灶”处死。他死后更是身首异处，头被割下来装到箱子中送给了远嫁突厥的义成公主。当然不是义成公主对宇文化及的“破野头”感兴趣，而是一直巴结突厥的窦建德想告诉义成公主：我帮你报仇了，除掉了杀死你干哥哥的罪魁元凶。细想一下，真是有点迷惑，在那个年代，即使是再迅捷的“EMS”，将一颗血淋淋的人头传递到千里之外，恐怕也早已是腐烂不堪了吧？一个皇家公主真的会亲自过目这种恶臭的垃圾吗？真的还能分辨出这头颅是“谁家那小谁”的吗？
攻打宇文化及那会儿，窦建德的军事力量是很强大的，他在河北一线攻掠不停，夺得了众多郡县，并于公元618年年底称帝，国号为夏。窦建德和刘武周、王世充等其他造反王不一样，他的口碑很好，无论是正史记载还是民间传说，他的形象都是以正面为主的。现在的山东、河北地区一带的“窦王庙”都是和纪念窦建德有关的。
在所有记载窦建德生平事迹的正史中，几乎找不到负面的文字材料。而从各方综合分析可知，窦建德确实比较注重“建德”，属于中国历史上为数不多的德行很好的农民军领袖之一。他不贪财、不好色、不奢靡、不嗜杀，是一个十分难得的“四不先生”。
窦建德视金钱如粪土，从不依仗地位聚敛钱财。史载其“每战胜克城，所得资财，悉以分将士，身无所取”。一场胜仗打下来，所有的缴获不必归公，贵到金银财宝、贱至针头线脑，一律由大伙均分，而指挥战斗的最高领导却分文不取。这种无视金钱存在的领导干部在任何时代都是值得效仿和学习的。在男女关系问题上，作为一国之君，正值壮年的窦建德并没有沉湎色欲，历史上找不到他与色字关联的揭发材料，这对一个生理正常的皇帝来说，是极其了不起的罕见“事迹”！在攻打下聊城后，窦建德俘获了数以千计的宫廷美女，对这些从全国各地选来的“皆有容色”的漂亮美眉们，窦建德并没有占有她们，而是“即时散遣之”，让她们有家的回家，没家的嫁人。这和李渊的差别太大了，李渊称帝以后，和大唐第一功臣李世民一样用力，一样忙——忙于“床上运动”。儿子在外面打仗，老子在床上打仗，经常是李世民隔段时间从战场上回来后，发现又多了一批他叫不出名字的弟弟妹妹。聊城之战两年后，当洛阳被唐军攻陷后，五十五岁“高龄”的唐高祖李渊还特意派自己的贵妃从长安赶到洛阳，为他挑选洛阳宫中的出色美人。
在饮食方面，有条件天天山珍海味、顿顿大鱼大肉的窦建德却是一个简单简朴的素食主义者，他“不啖肉，常食蔬，菇粟饭”。一个皇帝居然不吃肉，只吃普通的蔬菜和粗米饭，就像某句广告词所说：“瓜果蔬菜牛奶好。”这种生活方式够时尚够环保。在这点上，窦建德的老婆曹氏和老公夫唱妇随，她“不衣纨绮，所役婢妾，才十许人”。如此高级别的富婆贵妇却不穿品牌服装，只有十几个服务人员。这夫妻俩完全可以被评为艰苦朴素标兵。
