事实上，秘密会党也以“革命元祖”自居，到处谋求“坐江山”，成为与革命党争功夺位的对手。长沙起义后，焦达峰做了都督，秘密会党的人踏破都督府的门槛，因为，“焦大哥做了都督，今天是我们洪家天下了”，喽啰纷纷跑来谋一官半职，最差也要混口饭吃。以功自居的秘密会党也趁机任人唯亲，招兵买马，争夺地盘，将衙门变成自己的山堂、公口，公然在军政府公署门前挂起“大汉公”、“大陆公”、“光汉公”等公口招牌，扩大自己的势力，搞得乌烟瘴气。而一些民众见秘密会党得风得雨，纷纷参入秘密会党以图利，有些地方竟呈现“上自都督，下至微职，以及军队大小职官”，无一不是会党中人。
一时间，秘密会党合法化了，秘密的变公开了，被打压的掌权了，咸鱼翻身了，但是，秘密会党并没有因合法化而从根本上改变自己的生存之道，仍然将自己那一套发扬光大，该办赌场的还是办，该开妓院的照开，该走私贩毒还是照旧，甚至跟土匪勾结合伙做生意。这样，革命胜利后，革命党力图建民主法治，而秘密会党既与革命党争权夺利，又逆民主法治而行，这一对在革命中结下的难兄难弟，一下子成了冤家仇人。
可以共患难，不能同享福。
革命党本来是想利用秘密会党以壮声势，达到革命目的，并没有真正把他们转化成革命组织，把秘密会党成员变成“革命同志”。当然，在革命的过程中恐怕也来不及做秘密会党的转变工作。江山一下子打下来了，两种并没有完全融合的力量在“坐江山”和新理想上出现了分歧和矛盾，秘密会党对于革命党不再是帮忙，而是添乱，于是，革命党需要重新对待秘密会党，将这个从前的抬庄者，现在的拆台者整顿一番。
1912年1月29日，眼见秘密会党对新政权的添乱和拆台，孙中山这位曾经被秘密会党奉为“老大”的人，与秘密会党合作了那么多年的民国临时总统，在给江西马毓宝暨南昌各界的电文中说：“近闻省垣有呼群聚啸，扰乱地方之事，倘不严申禁令，殊与本总统建立共和国宗旨有违，即各界保民起义，初心亦当不愿有此。建设之事较诸破坏之事尤难，所有朋比异同，易于误会之举，尤宜痛行戒绝，民国前途实有赖焉。”
孙中山的讲话代表了革命党人的普遍想法，就是不想让秘密会党这些要形象没形象，要纪律没纪律，要抱负没抱负的游民群体来争权夺利，破坏自己这个将来要靠争取民意而执政的政党形象。既然要从立场派系上与秘密会党划清界限，于是原先与秘密会党称兄道弟的革命党人，越来越疏远他们，存在着对自己形象的爱护，希望以良好的政治形象赢得更多的民意，不希望跟乌合之众一般的秘密会党相提并论。于是总统发话，革命党立即掀起了镇压秘密会党风潮。
江西都督李烈钧对秘密会党的骄横非常不满，明确表示：“各会起源，虽因对待满清而设，兹既复我汉家疆土，还我汉人主权，备会目的已达，自应取消会名，各谋划生业，共进文明。”云南的蔡锷规定：“凡群众合立公口，开山堂，歃血定盟，结拜兄弟，图谋不轨者，从左之区别处断：首魁处死刑……”而广东、四川、浙江、上海、安徽等地也都对秘密会党活动通令禁止。
与镇压相“配套”的舆论宣传也启动了，全国报纸无一例外地将造成民初混乱的矛头指向黑社会，报道各地镇压秘密会党，秘密会党头目被正法的辉煌成果，谴责秘密会党破坏社会，危害法纪，言辞中充满蔑视和敌意。茶余饭后坊间都在谈论秘密会党如何之闹事乱来，如何之可气可恨，必除之而后快。满以为打下江山就可以以功臣身份坐江山的秘密会党做梦也没有想到，对权力金钱美人豪宅香车的憧憬才刚刚开始，虎头铡刀就斩了下来，他们需要起而抗争。
而在这场争权夺利之中，革命党明显处于优势，最起码在道义形象上占尽优势。毕竟，革命党有远大的政治抱负，先进的政治理念，想要在中国建立民主共和政治，符合世界潮流和民众期望。而秘密会党的面目本来就不好，他们的落后性质决定了，他们可以为推翻一个专制旧制度作贡献，却很难为建立新的民主政治作贡献，相反，他们顽固的落后性、破坏性，决定了他们很难改其本性，还会阻碍这种新的政治制度的建立。换句话说，革命党在社会取向上与清政府处于对立对抗，却不一定与社会民众对立对抗，甚至其政治志向和社会取向正反映了一般民众的利益诉求。而秘密会党往往在社会取向上既背于政府当局，也违于一般民众的社会利益，两头不讨好。秘密会党更多的是以参加革命的方式作为其社会生存和利益获取的手段，并不是把高远的政治理想当做目的，两者在这一点上泾渭分明。恰恰这一点是秘密会党的软肋，是革命党人可以拿来大做文章的地方，他们名正言顺地提出要整顿打击秘密会党。
真正深究起中国的秘密会党来历史悠久得很，桃园结义、梁山之盟并非清代才有，“大碗酒，大块肉，分秤称金银，论套穿衣服”的思想早就深入底层社会的人心了。并不是说一个新政权建立起来了，黑社会就会绝迹了，何况秘密会党对这新政权的建立还有功，说取消就取消，说自谋生计就自谋生计，谈何容易！
当然，秘密会党也不是吃素的，他们跟随革命党出生入死，现在正应该是分秤称金银的时候，却不让他们分享革命成果，还要连他们赖以生存的组织都加以取缔，对这种过河拆桥的事，他们肯定是不能容忍的。不能容忍怎么办？那就暴力解决，最后像王金发、朱汉涛这些秘密会党头目都在与革命党的争权夺利中成为牺牲品。
不过，秘密会党也清醒地意识到，自己斗不过革命党，为了生存发展，有必要改变自己的生存策略。一些分散的秘密会党联合起来，成立政党性质的社团，按孙中山的说法是，“当改其立会之方针，将仇视鞑虏政府之心，化而为助我民国政府之力”。共进会的成立就是一个典型例子，红帮、青帮和哥老会三个秘密会党合建共进会，用近代政党模式来改组秘密会党，试图使秘密会党转变为现代政党，使自己成为一个合法组织，争得一席生存之地。按共进会会长应桂馨后来所讲，成立共进会并不是为了响应革命党的整顿，在民主政治建设中发挥多大的作用，而是“前清时共图革命，今国民党只顾自己做官，且反对青红帮，故设会保护他们，使有法律保护”。由此话可见出民初革命党与秘密会党的紧张关系。事实上，共进会成立之后，仍然私结党羽，秘密会党与国民党（同盟会已改组为国民党）仍然矛盾重重，江浙的都督都对共进会进行查禁镇压，这埋下了共进会与国民党的仇恨。
后来，应桂馨指使刺客刺杀了国民党代理理事长宋教仁，有很多研究者认为，宋教仁是被袁世凯主使刺杀的；也有研究者在大量的资料基础上按照事理进行推理和论证，袁世凯不是刺杀宋教仁的主谋。至于幕后主使究竟是谁，一时确实难下定论。但是，我们看到，应桂馨是“刺宋”案中一个非常关键的人。也许应桂馨确实是受了某个主谋的使唤，但作为共进会的会长，共进会既然与国民党有那么大的矛盾，应桂馨对国民党的仇恨，并积极投身刺杀计划，也在可以理解之中，说不准就是针对国民党对秘密会党的报复行为也不是不可能。
当然，因为共进会会长卷入宋教仁案，说明共进会虽然企图由秘密会党完成向现代政党转型，但干的仍然是杀人越货的事，说明其本质不变。人们不再对秘密会党转型抱有希望，随着袁世凯掌权，二次革命爆发，革命党的下台走人，秘密会党的转型也不了了之，在军阀混战期，甚至成为如鱼得水的公开力量。
正视历史需要勇气。
秘密会党在民初如何居功乱为，社会评价再不好，受到的排挤打压如何之大，我们都不能不客观公正地看到，在革命过程中，他们确实是功臣，有钱的出过钱，有力的出过力，也奉献了鲜血生命，这都是有史可稽的，把这些一笔撇清，是对历史的不公。
然而，正像从泥腿之处爬起，富裕之后都想洗清腿上的污泥；从落魂之处起家，当权之后又拼命神化自己一样，民国建立之后，秘密会党虽然争功争权，种种劣行既玷污革命党，也玷污共和国，是令人尴尬的。但我们仍然需要一分为二地、历史地看待秘密会党，是非功过，都必须纳入革命党的革命历史中去。
但是，国民党似乎一直在回避或遮蔽这些历史，从孙中山开始就如此。1918年，北大校长蔡元培与张蔚西想编一本《国史前编》的书，拟从清朝的秘密会党活动开始，到南京临时政府取消之日为止，说白了就是打算写一本国民党的早期党史，或曰正史，之所以要从秘密会党写起，就因为国民党早期与秘密会党过从甚密，两者难分。两人上书孙中山以征求孙的意见，孙中山在复函中说：“以清世秘密诸会党，皆缘起于明末遗民，其主旨在覆清扶明……于共和原理，民权主义，皆概乎未有所闻，故于共和革命，关系实浅，似宜令编为秘密会党史，而不以杂厕民国史中。”
